genome.fa.s9086.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009086.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112530_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1596699

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

This is table  1  of  7  ( 761 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4342--4383	21	2.0	21	86	9	59	42	11	9	35	1.74
5974--6026	18	2.9	18	86	10	81	20	20	33	24	1.97
12129--12173	23	2.0	21	83	8	54	68	0	0	31	0.89
12129--12170	13	3.7	11	76	17	50	69	0	0	30	0.89
16209--16240	6	5.3	6	100	0	64	0	65	0	34	0.93
16213--16246	12	3.1	11	91	8	52	0	67	0	32	0.91
23718--23742	12	2.1	12	100	0	50	44	0	16	40	1.47
24052--24121	36	1.9	37	91	2	115	20	30	30	20	1.97
30958--31009	23	2.3	23	80	6	72	21	40	21	17	1.91
34764--34851	23	3.8	23	75	14	90	21	25	23	29	1.99
47412--47481	23	3.3	22	78	9	65	30	25	24	20	1.99
53412--53490	35	2.3	35	81	0	104	44	22	1	31	1.61
54448--54527	35	2.3	35	91	4	126	33	1	25	40	1.64
62104--62196	44	2.1	44	96	2	170	25	6	9	58	1.54
65083--65111	13	2.1	14	93	6	51	31	0	0	68	0.89
70225--70289	28	2.3	28	86	2	85	49	6	4	40	1.48
70246--70325	28	3.0	25	78	12	63	48	3	2	45	1.33
71368--71463	39	2.5	39	86	3	131	40	17	3	38	1.66
71388--71464	39	2.0	39	94	0	136	36	20	2	40	1.67
73621--73817	99	2.0	99	98	0	385	25	10	15	48	1.77
83881--83926	22	2.0	22	83	12	56	52	13	2	32	1.52
87691--87736	11	4.4	11	81	5	51	0	10	10	78	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87698--87727	12	2.5	12	100	0	60	0	13	6	80	0.91
87691--87727	11	3.3	11	88	7	56	0	13	10	75	1.04
87699--87740	22	1.9	22	90	0	66	0	9	9	80	0.89
88589--88634	22	2.0	22	83	12	56	52	13	2	32	1.52
93080--93120	21	2.0	21	85	0	55	29	12	12	46	1.77
96257--96295	19	2.1	19	100	0	78	35	0	30	33	1.58
105851--106921	375	2.8	383	83	3	1279	25	21	28	24	1.99
109011--109448	219	2.0	219	98	0	840	30	21	30	17	1.96
110265--110299	2	17.5	2	93	0	61	48	2	48	0	1.16
115018--115076	7	9.0	7	96	3	90	30	54	0	15	1.42
115016--115076	6	9.5	6	96	3	86	29	54	0	16	1.43
115806--115912	34	3.1	33	78	14	85	34	0	3	61	1.14
115839--115917	34	2.4	34	85	8	101	37	0	1	60	1.05
116057--116110	17	3.2	17	72	0	54	31	0	3	64	1.11
117640--117687	21	2.3	21	85	0	60	25	39	12	22	1.89
117691--117742	21	2.5	21	84	12	79	17	34	26	21	1.95
118265--118361	33	2.9	34	85	3	124	56	4	2	37	1.30
118263--118368	34	3.2	32	82	8	122	55	4	1	37	1.32
118762--119389	128	4.9	128	96	0	1107	32	20	24	23	1.98
119460--119500	8	5.2	8	82	5	57	36	29	0	34	1.58
123605--123801	86	2.3	86	88	3	292	26	13	19	40	1.88
125829--125917	43	2.1	43	84	0	115	33	21	13	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125845--125935	43	2.1	43	81	4	103	37	18	13	30	1.89
125877--126137	123	2.1	123	83	4	321	32	14	20	32	1.93
127887--128037	74	2.0	74	98	0	293	25	11	27	35	1.91
130125--130200	21	3.6	21	76	13	93	18	21	28	31	1.97
130109--130196	42	2.1	42	95	0	158	20	20	25	34	1.97
130167--130209	21	2.0	21	86	0	59	23	20	27	27	1.99
130293--130317	6	4.2	6	100	0	50	36	48	16	0	1.46
130314--130342	5	5.8	5	100	0	58	41	20	37	0	1.53
130928--131039	19	5.4	21	67	17	74	40	22	17	19	1.92
130921--131100	42	4.3	42	86	5	242	36	23	19	20	1.95
130921--131106	21	9.0	21	76	10	168	36	23	19	20	1.95
130924--131100	82	2.1	83	87	6	252	36	24	19	19	1.95
131115--131167	21	2.5	21	84	0	79	20	20	26	32	1.98
135842--135879	6	6.3	6	96	0	67	0	31	18	50	1.47
138617--138655	20	2.0	20	90	5	62	38	0	7	53	1.30
142602--143156	266	2.1	258	89	4	839	25	12	20	40	1.88
143522--143572	18	2.9	18	94	2	86	27	27	5	39	1.79
148686--148756	17	4.0	17	71	16	63	45	0	0	54	0.99
148675--148756	27	3.0	26	89	3	110	45	1	0	53	1.08
149035--149081	24	1.9	25	83	12	62	63	0	2	34	1.06
149037--149082	18	2.6	18	77	19	51	65	0	2	32	1.05
149436--149522	41	2.1	41	97	0	165	26	2	16	55	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
149896--149963	3	22.7	3	93	0	64	54	0	0	45	0.99
150766--150823	13	4.3	13	86	4	71	15	41	22	20	1.90
150784--150823	8	5.5	8	77	22	52	15	40	25	20	1.90
150744--150789	18	2.6	18	92	0	74	17	50	19	13	1.78
150784--150826	15	3.0	15	90	6	63	13	37	25	23	1.92
152140--152175	18	2.0	18	88	0	54	52	0	16	30	1.44
153293--153394	24	4.2	24	77	5	98	20	15	16	47	1.83
155387--155445	3	19.0	3	75	19	50	27	3	3	66	1.24
155376--155437	16	4.4	14	73	20	58	29	4	4	61	1.37
155443--155476	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
157800--157841	7	6.0	7	81	8	50	14	16	14	54	1.71
157800--157841	15	3.0	14	83	10	50	14	16	14	54	1.71
157901--157960	27	2.3	27	85	2	86	21	13	6	58	1.58
157900--157927	12	2.3	12	100	0	56	25	14	7	53	1.66
159891--159962	16	4.4	16	80	3	72	80	2	13	2	0.93
159891--159948	21	2.8	20	78	17	55	82	3	10	3	0.90
162239--162458	114	1.9	114	91	0	359	32	15	20	31	1.93
165056--165110	22	2.5	22	87	0	83	34	10	14	40	1.81
165510--165905	113	3.5	113	95	0	693	40	15	16	28	1.88
165812--165978	73	2.3	73	84	3	203	34	14	16	34	1.89
165961--166054	40	2.4	40	94	1	163	47	8	23	20	1.77
165995--166344	124	2.9	123	85	5	453	40	14	19	25	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166242--166300	17	3.4	17	70	25	59	49	11	23	15	1.77
166551--166592	3	14.0	3	90	9	68	35	0	0	64	0.94
166539--166591	24	2.2	25	86	10	83	32	0	0	67	0.91
166559--166604	21	2.2	21	84	0	56	47	0	0	52	1.00
167822--167873	14	3.6	14	80	10	59	25	1	1	71	1.07
167873--167908	2	18.0	2	94	0	63	52	0	0	47	1.00
172121--172160	19	2.1	19	100	0	80	27	20	15	37	1.92
175741--175774	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
180517--180599	41	2.0	41	100	0	166	22	28	14	33	1.94
180523--180613	41	2.2	41	90	3	139	20	27	17	34	1.95
183143--183186	21	2.2	20	87	4	61	50	2	0	47	1.13
186452--186532	27	3.0	27	71	10	76	51	3	3	40	1.37
186736--186808	28	2.6	28	100	0	146	45	17	21	15	1.85
189307--189356	21	2.4	21	89	0	73	26	40	12	22	1.88
189363--189447	21	4.0	21	86	6	127	18	34	24	22	1.96
189366--189447	42	2.0	42	97	0	155	18	34	24	23	1.96
189472--189573	34	2.9	36	91	5	172	44	13	14	27	1.83
190122--190193	28	2.6	28	71	22	69	23	8	2	65	1.34
190149--190183	16	2.1	18	89	10	56	25	8	0	65	1.21
193393--193461	20	3.2	20	80	10	66	79	5	11	2	1.01
194096--194144	22	2.2	22	96	0	89	32	22	14	30	1.93
194559--194594	18	2.0	18	88	0	54	19	8	30	41	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195074--195355	36	8.0	36	79	8	303	25	19	14	40	1.89
195032--195355	72	4.6	72	75	10	221	26	19	14	39	1.91
195130--195318	102	1.9	102	88	2	290	26	19	13	40	1.89
195094--195418	138	2.4	137	83	2	436	27	20	12	39	1.89
195330--195486	68	2.4	68	85	3	212	31	22	9	35	1.87
196011--197160	105	11.0	105	91	1	1806	33	26	17	22	1.96
197708--197808	34	2.9	36	86	8	154	44	13	13	27	1.82
197708--197798	36	2.6	34	89	8	139	42	15	13	28	1.84
198347--198461	57	2.0	59	79	6	128	23	7	3	65	1.35
198390--198424	16	2.1	18	89	10	56	25	8	0	65	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7