genome.fa.s9266.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009266.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112921_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1543912

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
730297--730380	34	2.4	35	77	18	86	72	0	20	7	1.07
730271--730421	84	1.9	83	81	13	190	73	0	20	5	1.04
730270--730381	9	11.8	9	72	20	52	73	0	19	7	1.06
730371--730426	6	9.7	6	77	11	55	78	0	19	1	0.84
730313--730388	34	2.2	34	77	9	84	73	0	21	5	1.02
730270--730397	56	2.3	56	81	13	135	74	0	19	6	1.03
732481--732882	190	2.1	191	88	2	585	33	16	16	33	1.91
733542--733578	18	2.2	17	86	13	51	40	0	0	59	0.97
737369--737409	18	2.3	18	100	0	82	53	17	19	9	1.70
747175--747208	8	4.2	8	96	0	59	2	11	47	38	1.55
747187--747601	205	2.0	207	98	0	807	27	6	15	49	1.69
748045--748393	125	2.8	125	79	5	371	31	9	17	41	1.82
752267--752301	18	1.9	18	88	0	52	28	17	0	54	1.43
762443--762523	33	2.4	33	93	2	135	49	19	6	24	1.71
764288--764341	20	2.7	20	91	0	81	22	29	25	22	1.99
772706--772765	16	3.6	16	73	10	57	48	0	0	51	1.00
773647--773706	20	2.9	21	76	16	70	48	3	3	45	1.35
774875--774907	16	2.1	16	100	0	66	45	18	0	36	1.49
783306--783367	20	3.1	20	83	0	70	45	11	4	38	1.61
783298--783360	31	2.1	29	82	8	74	42	9	4	42	1.58
783392--783449	22	2.8	20	85	10	80	44	1	5	48	1.35
783466--783521	17	3.1	17	84	7	58	44	1	3	50	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
783553--783600	22	2.2	22	85	7	62	54	4	0	41	1.20
783575--784143	36	16.3	35	66	25	175	53	1	8	36	1.40
783586--783711	25	5.1	25	73	12	109	55	0	6	37	1.31
783720--783764	22	2.0	22	86	0	63	60	2	6	31	1.35
783731--784120	22	18.2	22	69	21	151	53	1	8	37	1.40
783848--783937	37	2.5	37	92	1	155	54	3	10	32	1.50
783830--783995	88	1.9	86	85	9	228	54	1	8	34	1.41
783920--784120	77	2.7	76	81	9	234	54	1	7	36	1.38
783536--784125	201	2.9	195	77	15	510	53	1	7	36	1.40
783667--784135	37	11.8	42	68	23	90	53	1	8	36	1.41
784088--784151	30	2.1	30	82	5	76	51	3	6	39	1.43
784138--784640	8	64.1	8	71	23	113	40	6	1	50	1.41
784138--784541	22	18.4	22	71	22	109	40	7	1	50	1.40
784193--784714	2	264.0	2	68	21	230	41	5	2	50	1.38
784465--784604	7	20.6	7	69	20	59	37	8	1	52	1.41
784278--784714	147	3.2	131	78	17	353	40	5	2	51	1.39
785784--785909	47	2.8	46	83	5	150	30	21	7	41	1.80
786014--786135	40	3.0	40	96	0	226	31	26	17	24	1.97
788431--788477	19	2.5	19	80	13	60	55	17	10	17	1.69
789114--789170	23	2.5	22	77	5	60	49	3	7	40	1.47
789237--789393	85	1.8	85	83	5	210	36	7	3	52	1.46
789274--789377	52	2.1	48	82	7	118	37	7	3	50	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
789418--790016	2	300.0	2	63	24	87	39	6	2	51	1.41
789244--789815	18	29.9	19	68	19	202	38	7	2	52	1.41
789428--789841	43	10.0	42	71	21	204	38	7	1	51	1.39
789418--789835	52	8.1	53	68	22	209	38	7	1	51	1.39
789450--789875	74	6.0	70	70	19	218	38	7	1	52	1.39
789697--789868	91	1.9	88	83	11	224	38	6	1	52	1.39
789890--789925	7	4.9	8	83	16	51	52	0	8	38	1.32
789900--789940	17	2.3	18	87	8	57	56	0	4	39	1.21
789428--790008	20	28.6	20	68	21	175	39	6	2	51	1.41
790003--790114	57	1.9	57	83	5	145	38	12	2	46	1.56
790234--790262	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
790568--790613	24	1.9	24	82	8	58	34	13	2	50	1.53
790752--790786	4	8.8	4	100	0	70	51	22	0	25	1.48
792659--792726	35	1.9	35	93	0	118	32	10	8	48	1.68
793224--793284	2	31.0	2	85	9	81	54	0	1	44	1.10
793225--793363	16	9.4	14	71	21	56	54	1	4	39	1.29
793251--793319	22	3.2	22	82	8	81	55	1	5	37	1.33
793279--793357	35	2.2	36	88	2	115	55	2	6	35	1.39
793257--793357	35	2.8	35	77	11	114	56	1	5	35	1.35
793313--793363	22	2.3	23	77	12	63	58	1	3	35	1.28
793346--793387	21	2.0	20	82	13	50	52	4	0	42	1.22
793362--793419	13	4.5	13	70	23	50	46	3	0	50	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
793357--793421	21	3.2	21	72	18	66	47	3	0	49	1.17
793346--793428	30	2.8	31	77	16	79	46	3	0	49	1.19
793510--793617	48	2.1	50	85	11	141	37	16	18	27	1.93
793533--793615	16	5.2	16	71	5	51	39	16	16	26	1.90
796404--796433	14	2.1	14	100	0	60	43	16	13	26	1.85
798592--798626	18	1.9	18	94	0	61	14	0	17	68	1.21
804004--804045	3	14.0	3	94	0	75	64	0	2	33	1.07
804260--804356	44	2.2	44	83	0	122	37	15	17	29	1.91
804375--804591	118	1.8	118	85	4	303	26	20	15	38	1.92
805103--805186	37	2.3	37	82	0	96	44	15	16	23	1.86
805335--805372	18	2.1	18	95	0	67	23	15	21	39	1.92
806065--806488	55	7.7	54	77	6	343	38	21	9	29	1.85
806065--806405	110	3.1	107	82	6	378	39	22	9	29	1.84
808541--808579	14	2.9	14	88	11	55	0	10	0	89	0.48
808545--808584	16	2.6	15	92	4	62	0	10	2	87	0.63
808548--808577	10	2.9	10	95	5	51	0	10	0	90	0.47
810243--810297	28	2.0	28	85	7	76	20	21	23	34	1.97
811308--811336	15	1.9	15	100	0	58	48	27	6	17	1.72
811465--811849	182	2.1	182	91	2	623	42	2	8	46	1.50
814099--814141	21	2.0	21	100	0	86	23	13	18	44	1.86
815063--815096	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
816465--816501	17	2.2	17	90	4	58	40	8	0	51	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
819019--819094	38	2.0	38	100	0	152	36	28	13	21	1.91
819491--819545	27	2.0	27	100	0	110	45	14	14	25	1.83
823105--823236	59	2.2	58	78	12	128	35	13	12	37	1.83
824305--824357	7	7.6	7	79	8	54	26	0	24	49	1.51
824305--824346	22	1.9	22	100	0	84	26	0	28	45	1.54
824305--824364	22	2.9	20	87	5	66	26	0	23	50	1.50
826867--826913	23	2.0	23	100	0	94	25	10	21	42	1.85
827007--827091	20	4.2	20	75	11	75	28	3	25	42	1.72
827062--827091	13	2.3	13	94	0	51	33	0	23	43	1.54
827102--827209	8	14.5	8	78	13	61	16	0	30	52	1.44
827110--827199	14	6.2	14	79	6	81	16	0	31	52	1.44
827102--827207	43	2.4	43	84	3	122	16	0	31	52	1.43
827110--827207	7	13.4	7	78	4	70	16	0	31	52	1.44
827110--827191	29	2.9	29	81	5	96	17	0	30	52	1.45
827145--827210	8	8.6	8	86	9	84	15	0	33	51	1.43
827145--827207	15	4.2	15	84	8	83	14	0	33	52	1.42
830964--831079	40	2.9	41	84	2	153	31	16	16	35	1.91
836319--836365	24	2.0	23	91	4	76	34	17	27	21	1.95
841828--841883	28	2.0	28	100	0	112	17	14	25	42	1.87
847697--847731	16	2.2	16	100	0	70	37	5	20	37	1.76
852010--852084	30	2.4	30	80	4	78	37	12	13	37	1.82
853900--853952	27	2.2	22	74	25	54	26	7	22	43	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
853906--853960	27	2.0	27	100	0	110	25	10	21	41	1.86
859608--859659	22	2.4	22	93	0	95	38	28	17	15	1.90
859761--859813	19	2.8	19	97	0	97	33	16	28	20	1.95
871598--871681	30	2.8	30	92	0	132	20	9	53	16	1.70
879444--879485	15	2.8	15	78	7	50	26	4	4	64	1.33
879935--880778	424	2.0	420	98	0	1616	38	15	8	36	1.79
883101--883125	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
895565--895599	17	2.1	17	89	10	54	54	34	2	8	1.46
910357--910728	188	2.0	187	89	1	566	29	19	20	30	1.97
913855--913887	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7