genome.fa.s9267.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009267.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112925_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1725308

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3637--3685	20	2.5	20	96	0	89	12	2	30	55	1.48
4613--4686	28	2.6	28	84	0	112	41	27	13	17	1.87
8924--8996	28	2.6	28	93	0	128	36	26	17	19	1.94
11296--11368	3	25.0	3	81	2	69	38	0	0	61	0.96
13465--13517	26	2.1	24	82	6	61	32	5	1	60	1.31
14873--14913	7	6.0	7	86	13	59	14	17	9	58	1.62
14873--14913	13	3.0	13	86	13	64	14	17	9	58	1.62
18226--18292	32	2.1	32	91	0	107	46	19	16	17	1.85
20574--20822	75	3.4	73	77	11	242	32	15	22	28	1.95
22154--22232	22	3.6	22	87	0	122	32	15	13	37	1.87
22906--23392	45	10.7	45	91	2	713	24	22	19	34	1.97
22906--23392	136	3.6	136	89	1	733	24	22	19	34	1.97
23636--23719	3	28.3	3	78	2	80	35	0	1	63	1.03
23811--23887	23	3.3	23	81	0	91	14	45	12	27	1.81
26568--26691	41	3.0	41	84	0	158	32	20	16	30	1.95
26719--26820	43	2.4	41	77	6	105	29	11	18	40	1.86
27825--27882	21	2.7	22	86	7	75	17	24	25	32	1.96
34742--34846	37	2.9	37	94	2	187	38	19	17	25	1.93
37429--37481	16	3.4	16	77	15	65	32	13	30	24	1.93
37472--37587	44	2.6	44	94	0	196	25	18	26	29	1.98
38355--38443	44	2.0	43	87	6	126	34	24	16	23	1.95
39648--39679	15	2.2	15	94	5	57	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42622--42782	60	2.7	59	79	5	155	42	6	22	27	1.79
43723--43753	16	1.9	16	93	0	53	54	16	9	19	1.68
44983--45021	17	2.4	17	95	4	71	51	5	0	43	1.24
46057--46176	45	2.7	44	80	13	131	38	7	7	46	1.60
47022--47054	15	2.2	15	100	0	66	33	12	27	27	1.92
60314--60342	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
81168--81357	60	3.2	60	81	10	194	32	22	5	40	1.76
81359--82137	16	48.3	16	84	2	617	29	24	21	23	1.99
81359--82255	32	27.8	32	88	2	754	30	24	20	23	1.98
81359--82255	48	18.6	48	84	2	754	30	24	20	23	1.98
81901--82256	16	22.5	16	84	2	216	33	24	19	23	1.97
81941--82256	24	12.8	24	78	5	254	33	24	18	23	1.96
82234--82320	32	2.7	32	94	0	147	39	18	14	27	1.90
81909--82328	48	8.8	48	76	8	228	34	23	18	23	1.96
82330--82373	4	11.0	4	85	0	52	34	25	18	22	1.96
82325--82377	16	3.3	16	89	0	79	35	24	15	24	1.94
82331--82381	12	4.2	12	82	0	66	37	25	13	23	1.92
82344--82381	20	1.9	20	100	0	76	39	26	13	21	1.89
82529--82643	60	1.9	60	81	0	140	42	6	18	33	1.75
92285--92381	46	2.1	46	86	0	131	34	21	24	19	1.97
92280--92381	23	4.4	23	79	0	96	34	23	23	18	1.96
94091--94177	27	3.2	27	78	0	84	26	18	19	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96294--96322	14	2.1	14	100	0	58	51	0	41	6	1.28
105360--105432	36	2.0	36	100	0	146	39	13	10	35	1.80
109055--109090	18	2.0	18	89	10	56	58	5	0	36	1.22
111010--111039	7	4.3	7	100	0	60	30	13	13	43	1.82
120074--120274	65	3.1	64	76	13	205	26	17	24	31	1.97
122934--123006	23	3.3	23	69	7	78	24	20	27	27	1.99
122938--123038	44	2.3	44	100	0	202	23	20	25	29	1.99
122966--123040	21	3.5	21	69	7	69	22	22	24	30	1.99
127286--127317	6	5.3	6	96	0	55	15	34	12	37	1.85
128923--128964	17	2.4	17	84	11	50	30	16	23	28	1.96
128816--128966	63	2.4	65	84	9	197	30	15	22	31	1.95
135143--135241	49	2.0	49	94	0	171	28	8	12	51	1.67
135331--135373	17	2.4	18	80	7	52	13	13	9	62	1.53
136835--136986	2	82.5	2	66	24	59	40	3	3	53	1.34
136809--136986	19	9.7	18	71	19	102	41	3	3	51	1.37
136838--136904	24	2.7	25	78	15	68	40	1	1	56	1.17
136829--136986	31	5.0	31	71	17	105	39	3	3	53	1.35
136937--136986	25	2.0	25	92	0	82	42	6	0	52	1.26
136939--137002	15	4.1	15	77	16	58	35	3	1	59	1.23
141714--141811	23	4.4	22	84	5	117	22	19	29	28	1.98
141716--141803	46	1.9	46	90	4	142	22	20	29	27	1.99
142243--142295	24	2.2	25	83	9	67	30	1	5	62	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142894--142933	20	1.9	22	85	10	57	50	7	27	15	1.70
145223--145290	23	2.9	23	86	2	100	22	23	25	29	1.99
145227--145319	23	4.2	22	78	13	93	24	23	23	27	2.00
150878--151014	45	3.3	44	66	21	114	33	10	26	29	1.89
150918--151061	34	3.9	34	68	18	99	37	9	22	29	1.87
150703--151061	79	4.5	79	90	0	556	37	10	23	28	1.88
151598--151976	79	4.8	79	88	0	553	34	10	24	30	1.89
151598--151976	157	2.4	158	88	0	571	34	10	24	30	1.89
155236--155288	23	2.3	23	93	0	97	22	22	26	28	1.99
160073--160103	12	2.7	12	95	5	55	32	0	0	67	0.91
160073--160120	14	3.6	14	86	10	57	35	0	2	62	1.07
160083--160121	17	2.3	17	86	0	51	38	0	2	58	1.12
161877--161917	2	21.0	2	90	5	66	48	0	0	51	1.00
161930--161974	21	2.0	23	87	8	67	33	6	0	60	1.23
162611--162635	12	2.1	12	100	0	50	16	0	0	84	0.63
171568--172081	137	3.8	137	88	1	735	34	22	15	26	1.95
172232--172263	12	2.8	12	95	4	57	34	0	0	65	0.93
172232--172280	14	3.6	14	86	10	59	36	0	2	61	1.08
172243--172281	17	2.3	17	86	0	51	38	0	2	58	1.12
172574--172626	22	2.4	22	80	0	61	15	47	16	20	1.83
173642--173738	45	2.2	44	82	8	119	24	7	1	67	1.23
175289--175521	2	126.0	2	65	27	90	40	2	4	52	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175259--175331	7	11.3	7	80	14	50	45	2	5	46	1.40
175259--175518	19	14.2	19	70	18	126	41	3	5	50	1.41
175259--175518	38	7.1	38	72	18	155	41	3	5	50	1.41
175289--175521	5	42.0	6	67	26	90	40	2	4	52	1.36
175289--175519	14	16.4	14	72	17	144	40	2	4	52	1.36
175441--175521	41	2.0	40	85	2	108	40	2	3	53	1.32
175490--175532	17	2.4	19	80	7	54	32	2	0	65	1.06
184040--184074	18	1.9	18	88	0	52	17	31	31	20	1.95
186379--186471	34	2.7	33	74	21	84	18	8	4	68	1.32
186760--187159	37	10.6	36	72	13	146	41	4	10	43	1.60
186760--186969	74	2.8	72	75	7	181	40	3	10	45	1.57
186809--186952	73	1.9	76	81	8	179	39	3	9	47	1.54
186797--187011	113	1.9	110	79	8	238	40	4	10	44	1.58
187065--187160	38	2.5	37	80	11	104	43	5	7	43	1.54
187188--187235	17	2.8	17	78	9	53	31	0	2	66	1.03
187465--187493	12	2.3	13	94	5	51	31	0	0	68	0.89
188203--188262	2	32.5	2	74	15	58	48	0	0	51	1.00
192554--192634	19	3.9	21	75	15	69	20	25	29	23	1.99
205613--205662	20	2.3	21	90	10	75	36	0	12	52	1.39
206096--206173	39	2.0	39	100	0	156	28	7	15	48	1.72
207283--207337	27	2.0	27	86	6	76	50	0	1	47	1.11
207394--207441	20	2.3	21	82	3	62	68	2	0	29	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207632--207674	3	14.3	3	85	9	61	72	0	0	27	0.85
207632--207674	13	3.3	13	93	6	70	72	0	0	27	0.85
207632--207696	12	5.2	12	80	10	67	67	0	3	29	1.05
208982--209043	3	22.0	3	75	18	53	66	4	0	29	1.12
208982--209034	19	2.8	19	79	0	61	66	3	0	30	1.10
208982--209045	22	2.9	21	75	9	65	65	4	0	29	1.13
209406--209686	113	2.5	113	86	0	382	28	19	11	39	1.87
209703--209857	76	2.1	75	96	1	283	34	21	20	23	1.96
210531--210590	22	2.7	22	86	0	93	41	11	11	35	1.78
211925--212097	76	2.2	77	82	4	197	32	21	15	30	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10