genome.fa.s9267.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009267.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112925_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1725308

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  4  of  10  ( 1110 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
655342--655490	74	2.0	74	100	0	298	44	8	14	32	1.75
655926--655969	16	2.8	16	86	3	63	54	4	0	40	1.21
656023--656066	16	2.8	16	86	3	63	40	0	4	54	1.21
662564--662606	3	14.7	3	90	4	70	32	0	0	67	0.91
663396--663448	24	2.3	22	81	12	61	39	1	5	52	1.36
663465--663534	28	2.5	28	76	19	76	47	5	1	45	1.35
665612--665668	4	14.8	4	89	7	59	26	0	0	73	0.83
665609--665669	28	2.2	27	86	11	88	26	0	0	73	0.83
665727--665802	33	2.3	33	93	4	127	36	21	14	27	1.92
666344--666400	4	15.5	4	82	17	63	26	0	0	73	0.83
669370--669419	25	2.0	25	88	7	75	74	6	16	4	1.17
669492--669629	69	2.0	69	91	0	222	36	23	15	23	1.93
670543--670658	32	3.6	31	80	4	106	29	14	20	35	1.93
671859--671970	37	3.1	37	92	2	190	27	22	12	37	1.90
671857--671965	36	3.0	36	93	1	182	27	22	12	37	1.90
672082--672161	31	2.5	32	85	8	108	40	18	10	31	1.84
672166--672423	83	3.1	83	86	2	333	31	25	18	24	1.98
673463--673520	3	18.0	3	83	16	64	29	0	1	68	0.99
673467--673526	29	2.1	28	87	9	86	26	1	1	70	1.07
673468--673530	32	2.0	32	90	0	99	25	1	1	71	1.04
676581--676605	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
678717--678758	19	2.2	19	86	0	57	30	28	16	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
678774--678905	40	3.3	39	84	6	133	33	23	11	31	1.90
678797--678925	20	6.5	20	75	16	99	30	23	13	33	1.92
679694--679727	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
679853--679906	24	2.2	24	96	0	99	20	16	20	42	1.89
682142--682177	18	2.0	18	94	0	63	55	25	2	16	1.55
682406--682463	20	2.9	20	89	0	89	18	18	22	39	1.92
683972--684065	21	4.5	21	80	7	93	22	19	35	23	1.96
683972--684065	42	2.2	42	84	3	118	22	19	35	23	1.96
684476--684525	21	2.4	21	79	0	55	32	34	14	20	1.92
686201--686251	19	2.6	20	93	3	86	49	19	19	11	1.79
686201--686266	19	3.4	19	85	6	80	51	19	16	12	1.75
686669--686722	22	2.5	22	93	0	90	18	14	42	24	1.88
693345--693393	21	2.3	21	92	0	80	32	20	12	34	1.90
697537--697582	22	2.0	22	84	12	58	36	8	6	47	1.60
704817--704854	15	2.5	15	91	0	58	81	0	5	13	0.85
706771--707871	86	12.9	86	79	4	1108	24	18	21	35	1.95
706779--707871	169	6.4	169	84	2	1253	24	18	21	35	1.95
706748--707871	340	3.3	338	85	3	1418	24	18	21	35	1.95
708946--709185	89	2.6	89	83	8	277	32	17	14	35	1.90
716455--716514	22	2.7	23	79	7	61	26	33	23	16	1.96
718475--718518	17	2.6	17	85	7	63	13	0	29	56	1.38
721215--721249	18	1.9	18	88	0	52	28	34	17	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
721651--721716	2	33.0	2	100	0	132	50	0	0	50	1.00
723615--723693	2	45.0	2	69	25	54	46	0	1	51	1.08
723629--723683	17	3.2	17	82	10	67	50	0	0	49	1.00
723627--723693	21	3.3	21	87	6	93	49	0	0	50	1.00
727267--727319	27	2.0	27	100	0	106	37	11	22	28	1.89
729847--729889	20	2.0	21	82	8	52	48	2	0	48	1.14
730819--730845	9	3.0	9	100	0	54	88	0	0	11	0.50
731969--732031	12	5.0	12	76	17	58	76	0	3	20	0.93
731965--732027	18	3.1	21	72	27	64	76	0	4	19	0.96
731968--732007	7	5.4	7	85	8	53	80	0	2	17	0.83
731963--732057	39	2.5	37	78	11	93	73	1	7	17	1.12
731990--732108	51	2.3	52	78	11	138	75	1	8	14	1.11
732060--732111	26	1.9	28	85	14	74	73	1	13	11	1.19
736257--736286	14	2.1	14	93	0	51	10	10	10	70	1.36
751127--751166	20	2.0	21	85	5	55	27	2	20	50	1.61
755105--755150	13	3.5	13	82	11	58	80	0	4	15	0.86
755106--755150	22	2.0	22	83	8	56	80	0	4	15	0.87
755440--755464	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
755713--755755	18	2.5	17	85	7	61	67	2	4	25	1.22
756112--756216	37	2.8	38	85	4	142	28	15	14	41	1.86
756760--757416	105	6.3	105	92	2	1011	22	17	26	32	1.97
757954--758407	65	6.7	65	72	11	284	38	11	20	30	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
758086--758348	36	7.4	36	77	9	254	39	13	19	27	1.89
758038--758407	138	2.7	138	84	0	472	38	12	19	29	1.88
758122--758306	102	1.8	102	85	2	264	39	13	17	29	1.88
758770--758805	18	2.0	18	88	0	54	41	30	8	19	1.81
759210--759264	22	2.5	22	96	0	101	23	12	25	38	1.90
759915--759983	8	8.8	8	73	9	52	0	15	5	78	0.94
759915--759986	15	4.6	15	78	16	67	0	16	5	77	0.94
759916--759986	24	3.1	23	75	18	67	0	16	5	77	0.95
763671--763713	9	4.6	9	80	8	50	81	0	4	13	0.84
763672--763718	14	3.4	14	82	2	60	80	0	4	14	0.85
763759--763783	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
763774--763849	38	2.1	38	85	9	104	55	9	5	30	1.54
764011--764043	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
764291--764333	18	2.5	17	85	7	61	67	2	4	25	1.22
768218--768314	31	3.2	30	76	12	90	50	10	5	34	1.59
769511--769548	19	2.0	19	94	0	67	15	28	15	39	1.89
770333--770377	22	2.0	22	83	12	56	46	0	0	53	1.00
770235--770507	147	1.9	143	84	8	365	39	6	7	46	1.58
771014--771071	28	2.1	27	84	6	73	32	5	1	60	1.29
772563--772604	7	6.0	7	81	8	50	14	16	14	54	1.71
772563--772604	15	3.0	14	83	10	50	14	16	14	54	1.71
774337--774398	2	31.0	2	100	0	124	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
774698--774737	18	2.2	18	90	4	62	82	0	17	0	0.67
777694--777936	75	3.2	74	86	5	326	30	12	23	33	1.92
779239--779359	22	5.5	22	94	0	206	33	11	14	40	1.81
780172--780807	113	5.6	113	88	3	832	38	14	20	27	1.91
780176--780807	336	1.8	345	86	5	915	38	14	20	27	1.91
780731--781086	139	2.6	139	85	3	486	38	14	20	26	1.91
782793--782837	22	2.0	22	83	12	56	46	0	0	53	1.00
782688--782962	142	2.0	140	83	6	351	38	6	6	48	1.56
783639--783696	27	2.2	26	84	9	73	10	17	22	50	1.76
786898--787053	79	2.0	79	98	0	303	35	5	14	44	1.67
792945--792988	22	2.0	23	86	4	63	27	2	2	68	1.14
792954--792994	16	2.7	15	85	14	57	24	0	2	73	0.96
792954--792993	15	2.7	15	84	11	55	25	0	2	72	0.97
794866--795140	41	6.6	42	90	2	432	22	18	25	33	1.96
795918--795957	5	8.0	5	100	0	80	0	60	20	20	1.37
795960--795987	6	4.7	6	100	0	56	0	14	50	35	1.43
796068--796435	41	8.9	41	96	0	646	29	25	23	21	1.99
798987--799071	3	28.0	3	90	7	136	67	1	0	31	0.99
799312--799553	80	3.0	80	81	5	256	23	19	23	33	1.97
799689--799839	67	2.2	67	83	3	178	37	9	18	33	1.84
799825--800250	164	2.6	164	84	1	523	25	18	24	31	1.97
799828--800256	84	5.2	84	77	5	392	25	18	25	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
800345--800986	110	5.9	110	90	1	958	23	17	23	35	1.95
804749--804798	2	25.0	2	88	8	75	50	2	2	46	1.24
805925--805966	20	2.1	20	86	8	59	69	2	0	28	1.01
805925--805967	13	3.0	15	78	21	56	67	2	0	30	1.03
806596--807994	697	2.0	699	96	0	2586	29	16	22	30	1.96
808782--808821	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
823729--823814	24	3.6	24	76	6	77	26	12	18	41	1.87
828432--828522	24	3.8	24	80	2	94	25	14	19	40	1.89
829743--829843	8	12.9	8	78	10	77	75	1	11	10	1.13
829749--829843	15	6.2	15	72	12	68	75	2	11	10	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10