genome.fa.s9267.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009267.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112925_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1725308

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1414756--1414807	20	2.5	21	87	3	70	21	23	17	38	1.93
1415003--1415036	12	2.9	12	86	4	52	17	41	5	35	1.74
1415593--1415646	24	2.2	24	90	0	81	22	16	20	40	1.91
1418124--1418182	19	3.4	19	71	22	65	45	18	20	15	1.85
1418124--1418246	33	3.7	33	84	8	169	43	19	21	16	1.88
1418128--1418257	66	2.0	66	92	0	215	42	19	21	16	1.89
1418265--1418321	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
1418250--1418339	33	2.7	33	94	0	153	13	22	21	43	1.87
1418279--1418339	19	3.5	19	72	21	69	11	22	21	44	1.84
1418446--1418482	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
1419855--1419965	21	5.3	21	67	8	55	21	21	33	23	1.97
1419835--1420040	42	4.9	41	73	9	164	22	18	36	22	1.95
1419865--1420040	84	2.1	84	98	0	343	23	17	37	21	1.94
1420259--1420443	91	2.0	90	90	6	291	47	18	11	21	1.81
1422122--1422253	19	7.1	19	77	11	130	43	19	23	13	1.87
1422147--1422212	33	2.0	34	93	3	116	37	22	25	13	1.91
1422249--1422293	19	2.4	19	92	0	72	8	15	26	48	1.74
1422847--1422886	20	2.0	20	95	0	71	32	20	27	20	1.97
1422908--1422961	20	2.7	20	94	5	92	27	18	22	31	1.97
1423835--1423885	24	2.1	26	85	10	72	47	7	0	45	1.32
1426545--1427132	130	4.6	129	75	5	514	33	14	16	34	1.90
1426665--1427159	256	1.9	255	80	6	581	32	14	17	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1427087--1427321	128	1.8	128	82	3	303	33	13	17	36	1.88
1430565--1430616	20	2.6	20	93	0	95	25	25	23	26	2.00
1431694--1431813	32	3.9	31	82	5	127	26	20	18	34	1.96
1433684--1433785	20	5.1	20	89	3	143	46	24	12	16	1.82
1433803--1433905	40	2.6	40	82	0	125	33	23	9	33	1.87
1433838--1433905	20	3.4	20	78	8	75	30	23	11	33	1.91
1434062--1434099	16	2.5	15	84	12	51	28	5	0	65	1.14
1434689--1434722	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
1435052--1435079	3	9.3	3	100	0	56	64	0	35	0	0.94
1437419--1437526	20	5.8	20	70	14	86	20	17	21	40	1.91
1439010--1439101	21	4.4	21	93	2	141	21	20	36	20	1.95
1439251--1439276	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
1439499--1439548	21	2.4	21	79	0	64	38	32	12	18	1.87
1439665--1439760	42	2.3	42	80	5	113	17	17	33	31	1.94
1441195--1441247	20	2.7	20	90	0	88	49	20	18	11	1.78
1441264--1441302	20	2.0	20	100	0	78	15	12	20	51	1.76
1441266--1441309	20	2.2	20	91	0	70	15	13	20	50	1.78
1441627--1441681	22	2.5	22	90	0	92	18	18	47	16	1.83
1441804--1441873	20	3.5	20	88	0	104	14	12	24	48	1.78
1441797--1441896	40	2.5	39	77	4	110	18	15	23	44	1.86
1445668--1445708	21	2.0	21	90	0	64	43	0	14	41	1.45
1448926--1448970	15	2.9	16	84	15	60	57	4	0	37	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1450995--1451040	22	2.1	22	100	0	92	45	8	10	34	1.70
1454522--1454562	21	2.0	21	90	0	64	26	24	21	26	2.00
1457864--1458583	200	3.6	198	86	4	910	38	14	15	30	1.88
1458575--1458631	23	2.4	23	76	2	69	36	17	10	35	1.84
1458584--1458746	87	1.9	87	96	0	299	31	15	12	40	1.84
1458660--1458718	23	2.6	23	83	0	82	30	18	8	42	1.80
1461386--1461418	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
1464658--1464695	13	2.9	13	84	0	58	15	42	21	21	1.89
1475302--1475422	50	2.4	49	81	1	161	35	19	9	36	1.83
1480506--1480564	25	2.3	25	91	2	91	54	11	20	13	1.70
1481820--1481874	20	2.7	19	81	10	65	29	40	7	23	1.81
1486029--1486061	2	17.0	2	93	6	59	48	0	0	51	1.00
1491112--1491242	20	6.4	20	79	7	95	33	22	17	25	1.96
1491105--1491242	61	2.3	61	81	0	168	35	22	16	25	1.95
1491740--1491798	20	3.0	20	84	0	64	18	16	22	42	1.89
1493107--1493151	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
1493644--1493688	20	2.3	20	84	3	65	37	20	24	17	1.93
1493688--1493745	14	3.9	14	77	16	62	50	24	15	10	1.75
1493672--1493762	32	2.8	33	93	3	157	48	21	17	12	1.80
1493672--1493767	19	5.6	19	67	25	79	46	21	18	12	1.82
1493781--1493836	14	3.7	14	76	17	58	12	16	23	48	1.80
1493774--1493885	33	3.4	33	91	1	181	15	17	19	47	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1493795--1493928	20	7.5	19	73	17	92	14	19	20	44	1.86
1493781--1493869	14	5.7	14	70	21	52	13	15	21	49	1.79
1494291--1494378	41	2.1	42	85	2	124	21	43	14	20	1.88
1495794--1495829	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
1495966--1496033	19	3.8	19	85	14	101	47	17	22	13	1.82
1496023--1496110	19	4.8	19	69	16	78	15	21	19	43	1.88
1496061--1496140	19	4.3	20	69	26	59	15	22	21	41	1.90
1496023--1496142	53	2.3	53	94	0	204	15	21	20	42	1.88
1496354--1496403	20	2.5	20	80	0	73	22	18	22	38	1.94
1496430--1496502	21	3.5	21	88	1	103	23	23	15	38	1.92
1496699--1496732	12	2.9	12	86	4	52	17	41	5	35	1.74
1497281--1497334	24	2.2	24	90	0	81	22	16	20	40	1.91
1497509--1497533	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
1499801--1499859	19	3.4	19	71	22	65	47	18	20	13	1.82
1499801--1499922	33	3.7	33	84	6	176	42	19	22	15	1.89
1499802--1499965	33	5.0	32	82	11	165	40	19	22	17	1.92
1499802--1499933	65	2.0	66	92	1	221	40	19	22	16	1.91
1499919--1499975	19	3.3	19	62	23	52	29	21	22	26	1.99
1499907--1499975	33	2.1	33	100	0	138	34	18	23	23	1.96
1499805--1499955	65	2.3	64	86	8	207	41	19	21	17	1.90
1499963--1500045	18	5.1	18	70	24	76	13	21	20	44	1.85
1499968--1500030	13	4.4	13	76	21	63	9	23	22	44	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1499963--1500045	31	2.6	32	94	1	141	13	21	20	44	1.85
1500151--1500186	14	2.6	14	86	4	56	44	25	0	30	1.54
1501536--1501651	21	5.5	21	66	8	56	22	21	33	22	1.97
1501516--1501666	42	3.6	41	76	8	151	21	19	36	23	1.95
1501546--1501718	84	2.1	81	95	3	310	23	17	38	20	1.93
1501558--1501666	21	5.2	21	61	12	53	21	18	38	22	1.93
1501555--1501685	42	3.1	42	82	0	190	21	18	39	20	1.92
1501931--1502109	90	2.0	85	84	12	227	48	18	10	22	1.79
1503737--1503891	19	8.8	19	68	24	99	44	20	23	11	1.84
1503786--1503874	14	5.6	14	71	23	70	42	23	23	10	1.84
1503762--1503891	33	3.9	33	94	1	206	43	22	23	10	1.85
1503892--1503936	19	2.4	19	92	0	72	8	15	26	48	1.74
1504491--1504543	20	2.7	20	84	0	70	28	18	26	26	1.98
1504552--1504605	20	2.7	20	97	0	99	25	18	24	31	1.97
1504496--1504626	61	2.1	61	78	2	138	22	19	24	33	1.97
1505484--1505534	24	2.1	26	85	10	72	47	7	0	45	1.32
1506033--1506125	21	4.5	21	78	4	100	39	18	24	17	1.91
1506033--1506125	41	2.3	41	100	0	186	39	18	24	17	1.91
1506052--1506186	41	3.3	41	83	4	139	37	21	21	19	1.94
1506156--1506208	20	2.7	20	93	0	88	24	28	20	26	1.99
1506726--1506791	19	3.5	18	85	8	87	46	25	16	10	1.79
1506787--1506952	20	9.1	19	73	16	127	12	21	22	43	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1506792--1506868	39	2.0	39	87	5	111	10	19	25	44	1.83
1506842--1506927	33	2.6	33	90	1	127	11	23	25	39	1.88
1508948--1509070	42	2.9	42	80	4	106	24	36	16	22	1.94
1510426--1510461	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
1510640--1510790	19	8.7	19	63	21	71	15	22	20	41	1.90
1510644--1510770	33	3.9	32	86	8	184	15	22	19	41	1.89
1510637--1510769	66	2.0	66	95	0	239	17	22	19	40	1.91
1513063--1513087	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
1513262--1513316	24	2.3	24	84	3	76	40	18	16	25	1.91
1514374--1514431	20	2.9	20	94	0	98	37	22	22	17	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10