genome.fa.s106.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold106
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4928209

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   

This is table  13  of  27  ( 3135 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2075209--2075264	28	2.0	28	96	0	103	33	5	0	60	1.19
2076172--2076247	29	2.7	26	79	15	80	22	2	6	68	1.25
2077587--2077635	16	3.1	16	76	5	55	59	0	0	40	0.98
2080197--2080282	45	1.9	45	80	4	102	46	3	4	45	1.41
2081084--2081125	17	2.5	17	100	0	84	47	0	4	47	1.23
2082073--2082097	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
2082097--2082137	2	20.5	2	94	0	73	46	0	2	51	1.14
2084179--2084216	6	6.7	6	82	11	53	39	0	0	60	0.97
2084342--2084366	10	2.5	10	100	0	50	92	0	0	8	0.40
2084336--2084378	18	2.3	18	92	4	68	86	0	4	9	0.71
2085623--2085675	22	2.5	22	81	3	63	49	0	0	50	1.00
2085706--2085784	27	3.0	27	80	12	76	54	0	0	45	0.99
2086777--2086812	19	2.0	18	89	10	56	27	0	0	72	0.85
2087057--2087097	22	1.9	22	90	5	66	46	9	0	43	1.36
2091955--2092947	328	3.0	336	94	3	1782	44	5	7	43	1.54
2092803--2092860	22	2.5	24	80	8	75	55	0	0	44	0.99
2092831--2092897	26	2.6	24	80	15	71	56	0	0	43	0.99
2093261--2093291	9	3.6	9	91	8	55	38	0	0	61	0.96
2095882--2095932	16	3.2	16	79	15	52	56	0	1	41	1.10
2096232--2096267	17	2.3	15	90	9	54	86	0	13	0	0.58
2096895--2096940	16	2.8	16	86	6	56	65	0	0	34	0.93
2096891--2096942	17	2.9	17	81	16	61	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2101077--2101104	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
2101580--2101618	2	19.5	2	100	0	78	0	51	0	48	1.00
2101930--2101967	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
2102327--2102435	54	2.0	54	100	0	218	25	12	24	36	1.91
2109059--2109086	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2109221--2109245	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2111592--2111628	3	12.0	3	88	5	56	62	0	0	37	0.96
2111596--2111634	18	2.2	18	95	0	69	56	0	0	43	0.99
2111600--2111631	15	2.1	15	100	0	64	59	0	0	40	0.97
2112854--2112911	22	2.5	23	78	18	59	27	3	5	63	1.31
2115230--2115287	23	2.5	22	81	8	62	51	0	0	48	1.00
2115474--2115540	28	2.4	29	76	14	70	53	1	2	41	1.25
2115456--2115536	28	3.1	26	75	15	69	53	1	2	43	1.22
2115808--2115869	24	2.6	24	79	2	63	38	0	0	61	0.96
2115824--2115878	24	2.3	22	77	17	56	43	0	0	56	0.99
2133318--2133374	23	2.4	25	76	5	64	38	1	5	54	1.33
2137022--2137059	2	19.0	2	94	0	67	47	0	2	50	1.15
2137367--2137395	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2140816--2140862	22	2.1	23	92	4	78	63	0	2	34	1.06
2142160--2142220	32	1.9	32	83	9	81	32	13	3	50	1.57
2143364--2143413	24	2.2	24	89	10	79	76	6	14	4	1.13
2143696--2143740	21	2.1	22	88	8	67	48	4	4	42	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2143889--2143944	19	3.1	19	80	10	55	42	1	0	55	1.10
2143991--2144062	32	2.2	33	90	4	121	56	5	1	36	1.31
2145268--2145306	2	20.0	2	89	5	62	48	0	2	48	1.15
2147837--2147901	16	4.0	17	76	21	68	56	1	0	41	1.08
2147896--2147938	12	3.6	11	81	12	50	60	0	0	39	0.97
2147877--2147938	18	3.6	18	71	18	51	61	0	0	38	0.96
2147911--2147937	13	2.1	13	100	0	54	55	0	0	44	0.99
2148250--2148285	6	6.0	6	100	0	72	33	0	0	66	0.92
2149813--2149837	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2150123--2150160	19	2.0	19	94	0	67	36	18	10	34	1.85
2151540--2151579	19	2.1	19	90	0	62	45	0	0	55	0.99
2151625--2152119	247	2.0	246	85	2	663	39	13	9	37	1.77
2155274--2155315	20	2.1	20	86	8	59	47	0	2	50	1.14
2155298--2155343	22	2.1	22	84	8	58	32	2	2	63	1.19
2156452--2156481	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
2160354--2160392	20	2.0	20	90	10	62	43	0	7	48	1.31
2160599--2160652	21	2.6	21	82	5	65	44	3	3	48	1.38
2160799--2160863	34	1.9	33	82	17	80	52	0	0	47	1.00
2163758--2164001	81	3.0	81	91	0	407	24	22	13	39	1.90
2168107--2168157	14	3.6	14	76	10	50	37	0	1	60	1.08
2168160--2168193	18	1.9	17	88	5	50	67	2	2	26	1.19
2168901--2168940	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2169455--2169481	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2169960--2170009	12	3.9	14	84	10	54	48	6	0	46	1.27
2170219--2170250	16	2.0	16	93	0	55	40	0	0	59	0.97
2170358--2170423	20	3.4	19	82	4	78	42	0	3	54	1.15
2170879--2170915	13	2.9	13	81	18	51	54	0	0	45	1.00
2171643--2171680	6	6.3	6	96	0	67	55	44	0	0	0.99
2173706--2173768	32	2.0	32	87	6	92	55	0	0	44	0.99
2175930--2175967	20	1.9	20	84	10	51	55	26	5	13	1.59
2182075--2182259	85	2.2	84	83	10	218	23	22	11	42	1.87
2187240--2187283	7	6.8	6	85	10	52	61	6	0	31	1.22
2187240--2187283	10	4.6	9	83	13	52	61	6	0	31	1.22
2187240--2187283	3	13.7	3	81	13	52	61	6	0	31	1.22
2190070--2190102	7	4.9	7	85	7	50	48	51	0	0	1.00
2190063--2190102	13	2.9	14	88	7	64	52	47	0	0	1.00
2192965--2192997	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
2196858--2196896	20	2.0	20	90	10	62	43	0	7	48	1.31
2197103--2197156	21	2.6	21	82	5	65	44	3	3	48	1.38
2197301--2197365	34	1.9	33	82	17	80	52	0	0	47	1.00
2200261--2200504	81	3.0	81	91	0	407	24	22	13	39	1.90
2204609--2204659	14	3.6	14	76	10	50	37	0	1	60	1.08
2204662--2204695	18	1.9	17	88	5	50	67	2	2	26	1.19
2205408--2205450	3	14.3	3	100	0	86	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2205968--2205996	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2206482--2206532	14	4.1	14	78	19	51	50	5	0	43	1.26
2206745--2206776	16	2.0	16	93	0	55	40	0	0	59	0.97
2206885--2206950	20	3.4	19	82	4	78	42	0	3	54	1.15
2208177--2208216	6	6.7	6	97	0	71	55	45	0	0	0.99
2210226--2210287	18	3.3	20	78	10	60	61	0	1	37	1.06
2210244--2210307	32	2.0	32	87	3	92	56	0	0	43	0.99
2212465--2212502	20	1.9	20	84	10	51	55	26	5	13	1.59
2213565--2213685	61	2.0	61	85	0	161	28	6	14	50	1.68
2214200--2214362	83	2.0	83	98	0	317	30	19	14	35	1.92
2219242--2219266	2	12.5	2	100	0	50	48	0	52	0	1.00
2219791--2219836	20	2.2	21	81	11	60	58	6	2	32	1.36
2219817--2219867	20	2.4	20	87	9	66	60	1	0	37	1.08
2220107--2220154	17	2.6	18	78	21	55	41	0	12	45	1.42
2220264--2220288	12	2.1	12	100	0	50	36	0	0	64	0.94
2220976--2221030	27	2.0	28	82	10	69	34	7	1	56	1.38
2221065--2221127	24	2.6	24	75	12	67	57	1	0	41	1.08
2221117--2221185	29	2.4	30	75	24	76	62	2	0	34	1.10
2221108--2221167	24	2.4	26	83	10	72	68	3	0	28	1.05
2221419--2221444	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
2226221--2226263	2	21.5	2	85	0	59	41	0	6	51	1.29
2227457--2227490	4	8.5	4	100	0	68	50	23	0	26	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2228846--2228901	29	2.0	29	82	3	69	55	1	1	41	1.21
2229096--2229128	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2229736--2229772	14	2.4	17	86	13	53	0	16	5	78	0.93
2230567--2230814	75	3.2	75	79	8	257	35	16	22	25	1.94
2239641--2239672	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
2240333--2240366	18	1.9	17	94	5	59	0	8	0	91	0.43
2242335--2242396	8	6.8	9	75	21	58	45	0	0	54	0.99
2242335--2242391	18	3.0	18	82	17	71	43	0	0	56	0.99
2247678--2247713	18	1.9	19	94	5	65	61	0	0	38	0.96
2247694--2247725	15	2.2	15	94	5	57	56	0	0	43	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27