genome.fa.s106.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold106
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4928209

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2405298--2405328	4	7.8	4	100	0	62	77	0	22	0	0.77
2405659--2405683	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
2405995--2406028	2	17.0	2	93	0	59	47	50	2	0	1.16
2408338--2408366	15	2.0	15	93	6	51	27	3	13	55	1.55
2411845--2411880	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2412810--2412863	27	2.0	27	100	0	108	44	18	22	14	1.86
2416709--2416740	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2416891--2416938	18	2.7	19	78	12	57	52	2	0	45	1.12
2416933--2416970	17	2.2	17	86	9	51	63	2	7	26	1.35
2417978--2418016	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
2418111--2418185	36	2.2	33	88	11	109	41	8	5	45	1.56
2418415--2418456	20	2.1	20	86	0	57	42	0	0	57	0.99
2425390--2425429	2	20.0	2	100	0	80	0	50	0	50	1.00
2427071--2427112	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
2428415--2428441	13	2.1	13	100	0	54	40	0	0	59	0.98
2429072--2429109	2	19.0	2	100	0	76	0	50	0	50	1.00
2430483--2430604	62	2.0	62	98	0	235	31	21	16	30	1.95
2434565--2434598	14	2.5	14	90	4	52	52	0	5	41	1.25
2436128--2436186	18	3.0	19	80	16	59	45	0	0	54	0.99
2436149--2436196	15	3.6	14	78	15	57	41	0	0	58	0.98
2436149--2436208	6	10.5	6	75	13	56	38	0	0	61	0.96
2436129--2436208	17	4.6	16	73	17	61	40	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2436129--2436204	27	2.8	27	78	5	91	40	0	0	59	0.98
2437013--2437042	15	2.1	15	93	6	53	60	0	0	40	0.97
2437010--2437061	21	2.8	17	74	20	50	55	0	0	44	0.99
2437026--2437069	21	2.1	21	83	8	54	47	0	0	52	1.00
2437034--2437127	25	3.8	25	79	9	95	46	0	0	53	1.00
2437059--2437143	23	3.6	22	79	16	91	44	0	0	55	0.99
2437039--2437145	49	2.2	48	82	9	137	45	0	0	54	0.99
2437065--2437144	26	3.2	25	75	15	76	43	0	0	56	0.99
2442141--2442166	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
2444399--2444436	19	2.0	19	90	10	60	36	5	0	57	1.21
2445119--2445145	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2451346--2451416	34	2.1	34	91	0	115	40	11	11	36	1.77
2454973--2455008	3	12.0	3	100	0	72	0	33	0	66	0.92
2456505--2456548	23	2.0	23	86	4	63	70	2	6	20	1.21
2461762--2461792	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
2465263--2465296	4	8.5	4	100	0	68	23	0	0	76	0.79
2465452--2465495	17	2.6	17	75	13	54	61	0	0	38	0.96
2466858--2466889	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
2467270--2467340	22	3.4	21	71	7	56	49	0	1	49	1.09
2467285--2467334	13	3.6	14	81	13	59	48	0	0	52	1.00
2468177--2468235	29	2.0	29	86	0	82	54	5	1	38	1.33
2469130--2469183	13	4.4	12	77	11	56	59	0	0	40	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2470975--2471041	22	3.1	21	71	25	50	56	5	0	37	1.24
2473380--2473416	16	2.2	17	86	13	51	40	0	0	59	0.97
2473582--2473655	26	2.7	27	69	19	64	58	5	0	36	1.21
2475343--2475380	19	2.0	19	94	0	67	26	13	15	44	1.83
2477243--2477360	59	2.0	59	96	0	218	40	11	14	33	1.82
2480871--2480900	15	1.9	15	93	6	51	76	20	3	0	0.92
2482066--2482152	32	2.8	32	79	8	83	48	0	0	51	1.00
2482311--2482382	22	3.2	22	78	9	74	55	0	4	40	1.19
2482274--2482348	30	2.6	30	75	12	75	53	0	4	42	1.19
2485856--2485917	16	3.6	16	73	21	54	61	0	0	38	0.96
2485852--2485908	18	3.1	18	78	12	71	59	0	0	40	0.97
2485853--2485930	39	2.1	37	88	7	113	60	0	0	39	0.97
2485893--2485952	25	2.3	26	80	11	70	60	1	0	38	1.07
2490260--2490296	11	3.3	11	85	7	56	51	0	0	48	1.00
2490260--2490304	12	3.8	12	85	2	56	51	0	0	48	1.00
2490258--2490324	23	3.0	23	77	12	68	58	0	0	41	0.98
2492291--2492355	16	3.9	16	74	11	60	20	12	21	46	1.83
2493217--2493257	16	2.6	16	84	0	64	29	17	12	41	1.85
2495006--2495030	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
2495548--2495584	17	2.1	17	90	5	56	35	0	0	64	0.94
2499434--2499471	2	19.0	2	100	0	76	0	50	0	50	1.00
2500837--2500889	27	1.9	27	85	11	72	15	7	0	77	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2502785--2502820	12	3.1	12	88	8	56	44	0	0	55	0.99
2503695--2503743	13	3.7	14	76	15	50	24	2	2	71	1.07
2506031--2506157	30	4.2	30	80	0	110	12	59	8	19	1.59
2506091--2506145	15	3.7	15	77	0	56	10	60	9	20	1.57
2507606--2507648	14	3.0	14	80	12	52	46	0	0	53	1.00
2508930--2508964	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
2515632--2515659	10	2.8	10	100	0	56	35	0	0	64	0.94
2515816--2515852	14	2.8	13	92	8	58	51	0	0	48	1.00
2516501--2516546	17	2.7	18	83	10	60	47	0	0	52	1.00
2516476--2516580	48	2.3	46	75	12	108	47	0	0	52	1.00
2516534--2516573	14	2.9	14	88	3	64	57	0	0	42	0.98
2516465--2516595	15	8.7	15	71	14	76	44	0	0	55	0.99
2519188--2519241	21	2.5	21	71	28	51	35	0	1	62	1.06
2519604--2519671	23	2.9	23	70	16	59	42	0	1	55	1.08
2519645--2519694	26	2.0	25	81	18	59	50	0	0	50	1.00
2520228--2520257	15	2.0	15	93	0	51	56	0	0	43	0.99
2534007--2534044	3	13.0	3	88	5	60	28	0	0	71	0.87
2534006--2534040	17	2.1	17	94	0	61	25	0	0	74	0.82
2535550--2535588	20	2.0	20	85	10	53	48	0	0	51	1.00
2535630--2535673	19	2.4	19	92	7	74	31	0	0	68	0.90
2535633--2535689	11	4.9	12	76	21	59	29	0	0	70	0.88
2535632--2535689	17	3.3	17	77	20	57	29	0	0	70	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2535638--2535695	24	2.6	23	80	17	61	29	1	0	68	0.99
2535642--2535695	26	2.2	24	83	12	65	31	1	0	66	1.02
2536625--2536656	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2537350--2537392	19	2.5	17	82	17	61	55	4	27	11	1.55
2537356--2537393	19	2.0	19	100	0	76	52	5	26	15	1.64
2544660--2544700	20	2.0	20	86	9	57	36	0	0	63	0.95
2545334--2545404	37	1.9	37	94	0	124	25	14	22	38	1.92
2546474--2546509	14	2.7	14	91	8	58	63	0	0	36	0.94
2549296--2549336	2	20.5	2	100	0	82	48	0	51	0	1.00
2549517--2549583	22	2.9	23	76	13	75	58	0	0	41	0.98
2549548--2549616	36	1.9	35	82	8	86	56	2	0	40	1.14
2550109--2550138	3	10.3	3	92	7	53	63	0	0	36	0.95
2550328--2550365	19	2.0	19	89	0	58	52	0	0	47	1.00
2550329--2550370	19	2.2	19	86	4	57	45	0	2	52	1.13
2552977--2553066	29	3.1	29	73	10	87	43	1	1	54	1.14
2553186--2553254	28	2.6	27	80	11	81	52	0	0	47	1.00
2553563--2553610	18	2.7	18	76	0	51	52	0	2	45	1.12
2553633--2553676	17	2.5	17	82	10	54	43	0	0	56	0.99
2554035--2554079	21	2.0	23	83	12	58	51	4	0	44	1.21
2554376--2554461	30	2.9	30	82	0	91	55	3	2	38	1.29
2556112--2556179	13	5.4	12	70	19	50	73	0	0	26	0.83
2556592--2556637	16	2.6	19	87	12	64	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2557161--2557198	19	2.0	19	90	10	60	47	0	0	52	1.00
2558577--2558605	4	7.5	4	92	7	51	48	0	0	51	1.00
2558577--2558605	11	2.5	12	94	5	51	48	0	0	51	1.00
2571339--2571398	27	2.2	28	84	3	77	56	0	5	38	1.21
2575240--2575318	33	2.4	32	72	15	81	54	0	3	41	1.18
2576566--2576622	25	2.2	26	84	9	73	47	1	1	49	1.22
2579219--2579270	2	26.0	2	84	0	68	46	3	3	46	1.39
2579520--2579558	20	2.0	20	85	10	53	56	0	0	43	0.99
2581039--2581077	21	1.9	20	84	5	51	33	17	10	38	1.84
2582593--2582656	28	2.5	26	80	14	78	53	14	7	25	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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