genome.fa.s106.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold106
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4928209

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
608261--608348	34	2.6	31	81	15	88	31	1	1	65	1.07
612195--612229	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
612963--612998	16	2.2	16	90	0	54	44	5	0	50	1.25
617004--617051	23	2.1	23	96	0	87	31	18	14	35	1.91
617634--617694	26	2.3	26	80	5	70	42	6	3	47	1.45
622480--622574	31	3.1	31	90	4	138	25	9	20	45	1.81
622514--622591	31	2.5	31	85	4	77	28	10	16	44	1.80
629996--630080	42	2.0	42	97	0	161	40	14	18	27	1.89
631430--631464	2	17.5	2	100	0	70	0	48	0	51	1.00
631676--631706	2	15.5	2	100	0	62	0	51	0	48	1.00
632217--632248	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
633238--633266	15	1.9	15	100	0	58	55	17	0	27	1.42
633520--633547	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
634114--634149	19	1.9	19	88	5	56	69	22	2	5	1.22
648555--648618	32	2.0	32	96	0	119	35	0	3	60	1.12
648863--648900	3	12.7	3	94	0	67	31	2	0	65	1.06
649388--649419	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
649902--649950	25	1.9	25	84	12	64	51	0	0	48	1.00
650079--650157	16	5.2	16	67	18	53	51	0	0	48	1.00
650082--650173	27	3.0	32	75	21	106	54	1	1	43	1.14
650460--650510	25	2.0	25	92	0	84	43	13	7	35	1.73
656154--656194	4	11.2	4	80	19	54	51	21	0	26	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
656150--656200	14	3.6	14	83	0	66	50	19	0	29	1.48
656145--656206	10	6.4	10	85	7	74	50	16	0	33	1.45
656720--656754	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
657482--657511	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
659516--659556	10	4.0	10	85	14	57	0	12	0	87	0.53
659987--660044	29	2.0	30	89	3	91	55	0	0	44	0.99
660765--660806	3	14.0	3	94	0	75	2	33	0	64	1.07
666415--666459	23	1.9	23	82	13	56	24	0	8	66	1.20
672260--672310	22	2.3	23	83	10	70	49	1	0	49	1.12
672274--672315	22	1.9	22	90	0	66	54	2	0	42	1.13
672702--672728	5	5.4	5	100	0	54	22	59	0	18	1.38
673505--673535	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
674896--674930	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
676427--676497	27	2.6	27	82	6	81	46	22	5	25	1.73
678382--678427	21	2.1	22	84	4	58	19	30	19	30	1.97
681006--681071	27	2.4	28	77	12	73	50	9	4	36	1.55
683429--683457	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
686441--686481	3	13.7	3	100	0	82	65	0	0	34	0.93
687818--687849	14	2.2	15	94	5	57	59	0	3	37	1.13
692534--692577	15	2.8	16	77	22	56	54	0	0	45	0.99
692590--692622	13	2.4	14	85	10	50	69	0	0	30	0.88
692904--692938	18	1.9	18	88	0	52	42	0	2	54	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
693321--693355	19	1.9	17	88	11	52	28	0	2	68	1.04
693408--693440	17	1.9	17	93	0	57	33	0	0	66	0.92
698885--698931	11	4.2	11	78	13	51	70	0	2	27	0.99
699140--699178	19	2.0	20	85	5	53	43	0	0	56	0.99
699180--699234	23	2.3	23	84	9	76	50	0	0	49	1.00
699180--699230	24	2.2	24	86	10	70	50	0	0	49	1.00
699194--699251	20	2.9	19	77	7	53	56	0	0	43	0.99
699499--699567	28	2.4	29	83	9	97	47	0	0	52	1.00
699509--699574	34	2.0	34	82	14	84	45	0	0	54	0.99
701537--701577	20	2.0	22	90	9	68	56	0	0	43	0.99
702614--702688	28	2.5	29	77	16	82	38	0	1	60	1.06
702655--702693	20	2.1	19	85	9	53	43	0	0	56	0.99
702866--702893	8	3.5	8	100	0	56	89	0	0	10	0.49
702865--702932	16	4.3	15	76	9	55	75	0	0	25	0.81
703417--703447	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
708001--708042	21	2.0	21	85	0	57	26	30	0	42	1.55
708010--708055	21	2.2	21	84	0	56	28	26	0	45	1.54
713193--713231	15	2.6	15	91	0	60	23	51	10	15	1.73
713335--713394	27	2.2	28	84	3	79	26	40	1	31	1.66
713517--713577	29	2.1	29	96	0	113	29	3	8	59	1.43
713683--714047	72	5.1	72	88	2	536	29	6	19	43	1.76
713869--713985	33	3.4	33	67	21	85	32	5	17	45	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
716749--716930	50	3.6	51	86	5	260	31	25	10	32	1.89
716917--716989	27	2.7	27	86	2	92	23	32	21	21	1.98
716945--717147	79	2.6	79	89	3	293	26	27	16	29	1.97
716867--717068	107	1.9	107	85	4	282	27	28	14	29	1.96
717026--717254	107	2.1	107	84	3	300	27	26	15	31	1.96
717101--717175	28	2.7	28	83	4	98	22	29	20	28	1.98
716908--717254	186	1.9	185	86	4	502	27	26	15	30	1.96
717133--717293	79	2.0	79	91	2	261	29	24	13	33	1.93
729935--729976	22	1.9	22	90	0	66	64	0	2	33	1.07
729933--729974	11	3.8	11	78	12	50	64	0	2	33	1.07
730451--730530	33	2.4	33	87	0	115	16	22	28	32	1.95
733923--734131	79	2.7	79	84	0	258	22	20	33	23	1.97
733990--734182	79	2.4	78	83	6	230	21	19	35	23	1.96
740686--740755	33	2.1	33	91	0	113	10	31	31	27	1.89
742102--742126	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
742152--742176	13	1.9	13	100	0	50	64	0	24	12	1.27
751607--751644	20	1.9	20	88	0	58	31	5	21	42	1.75
751615--751699	20	4.2	20	72	0	71	29	8	25	36	1.85
751626--751703	40	2.0	40	87	5	113	30	7	26	34	1.85
756104--756189	43	2.0	43	100	0	172	27	18	25	27	1.98
761582--761621	21	2.0	20	85	5	53	57	7	15	20	1.61
761701--761749	25	2.0	24	88	4	71	65	8	6	20	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
764321--764379	22	2.8	21	73	14	57	25	11	13	49	1.76
764481--764532	22	2.4	22	90	6	79	32	7	9	50	1.64
764732--764824	22	4.3	22	75	1	80	36	7	10	45	1.68
764927--765021	21	4.5	21	75	10	95	25	6	20	48	1.72
764927--765018	43	2.2	43	82	9	109	25	6	19	48	1.72
765779--765818	17	2.4	17	83	4	55	32	5	10	52	1.56
765795--765876	22	3.7	22	74	6	67	32	7	13	46	1.71
766595--766639	21	2.2	20	84	11	56	51	20	8	20	1.73
766804--766954	63	2.4	61	76	13	155	45	15	13	25	1.83
767528--767597	25	2.8	24	81	14	72	54	10	1	34	1.43
767641--767709	23	3.2	23	78	11	67	40	26	10	23	1.86
767641--767709	21	3.2	21	76	11	68	40	26	10	23	1.86
778056--778099	2	22.0	2	85	0	61	43	0	4	52	1.22
780801--780850	25	2.0	25	100	0	100	40	8	12	40	1.72
785406--785449	18	2.4	19	80	3	54	36	2	0	61	1.09
786879--786908	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
793688--793738	2	26.5	2	80	7	52	47	1	1	49	1.24
798568--799555	166	6.0	166	84	8	1343	31	5	9	53	1.57
798805--798853	21	2.4	20	83	6	62	44	0	4	51	1.20
798817--798855	16	2.4	16	91	0	60	48	0	5	46	1.24
799975--800057	28	2.8	27	72	22	69	48	2	1	48	1.22
801212--801236	13	1.9	13	100	0	50	24	0	0	76	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
801649--801725	36	2.1	36	81	13	88	55	3	0	40	1.18
805566--805592	14	1.9	14	100	0	54	62	0	0	37	0.95
805663--805705	18	2.4	17	88	11	59	72	2	0	25	0.97
805663--805705	17	2.5	16	82	14	50	72	2	0	25	0.97
805682--805707	13	2.0	13	100	0	52	69	0	0	30	0.89
806755--806811	28	2.1	28	87	9	82	66	0	0	33	0.92
806833--806912	28	2.8	30	79	12	87	57	2	0	40	1.12
806867--806912	22	2.1	22	83	0	56	58	2	0	39	1.10
807210--807244	14	2.5	14	95	0	61	42	11	0	45	1.40
807310--807366	25	2.3	26	82	14	75	63	1	1	33	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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