genome.fa.s106.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold106
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4928209

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127839--127883	22	2.0	22	91	0	72	77	2	0	20	0.87
128257--128315	17	3.5	17	73	11	59	27	0	0	72	0.84
128378--128427	18	2.8	17	79	11	55	48	0	0	52	1.00
128409--128473	32	2.0	32	82	11	80	46	0	3	50	1.17
129041--129072	16	1.9	17	93	6	57	71	0	0	28	0.86
130674--130710	19	2.0	20	89	10	60	21	16	16	45	1.84
131213--131243	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
131948--131972	13	1.9	13	100	0	50	48	0	20	32	1.50
136667--136703	19	2.0	20	89	10	60	21	13	13	51	1.75
138041--138065	9	2.8	9	100	0	50	0	0	16	84	0.63
139459--139486	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
141763--141980	29	7.5	28	69	22	114	42	1	1	54	1.19
141808--141976	25	6.3	25	70	20	117	43	1	1	53	1.21
141806--141911	50	2.1	52	84	12	139	45	0	0	53	1.06
141932--142007	38	2.0	38	84	5	100	44	3	0	51	1.20
141949--142055	38	2.9	37	75	9	101	43	1	0	54	1.11
142461--142503	22	2.0	22	100	0	86	53	4	4	37	1.43
144660--144712	20	2.7	20	85	14	74	64	0	0	35	0.94
144693--144832	39	3.3	42	67	19	94	60	0	0	39	0.97
144775--144860	29	2.9	29	84	8	95	58	0	1	40	1.06
145157--145201	16	2.8	16	80	10	56	60	0	0	40	0.97
145158--145197	15	2.6	16	88	4	55	62	0	0	37	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
145925--146011	40	2.2	40	93	0	147	37	9	20	32	1.84
151127--151181	13	3.9	15	77	13	55	47	0	1	50	1.11
151283--151333	26	2.0	25	82	17	61	70	11	3	13	1.29
151560--151616	24	2.4	24	81	0	69	59	3	7	29	1.40
151735--151769	16	2.2	15	90	10	52	42	2	0	54	1.15
151743--151799	20	3.3	16	76	21	53	50	0	0	49	1.00
151757--151798	20	2.1	20	100	0	84	54	0	0	45	0.99
152363--152402	12	3.3	12	85	0	53	0	40	10	50	1.36
156943--157171	124	1.8	124	85	5	320	45	3	3	46	1.38
157106--157132	14	1.9	14	100	0	54	55	0	0	44	0.99
157568--157624	19	2.9	19	77	12	62	26	1	10	61	1.38
158919--158962	20	2.2	20	83	4	52	54	15	4	25	1.60
161130--161175	24	1.9	24	90	0	74	45	26	6	21	1.76
161140--161254	56	2.2	54	79	17	134	49	22	7	20	1.74
161172--161262	28	3.2	28	90	3	148	52	20	8	17	1.71
165889--165956	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
165910--165934	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
165891--165953	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
165996--166021	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
165976--166042	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
166029--166105	31	2.5	31	97	0	145	32	14	15	37	1.88
168409--168539	51	2.5	53	81	8	169	31	25	10	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168406--168551	51	2.9	49	80	10	143	30	26	10	32	1.90
168554--168724	52	3.3	51	76	11	168	29	24	12	33	1.92
168707--168783	28	2.8	28	88	7	104	24	33	18	23	1.96
168414--168752	185	1.8	184	87	6	508	29	25	12	32	1.92
170032--170091	24	2.5	24	86	2	77	46	20	5	28	1.71
170046--170091	24	1.9	24	95	0	83	45	26	6	21	1.76
170088--170148	28	2.2	28	88	5	88	55	14	4	24	1.59
172521--172585	24	2.8	24	73	17	64	50	0	0	49	1.00
172763--172810	22	2.2	21	78	10	53	56	0	0	43	0.99
172738--172838	19	5.5	19	70	10	59	55	0	0	43	1.06
176499--176538	20	2.0	20	90	9	64	50	2	0	47	1.14
177368--177406	19	2.1	19	85	9	53	58	2	0	38	1.12
183819--184399	288	2.0	287	85	3	783	22	10	20	45	1.82
184442--184528	31	2.8	30	79	17	90	39	0	2	58	1.11
184468--184518	16	3.5	14	77	15	50	35	0	1	62	1.06
185054--185109	29	1.9	29	82	7	69	55	3	0	41	1.17
185243--185309	16	4.4	15	79	7	64	37	4	2	55	1.36
185679--185729	13	3.6	14	79	10	68	37	0	0	62	0.95
186957--186982	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
187696--187738	18	2.3	19	88	4	61	41	0	6	51	1.29
187868--187929	23	2.8	22	77	15	65	64	0	1	33	1.03
187868--187929	21	2.8	22	77	20	67	64	0	1	33	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187908--187946	18	2.1	18	85	4	51	56	0	0	43	0.99
187912--187946	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
190402--190511	45	2.5	45	82	10	120	43	1	0	54	1.10
190601--190665	31	2.1	31	83	8	80	55	1	3	40	1.25
193791--193837	20	2.4	20	89	3	69	34	19	14	31	1.92
196400--196509	50	2.2	50	86	1	157	35	12	11	40	1.80
198568--198606	11	3.2	12	85	10	53	41	12	0	46	1.42
202705--202729	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
203736--203774	16	2.4	17	91	8	71	15	28	5	51	1.64
203740--203775	16	2.2	16	100	0	72	16	22	8	52	1.70
207061--207085	13	1.9	13	100	0	50	52	0	8	40	1.31
208595--208636	17	2.5	17	96	0	75	23	38	14	23	1.92
208912--208957	24	2.0	23	86	4	65	43	0	2	54	1.12
210058--210117	23	2.8	22	78	12	70	48	1	0	50	1.11
213593--213631	14	2.8	14	77	14	53	61	0	0	38	0.96
215610--215699	43	2.1	43	100	0	180	26	37	6	28	1.82
219714--219751	2	19.0	2	100	0	76	50	0	50	0	1.00
220813--220878	9	7.9	9	74	19	54	36	0	3	60	1.12
220823--220878	17	3.4	16	73	26	55	35	0	1	62	1.06
221311--221335	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
221286--221343	30	1.9	30	82	6	73	55	0	5	39	1.22
221381--221424	19	2.4	19	88	7	65	40	0	0	59	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
221391--221423	10	3.4	10	87	8	50	36	0	0	63	0.95
221381--221424	9	4.9	9	81	10	54	40	0	0	59	0.98
225600--225655	19	2.9	19	76	7	51	55	0	0	44	0.99
226462--226520	23	2.5	24	75	5	59	52	0	1	45	1.10
228788--228830	2	21.5	2	95	0	77	51	0	48	0	1.00
237547--237607	22	2.7	24	82	10	74	40	0	0	59	0.98
238424--238448	2	12.5	2	100	0	50	48	0	52	0	1.00
240125--240163	13	2.9	13	88	3	51	25	0	0	74	0.82
240772--240812	17	2.4	17	87	0	55	56	2	0	41	1.13
242757--242794	18	2.1	18	100	0	76	15	10	44	28	1.80
243125--243178	25	2.1	25	86	10	74	35	1	1	61	1.18
247845--247897	5	10.4	5	79	2	52	0	22	7	69	1.13
249467--249533	27	2.4	28	75	2	73	49	0	0	50	1.00
253832--253870	2	19.5	2	83	0	51	43	0	7	48	1.31
256267--256329	21	3.0	21	78	15	67	46	0	0	53	1.00
256261--256321	21	2.9	21	81	13	72	50	0	0	49	1.00
257691--257724	13	2.6	13	90	0	50	2	0	11	85	0.71
261847--261923	18	4.2	17	73	12	55	57	2	1	38	1.21
261879--261936	18	3.1	18	78	9	53	60	0	1	37	1.07
261803--261977	71	2.5	70	79	11	169	54	1	0	42	1.14
261913--261987	27	2.8	26	78	13	73	52	1	0	46	1.09
262482--262520	20	2.0	19	85	5	51	46	7	5	41	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
262938--263013	16	4.4	16	71	18	55	55	0	1	43	1.08
263520--263583	28	2.4	25	78	16	83	59	3	0	37	1.13
263997--264050	13	4.0	14	69	16	51	53	0	0	46	1.00
264942--264998	20	2.8	20	86	7	71	45	0	0	54	0.99
264965--265070	11	10.3	10	70	27	64	37	2	0	58	1.19
264989--265064	39	2.0	38	87	7	109	35	3	1	59	1.24
264987--265049	13	4.8	13	70	18	51	34	4	0	60	1.18
264988--265049	27	2.3	27	86	8	81	33	4	0	61	1.17
265208--265252	24	1.9	23	86	4	63	44	0	2	53	1.13
265316--265400	27	3.2	26	72	12	66	44	3	2	49	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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