genome.fa.s106.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold106
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4928209

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2733042--2733106	14	4.8	14	72	18	57	41	0	1	56	1.08
2733051--2733102	18	2.9	18	75	16	54	40	0	0	59	0.97
2733255--2733326	28	2.6	28	76	4	67	56	1	1	40	1.16
2733504--2733538	18	2.0	18	94	5	54	57	0	0	42	0.99
2733499--2733583	33	2.6	34	77	22	103	57	0	0	42	0.98
2733499--2733583	15	5.5	15	78	21	95	57	0	0	42	0.98
2733549--2733591	19	2.3	19	88	4	61	48	2	2	46	1.27
2734016--2734065	20	2.6	19	87	3	64	46	0	0	54	1.00
2734147--2734171	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2746100--2746176	37	2.1	37	87	0	109	28	25	10	35	1.89
2747264--2747305	14	3.0	14	96	0	75	78	0	19	2	0.86
2754044--2754088	13	3.4	14	81	9	51	48	6	31	13	1.68
2754173--2754246	27	2.8	27	85	2	96	48	16	10	24	1.77
2758691--2758785	27	3.6	26	80	6	77	51	17	2	28	1.57
2758706--2758786	27	3.0	27	81	1	90	53	17	1	28	1.52
2759326--2759354	12	2.3	13	94	5	51	24	27	17	31	1.97
2762000--2762028	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
2762134--2762215	38	2.2	37	80	12	87	51	1	1	46	1.16
2762750--2762785	17	2.1	17	89	0	54	58	2	0	38	1.13
2762920--2762964	21	2.2	19	88	11	63	60	0	0	40	0.97
2763552--2763606	25	2.2	26	86	3	76	58	0	0	41	0.98
2763771--2763813	20	2.2	20	86	0	59	30	4	2	62	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2769589--2769627	20	2.0	20	100	0	78	43	5	15	35	1.69
2774864--2774902	21	1.9	21	89	5	62	51	7	0	41	1.31
2784130--2784179	3	16.7	3	100	0	100	66	0	0	34	0.92
2784178--2784206	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
2785316--2785370	2	27.5	2	100	0	110	50	0	0	49	1.00
2785425--2785452	4	7.0	4	100	0	56	0	50	0	50	1.00
2786201--2786228	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2787324--2787356	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2787354--2787441	4	21.5	4	81	4	68	50	20	2	27	1.60
2787340--2787416	34	2.3	34	79	0	82	50	19	1	28	1.55
2787330--2787441	16	6.9	16	77	4	89	50	16	1	32	1.55
2793361--2793403	20	2.2	20	86	0	59	34	4	48	11	1.60
2793485--2793550	27	2.4	27	85	7	80	46	21	6	25	1.74
2795431--2795476	21	2.1	22	84	4	58	19	30	19	30	1.97
2797931--2797968	20	1.9	20	88	0	58	39	5	42	13	1.66
2797930--2797975	20	2.3	20	80	0	56	36	4	47	10	1.58
2798057--2798122	27	2.4	28	92	2	107	48	22	6	22	1.72
2799085--2799129	20	2.3	21	81	14	60	31	2	0	66	1.04
2799320--2799359	21	2.0	20	85	9	55	62	0	0	37	0.95
2801308--2801390	41	2.0	41	88	0	121	43	20	7	28	1.78
2802931--2802995	29	2.2	28	83	5	76	55	6	9	29	1.56
2803459--2803485	7	3.9	7	100	0	54	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2806563--2806634	20	3.4	20	72	20	65	62	2	0	34	1.10
2806550--2806634	21	4.0	21	71	18	68	60	2	0	37	1.10
2806692--2806784	34	2.8	34	84	9	104	54	1	0	44	1.07
2806956--2807046	38	2.4	38	77	22	109	58	2	1	38	1.18
2807299--2807361	33	1.9	33	96	0	117	31	17	26	23	1.97
2811883--2811917	3	11.7	3	87	0	52	0	2	37	60	1.12
2815753--2815786	15	2.3	15	89	0	50	85	0	2	11	0.71
2816806--2816843	17	2.2	17	95	0	67	47	0	5	47	1.24
2822516--2822564	25	2.0	25	84	15	66	53	2	0	44	1.12
2823184--2823240	26	2.2	25	84	15	71	52	0	0	47	1.00
2823215--2823257	14	3.0	14	79	3	50	55	2	0	41	1.12
2823194--2823257	29	2.3	27	84	13	76	56	1	0	42	1.09
2824510--2824544	15	2.4	14	90	4	52	42	5	0	51	1.25
2830036--2830077	20	2.0	20	86	9	57	71	0	26	2	0.98
2830143--2830202	29	2.1	29	83	0	75	43	1	0	55	1.10
2830200--2830259	12	5.2	11	78	9	50	23	0	1	75	0.90
2830214--2830262	12	4.2	12	80	15	57	28	0	2	69	1.00
2830211--2830262	23	2.3	22	86	6	68	26	0	1	71	0.97
2830211--2830260	11	4.4	11	79	18	57	26	0	2	72	0.96
2831115--2831156	21	2.0	21	90	0	66	42	0	0	57	0.99
2831289--2831347	28	2.1	29	84	9	77	59	0	0	40	0.97
2833425--2833457	2	16.5	2	100	0	66	0	48	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2835148--2835199	12	4.3	12	75	15	54	40	0	0	59	0.97
2835137--2835210	34	2.2	34	81	16	91	43	0	0	56	0.99
2835153--2835227	25	3.1	25	72	14	68	45	0	0	54	0.99
2836327--2836480	5	32.0	5	66	19	69	58	0	0	40	1.03
2836266--2836347	2	43.0	2	71	18	59	46	1	3	48	1.27
2836359--2836419	23	2.7	24	77	10	65	52	0	0	47	1.00
2836363--2836453	30	3.1	30	74	15	82	56	0	0	43	0.99
2838156--2838190	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2838190--2838231	2	21.0	2	100	0	84	50	0	50	0	1.00
2841811--2841845	18	1.9	18	88	0	52	25	22	22	28	1.99
2843586--2843625	21	1.9	21	85	10	55	37	2	7	52	1.43
2844576--2844613	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2845654--2845696	7	5.9	7	80	20	52	86	0	4	9	0.71
2845654--2845697	8	5.8	8	81	10	56	86	0	4	9	0.70
2845654--2845698	15	3.1	14	84	9	63	86	0	4	8	0.69
2845654--2845696	22	2.0	22	90	0	68	86	0	4	9	0.71
2845854--2845904	23	2.2	24	80	16	63	58	1	0	39	1.09
2853240--2853311	22	3.1	22	76	8	63	55	0	0	44	0.99
2854123--2854179	23	2.4	24	85	5	80	49	0	0	50	1.00
2856452--2856477	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
2856596--2856622	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
2857560--2857671	47	2.5	44	84	9	131	44	3	5	46	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2860994--2861056	18	3.4	19	79	12	60	39	0	0	60	0.97
2861031--2861089	19	3.2	19	74	11	59	35	0	1	62	1.05
2861347--2861395	5	10.2	5	82	8	50	42	0	0	57	0.99
2869190--2869214	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2876797--2876852	16	3.5	16	90	0	58	32	23	19	25	1.98
2876813--2876855	16	2.7	16	96	0	77	27	23	18	30	1.98
2887360--2887759	200	2.0	200	98	0	764	39	21	12	26	1.89
2891126--2891159	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
2891337--2891389	20	2.6	20	77	14	63	56	0	0	43	0.99
2900429--2900454	13	2.0	13	100	0	52	23	23	7	46	1.78
2901495--2901535	20	2.0	21	86	9	59	43	12	9	34	1.75
2904134--2904185	16	3.2	16	78	13	61	67	0	1	30	1.02
2904146--2904223	41	1.9	39	87	5	111	65	0	1	33	1.01
2904164--2904215	23	2.1	25	86	10	72	67	0	0	32	0.91
2904163--2904230	31	2.2	32	87	12	106	64	0	0	35	0.94
2904471--2904517	24	2.0	24	84	16	62	46	0	2	51	1.13
2904689--2904779	29	3.0	29	76	20	89	52	0	0	47	1.00
2906235--2906259	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2906432--2906466	18	1.9	18	88	11	54	74	0	2	22	0.95
2906429--2906466	10	3.8	10	83	10	51	73	0	2	23	0.95
2909365--2909389	12	2.1	12	100	0	50	0	8	0	92	0.40
2909862--2909928	30	2.2	31	94	5	127	40	5	0	53	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2910413--2910466	22	2.4	24	76	20	62	38	0	0	61	0.96
2910418--2910524	21	5.2	21	74	18	84	45	0	0	53	1.06
2913035--2913097	29	2.1	29	82	11	74	49	0	0	50	1.00
2913919--2913961	15	2.9	14	83	10	50	58	0	0	41	0.98
2914141--2914174	14	2.5	14	90	4	52	41	0	0	58	0.98
2914352--2914432	22	3.6	21	73	16	63	53	2	1	43	1.22
2916676--2916725	11	4.7	11	80	7	59	70	0	2	28	0.99
2919532--2919593	20	3.1	20	77	6	63	59	0	0	40	0.97
2920787--2920839	17	3.1	17	75	5	54	66	0	0	33	0.92
2923238--2923299	14	4.3	14	76	8	52	51	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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