genome.fa.s106.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold106
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4928209

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
807640--807680	15	2.9	14	82	10	57	73	0	2	24	0.96
807639--807686	15	3.4	14	77	13	53	68	0	6	25	1.12
809528--809552	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
812042--812075	14	2.3	15	90	5	52	50	8	0	41	1.34
812157--812197	14	2.8	15	89	10	59	43	0	2	53	1.13
812339--812403	20	3.1	21	78	10	62	64	0	0	35	0.94
812339--812403	21	3.1	22	76	14	66	64	0	0	35	0.94
814573--814597	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
817143--817210	16	4.2	16	70	26	54	42	0	1	55	1.08
817118--817210	47	2.0	47	85	12	129	41	0	1	56	1.06
818970--819013	20	2.2	20	84	8	54	38	2	0	59	1.10
819002--819046	19	2.2	20	84	7	56	40	2	0	57	1.11
819041--819075	16	2.2	16	90	5	54	31	5	0	62	1.18
819085--819123	20	1.9	21	89	5	62	46	2	0	51	1.14
819072--819128	20	2.8	19	82	10	60	42	3	0	54	1.17
819628--819667	14	2.8	15	85	7	57	55	0	0	45	0.99
820839--820863	12	2.1	12	100	0	50	52	0	0	48	1.00
820914--820939	5	5.2	5	100	0	52	61	0	0	38	0.96
821471--821610	6	22.0	6	74	13	61	38	1	1	58	1.16
821547--821588	11	3.8	11	81	9	50	30	0	0	69	0.89
822628--822712	30	3.0	28	75	18	88	57	0	0	42	0.98
822612--822689	30	2.5	31	80	15	90	57	0	0	42	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
824010--824035	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
824580--824647	31	2.1	33	83	5	86	58	1	4	35	1.27
824628--824661	18	2.0	17	88	11	52	58	0	0	41	0.98
826059--826234	95	1.9	94	80	13	211	54	1	0	43	1.11
826143--826209	21	3.0	22	68	14	57	52	0	0	47	1.00
827825--827875	20	2.6	20	81	3	59	39	0	1	58	1.09
827855--827912	22	2.5	22	76	15	55	50	0	0	50	1.00
827876--827936	19	3.3	19	72	17	56	54	0	0	45	1.00
827893--827939	24	1.9	25	86	4	69	51	0	0	48	1.00
827926--827985	15	4.4	14	71	24	56	48	1	1	48	1.21
829382--829427	22	2.0	24	87	8	69	54	0	2	43	1.12
829490--829536	19	2.5	20	82	10	62	53	4	2	40	1.32
829729--829777	26	1.9	26	83	4	64	48	8	4	38	1.52
831620--831665	2	23.0	2	86	8	67	47	0	2	50	1.13
841951--842022	25	2.8	25	78	19	69	37	0	1	61	1.05
841959--842019	31	2.0	31	83	6	79	34	0	1	63	1.04
843189--843230	16	2.6	16	88	0	66	23	9	19	47	1.78
843317--843355	15	2.6	16	80	12	55	53	0	0	46	1.00
843662--843717	24	2.2	25	78	12	62	48	0	1	50	1.11
845761--845804	21	2.0	21	83	12	54	50	0	0	50	1.00
846853--846893	15	2.7	15	88	0	55	39	4	0	56	1.21
847270--847315	22	2.0	24	87	8	69	54	0	2	43	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
847378--847424	19	2.5	20	82	10	62	53	4	2	40	1.32
847617--847665	26	1.9	26	83	4	64	48	8	4	38	1.52
859851--859924	26	2.8	27	76	17	84	36	0	1	62	1.04
859923--860011	35	2.5	34	81	15	85	57	0	0	42	0.98
861122--861157	16	2.2	16	95	0	63	16	11	25	47	1.79
861129--861163	16	2.2	16	89	0	52	20	8	22	48	1.76
861251--861287	14	2.6	15	79	12	51	51	0	0	48	1.00
861640--861692	19	2.8	19	77	11	63	67	0	0	32	0.91
865488--865526	2	20.0	2	94	5	71	48	0	0	51	1.00
867350--867411	15	4.1	16	76	17	60	45	3	1	50	1.27
867354--867411	30	1.9	30	85	0	80	44	3	1	50	1.29
869683--869732	2	25.0	2	95	0	91	50	2	0	48	1.12
869687--869738	8	6.5	8	95	0	59	48	3	1	46	1.31
869803--869832	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
869615--869832	120	1.8	120	94	0	391	33	17	5	42	1.73
871742--871783	22	1.9	22	85	9	59	61	4	0	33	1.17
872625--872659	15	2.3	15	90	0	52	54	2	0	42	1.15
873089--873121	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
873120--873340	34	6.5	33	79	6	210	28	4	23	43	1.74
873120--873337	102	2.1	101	84	0	274	28	5	22	43	1.74
873120--873338	68	3.2	68	81	4	248	28	5	22	43	1.74
877752--877970	34	6.5	34	84	4	264	25	6	26	41	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
877752--877970	102	2.2	101	88	1	321	25	6	26	41	1.80
879320--879351	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
879909--879954	15	3.1	15	79	20	60	41	0	0	58	0.98
881838--881904	21	3.2	21	80	4	82	59	1	1	37	1.16
881981--882081	30	3.3	30	67	21	82	50	0	1	46	1.19
881975--882040	24	2.8	24	81	9	73	57	0	0	42	0.98
881975--882031	26	2.3	24	82	11	71	57	0	0	42	0.98
882753--882824	25	2.8	25	78	14	67	50	1	0	48	1.09
884105--884158	17	3.0	16	84	15	54	68	0	0	31	0.90
885000--885034	19	1.9	19	88	11	56	54	0	2	42	1.15
885793--885856	20	3.2	20	74	22	62	46	0	1	51	1.10
887151--887251	43	2.4	44	80	11	120	29	0	0	70	0.88
887141--887258	25	4.8	23	75	17	105	28	0	0	71	0.87
887141--887258	8	14.5	8	75	15	109	28	0	0	71	0.87
889306--889361	24	2.2	26	81	15	73	33	0	5	60	1.19
890369--890404	3	11.7	3	94	5	63	63	0	0	36	0.94
891729--891753	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
894206--894241	14	2.4	16	86	13	58	61	0	0	38	0.96
894203--894248	22	2.2	20	84	7	56	58	0	0	41	0.98
894374--894484	23	4.9	22	69	21	77	54	0	0	45	1.00
894374--894462	33	2.7	31	77	20	85	53	0	0	46	1.00
894394--894482	20	4.8	20	74	24	72	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
894389--894484	27	3.6	28	77	14	105	55	0	0	44	0.99
895138--895182	19	2.2	21	88	7	67	40	0	0	60	0.97
895138--895178	20	2.1	20	82	13	50	41	0	0	58	0.98
895154--895232	27	3.0	27	78	14	85	41	0	0	58	0.98
895695--895727	2	16.5	2	93	0	57	48	0	3	48	1.17
896264--896302	13	3.0	13	80	0	51	69	2	2	25	1.14
901234--901264	12	2.6	12	94	0	53	9	0	0	90	0.46
902090--902311	116	1.9	116	85	7	308	23	16	16	42	1.88
903278--903315	19	2.0	19	89	0	58	13	31	28	26	1.93
903404--903529	62	2.0	62	81	0	144	26	16	17	38	1.91
910551--910594	3	14.7	3	100	0	88	68	0	0	31	0.90
911557--911595	20	2.0	19	90	5	60	33	0	2	64	1.08
912163--912195	2	16.5	2	100	0	66	0	48	0	51	1.00
912293--912361	26	2.6	27	77	13	72	43	0	2	53	1.15
912444--912485	11	3.8	11	84	6	50	71	2	0	26	0.98
918290--918341	2	25.5	2	80	3	59	48	5	0	46	1.26
918586--918642	21	2.6	22	84	15	75	36	0	0	63	0.95
919125--919189	19	3.6	18	76	17	71	30	0	1	67	1.00
925737--925776	21	1.9	21	90	10	64	40	0	0	60	0.97
926453--926478	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
926686--926715	15	1.9	16	93	6	53	40	3	6	50	1.45
926731--926765	15	2.3	15	90	9	54	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
926862--926904	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
928569--928599	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
930631--931188	284	2.0	282	93	0	945	34	21	14	30	1.93
937047--937101	19	2.9	20	84	7	62	38	0	1	60	1.08
937058--937106	11	4.7	11	73	21	52	38	0	0	61	0.96
937047--937124	29	2.7	30	75	15	83	41	0	1	57	1.07
937077--937117	20	2.0	21	85	4	57	43	0	0	56	0.99
937070--937123	20	2.8	20	73	18	51	42	0	0	57	0.98
938275--938326	24	2.2	24	85	0	68	61	1	1	34	1.18
938325--938413	35	2.9	28	76	20	88	55	0	1	43	1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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