genome.fa.s109.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold109
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1855911

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

This is table  10  of  13  ( 1516 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1324042--1324098	17	3.3	17	69	13	53	56	0	0	43	0.99
1324022--1324182	74	2.2	72	73	13	161	56	0	2	40	1.17
1324052--1324108	17	3.3	17	75	17	55	56	0	0	43	0.99
1324058--1324108	25	2.0	25	81	7	59	54	0	0	45	0.99
1324159--1324207	17	2.8	17	81	3	53	71	0	2	26	0.97
1324157--1324213	26	2.3	24	82	11	71	75	0	1	22	0.90
1326705--1326776	36	2.1	36	92	5	121	44	6	9	38	1.64
1328162--1328229	23	3.0	22	77	14	68	57	0	2	39	1.14
1328155--1328206	21	2.7	20	85	11	72	61	0	1	36	1.07
1328168--1328235	22	3.1	23	83	6	79	54	0	2	42	1.15
1333644--1333675	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
1333894--1333968	37	2.2	33	83	9	87	42	1	0	56	1.08
1335359--1335393	2	17.5	2	93	0	61	51	2	0	45	1.16
1339995--1340050	21	2.6	21	94	2	94	25	21	14	39	1.91
1342549--1342599	20	2.5	21	83	3	59	33	9	19	37	1.85
1342648--1342722	20	3.3	20	71	28	69	26	10	13	49	1.74
1346051--1346076	13	2.0	13	100	0	52	23	7	23	46	1.78
1352012--1352053	22	1.9	22	85	9	59	35	2	2	59	1.23
1352171--1352260	27	3.2	26	78	13	81	61	2	4	32	1.28
1352211--1352283	30	2.6	27	82	12	76	60	0	1	38	1.06
1356137--1356369	59	3.9	59	94	0	385	16	14	32	36	1.89
1363408--1363489	28	2.9	28	80	7	96	26	17	31	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1363472--1363642	51	3.3	51	78	4	189	33	11	25	29	1.91
1366143--1366197	20	2.8	20	82	0	74	45	16	14	23	1.84
1366217--1366284	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
1366239--1366263	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1366220--1366282	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
1366320--1366397	21	3.8	21	96	3	149	30	10	19	39	1.85
1366320--1366401	41	2.0	40	97	2	155	31	9	19	39	1.84
1366973--1367658	55	12.3	55	89	4	993	20	20	30	28	1.98
1367019--1367108	26	3.3	26	66	19	67	20	18	33	27	1.96
1366998--1367658	111	5.9	110	91	3	1022	20	21	30	27	1.98
1368625--1368703	14	5.8	14	82	10	85	0	8	7	83	0.81
1378633--1378713	28	2.9	27	80	10	92	28	14	33	23	1.94
1378702--1378872	51	3.3	51	77	4	180	33	11	25	29	1.90
1381373--1381427	20	2.8	20	82	0	74	45	16	14	23	1.84
1381447--1381514	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
1381469--1381493	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1381450--1381512	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
1381550--1381607	21	2.7	22	84	7	84	32	13	15	37	1.87
1384720--1384848	52	2.5	52	90	0	213	27	19	17	34	1.95
1384720--1384868	52	2.9	52	87	2	183	29	18	18	33	1.95
1386635--1387430	79	10.1	79	78	5	671	34	12	23	29	1.91
1386635--1387430	158	5.0	155	80	4	756	34	12	23	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1386635--1387422	237	3.3	234	80	5	782	34	12	23	29	1.92
1389780--1389914	50	2.7	50	88	2	182	43	15	14	25	1.85
1395823--1395863	20	2.0	21	85	9	57	41	0	2	56	1.13
1395824--1395883	26	2.3	25	76	15	68	41	0	3	55	1.16
1396458--1396498	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
1398381--1398418	20	2.0	20	94	5	69	36	7	2	52	1.45
1398904--1398960	27	2.2	24	82	11	69	56	7	1	35	1.37
1401250--1401289	16	2.5	17	88	8	57	77	0	0	22	0.77
1408482--1408511	10	3.0	10	95	0	51	0	13	0	86	0.57
1408485--1408538	24	2.5	22	80	16	67	1	20	0	77	0.86
1408897--1408942	25	1.9	23	82	8	56	17	17	15	50	1.79
1409212--1409250	20	2.0	20	90	10	62	2	12	5	79	1.00
1409771--1410437	32	20.8	32	92	1	1106	17	18	33	31	1.94
1410423--1411021	109	5.5	108	90	2	885	29	14	33	22	1.94
1410423--1411021	27	21.9	27	89	2	876	29	14	33	22	1.94
1416001--1416026	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1415983--1416046	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
1418239--1418283	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
1420087--1420117	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
1422198--1422223	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1422344--1422389	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
1423998--1424047	22	2.3	22	100	0	100	36	4	16	44	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1424769--1424820	19	2.7	20	84	6	70	40	17	13	28	1.87
1428727--1428781	17	3.3	17	76	2	58	1	18	0	80	0.81
1428727--1428761	16	2.1	17	94	5	63	0	14	0	85	0.59
1430754--1430879	52	2.4	52	91	0	216	26	17	18	37	1.93
1430888--1430912	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
1431968--1431995	13	2.2	13	100	0	56	28	14	14	42	1.84
1432483--1432514	14	2.4	14	90	10	50	50	0	0	50	1.00
1433280--1433343	31	2.2	28	83	8	74	46	1	1	50	1.20
1433460--1433549	21	4.1	21	68	14	65	35	4	0	60	1.17
1434896--1435034	71	2.0	71	94	0	242	41	5	7	45	1.55
1441239--1441293	14	3.9	13	79	13	56	34	0	1	63	1.05
1441289--1441328	20	2.0	20	90	4	64	67	0	0	32	0.91
1441834--1441886	17	3.1	17	81	8	63	67	1	1	28	1.11
1442748--1442811	19	3.1	21	73	15	62	56	1	0	42	1.09
1443191--1443230	21	2.0	20	85	5	53	55	0	0	45	0.99
1448633--1448732	50	2.0	52	83	15	129	44	1	3	52	1.23
1449048--1449088	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
1454252--1454497	132	1.9	134	93	1	433	43	14	15	27	1.85
1456854--1456894	14	2.9	15	85	7	50	48	0	0	51	1.00
1456861--1456936	39	2.0	37	82	7	89	50	1	1	47	1.18
1457924--1458019	26	3.7	26	71	10	88	29	2	11	57	1.45
1467480--1467507	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1467551--1467621	32	2.2	32	92	0	115	35	15	12	36	1.86
1467559--1467619	19	3.6	18	72	25	60	34	14	13	37	1.85
1467680--1467718	21	1.9	20	94	5	69	35	12	15	35	1.86
1467934--1467967	14	2.4	14	95	0	59	35	5	2	55	1.39
1471786--1471883	38	2.5	39	77	9	101	39	17	10	32	1.83
1472914--1472954	18	2.2	20	86	8	59	46	0	0	53	1.00
1474724--1474762	18	2.2	18	90	0	60	69	0	15	15	1.20
1474930--1474971	15	2.8	15	82	7	50	47	0	0	52	1.00
1477171--1477269	30	3.2	30	68	13	92	26	40	14	19	1.89
1477154--1477292	63	2.2	63	98	0	269	24	38	15	20	1.92
1478041--1478070	6	5.0	6	95	0	51	16	30	33	20	1.94
1479880--1479905	13	2.0	13	100	0	52	76	7	7	7	1.15
1480265--1480314	26	1.9	26	88	8	75	12	20	0	68	1.21
1481307--1481360	23	2.5	21	80	14	58	38	1	1	57	1.20
1483109--1483140	17	2.0	17	88	11	50	34	0	0	65	0.93
1483103--1483152	21	2.2	23	86	10	68	36	2	0	62	1.07
1483251--1483275	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
1490947--1491016	35	2.0	36	88	8	108	50	5	0	44	1.26
1490990--1491022	17	1.9	17	93	0	57	60	0	0	39	0.97
1490994--1491026	15	2.2	15	89	10	50	57	0	0	42	0.98
1491408--1491473	19	3.4	19	81	8	71	57	1	3	37	1.23
1491406--1491473	5	13.8	5	74	13	61	57	1	2	38	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1491439--1491484	14	3.2	15	87	6	60	54	0	4	41	1.20
1494121--1494184	32	1.9	32	81	9	74	70	9	1	18	1.22
1495769--1495813	18	2.7	16	76	10	54	33	4	0	62	1.15
1497300--1497364	32	2.0	33	87	6	96	55	1	0	43	1.09
1505482--1505519	18	2.1	18	90	5	58	31	0	2	65	1.06
1505523--1505593	19	3.6	19	72	17	65	47	0	0	52	1.00
1505503--1505594	41	2.2	42	83	9	116	44	0	0	55	0.99
1505568--1505609	19	2.2	19	83	8	50	50	0	0	50	1.00
1505662--1505716	20	2.7	21	77	11	60	43	0	0	56	0.99
1505675--1505773	35	2.7	36	80	14	114	45	1	0	53	1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13