genome.fa.s109.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold109
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1855911

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

This is table  12  of  13  ( 1516 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1653124--1653165	18	2.3	19	91	4	68	38	0	0	61	0.96
1653120--1653198	30	2.7	29	86	11	108	41	1	0	56	1.07
1653768--1653810	20	2.0	23	86	13	65	46	0	0	53	1.00
1655949--1655994	20	2.3	20	85	3	58	56	4	2	36	1.31
1667248--1667292	20	2.2	20	84	11	65	48	13	0	37	1.42
1671723--1672582	429	2.0	430	94	2	1496	37	15	17	29	1.91
1672797--1672882	43	2.0	43	97	0	163	40	11	24	23	1.87
1673795--1673832	17	2.4	17	82	8	53	31	0	10	57	1.32
1674288--1674325	18	2.0	18	90	10	58	55	5	0	39	1.23
1675122--1675168	20	2.4	20	89	3	69	40	0	0	59	0.97
1675786--1675854	22	3.2	22	72	15	72	50	1	0	47	1.09
1675781--1675883	42	2.3	46	83	11	126	50	0	0	48	1.07
1676369--1676404	5	7.8	5	82	17	51	36	0	0	63	0.94
1676369--1676404	18	1.9	18	94	5	63	36	0	0	63	0.94
1676369--1676393	13	1.9	13	100	0	50	36	0	0	64	0.94
1677914--1678034	32	3.5	35	78	14	101	57	0	0	42	1.04
1677937--1678066	8	16.0	8	71	25	62	56	1	0	41	1.08
1677946--1678037	32	2.7	33	86	8	123	55	1	0	43	1.07
1677992--1678073	17	4.3	19	69	28	59	58	2	0	39	1.11
1678011--1678058	22	2.2	21	88	3	69	58	2	0	39	1.10
1677916--1678073	30	5.6	29	71	24	115	58	1	0	40	1.06
1678212--1678305	9	9.6	10	73	16	63	56	1	1	41	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1678218--1678301	30	2.7	30	82	14	91	57	1	0	41	1.06
1678789--1678833	19	2.3	19	88	7	63	68	2	4	24	1.19
1679218--1679265	14	3.3	15	85	8	73	41	0	0	58	0.98
1679218--1679266	16	3.3	15	76	23	59	40	0	0	59	0.98
1679442--1679719	117	2.4	116	81	10	290	52	3	1	42	1.28
1679442--1679719	111	2.4	113	81	10	309	52	3	1	42	1.28
1679532--1679746	111	1.9	111	80	6	247	52	2	2	42	1.28
1680069--1680298	108	2.1	110	89	3	351	41	4	1	52	1.33
1680647--1680737	38	2.4	38	79	1	92	46	2	8	42	1.47
1680647--1680771	39	3.2	39	75	6	94	46	3	8	42	1.49
1681156--1681277	43	2.9	42	67	25	101	36	3	2	57	1.28
1684718--1685009	90	3.2	92	79	2	309	32	16	7	42	1.77
1684948--1685065	57	2.1	57	88	3	175	32	19	10	38	1.85
1684854--1685155	146	2.0	151	82	3	371	32	17	8	40	1.80
1686395--1686443	20	2.5	19	86	3	71	79	0	18	2	0.83
1686815--1686847	14	2.4	14	94	0	57	42	3	6	48	1.43
1689430--1689575	50	3.0	49	73	18	151	45	0	3	50	1.18
1689429--1689575	49	3.1	46	71	18	138	45	0	4	50	1.20
1689955--1690044	23	3.8	23	77	11	92	33	1	3	62	1.19
1689946--1690043	48	2.1	47	84	5	126	34	1	4	60	1.23
1689982--1690253	113	2.4	109	82	10	293	42	2	2	52	1.27
1690182--1690307	64	1.9	68	80	9	154	45	0	1	53	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1692685--1693662	176	5.4	177	81	7	1071	33	15	8	42	1.77
1692686--1693662	178	5.5	172	81	8	960	33	15	8	42	1.77
1692687--1693662	268	3.6	268	83	6	1160	33	15	8	42	1.77
1693948--1694209	124	2.1	128	87	7	392	51	1	3	42	1.30
1694124--1694171	22	2.1	24	84	7	64	60	0	0	39	0.97
1694641--1694695	9	6.2	9	79	8	51	45	1	5	47	1.36
1694658--1694703	23	2.0	23	86	4	65	50	0	6	43	1.28
1694654--1694724	18	4.0	18	73	15	58	50	1	5	42	1.34
1697047--1697099	16	3.3	16	78	0	52	43	11	13	32	1.79
1703466--1703500	17	2.2	17	90	10	56	51	0	0	48	1.00
1703658--1703691	3	11.3	3	87	12	52	35	0	0	64	0.94
1704104--1704168	28	2.2	30	75	5	71	40	1	4	53	1.31
1704212--1704257	22	2.0	23	83	4	58	58	8	0	32	1.28
1704305--1704404	43	2.3	43	80	17	120	60	6	0	34	1.21
1704891--1704961	26	2.8	27	81	8	87	66	1	4	28	1.19
1707040--1707095	22	2.5	22	83	11	69	41	0	0	58	0.98
1707041--1707093	23	2.2	24	83	12	74	39	0	0	60	0.97
1707223--1707264	10	4.2	10	82	11	50	28	0	2	69	1.01
1707220--1707257	18	2.1	18	85	9	51	34	0	2	63	1.09
1707713--1707756	22	2.0	22	86	8	63	52	4	4	38	1.42
1708774--1708808	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
1719905--1719939	18	1.9	18	88	0	52	40	0	8	51	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1720425--1720450	13	2.0	13	100	0	52	53	7	30	7	1.57
1722678--1722741	26	2.5	24	80	14	58	34	4	0	60	1.17
1722933--1723005	32	2.2	33	82	4	85	50	4	6	38	1.48
1722950--1723000	16	3.1	16	88	2	75	54	3	3	37	1.37
1728047--1728088	18	2.4	17	84	7	57	71	0	26	2	0.98
1732762--1732794	2	16.5	2	93	0	57	45	0	3	51	1.16
1732996--1733124	44	2.9	44	95	0	231	24	3	21	49	1.66
1733537--1733569	14	2.4	14	94	0	57	24	0	0	75	0.80
1734884--1734958	27	2.8	28	86	8	86	42	13	20	24	1.87
1734895--1734954	27	2.3	26	88	5	93	43	13	21	21	1.87
1735508--1735552	24	1.9	23	82	13	56	40	8	0	51	1.33
1737111--1737149	17	2.3	17	81	0	51	51	0	2	46	1.14
1738015--1738078	19	3.7	19	76	23	86	32	12	18	35	1.89
1738016--1738144	32	4.2	32	88	11	198	34	13	17	34	1.88
1738035--1738117	13	5.9	13	84	15	112	36	14	16	32	1.89
1738035--1738144	58	1.9	58	96	0	202	35	13	16	34	1.88
1738363--1738407	21	2.1	21	100	0	90	37	28	8	24	1.86
1738368--1738415	21	2.3	21	92	0	78	43	31	6	18	1.75
1739379--1739403	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1739359--1739427	32	2.1	32	86	2	93	36	11	13	39	1.80
1739468--1739492	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1739501--1739625	52	2.4	52	95	0	223	36	18	17	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1743795--1743830	17	2.1	17	100	0	72	19	33	5	41	1.75
1746533--1746599	12	5.4	12	83	13	66	85	14	0	0	0.61
1746532--1746588	17	3.3	17	87	2	78	85	14	0	0	0.59
1746532--1746599	31	2.2	31	94	2	120	85	14	0	0	0.60
1746532--1746599	10	6.6	11	78	18	76	85	14	0	0	0.60
1746838--1746889	13	4.2	12	85	7	68	84	9	5	0	0.77
1746839--1746889	12	4.2	11	83	16	57	84	9	5	0	0.78
1746836--1746886	17	2.9	17	86	13	61	86	7	5	0	0.71
1747833--1747977	31	4.7	31	86	6	179	25	31	17	25	1.97
1747979--1748541	35	16.5	33	83	10	597	20	32	12	34	1.90
1748209--1748268	27	2.2	27	87	0	84	18	38	15	28	1.91
1747998--1748541	106	5.3	102	81	10	608	20	32	11	34	1.90
1748546--1748610	33	1.9	34	96	3	123	27	36	18	16	1.93
1748613--1749686	43	23.1	45	81	11	1146	24	25	18	31	1.97
1748804--1749682	92	9.5	90	92	4	1018	25	25	18	31	1.97
1748611--1750006	328	4.2	331	89	6	1970	24	25	17	32	1.97
1749522--1749589	21	3.2	21	62	25	52	26	27	17	27	1.98
1749538--1749608	21	3.2	24	61	19	62	26	25	19	28	1.99
1749543--1749611	22	3.2	22	62	25	56	26	26	17	30	1.97
1749587--1749724	52	2.6	51	78	12	136	24	23	16	34	1.95
1749587--1749908	174	1.9	164	86	8	457	24	24	15	35	1.94
1749755--1750006	49	5.1	49	90	0	414	23	25	17	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1749755--1750002	98	2.5	98	98	0	478	23	25	17	33	1.96
1750825--1750849	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1750805--1750874	33	2.1	33	86	0	95	35	11	12	40	1.80
1750915--1750939	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1750948--1751072	52	2.4	52	94	0	214	36	18	16	28	1.93
1757124--1757350	58	3.9	58	77	6	183	52	12	9	25	1.68
1757124--1757215	29	3.2	28	70	22	82	56	11	6	25	1.59
1757124--1757320	58	3.4	58	78	5	202	52	12	9	25	1.68
1757096--1757227	29	4.6	28	68	24	78	54	11	8	25	1.64
1758076--1758110	12	2.8	12	91	8	52	0	17	2	80	0.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13