genome.fa.s109.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold109
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1855911

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

This is table  2  of  13  ( 1516 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
148273--148303	3	10.7	3	93	6	55	67	0	0	32	0.91
148275--148302	14	2.0	14	100	0	56	71	0	0	28	0.86
148424--148476	18	2.7	19	88	8	72	50	0	0	49	1.00
148701--148754	5	11.0	5	82	4	65	40	3	1	53	1.29
148701--148754	20	2.8	20	88	2	83	40	3	1	53	1.29
148856--148889	7	5.0	7	85	7	52	26	0	0	73	0.83
148856--148886	13	2.4	13	88	0	53	22	0	0	77	0.77
149012--149054	22	1.9	22	86	13	61	55	0	2	41	1.12
149050--149162	30	3.9	29	75	9	88	53	1	2	42	1.25
149349--149384	14	2.6	14	90	0	54	41	2	0	55	1.14
149379--149443	26	2.5	26	82	9	71	49	1	0	49	1.10
149351--149446	37	2.6	35	80	14	104	46	2	0	51	1.12
149467--149518	21	2.4	22	87	9	72	67	3	0	28	1.08
150560--150597	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
155386--155437	21	2.5	21	81	3	61	38	1	1	57	1.21
155386--155453	28	2.5	26	81	11	75	39	1	2	55	1.24
155398--155466	26	2.6	27	82	11	81	37	1	2	57	1.22
161890--162095	103	2.0	100	87	7	299	40	18	14	26	1.89
164117--164164	24	2.0	24	95	0	87	52	0	2	45	1.12
164834--164873	21	1.9	21	90	10	64	37	2	0	60	1.11
164947--165013	21	3.2	21	74	2	64	46	0	0	53	1.00
164949--165000	26	2.0	27	92	3	88	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165486--165565	31	2.7	30	77	15	85	51	0	0	48	1.00
166469--166526	16	3.7	15	75	13	55	65	0	1	32	1.03
166540--166590	14	3.4	14	75	19	57	52	0	1	45	1.12
166496--166597	19	5.6	19	69	20	67	53	0	3	42	1.19
166496--166609	32	3.9	28	75	20	99	54	0	3	42	1.17
166534--166596	32	1.9	33	93	3	110	53	0	3	42	1.16
167419--167459	22	1.9	21	85	5	55	48	0	2	48	1.14
168918--168960	21	2.0	21	82	8	52	55	6	6	30	1.53
169320--169368	17	2.7	18	81	9	64	44	0	0	55	0.99
169324--169364	17	2.3	18	91	4	66	43	0	0	56	0.99
179638--179668	13	2.4	13	94	0	53	67	0	3	29	1.06
184495--184803	155	2.0	157	90	2	489	48	12	8	30	1.71
192135--192171	11	3.5	11	78	14	51	35	0	0	64	0.94
192099--192174	24	3.1	25	75	9	68	44	0	0	55	0.99
203975--204009	2	18.0	2	88	5	54	51	2	0	45	1.16
205764--205801	12	3.2	12	88	0	58	42	0	7	50	1.31
206823--206858	12	3.1	12	92	8	65	38	19	16	25	1.92
206823--206854	11	2.8	11	95	4	55	40	18	15	25	1.90
213113--213155	19	2.4	17	81	11	50	58	0	0	41	0.98
213388--213454	16	4.1	15	81	11	62	23	0	0	76	0.79
213388--213436	23	2.2	23	82	10	57	24	0	0	75	0.80
213400--213452	11	4.7	11	78	21	65	18	0	0	81	0.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213400--213452	23	2.4	22	87	12	81	18	0	0	81	0.70
213567--213633	22	3.0	21	79	16	64	49	0	0	50	1.00
213573--213640	23	3.0	23	77	14	63	52	0	0	47	1.00
213597--213639	19	2.4	17	80	7	50	55	0	0	44	0.99
213611--213681	34	2.1	35	84	7	92	53	2	0	43	1.15
213609--213686	40	2.0	39	82	7	95	53	3	0	42	1.19
214173--214216	22	2.0	22	86	4	61	38	6	0	54	1.27
214425--214549	5	25.4	5	72	23	88	40	3	0	56	1.16
214425--214548	29	4.5	27	74	13	94	40	3	0	56	1.15
214433--214563	66	2.0	66	92	0	217	38	4	0	55	1.26
215552--215623	21	3.1	23	77	16	69	52	1	0	45	1.09
215835--215859	10	2.5	10	100	0	50	48	0	0	52	1.00
215873--215942	35	2.0	35	83	5	88	42	0	0	57	0.99
215869--215934	30	2.2	31	86	10	93	43	0	0	56	0.99
216474--216512	18	2.2	18	86	9	53	51	0	0	48	1.00
217896--217956	30	2.1	29	88	8	90	54	21	0	24	1.45
218257--218303	23	2.0	23	91	0	76	42	0	0	57	0.98
218267--218315	23	2.2	22	82	10	55	42	4	2	51	1.32
218408--218446	19	1.9	19	85	10	51	48	0	0	51	1.00
219044--219082	13	2.9	14	85	11	55	58	0	0	41	0.98
219064--219138	27	3.0	23	73	21	62	44	1	0	54	1.08
218982--219105	48	2.7	49	71	13	109	44	0	1	54	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
219305--219380	30	2.4	32	81	14	88	43	0	1	55	1.08
219354--219394	13	3.2	13	80	16	50	48	0	0	51	1.00
219346--219441	24	4.0	24	74	12	74	51	0	0	48	1.00
219426--219482	29	1.9	31	85	7	82	49	0	0	50	1.00
219342--219453	37	3.1	36	71	20	90	49	0	0	50	1.00
219553--219608	15	3.3	18	69	19	57	55	0	0	44	0.99
219556--219608	16	3.3	15	76	19	54	54	0	0	45	0.99
219543--219647	32	3.4	30	80	14	106	60	0	0	40	0.97
219558--219608	14	3.4	14	78	19	57	54	0	0	45	0.99
219564--219618	17	3.4	17	75	25	64	60	0	0	40	0.97
219568--219646	27	3.0	26	78	14	74	60	0	0	39	0.97
221057--221108	21	2.5	21	84	6	61	44	0	0	55	0.99
221747--221790	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
223694--223732	3	13.0	3	94	0	69	64	0	2	33	1.08
225251--225293	16	2.6	17	82	7	54	51	2	0	46	1.13
225339--225376	2	19.5	2	83	5	51	47	0	0	52	1.00
225772--225809	19	1.9	19	89	5	58	44	0	0	55	0.99
225930--225973	22	2.1	22	87	8	65	45	0	0	54	0.99
226350--226382	17	1.9	17	88	11	50	51	3	0	45	1.16
227677--227737	31	2.0	31	86	0	86	49	0	0	50	1.00
227897--227936	20	2.0	21	90	5	64	70	0	0	30	0.88
230239--230273	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
230930--230960	16	1.9	16	93	0	53	38	0	0	61	0.96
231507--231545	20	1.9	21	89	5	62	48	12	5	33	1.63
233154--233194	6	6.8	6	91	0	64	34	29	17	19	1.94
233608--233658	26	1.9	27	88	8	70	50	0	1	47	1.12
233608--233733	25	5.3	23	70	20	82	47	0	1	50	1.16
236395--236439	22	2.0	22	100	0	90	42	8	13	35	1.75
243469--243499	16	1.9	16	93	0	53	54	3	0	41	1.16
243668--243730	23	3.0	22	84	9	69	49	0	0	50	1.00
244013--244061	3	16.3	3	95	0	62	24	0	8	67	1.18
251602--251641	3	13.7	3	94	5	73	32	0	0	67	0.91
251893--251939	22	2.0	22	84	8	58	51	0	0	48	1.00
254808--254847	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
254991--255025	17	2.0	18	88	5	54	60	0	0	40	0.97
255234--255275	15	2.6	16	81	14	50	28	0	7	64	1.20
255270--255325	16	3.4	17	90	9	89	46	0	0	53	1.00
255271--255319	22	2.2	22	85	0	62	48	0	0	51	1.00
255426--255481	2	28.5	2	92	3	96	46	0	0	53	1.00
255737--255785	22	2.4	19	83	16	62	44	0	0	55	0.99
256405--256437	15	2.2	15	94	0	57	63	0	0	36	0.95
256660--256733	31	2.4	31	78	10	80	56	6	10	25	1.58
256964--257013	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
257391--257450	28	2.1	27	82	11	68	51	1	0	46	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
257656--257702	3	15.7	3	100	0	94	68	0	0	31	0.90
259854--259895	11	3.8	11	81	12	50	33	0	0	66	0.92
259947--259985	13	2.9	14	80	7	53	38	0	0	61	0.96
259968--260121	69	2.2	69	83	10	181	43	1	1	53	1.20
259968--260123	35	4.5	34	75	15	149	42	1	1	53	1.19
262138--262180	19	2.3	18	88	4	59	25	2	4	67	1.22
262563--262591	14	2.0	15	93	6	51	31	6	0	62	1.22
265809--265865	25	2.4	25	80	14	66	47	0	1	50	1.11
265809--265867	24	2.5	24	76	15	59	49	0	1	49	1.11
268462--268527	33	2.0	33	82	8	80	51	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13