genome.fa.s109.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold109
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1855911

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

This is table  6  of  13  ( 1516 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
742706--742764	26	2.3	25	80	8	66	55	0	1	42	1.09
742899--742926	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
742992--743049	20	2.9	20	76	5	55	60	1	0	37	1.07
743073--743142	26	2.6	27	76	8	72	51	0	2	45	1.16
743396--743504	15	6.9	16	69	21	61	45	0	0	54	1.00
743396--743504	17	6.9	15	70	23	57	45	0	0	54	1.00
743390--743504	48	2.5	44	79	17	117	46	0	0	53	1.00
744218--744254	20	2.0	20	89	10	60	37	0	0	62	0.96
744249--744291	21	2.0	21	82	8	52	51	4	0	44	1.22
744205--744290	39	2.2	40	81	6	95	44	2	1	52	1.21
744472--744510	11	3.5	11	78	0	51	58	0	0	41	0.98
744472--744519	22	2.1	23	92	3	80	60	0	0	39	0.97
744967--745025	3	19.7	3	77	6	57	27	62	5	5	1.37
746750--746860	53	2.1	53	89	0	168	45	24	0	30	1.54
751588--751629	19	2.0	21	86	13	61	33	4	4	57	1.41
751916--751982	29	2.3	29	85	9	93	19	13	16	50	1.77
752396--752433	20	1.9	20	84	10	51	55	2	0	42	1.14
752447--752482	13	2.9	12	84	8	54	61	0	0	38	0.96
752929--753010	28	2.9	28	70	1	74	37	1	2	58	1.19
753342--753369	3	9.3	3	100	0	56	0	64	0	35	0.94
759925--760002	40	1.9	41	89	2	122	34	11	6	47	1.65
759927--760011	40	2.1	40	84	4	109	34	11	7	47	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
762776--762829	27	2.0	27	88	0	81	20	14	24	40	1.90
774949--775053	56	1.9	54	92	3	174	28	9	1	60	1.39
777851--777881	15	2.1	15	93	0	53	16	0	0	83	0.64
783052--783213	81	2.0	81	98	0	315	29	7	20	43	1.79
791607--791692	30	2.8	31	80	3	102	24	27	17	30	1.97
791661--792169	34	15.1	34	86	7	603	19	33	11	34	1.89
791672--792169	101	4.9	101	85	8	615	20	34	12	33	1.89
792173--792415	33	7.5	32	85	8	280	29	34	17	18	1.94
792171--792403	67	3.6	64	88	7	335	29	34	17	18	1.94
792408--793776	49	27.8	49	84	4	1667	25	26	17	31	1.97
792408--793747	538	2.5	538	95	1	2360	25	26	17	31	1.97
794591--794657	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
794611--794635	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
794698--794722	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
794731--794850	52	2.3	52	94	0	204	35	18	17	29	1.94
801780--801925	72	2.0	72	98	0	283	36	14	9	39	1.79
807075--807122	16	3.0	17	88	8	66	41	8	2	47	1.45
807162--807211	16	3.0	17	74	11	50	42	0	0	58	0.98
807370--807414	16	2.8	16	75	0	54	40	0	0	60	0.97
807411--807452	23	2.0	22	86	13	61	42	0	0	57	0.99
814251--814310	24	2.4	26	86	5	79	55	0	0	45	0.99
814499--814560	22	2.7	23	79	16	67	59	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
815730--815777	2	24.0	2	100	0	96	0	50	0	50	1.00
824196--824229	6	5.8	6	86	6	52	61	0	0	38	0.96
824196--824230	17	2.0	18	94	5	63	60	0	0	40	0.97
824532--824606	24	2.8	27	75	20	77	53	0	0	46	1.00
824596--824628	16	2.1	16	88	11	50	54	3	0	42	1.15
824957--824996	15	2.5	17	80	16	57	40	2	0	57	1.12
825005--825058	26	2.0	27	82	3	65	48	0	0	51	1.00
825397--825455	21	2.8	21	84	5	66	47	1	10	40	1.47
827084--827120	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
833106--833173	31	2.3	31	75	7	70	58	0	0	41	0.98
834621--834710	6	14.7	6	75	15	60	5	10	3	81	0.97
834621--834708	23	3.9	22	85	8	115	5	10	3	80	0.99
834621--834708	45	2.0	45	84	8	117	5	10	3	80	0.99
834607--834686	15	5.3	15	77	8	74	7	8	2	81	0.96
835959--836007	19	2.5	19	80	6	53	44	8	0	46	1.33
836923--836952	14	2.2	14	94	5	53	70	0	0	30	0.88
837371--837405	2	17.5	2	93	0	61	48	2	0	48	1.16
837464--837530	18	3.7	18	75	16	59	71	4	0	23	1.04
838060--838100	22	1.9	21	90	5	64	39	0	2	58	1.11
838110--838238	68	1.9	68	87	3	188	28	17	13	41	1.86
838271--838335	25	2.5	26	72	13	62	47	0	0	52	1.00
838469--838498	12	2.5	12	94	0	51	43	0	13	43	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
839322--839402	35	2.3	35	80	6	92	56	2	4	35	1.34
839877--839913	12	2.9	13	84	15	51	29	2	0	67	1.04
840518--840549	16	2.0	16	93	0	55	28	0	0	71	0.86
843337--844284	356	2.7	353	90	3	1494	35	13	9	41	1.77
845154--845225	10	6.5	11	72	22	53	61	1	0	37	1.05
845974--846007	10	3.6	9	88	11	50	64	0	0	35	0.94
845983--846057	22	3.7	22	70	26	58	52	0	0	48	1.00
846170--846200	2	15.5	2	93	0	53	45	0	0	54	0.99
846661--846708	18	2.5	20	83	6	64	64	0	2	33	1.05
847158--847204	20	2.3	20	82	7	60	40	6	0	53	1.27
847231--847285	24	2.3	25	79	17	64	61	1	0	36	1.06
847224--847283	23	2.6	22	76	21	61	60	3	0	36	1.14
848598--848637	13	3.2	13	80	20	50	65	0	0	35	0.93
848994--849029	16	2.2	16	90	0	54	41	0	2	55	1.14
849192--849235	19	2.4	19	88	7	65	43	0	0	56	0.99
849204--849276	32	2.4	28	78	17	83	45	0	0	54	0.99
849205--849308	29	3.4	30	81	15	108	49	0	0	50	1.07
849216--849344	38	3.6	36	78	17	110	51	2	0	46	1.13
849240--849334	29	3.3	28	80	12	70	52	3	0	44	1.17
849255--849350	38	2.5	39	83	12	121	51	3	0	45	1.17
849538--849564	7	3.9	7	100	0	54	85	0	0	14	0.61
849958--850010	24	2.2	25	82	3	63	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
850744--850834	16	5.2	17	76	17	80	42	0	0	57	0.99
850763--850824	20	3.3	19	76	17	67	37	0	0	62	0.95
850743--850832	36	2.6	35	84	8	105	42	0	0	57	0.98
851149--851196	19	2.5	19	83	6	62	54	0	0	45	0.99
851149--851214	23	2.8	23	77	6	71	53	0	0	46	1.00
851350--851406	24	2.4	25	80	11	66	45	7	0	47	1.30
851518--851573	27	2.1	27	96	0	103	30	26	7	35	1.83
852424--852476	20	2.9	19	78	13	58	41	0	0	58	0.98
852673--852727	2	28.0	2	81	3	58	49	5	0	45	1.25
858187--858228	21	2.0	21	86	9	59	52	0	2	45	1.13
858228--858257	15	1.9	16	93	6	53	60	0	3	36	1.14
858965--859009	15	3.0	16	75	12	51	75	0	0	24	0.80
858965--859006	22	1.9	22	85	9	59	76	0	0	23	0.79
860777--860806	16	1.9	16	93	6	53	40	3	0	56	1.16
865105--865161	2	29.5	2	75	7	55	49	3	0	47	1.18
868971--869019	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
868995--869089	49	1.9	50	93	2	165	45	16	4	33	1.67
869000--869109	51	2.2	51	85	6	143	44	17	4	33	1.69
869586--870205	305	2.0	305	94	2	1084	39	7	6	45	1.59
870156--870202	24	2.0	24	87	8	69	61	2	4	31	1.27
873167--873197	14	2.2	14	94	0	53	25	0	0	74	0.82
873987--874053	31	2.1	32	81	8	75	50	1	0	47	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
874300--874327	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
879168--879205	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
881045--881086	17	2.5	17	88	11	61	54	0	4	40	1.21
885177--885209	17	1.9	17	100	0	66	24	6	21	48	1.72
895342--895392	17	3.1	17	77	2	59	58	1	1	37	1.20
895410--895495	38	2.3	37	80	6	93	52	1	2	44	1.21
896443--896542	21	4.8	22	73	22	74	36	0	8	56	1.29
896451--896547	32	3.1	32	73	8	110	37	0	7	55	1.27
898216--898550	74	4.7	69	77	10	252	30	3	13	51	1.58
899863--900134	146	1.9	147	85	3	379	53	14	2	30	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13