genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5230303

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1610--1657	20	2.4	20	92	0	78	39	6	12	41	1.68
12633--12996	184	2.0	184	98	0	710	27	14	18	39	1.89
17517--17546	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
17927--18037	21	5.4	20	76	7	82	34	1	6	57	1.34
17906--18041	42	3.3	42	78	9	129	36	2	7	53	1.44
18024--18077	21	2.5	21	81	6	63	35	5	7	51	1.53
18272--18339	21	3.3	21	78	12	77	35	8	8	47	1.66
18281--18391	52	2.1	52	83	3	134	31	5	10	52	1.59
18376--18498	63	2.0	63	86	3	176	35	5	13	45	1.67
18377--18523	63	2.3	63	80	10	167	36	6	12	44	1.69
18474--18553	41	1.9	42	82	2	99	40	8	7	43	1.64
18504--18704	21	9.5	21	69	15	85	40	9	6	42	1.65
18726--18802	20	3.8	20	75	14	68	32	6	10	50	1.62
18991--19041	21	2.4	21	96	0	93	37	1	9	50	1.47
19000--19040	12	3.7	12	81	18	52	39	2	7	51	1.43
18991--19050	21	2.9	21	90	5	86	36	3	8	51	1.49
24019--24072	20	2.6	21	85	2	74	33	14	7	44	1.73
25566--25601	2	17.5	2	88	5	54	47	2	2	47	1.31
27845--27900	15	3.4	15	73	21	58	28	12	8	50	1.70
27829--27919	35	2.6	35	94	1	157	26	9	7	56	1.59
27852--27924	19	4.1	18	77	16	80	24	10	6	57	1.57
28730--28784	20	2.8	19	83	5	65	21	1	1	74	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30131--30165	17	2.1	16	89	5	52	28	2	0	68	1.04
30315--30573	50	5.2	50	92	0	419	30	17	20	31	1.96
34978--35222	50	4.9	50	92	0	400	31	18	20	29	1.96
36012--36080	5	14.8	5	82	14	78	40	0	1	57	1.07
36009--36079	16	3.9	18	80	15	92	40	0	1	57	1.07
36054--36300	44	5.6	45	79	12	244	38	4	2	54	1.35
41525--41569	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
41914--41956	19	2.3	18	88	4	59	41	0	0	58	0.98
43037--43061	11	2.3	11	100	0	50	16	8	0	76	1.02
43506--43543	20	2.0	20	89	5	60	52	2	0	44	1.14
43507--43554	20	2.4	19	80	13	53	54	6	0	39	1.26
43638--43786	71	2.1	71	91	0	235	42	10	6	41	1.63
44519--44585	26	2.6	25	77	13	73	41	1	1	55	1.18
44530--44585	26	2.2	26	87	6	78	42	0	0	57	0.99
44576--44604	14	2.0	15	93	6	51	62	0	0	37	0.96
47103--47139	11	3.4	11	92	0	65	16	32	8	43	1.77
56122--56157	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
58248--58396	71	2.1	71	92	0	244	40	8	7	42	1.64
59193--59221	14	2.0	15	93	6	51	62	0	0	37	0.96
59761--59802	16	2.5	17	80	7	50	64	2	0	33	1.07
60541--60565	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
65069--65112	21	2.1	21	95	0	79	34	11	36	18	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67689--67740	26	2.0	27	84	3	70	48	3	1	46	1.31
89137--89162	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
89116--89180	32	2.0	34	87	6	98	26	13	16	43	1.86
91519--91565	21	2.3	21	82	10	62	44	4	19	31	1.70
91687--91724	13	2.9	13	92	0	58	34	15	15	34	1.90
91715--91789	20	3.5	20	75	16	69	40	17	14	28	1.89
93780--93810	15	2.1	15	93	0	53	16	19	16	48	1.81
95297--95500	79	2.6	79	82	3	223	29	16	28	24	1.97
95455--95526	28	2.6	28	88	0	99	23	19	34	22	1.96
95515--95851	52	6.4	52	68	17	176	32	12	25	30	1.92
95671--95741	27	2.6	27	84	2	88	23	21	30	23	1.99
95401--95793	107	3.7	105	71	13	307	30	14	27	27	1.95
95448--95853	212	1.9	212	88	3	620	31	13	26	28	1.94
98218--98243	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
98197--98263	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
98283--98350	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
98305--98329	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
98286--98348	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
98908--99791	55	16.0	55	90	4	1281	21	20	29	28	1.98
99368--99450	26	3.1	26	63	13	60	15	19	31	33	1.93
99405--99493	28	3.2	29	64	15	69	20	20	31	28	1.97
99651--99736	27	3.1	27	62	15	68	23	18	30	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100769--100827	13	4.8	12	81	10	66	0	6	8	84	0.77
105446--105505	32	1.9	30	83	12	77	58	10	10	21	1.60
105784--105809	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
105763--105827	32	2.0	34	87	6	98	26	13	16	43	1.86
108922--108996	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
108922--108999	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
109908--109965	23	2.5	24	94	5	109	17	10	8	63	1.49
109917--109972	23	2.6	21	86	8	51	19	8	8	62	1.51
116075--116150	34	2.2	35	79	9	84	69	11	14	3	1.31
117426--118634	27	42.2	28	89	4	862	26	33	16	24	1.95
117458--118085	27	23.0	27	92	1	1013	23	34	14	28	1.93
117458--118085	82	7.7	81	92	1	1013	23	34	14	28	1.93
118068--118638	32	18.8	31	87	5	603	29	32	18	19	1.95
118323--118554	28	8.1	27	80	8	52	28	32	18	20	1.96
119152--119226	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
119152--119229	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
120137--120194	23	2.5	24	94	5	109	17	10	8	63	1.49
120146--120201	23	2.6	21	86	8	51	19	8	8	62	1.51
128638--128721	42	2.0	42	84	9	109	60	0	1	38	1.04
129197--129243	23	2.0	23	100	0	94	21	21	8	48	1.76
129401--129466	19	3.5	19	72	16	57	34	0	1	63	1.04
129411--129453	11	4.2	10	85	8	52	30	0	0	69	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129396--129433	15	2.4	16	82	8	51	34	0	0	65	0.93
129915--129953	6	6.5	6	85	11	53	53	0	0	46	1.00
129915--129965	19	2.3	23	84	15	65	58	0	0	41	0.98
132194--132296	51	2.0	51	90	0	161	35	8	17	37	1.81
132422--132479	29	2.0	29	86	6	82	34	1	1	62	1.16
135520--135564	21	2.1	21	83	0	54	40	17	8	33	1.81
137764--137818	22	2.5	22	77	11	60	5	25	0	69	1.10
138000--138030	14	2.2	14	100	0	62	58	22	0	19	1.40
139482--139507	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
142646--142672	11	2.5	11	100	0	54	92	0	7	0	0.38
142987--143025	17	2.4	16	82	4	51	20	2	5	71	1.17
145992--146386	79	5.1	79	74	8	301	29	22	11	36	1.90
146614--146744	34	3.9	34	97	0	253	41	38	0	19	1.52
146619--146721	25	4.4	23	67	26	74	40	39	0	19	1.52
151418--151548	34	3.9	34	97	0	253	41	38	0	19	1.52
151423--151525	25	4.4	23	67	26	74	40	39	0	19	1.52
151606--151832	78	2.9	79	81	7	266	27	25	11	35	1.90
158262--158313	21	2.4	22	80	3	61	46	0	0	53	1.00
159849--159884	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
161294--161331	18	2.1	19	85	5	51	31	0	2	65	1.06
162734--162780	23	2.0	23	100	0	94	44	8	17	29	1.78
165522--165625	40	2.6	40	86	3	129	43	7	17	31	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166668--166712	15	3.0	15	100	0	90	40	0	0	60	0.97
166834--166969	53	2.6	51	84	9	159	53	2	1	41	1.25
166866--166966	52	1.9	53	90	6	161	55	2	0	41	1.15
167213--167438	51	4.4	51	81	10	262	56	3	0	39	1.16
167204--167436	103	2.2	104	88	7	348	57	3	0	38	1.17
167208--167436	52	4.4	52	83	7	286	56	3	0	39	1.18
168276--168470	52	3.8	51	78	6	218	42	3	2	51	1.31
168577--168603	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
168611--168692	31	2.7	30	83	5	85	34	3	7	54	1.46
168693--168807	48	2.3	51	79	11	121	40	2	5	51	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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