genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5230303

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2392553--2392601	14	3.4	14	75	5	53	48	0	2	48	1.12
2392544--2392601	29	2.0	30	89	3	91	48	0	1	50	1.11
2392587--2392643	25	2.3	25	84	3	71	49	0	0	50	1.00
2393066--2393107	13	3.0	14	86	10	59	50	0	0	50	1.00
2398436--2398460	3	8.3	3	100	0	50	32	0	36	32	1.58
2399388--2399431	11	4.0	11	80	11	54	68	0	0	31	0.90
2399388--2399433	15	2.8	17	77	16	51	67	0	0	32	0.91
2399959--2400058	15	6.3	17	65	20	56	40	0	0	60	0.97
2399979--2400044	27	2.4	27	82	9	73	37	0	0	62	0.96
2399959--2400091	49	2.8	45	74	19	112	38	0	0	61	0.96
2400009--2400091	21	3.9	22	77	10	75	36	0	0	63	0.94
2405094--2405133	19	2.2	19	86	4	55	60	0	0	40	0.97
2405580--2405636	22	2.7	21	74	17	55	36	1	5	56	1.32
2406039--2406107	31	2.2	32	84	5	88	44	0	0	55	0.99
2407535--2407572	19	2.0	19	89	0	58	63	0	2	34	1.09
2409418--2409466	23	2.0	25	81	18	59	44	2	0	53	1.12
2410370--2410441	14	5.2	14	73	14	60	56	1	1	40	1.16
2410369--2410463	43	2.2	44	79	9	106	55	3	1	40	1.23
2410975--2411022	23	2.0	24	92	4	80	66	2	0	31	1.03
2411372--2411428	28	2.0	28	93	0	96	31	10	14	43	1.79
2412061--2412104	23	1.9	23	86	9	63	45	0	2	52	1.13
2413382--2413427	22	2.1	22	84	8	58	63	0	0	36	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2413666--2413710	23	1.9	24	86	4	65	51	0	2	46	1.13
2414182--2414228	16	2.8	16	81	12	51	44	0	0	55	0.99
2414438--2414491	29	1.9	28	85	7	74	59	0	1	38	1.08
2415119--2415166	3	16.0	3	95	0	87	64	0	2	33	1.05
2415338--2415428	44	2.0	46	83	10	116	50	0	1	48	1.08
2415421--2415465	18	2.5	18	82	10	56	62	2	0	35	1.08
2427162--2427187	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2427639--2427682	2	22.0	2	90	0	70	0	54	0	45	0.99
2430788--2430822	17	2.0	18	94	5	63	31	0	0	68	0.90
2430788--2430840	17	3.3	17	82	15	60	33	0	0	66	0.92
2431389--2431421	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2431575--2431632	11	5.4	11	78	15	50	44	0	1	53	1.10
2431580--2431625	24	2.0	22	88	12	67	50	0	0	50	1.00
2436304--2436342	18	2.2	18	85	0	51	43	0	5	51	1.24
2436312--2436378	25	2.7	26	74	21	65	38	0	2	58	1.14
2437740--2437808	24	2.9	22	79	16	75	55	0	1	43	1.08
2438548--2438605	30	1.9	31	86	10	84	41	0	1	56	1.09
2439806--2439849	16	2.6	17	86	10	63	54	0	0	45	0.99
2439820--2439875	23	2.4	23	79	5	60	58	1	0	39	1.08
2439836--2439906	32	2.2	32	78	9	74	54	4	1	39	1.28
2453122--2453653	265	2.0	265	93	0	904	22	15	25	36	1.94
2454456--2454486	5	6.2	5	100	0	62	0	0	19	80	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2455773--2455813	21	2.0	21	85	4	57	63	0	4	31	1.15
2459167--2459224	24	2.5	22	81	15	73	60	1	0	37	1.07
2459175--2459223	21	2.2	24	89	10	77	59	2	0	38	1.09
2460102--2460138	2	18.5	2	100	0	74	51	0	48	0	1.00
2462135--2462263	40	3.2	39	77	11	111	35	1	1	61	1.15
2462196--2462268	29	2.4	29	77	6	74	31	1	2	64	1.16
2463659--2463687	14	2.0	15	93	6	51	68	0	0	31	0.89
2465438--2465465	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2467107--2467135	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
2467447--2467513	8	8.7	7	79	12	53	49	0	0	50	1.00
2467455--2467499	17	2.7	16	86	6	63	51	0	0	48	1.00
2467455--2467498	8	5.2	8	86	8	61	52	0	0	47	1.00
2468470--2468499	14	2.1	14	100	0	60	23	13	26	36	1.92
2477782--2477847	2	34.0	2	75	6	64	46	4	3	45	1.38
2480975--2481024	24	2.2	22	86	13	66	56	2	0	42	1.11
2480973--2481027	22	2.3	24	82	17	71	56	1	0	41	1.10
2481044--2481124	38	2.1	37	84	4	99	48	4	0	46	1.23
2481105--2481138	10	3.3	10	91	4	50	58	14	0	26	1.36
2485426--2485452	11	2.5	11	100	0	54	44	7	0	48	1.31
2485953--2485982	16	1.9	15	93	6	51	36	0	3	60	1.14
2491348--2491379	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2493900--2493953	23	2.3	23	78	9	56	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2497502--2497541	21	2.0	21	90	9	66	47	0	0	52	1.00
2497631--2497678	23	2.1	22	88	3	69	39	0	0	60	0.97
2497762--2497808	24	1.9	25	91	4	78	44	8	0	46	1.33
2498612--2498684	23	3.1	25	76	9	73	45	0	0	54	0.99
2498640--2498690	23	2.1	23	82	7	57	49	0	0	50	1.00
2500553--2500611	11	5.3	11	76	10	57	38	1	3	55	1.26
2500685--2500709	11	2.3	11	100	0	50	32	0	0	68	0.90
2503758--2503822	6	11.5	6	70	23	52	61	0	1	36	1.05
2503757--2503814	16	3.9	15	75	24	68	60	0	1	37	1.07
2503764--2503820	9	5.8	9	78	12	51	61	0	1	36	1.07
2503759--2503819	29	2.2	30	88	11	94	60	0	1	37	1.07
2508264--2508298	2	18.5	2	88	11	56	48	0	0	51	1.00
2510447--2510489	18	2.4	18	84	0	59	60	6	6	25	1.48
2514183--2514262	40	2.0	40	97	0	151	28	20	11	40	1.86
2514882--2514930	18	2.8	17	77	17	55	46	0	0	53	1.00
2519360--2519414	18	3.1	18	77	20	53	61	1	0	36	1.06
2519539--2519596	2	29.0	2	100	0	116	0	50	0	50	1.00
2519669--2519724	21	2.7	20	75	8	58	57	0	1	41	1.09
2519719--2519760	14	2.9	15	86	6	52	52	0	2	45	1.13
2520789--2520835	19	2.5	19	85	0	67	59	2	0	38	1.09
2524574--2524665	45	2.1	43	80	8	96	61	2	1	34	1.15
2525895--2525932	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2526206--2526235	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
2529349--2529423	39	1.9	39	94	0	132	24	2	29	44	1.67
2533519--2533547	4	7.2	4	100	0	58	75	0	24	0	0.80
2533916--2533947	16	2.0	16	93	0	55	53	0	0	46	1.00
2533920--2533964	16	2.6	18	86	13	60	55	0	0	44	0.99
2534379--2534420	20	2.2	20	86	4	59	26	0	0	73	0.83
2537930--2537975	23	2.0	23	83	8	58	39	0	4	56	1.19
2541417--2541465	25	2.0	25	95	0	89	51	4	26	18	1.64
2543263--2543288	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
2543592--2543710	47	2.5	46	75	11	107	43	2	0	52	1.20
2543808--2543836	14	2.1	14	93	6	51	37	0	0	62	0.96
2543926--2543963	17	2.3	17	86	4	51	63	0	0	36	0.95
2544581--2544633	26	2.0	28	85	7	74	43	3	0	52	1.19
2547092--2547149	24	2.4	24	79	2	62	53	0	1	44	1.10
2547114--2547165	17	3.0	18	83	5	63	55	0	0	44	0.99
2547221--2547250	6	4.8	6	92	8	51	50	0	0	50	1.00
2547338--2547367	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2562655--2562879	119	1.9	120	87	2	337	31	24	15	28	1.95
2565354--2565418	18	4.1	16	70	29	50	40	0	1	58	1.07
2565355--2565445	31	3.1	32	79	14	90	37	0	1	61	1.03
2569080--2569122	12	3.4	12	83	6	50	48	0	2	48	1.14
2569166--2569203	11	3.5	11	85	3	51	36	7	0	55	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2569161--2569203	22	1.9	23	90	4	70	39	6	0	53	1.28
2569160--2569213	22	2.4	23	78	9	67	44	5	0	50	1.25
2572131--2572156	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
2589334--2589374	2	20.5	2	100	0	82	0	48	0	51	1.00
2589374--2589398	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2590032--2590095	21	3.3	19	74	20	60	54	0	0	45	0.99
2591034--2591068	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2591825--2591916	33	2.8	32	80	8	96	55	1	0	43	1.07
2595363--2595402	20	2.1	19	85	4	53	55	0	0	45	0.99
2605915--2605963	24	2.0	24	88	7	73	18	14	28	38	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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