genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5230303

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
169941--170039	29	3.4	29	78	6	105	51	2	3	43	1.28
170810--170853	14	3.0	14	83	6	52	59	2	0	38	1.10
171877--171910	16	2.1	16	88	0	50	61	0	2	35	1.11
176128--176204	27	2.9	27	88	3	102	27	2	22	48	1.64
176161--176230	24	2.8	24	84	6	77	25	7	22	44	1.78
179186--179223	19	2.0	19	85	10	51	34	15	26	23	1.95
180671--180772	27	3.9	27	79	6	93	20	7	24	47	1.77
181760--181801	17	2.4	18	80	11	52	61	2	0	35	1.09
182167--182234	26	2.6	25	75	6	64	67	0	2	29	1.05
182198--182244	11	4.6	10	77	15	51	61	0	2	36	1.08
182205--182248	20	2.0	21	87	12	63	63	0	2	34	1.07
183837--183867	15	2.1	15	93	0	53	29	29	16	25	1.96
185790--186054	88	3.0	87	76	6	261	33	16	11	38	1.84
188310--188338	15	1.9	15	100	0	58	48	0	20	31	1.50
189939--190004	13	5.2	13	72	17	57	50	3	1	45	1.26
189952--189985	15	2.2	16	94	5	61	58	0	0	41	0.98
190397--190458	30	2.1	30	96	0	115	33	16	11	38	1.84
190508--190569	25	2.8	21	68	17	52	53	1	3	41	1.27
190512--190626	51	2.2	51	83	6	151	55	1	2	40	1.24
190603--190633	7	4.3	7	95	4	53	80	0	0	19	0.71
190714--190860	52	2.9	51	84	6	183	55	4	2	37	1.36
191101--191148	25	1.9	25	87	8	71	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
191101--191157	25	2.2	25	81	9	60	52	0	0	47	1.00
191379--191417	20	2.0	20	94	0	69	17	15	7	58	1.59
192011--192087	27	2.9	27	80	3	84	28	6	18	46	1.73
196582--196675	27	3.6	26	79	9	104	23	7	22	46	1.77
196640--196685	24	1.9	24	86	0	65	19	6	28	45	1.75
197587--197633	2	23.5	2	100	0	94	51	0	48	0	1.00
198229--198272	21	2.0	23	86	8	65	72	0	11	15	1.11
199498--199575	34	2.5	32	84	15	101	37	2	2	57	1.26
199516--199575	30	2.0	30	87	9	88	36	3	3	56	1.32
199919--199961	20	2.2	20	87	4	61	53	0	0	46	1.00
207125--207162	20	1.9	20	94	0	67	60	5	2	31	1.33
207290--207322	15	2.3	15	89	5	50	54	0	0	45	0.99
207818--207851	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
208878--208905	14	2.0	14	100	0	56	57	0	0	42	0.99
210591--210624	16	2.1	16	88	0	50	14	0	2	82	0.79
211107--211149	22	2.0	22	100	0	86	46	9	9	34	1.68
217109--217211	51	2.0	51	86	0	143	39	20	4	34	1.74
218683--218716	14	2.4	15	85	14	54	38	0	14	47	1.45
218696--218755	29	2.0	30	84	9	79	40	0	5	55	1.22
218716--218776	21	2.8	22	80	7	70	42	0	1	55	1.09
223031--223056	7	3.7	7	100	0	52	26	30	0	42	1.56
225150--225204	22	2.5	21	76	5	65	49	14	25	10	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
225339--225398	22	2.7	23	75	17	63	35	0	3	61	1.12
225410--225459	17	3.1	15	78	13	55	56	4	0	40	1.18
225531--225621	36	2.5	35	80	5	83	58	3	0	38	1.15
225925--225982	26	2.3	25	79	5	64	56	1	0	41	1.09
226206--226252	2	23.5	2	87	8	69	51	2	2	44	1.25
227391--227416	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
230323--230392	33	2.1	33	86	0	95	34	12	14	38	1.84
230432--230456	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
230465--230585	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
233819--233861	21	2.0	21	100	0	86	27	23	20	27	1.99
237763--237797	11	3.2	11	91	0	52	85	2	11	0	0.69
237839--237870	1	32.0	1	93	0	55	96	0	3	0	0.20
238807--238888	30	2.7	31	88	1	112	25	28	18	28	1.98
238804--239656	34	25.8	34	78	14	756	20	33	13	32	1.91
239023--239074	27	1.9	27	96	0	95	23	38	17	21	1.93
238837--239656	70	12.4	68	86	9	923	20	33	13	32	1.91
239053--239677	105	6.1	100	84	11	647	20	34	12	32	1.90
239659--239798	33	4.2	33	88	4	210	27	35	17	20	1.94
239658--239798	66	2.1	68	90	5	234	27	34	17	20	1.95
239798--240123	49	6.8	49	86	4	423	26	26	17	29	1.98
240140--240427	49	6.0	49	84	6	385	26	26	16	30	1.97
240024--240239	116	1.9	116	85	0	297	26	27	14	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
240247--240436	43	4.1	43	77	15	175	25	25	16	31	1.97
240247--240436	95	2.0	91	89	6	283	25	25	16	31	1.97
240337--240496	52	3.0	53	79	7	178	26	24	13	35	1.93
240337--240673	67	5.7	56	75	12	259	26	24	12	36	1.91
240386--240673	123	2.3	123	96	0	531	26	24	12	37	1.90
241479--241548	33	2.1	33	86	0	95	34	12	14	38	1.84
241588--241612	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
241621--241741	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
244975--245017	21	2.0	21	100	0	86	27	23	20	27	1.99
248919--248953	11	3.2	11	91	0	52	85	2	11	0	0.69
248995--249028	1	34.0	1	93	0	59	97	0	2	0	0.19
249965--250046	30	2.7	31	88	1	112	25	28	18	28	1.98
249962--250814	34	25.8	34	78	14	756	20	33	13	32	1.91
250181--250232	27	1.9	27	96	0	95	23	38	17	21	1.93
249995--250814	70	12.4	68	86	9	923	20	33	13	32	1.91
250211--250835	105	6.1	100	84	11	647	20	34	12	32	1.90
250817--250956	33	4.2	33	88	4	210	27	35	17	20	1.94
250816--250956	66	2.1	68	90	5	234	27	34	17	20	1.95
250956--251281	49	6.8	49	86	4	423	26	26	17	29	1.98
251298--251585	49	6.0	49	84	6	385	26	26	16	30	1.97
251182--251397	116	1.9	116	85	0	297	26	27	14	31	1.95
251405--251594	43	4.1	43	77	15	175	25	25	16	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
251405--251594	95	2.0	91	89	6	283	25	25	16	31	1.97
251495--251654	52	3.0	53	79	7	178	26	24	13	35	1.93
251495--251831	67	5.7	56	75	12	259	26	24	12	36	1.91
251544--251831	123	2.3	123	96	0	531	26	24	12	37	1.90
252640--252709	33	2.1	33	86	0	95	34	12	14	38	1.84
252749--252773	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
252782--252902	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
256139--256181	21	2.0	21	100	0	86	27	23	20	27	1.99
260086--260119	11	3.1	11	91	0	50	85	2	11	0	0.71
260161--260192	1	32.0	1	93	0	55	96	0	3	0	0.20
261168--261982	34	24.8	33	74	18	529	20	34	13	32	1.91
261189--261972	62	12.0	61	78	18	462	20	34	13	31	1.91
261375--261982	34	17.9	34	78	17	576	20	34	12	32	1.89
261607--261702	35	3.2	28	72	23	88	19	36	13	30	1.91
261375--261944	63	8.5	62	75	21	378	20	34	12	32	1.90
261809--261977	70	2.4	70	87	10	256	18	33	12	34	1.89
261984--262120	33	4.1	34	85	5	183	29	32	17	20	1.95
261980--262120	66	2.1	67	88	7	216	28	34	17	20	1.95
262120--262436	49	6.6	49	78	12	318	26	26	17	28	1.98
262220--262302	44	2.0	42	86	11	118	26	26	20	26	1.99
262125--262403	143	2.0	138	86	8	384	26	27	17	28	1.98
262464--262746	47	6.0	48	77	14	279	27	26	16	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
262655--262915	54	4.6	56	73	16	203	27	24	12	35	1.92
262706--262988	122	2.3	120	92	3	469	27	24	12	36	1.90
263799--263863	31	2.0	32	88	5	96	35	12	13	38	1.83
263817--263841	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
263904--263928	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
263937--264057	52	2.3	52	95	2	217	33	18	18	29	1.94
267309--267351	21	2.0	21	100	0	86	27	23	20	27	1.99
271250--271279	11	2.7	11	94	0	51	90	0	10	0	0.47
271250--271286	12	3.0	12	92	4	56	86	2	10	0	0.67
271328--271358	1	31.0	1	93	0	53	96	0	3	0	0.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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