genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5230303

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
805326--805687	10	37.2	10	66	22	91	64	5	1	28	1.25
805335--805678	9	38.6	9	69	21	117	64	5	1	27	1.25
805319--805421	36	2.8	35	76	16	102	66	2	0	31	1.07
805333--805432	28	3.6	26	71	26	71	69	3	1	27	1.10
805333--805421	38	2.4	36	77	22	96	68	3	0	28	1.05
805563--805678	17	6.8	17	71	16	64	66	6	0	25	1.22
805637--805710	36	2.1	36	82	5	87	68	6	1	22	1.20
805734--805822	25	3.4	26	77	13	76	29	1	3	66	1.15
805828--805877	11	4.7	11	75	7	50	28	0	2	70	0.99
805843--806131	8	34.5	8	68	23	52	30	1	4	64	1.21
805766--806141	10	40.3	10	64	20	56	30	1	3	64	1.20
805899--806132	17	14.3	15	66	24	68	29	1	3	64	1.19
805931--806018	28	3.2	25	80	15	70	29	0	3	67	1.07
805952--806143	18	10.3	18	66	25	89	31	1	2	64	1.16
805900--805989	46	2.0	46	82	4	110	26	1	4	67	1.16
805899--806145	123	2.0	122	78	12	258	29	1	3	65	1.18
806053--806107	19	2.8	20	86	13	71	32	1	0	65	1.03
806056--806140	19	4.6	20	73	19	60	32	1	1	64	1.08
806074--806132	27	2.2	26	82	11	75	35	0	1	62	1.05
806663--806687	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
806616--806702	27	3.3	26	70	10	72	51	0	1	47	1.08
806754--806778	13	1.9	13	100	0	50	32	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
806811--806851	21	1.9	22	85	5	57	19	9	0	70	1.14
810500--810534	15	2.3	15	95	0	61	31	14	8	45	1.75
810307--810570	134	2.0	134	80	7	302	40	7	8	43	1.63
811815--811852	17	2.4	16	91	8	60	50	5	5	39	1.48
814246--814289	15	2.9	16	80	10	56	40	2	0	56	1.11
814250--814290	16	2.7	16	81	7	50	39	2	0	58	1.11
814330--814370	17	2.4	17	95	0	73	56	4	0	39	1.21
814989--815014	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
815189--815216	13	2.2	13	100	0	56	46	10	7	35	1.66
815395--815429	18	2.0	18	94	5	63	45	0	0	54	0.99
815386--815437	19	2.7	19	80	20	63	46	1	0	51	1.12
815921--815962	22	1.9	22	90	9	68	47	0	0	52	1.00
821330--821404	20	3.8	20	74	0	78	36	13	10	40	1.79
821330--821407	40	2.0	39	84	2	102	35	12	11	39	1.80
833825--833900	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
833824--833909	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
833815--833933	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
842116--842161	13	3.6	12	88	11	65	84	10	2	2	0.79
843385--844518	32	37.2	32	90	4	1235	30	33	17	18	1.94
845047--845121	20	3.8	20	74	0	78	36	13	10	40	1.79
845047--845124	40	2.0	39	84	2	102	35	12	11	39	1.80
848626--848703	17	4.8	16	70	19	54	41	2	1	55	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
849136--849180	22	1.9	23	86	13	65	28	2	0	68	1.01
849220--849338	26	4.5	26	68	11	71	27	1	4	66	1.20
849265--849338	36	2.0	38	84	10	100	24	1	4	70	1.13
849271--849353	36	2.2	37	79	10	89	28	1	3	66	1.16
849304--849513	58	3.6	56	76	14	169	29	1	4	64	1.22
849420--849468	21	2.4	22	83	13	68	32	0	2	65	1.04
849420--849467	20	2.4	19	86	13	62	31	0	2	66	1.03
849582--849638	23	2.4	23	85	5	69	59	0	0	40	0.97
849609--849642	15	2.1	17	89	10	54	64	0	0	35	0.94
850176--850218	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
850218--850252	2	17.5	2	100	0	70	51	0	48	0	1.00
851915--851980	2	35.0	2	80	11	77	45	3	0	51	1.16
851931--851987	26	2.1	26	93	6	96	45	0	0	54	0.99
852186--852238	11	5.1	11	72	19	51	62	0	0	37	0.96
852209--852250	17	2.3	19	80	12	52	61	0	0	38	0.96
861749--861800	26	2.0	26	100	0	104	38	26	11	23	1.89
867746--867794	21	2.3	22	82	10	66	48	0	0	51	1.00
867736--867792	21	2.9	19	80	12	62	43	0	0	56	0.99
867736--867783	19	2.5	20	80	6	55	39	0	0	60	0.97
867742--867794	19	2.7	19	76	5	52	45	0	0	54	0.99
867903--867936	16	2.2	16	90	10	54	58	5	0	35	1.22
869141--869185	16	2.8	16	90	6	65	64	0	2	33	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
871893--871952	26	2.2	27	82	5	68	61	0	0	38	0.96
872355--872438	28	3.3	25	80	14	75	36	0	1	61	1.04
872343--872436	5	18.2	5	69	18	50	36	2	1	60	1.16
872381--872433	14	4.0	13	81	18	65	35	0	0	64	0.94
872343--872438	11	8.7	11	68	21	58	36	2	1	60	1.15
872861--872899	17	2.4	17	87	8	55	48	0	5	46	1.24
872910--872940	16	1.9	16	93	0	53	58	3	0	38	1.15
877411--877454	17	2.8	16	83	16	65	50	0	0	50	1.00
877955--878008	22	2.5	21	76	8	54	55	1	1	40	1.21
881366--881462	48	2.1	46	94	3	167	25	24	20	28	1.99
885304--885336	7	4.4	8	96	3	52	6	0	93	0	0.33
885593--885668	14	5.1	15	76	7	66	57	1	0	40	1.07
885694--885731	19	2.1	19	90	5	60	47	0	0	52	1.00
888186--888225	2	20.5	2	87	5	55	45	2	2	50	1.28
889223--889252	12	2.5	12	94	0	51	70	3	0	26	1.03
889652--889685	13	2.6	13	85	0	50	44	0	0	55	0.99
889820--889866	22	2.1	21	84	11	58	55	4	8	31	1.49
890260--890330	2	36.5	2	74	5	56	49	1	5	43	1.35
890494--890523	15	2.0	15	93	0	51	43	0	0	56	0.99
890508--890565	21	2.8	20	84	7	71	39	13	3	43	1.61
891845--891901	16	3.6	15	76	19	53	49	1	0	49	1.11
893265--893325	28	2.2	28	80	11	72	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
893636--893695	20	3.0	19	75	7	57	50	0	0	50	1.00
894009--894048	19	2.0	21	85	9	57	45	0	2	52	1.14
896682--896713	15	2.1	16	94	5	57	75	6	0	18	1.01
897708--897756	21	2.4	22	87	12	70	42	0	0	57	0.99
898439--898479	20	2.0	20	85	4	55	56	2	0	41	1.13
904845--904923	11	7.5	11	77	17	87	69	0	0	30	0.89
904845--904926	31	2.6	32	77	13	89	68	0	0	31	0.90
904847--904926	42	1.9	41	94	2	142	68	0	0	31	0.90
905127--905155	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
907314--907359	23	2.0	23	91	8	76	52	0	0	47	1.00
907921--907990	25	2.7	26	73	10	72	55	0	0	44	0.99
907957--908018	22	2.9	22	77	20	69	59	0	0	40	0.97
907934--908009	25	3.1	25	78	18	79	56	0	0	43	0.99
908159--908195	15	2.4	15	90	4	56	45	5	5	43	1.49
912369--912417	22	2.1	24	88	7	75	38	0	2	59	1.09
914231--914277	22	2.0	23	88	8	69	53	0	0	46	1.00
914264--914312	14	3.4	14	80	11	55	44	0	2	53	1.12
914660--914694	18	1.9	18	94	0	61	65	0	0	34	0.93
914665--914711	18	2.5	20	87	12	66	63	2	0	34	1.06
925506--925539	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
927055--927086	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
927903--927978	38	2.0	38	92	5	127	35	11	9	43	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
935325--935365	20	2.0	20	100	0	82	70	4	19	4	1.24
937706--937757	21	2.5	21	81	9	54	53	0	3	42	1.19
938447--938502	28	2.1	26	83	6	67	48	10	0	41	1.38
940192--940217	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
941153--941219	22	3.0	22	79	10	82	40	0	0	59	0.97
941234--941295	25	2.8	22	77	17	58	48	1	0	50	1.10
941246--941316	31	2.4	29	80	4	79	52	2	0	45	1.15
942891--942949	27	2.2	27	85	8	77	52	0	0	47	1.00
942884--942952	30	2.3	29	81	13	79	53	0	0	46	1.00
946625--946665	18	2.3	18	87	4	57	31	0	4	63	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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