genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5230303

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2008290--2008370	28	2.9	27	70	15	67	44	1	0	54	1.08
2008357--2008412	18	3.0	18	78	16	60	26	0	0	73	0.84
2008362--2008425	20	3.1	20	82	13	76	29	0	0	70	0.88
2008316--2008425	14	7.7	15	70	21	51	35	0	0	63	1.01
2008369--2008414	11	4.1	11	86	13	67	26	0	0	73	0.83
2008368--2008425	9	5.5	11	75	22	54	27	0	0	72	0.85
2008686--2008733	20	2.2	23	89	10	75	31	4	2	62	1.26
2009507--2009552	6	7.8	6	76	13	51	60	0	0	39	0.97
2009510--2009562	24	2.2	24	82	0	61	56	0	1	41	1.10
2010270--2010299	16	1.9	16	93	6	53	56	0	0	43	0.99
2011331--2011375	15	3.0	15	100	0	90	80	0	0	20	0.72
2011336--2011380	9	5.4	9	77	20	53	77	0	0	22	0.76
2011331--2011375	21	2.1	21	92	8	74	80	0	0	20	0.72
2011369--2011430	34	1.9	33	87	12	94	53	0	0	46	1.00
2011791--2011829	20	2.0	20	89	0	60	61	0	2	35	1.10
2011858--2011900	15	2.9	14	82	6	50	58	0	0	41	0.98
2012258--2012305	23	2.1	23	84	7	62	47	2	6	43	1.40
2012808--2012833	3	8.7	3	100	0	52	65	0	34	0	0.93
2013565--2013604	17	2.4	17	87	4	64	55	2	0	42	1.13
2019779--2019897	15	7.6	15	68	20	66	44	1	3	50	1.28
2019779--2019894	47	2.4	46	83	8	126	43	1	3	50	1.29
2019826--2019916	30	3.0	30	83	6	94	40	0	4	54	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2020954--2021015	30	2.1	30	84	6	81	58	4	1	35	1.29
2031876--2032092	34	6.4	34	85	2	276	25	7	26	40	1.82
2031876--2032092	102	2.1	101	91	1	353	25	7	26	40	1.82
2032398--2032460	19	3.3	19	90	0	90	28	17	19	34	1.94
2036526--2036744	34	6.5	34	85	2	280	25	7	26	40	1.82
2036526--2036744	102	2.2	101	91	1	357	25	7	26	40	1.82
2041980--2042006	2	13.5	2	100	0	54	48	0	51	0	1.00
2042393--2042418	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
2042901--2042946	22	2.1	22	84	4	58	69	2	2	26	1.11
2058199--2058300	5	20.8	5	73	13	70	36	2	2	57	1.29
2058183--2058281	19	5.3	19	86	8	123	36	5	3	55	1.37
2058199--2058299	9	10.9	9	72	12	71	35	2	2	58	1.28
2058256--2058312	16	3.6	16	81	9	64	38	0	0	61	0.96
2058485--2058531	22	2.1	23	88	11	71	48	0	0	51	1.00
2058694--2058729	16	2.2	16	95	0	63	77	0	0	22	0.76
2059544--2059589	20	2.4	19	85	3	56	50	0	0	50	1.00
2060361--2060423	6	10.3	6	80	10	65	11	1	4	82	0.88
2060361--2060424	25	2.6	26	85	7	80	10	3	4	81	0.96
2060512--2060575	20	3.2	20	80	10	69	45	0	0	54	0.99
2060541--2060570	15	1.9	16	93	6	53	43	0	0	56	0.99
2060847--2060912	30	2.2	30	84	10	82	51	1	4	42	1.31
2061320--2061360	19	2.2	19	91	4	66	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2061984--2062029	15	3.1	15	84	9	58	52	0	0	47	1.00
2061978--2062044	27	2.5	27	85	4	82	56	0	0	43	0.99
2061987--2062034	12	3.8	12	83	10	51	58	0	0	41	0.98
2061978--2062043	14	4.7	14	76	12	55	56	0	0	43	0.99
2063630--2063661	12	2.7	12	100	0	64	62	0	31	6	1.20
2064678--2064708	13	2.4	13	94	0	53	32	3	0	64	1.09
2066012--2066064	2	26.0	2	88	3	79	47	0	5	47	1.26
2067215--2067243	13	2.1	14	93	6	51	79	0	3	17	0.87
2068095--2068124	14	2.2	14	94	5	53	56	3	0	40	1.16
2068643--2068679	13	2.7	14	83	8	58	45	0	10	43	1.39
2068711--2068757	22	2.1	22	84	7	60	55	2	6	36	1.37
2068888--2068933	23	2.0	23	86	0	65	52	2	0	45	1.13
2070442--2070473	16	2.0	16	93	0	55	46	0	0	53	1.00
2070515--2070565	23	2.3	23	82	3	59	58	0	1	39	1.09
2071072--2071105	18	1.9	17	88	5	50	61	0	0	38	0.96
2071073--2071112	19	2.1	19	86	9	55	55	0	2	42	1.13
2078741--2078769	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
2088040--2088113	33	2.2	36	76	14	84	50	2	0	47	1.15
2088049--2088117	33	2.1	32	84	7	86	50	2	0	46	1.16
2088435--2088520	23	3.7	23	75	16	79	67	2	2	27	1.15
2088511--2088553	19	2.3	19	84	8	52	60	0	0	39	0.97
2088753--2088818	24	3.0	23	79	14	68	71	1	0	27	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2088726--2088805	24	3.5	24	78	8	78	68	2	0	28	1.02
2088765--2088818	12	4.4	13	79	13	53	74	1	0	24	0.92
2092145--2092172	1	28.0	1	100	0	56	0	0	0	100	0.00
2092541--2092566	3	8.7	3	100	0	52	30	34	0	34	1.58
2092852--2092880	8	3.8	8	90	9	51	13	0	0	86	0.58
2093263--2093288	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2094548--2094593	3	15.3	3	100	0	92	32	0	0	67	0.91
2096235--2096259	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2096424--2096497	32	2.3	32	86	9	105	54	0	1	44	1.08
2096440--2096490	16	3.3	15	71	17	50	56	0	0	43	0.99
2097250--2097309	30	2.0	30	100	0	120	13	16	26	43	1.85
2111352--2111377	13	2.0	13	100	0	52	46	7	7	38	1.61
2111700--2111735	17	2.2	17	90	5	56	61	0	0	38	0.96
2111742--2111790	20	2.5	19	80	9	55	36	2	2	59	1.21
2115993--2116046	4	13.5	4	88	0	81	51	0	0	48	1.00
2115993--2116046	6	9.0	6	89	0	81	51	0	0	48	1.00
2117258--2117300	2	22.0	2	95	4	79	48	0	0	51	1.00
2118643--2118672	4	7.5	4	92	0	51	0	26	20	53	1.46
2136273--2136321	20	2.5	20	74	12	57	69	0	0	30	0.89
2136268--2136333	25	2.5	28	80	14	77	63	0	0	36	0.95
2140308--2140365	20	3.0	20	71	21	52	53	0	1	44	1.10
2140321--2140357	16	2.4	15	86	8	56	54	0	0	45	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2143036--2143083	24	2.0	24	100	0	96	41	16	8	33	1.78
2148952--2148984	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
2150834--2150907	30	2.6	29	77	14	75	55	4	1	39	1.27
2151558--2151605	20	2.5	19	74	12	53	52	0	0	47	1.00
2153727--2153782	21	2.7	21	76	17	62	44	0	0	55	0.99
2153723--2153795	35	2.1	36	82	12	89	43	0	0	56	0.99
2154027--2154062	17	2.1	17	89	5	54	36	2	2	58	1.27
2155938--2155979	15	2.7	16	85	7	59	45	0	0	54	0.99
2156601--2156652	21	2.5	19	77	22	52	26	0	1	71	0.97
2156603--2156657	22	2.4	23	85	8	69	29	0	1	69	0.99
2158584--2158615	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2160301--2160326	13	2.0	13	100	0	52	23	0	0	76	0.78
2162166--2162190	13	1.9	13	100	0	50	8	8	4	80	1.03
2162705--2162739	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2164905--2165025	18	6.8	18	73	13	81	37	10	9	42	1.71
2164904--2165007	37	2.9	37	84	5	124	39	9	8	42	1.68
2165713--2165753	21	2.0	21	85	0	55	31	7	31	29	1.85
2165709--2165759	21	2.4	21	75	12	50	33	5	33	27	1.81
2168076--2168110	2	17.5	2	100	0	70	51	0	48	0	1.00
2173375--2173410	16	2.2	16	90	0	54	25	22	16	36	1.94
2177499--2177557	28	2.1	28	100	0	118	47	15	13	23	1.81
2182580--2182616	4	9.0	4	88	5	56	72	2	2	21	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2188101--2188134	14	2.4	14	90	5	50	0	14	0	85	0.60
2188523--2188586	33	2.0	31	88	8	94	31	3	14	51	1.57
2189225--2189324	49	2.0	49	86	0	137	37	11	7	45	1.67
2189709--2189821	30	3.7	30	73	12	79	43	7	4	45	1.51
2189957--2189988	16	2.0	16	93	0	55	46	0	3	50	1.17
2190257--2190295	17	2.2	17	86	13	53	25	2	0	71	0.98
2190348--2190381	17	2.1	17	88	5	52	58	0	0	41	0.98
2195245--2195310	22	3.2	20	81	14	71	63	0	3	33	1.10
2195962--2196005	20	2.2	20	88	8	63	40	0	0	59	0.98
2197138--2197316	51	3.5	51	82	3	189	41	12	5	40	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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