genome.fa.s115.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold115
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1475684

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  1  of  10  ( 1122 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4813--4848	15	2.3	16	90	4	56	86	11	2	0	0.68
5828--6557	55	13.4	54	89	5	1025	28	30	20	21	1.98
5851--5939	29	3.2	29	67	20	89	28	33	19	19	1.96
5880--5969	26	3.3	26	68	14	74	28	33	17	20	1.95
6048--6133	27	3.1	27	62	15	68	27	30	18	23	1.98
6194--6335	28	5.2	27	62	23	73	26	33	19	20	1.97
6385--6533	47	3.0	47	79	17	183	28	30	22	18	1.97
7355--7422	19	3.9	19	76	21	76	35	10	16	38	1.82
7376--7400	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
7357--7419	32	2.0	32	93	0	108	34	11	17	36	1.85
7441--7496	20	2.8	20	83	0	76	26	14	14	44	1.83
9344--9733	52	7.4	52	69	16	167	30	23	11	33	1.91
9513--9732	52	4.2	52	79	4	203	30	24	10	34	1.89
9716--9792	28	2.8	28	83	0	82	23	33	19	23	1.97
9343--9843	264	1.9	265	86	4	715	29	25	12	32	1.93
9746--9951	80	2.6	79	82	2	225	23	30	16	28	1.97
14538--14616	26	3.1	25	80	5	86	87	6	6	0	0.67
14538--14607	18	4.1	17	80	8	79	88	7	4	0	0.62
14539--14616	23	3.3	23	81	1	84	87	6	6	0	0.68
14538--14607	1	70.0	1	76	0	68	88	7	4	0	0.62
14540--14607	12	5.8	11	85	11	82	88	7	4	0	0.63
15671--15973	55	5.4	55	84	7	360	27	27	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15667--15973	116	2.7	110	84	7	388	27	27	21	24	1.99
15890--16064	94	1.9	94	86	7	257	26	25	20	27	1.99
15863--16158	149	2.0	149	90	1	468	25	26	20	27	1.99
15984--16119	55	2.5	55	89	4	211	27	26	22	24	2.00
16094--16212	39	3.0	39	82	6	132	21	28	14	35	1.93
16184--16398	46	4.7	46	83	10	280	20	27	13	38	1.90
16127--16398	89	3.0	86	83	9	305	20	27	12	40	1.88
16128--16382	135	1.9	133	87	6	372	20	27	12	38	1.89
17020--17075	21	2.7	21	97	0	103	35	10	16	37	1.83
17103--17146	21	2.0	21	86	4	61	36	15	11	36	1.84
17134--17196	19	3.7	18	72	24	64	34	11	17	36	1.85
17132--17204	32	2.3	32	95	0	128	35	10	17	35	1.85
17249--17274	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
19641--19763	53	2.4	51	83	5	158	34	24	9	31	1.88
19697--19921	79	2.8	79	79	8	240	29	26	12	31	1.93
19858--20016	51	3.1	51	82	5	171	28	25	13	33	1.93
20085--20156	26	2.7	26	85	8	92	23	37	19	19	1.94
20140--20362	51	4.3	51	79	7	155	29	23	12	34	1.91
20179--20362	52	3.5	52	80	8	187	29	23	11	35	1.90
25752--26271	61	8.3	61	79	6	486	25	23	16	33	1.96
25752--26271	190	2.7	183	79	8	558	25	23	16	33	1.96
25752--26270	253	2.1	250	83	5	645	25	23	16	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27090--27163	21	3.6	20	79	3	76	44	13	14	27	1.83
27090--27140	20	2.5	21	90	3	77	43	11	15	29	1.82
29665--29870	79	2.6	78	81	9	202	29	22	12	35	1.90
29858--30475	79	7.8	79	76	7	463	28	20	12	38	1.89
29745--29986	132	1.8	132	84	3	335	28	20	11	38	1.88
29877--30472	157	3.8	158	74	7	358	28	20	11	39	1.88
37567--37623	18	3.2	18	92	0	87	35	10	26	28	1.89
38627--38708	28	2.9	27	80	10	94	28	15	32	23	1.95
38696--38866	51	3.3	51	78	4	189	32	11	26	29	1.91
38851--38924	27	2.7	28	85	6	89	22	20	32	24	1.98
41386--41411	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
41365--41431	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
41451--41518	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
41473--41497	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
41454--41516	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
45993--46111	35	3.5	33	72	17	107	36	21	9	33	1.85
46862--46938	22	3.5	22	74	13	77	58	6	0	35	1.24
48788--48860	27	2.7	27	95	0	128	23	6	36	32	1.81
48691--48953	123	2.1	124	85	0	357	34	8	25	31	1.87
52926--52951	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
55499--55537	13	3.0	13	96	0	69	35	15	15	33	1.89
55523--55601	20	3.7	20	76	15	77	44	13	15	26	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55576--55663	44	2.0	44	97	0	167	35	15	14	34	1.89
57660--57690	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
59495--59539	21	2.1	21	84	8	56	20	20	4	55	1.60
61764--61789	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
63761--63794	17	2.0	17	100	0	68	41	11	11	35	1.78
68935--68999	32	2.0	32	84	3	85	27	15	15	41	1.87
77184--77248	19	3.1	21	72	16	64	38	4	26	30	1.76
77192--77258	21	3.3	20	72	16	66	38	2	29	28	1.72
77817--77873	20	3.0	20	82	7	73	33	15	17	33	1.92
77893--77971	33	2.4	34	85	8	101	34	10	17	37	1.84
83159--84280	154	7.3	152	70	12	530	40	18	15	25	1.90
83947--84279	155	2.2	155	81	4	388	42	18	14	24	1.88
85318--85368	20	2.5	20	81	9	59	39	11	15	33	1.84
89078--89120	19	2.2	19	87	4	59	6	4	9	79	1.06
89216--89240	12	2.1	12	100	0	50	0	8	0	92	0.40
90620--91090	161	2.9	162	79	8	473	44	13	9	32	1.77
90620--91032	161	2.5	161	80	6	483	43	14	9	33	1.77
92127--92193	33	2.0	33	82	5	82	35	14	13	35	1.86
92224--92278	19	2.8	20	86	5	76	38	16	14	30	1.89
92245--92309	33	2.0	32	87	3	94	41	13	15	29	1.86
92829--92907	20	3.9	20	88	8	115	34	22	1	41	1.62
92829--92907	21	3.9	21	88	5	117	34	22	1	41	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92813--92942	21	6.1	21	75	15	108	31	25	2	40	1.68
94958--94999	20	2.2	20	87	8	61	47	21	2	28	1.63
94979--95042	30	2.1	30	82	11	76	54	23	1	20	1.53
100905--100958	20	2.7	21	85	8	76	33	18	12	35	1.89
101008--101072	32	2.0	33	87	3	96	49	12	9	29	1.71
102267--102325	27	2.2	26	84	3	82	25	15	37	22	1.93
104462--104586	52	2.4	52	93	0	214	28	20	18	33	1.96
104462--104610	52	2.9	52	88	2	174	30	18	18	32	1.95
104599--104623	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
104670--104738	32	2.2	32	91	0	111	37	14	11	36	1.83
104676--104736	19	3.5	19	66	25	53	36	13	13	37	1.83
105898--105929	15	2.1	15	100	0	64	37	0	0	62	0.95
112729--112833	51	2.1	51	96	0	192	45	20	12	20	1.83
113563--113595	16	2.0	17	88	5	50	45	0	6	48	1.27
115282--115336	21	2.6	22	71	21	55	41	0	1	56	1.10
116505--116558	28	1.9	28	85	7	74	33	11	7	48	1.67
120112--120231	20	5.6	20	72	16	105	41	10	16	30	1.83
120177--120386	71	3.0	68	73	15	219	42	12	15	30	1.83
120201--120336	51	2.7	51	82	0	164	42	10	16	30	1.81
120300--120376	20	3.9	19	81	8	91	42	14	12	29	1.83
120112--120386	142	2.0	139	91	2	451	42	12	16	29	1.84
121019--121188	48	3.5	48	90	0	241	35	14	27	21	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121080--121154	23	3.2	23	62	20	55	36	12	32	20	1.89
121253--121750	28	17.1	28	79	10	484	22	16	30	29	1.96
121252--121750	203	2.4	200	83	7	578	23	16	30	29	1.96
121276--121750	147	3.3	145	88	4	665	22	16	30	30	1.96
123005--123087	13	6.5	12	78	13	78	2	1	12	84	0.78
123021--123087	1	67.0	1	75	0	53	1	1	10	86	0.70
123006--123086	10	7.9	10	80	8	83	2	1	12	83	0.79
123005--123087	24	3.2	26	81	11	100	2	1	12	84	0.78
123022--123082	19	3.3	19	82	13	81	1	1	11	85	0.75
131604--131629	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10