genome.fa.s115.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold115
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1475684

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  2  of  10  ( 1122 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131654--131691	20	1.9	20	94	0	67	36	10	10	42	1.74
131658--131721	33	1.9	33	84	6	85	32	14	10	42	1.80
140027--140102	20	3.8	20	72	10	75	43	13	14	28	1.83
140677--141440	28	26.7	28	84	4	875	23	18	29	28	1.97
140677--141440	57	13.3	57	85	4	907	23	18	29	28	1.97
140677--141438	85	8.9	85	86	3	938	23	18	29	28	1.98
142647--142708	20	3.1	21	82	15	78	3	4	9	82	0.93
142651--142708	9	6.0	9	78	21	64	3	3	10	82	0.90
148695--148720	9	2.9	9	100	0	52	11	0	53	34	1.37
151185--151210	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
151165--151228	32	2.0	33	84	3	85	29	14	15	40	1.86
158303--158328	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
158284--158348	33	2.0	33	87	6	96	41	16	13	27	1.87
164509--164534	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
164646--164691	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
166337--166477	60	2.4	60	95	2	250	36	7	23	32	1.82
167157--167182	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
167138--167202	33	2.0	33	87	6	96	41	16	13	27	1.87
170596--170633	20	1.9	20	94	0	67	34	15	10	39	1.82
170680--170704	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
171435--171490	20	2.7	21	86	5	78	37	10	16	35	1.83
171455--171506	20	2.6	20	87	6	70	38	13	15	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
171819--171843	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
171796--171861	33	2.0	33	93	0	114	28	16	18	36	1.93
171934--171959	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
171916--171979	33	2.0	32	87	3	92	39	18	14	28	1.90
178152--178190	13	3.0	13	78	14	53	30	20	15	33	1.94
178322--178362	22	2.0	21	86	13	59	31	21	4	41	1.74
180653--180677	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
180630--180695	33	2.0	33	93	0	114	28	16	19	34	1.94
186976--187014	13	3.0	13	78	14	53	30	20	15	33	1.94
187146--187186	22	2.0	21	86	13	59	31	21	4	41	1.74
189476--189500	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
189453--189518	33	2.0	33	93	0	114	28	16	18	36	1.93
194259--194426	20	7.8	20	71	18	115	41	11	15	30	1.83
194212--194437	91	2.5	91	91	0	364	41	12	15	30	1.84
195106--195140	18	1.9	18	100	0	70	60	5	5	28	1.43
195373--195423	16	3.1	17	86	8	61	43	27	15	13	1.85
196226--196266	16	2.6	16	92	0	64	36	14	19	29	1.92
196542--196580	20	1.9	21	89	5	62	46	0	2	51	1.14
197077--197108	15	2.2	15	94	5	57	3	15	0	81	0.82
198508--198557	23	2.2	22	85	3	64	60	0	4	36	1.16
198513--198555	14	3.0	14	83	13	52	62	0	2	34	1.08
198508--198574	12	5.7	12	73	16	59	58	0	2	38	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
198540--198590	24	2.0	24	85	7	66	52	0	0	47	1.00
198580--198618	19	2.0	19	90	5	60	48	0	0	51	1.00
203052--203351	154	1.9	155	80	7	353	39	16	17	26	1.90
204669--204701	13	2.5	13	95	0	57	0	15	0	84	0.61
205147--206058	166	5.5	166	76	10	701	50	8	9	32	1.64
205631--205688	17	3.4	17	79	11	73	50	12	8	29	1.69
205313--205937	167	3.8	163	77	13	562	50	9	9	31	1.65
207105--207159	21	2.5	22	88	2	76	38	10	18	32	1.85
210050--210082	16	2.0	17	88	5	50	39	3	3	54	1.31
218042--218080	19	2.1	19	95	0	69	30	12	7	48	1.69
220208--220765	31	17.8	31	76	10	324	22	31	14	32	1.93
220198--220607	154	2.7	152	82	8	481	21	30	14	32	1.93
220509--220765	34	8.0	34	79	11	260	21	33	12	32	1.91
220271--220846	155	3.7	153	78	10	446	22	31	14	31	1.93
220482--220692	90	2.3	93	85	4	284	23	33	13	29	1.93
220517--220764	67	3.9	64	78	13	255	21	33	12	31	1.91
220855--220948	28	3.3	29	80	7	113	32	31	18	17	1.93
220965--221840	49	17.9	49	76	9	684	26	26	16	30	1.97
221118--221195	39	2.0	39	84	0	102	30	26	17	24	1.97
220970--221326	87	3.9	88	85	5	446	26	25	17	29	1.98
221244--221835	52	11.7	51	78	6	526	25	26	17	30	1.97
221259--221835	149	3.8	148	80	7	577	25	26	16	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
221259--221835	100	5.7	102	80	6	476	25	26	16	31	1.97
221244--221799	253	2.2	252	89	1	864	25	26	16	31	1.97
221639--221876	49	4.6	52	77	8	146	25	26	14	34	1.94
222506--222556	21	2.5	21	87	6	70	35	11	17	35	1.87
222590--222643	21	2.6	21	88	8	76	27	16	14	40	1.88
224817--224865	27	1.9	26	84	12	66	24	36	18	20	1.94
228045--228183	48	2.9	48	83	2	172	36	12	13	37	1.82
230850--230903	20	2.7	20	83	11	74	40	12	12	33	1.82
230963--231014	20	2.6	20	82	11	63	46	17	9	26	1.79
231656--231694	20	1.9	21	84	5	53	10	7	7	74	1.22
232778--232817	13	3.1	13	92	0	62	35	12	20	32	1.90
236598--236639	21	2.0	21	85	0	57	23	28	4	42	1.74
238271--238310	13	3.1	13	92	0	62	35	12	20	32	1.90
238920--238970	22	2.3	22	80	10	59	50	1	3	43	1.31
250436--250564	52	2.5	52	93	0	222	27	18	17	35	1.94
250573--250597	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
250584--250663	21	3.8	21	96	0	151	32	10	18	38	1.84
250682--250779	19	5.8	18	69	28	81	35	18	12	33	1.88
250701--250725	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
250682--250777	32	3.0	32	92	1	156	34	18	12	34	1.89
251170--251240	21	3.3	21	76	18	67	35	16	11	36	1.85
251186--251237	22	2.4	22	84	9	63	36	17	9	36	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
251309--251354	21	2.2	21	84	7	58	41	13	13	32	1.82
251321--251378	21	2.8	21	83	0	71	41	15	12	31	1.84
252079--252134	21	2.7	20	88	5	76	33	16	19	30	1.94
254448--254691	119	2.0	120	92	2	402	38	20	15	25	1.92
258340--258411	11	6.1	11	78	15	65	58	0	0	41	0.98
258354--258446	27	3.5	27	67	21	70	51	0	0	48	1.00
258346--258434	22	4.3	20	71	17	65	55	0	0	44	0.99
258353--258447	36	2.7	35	81	15	117	52	0	0	47	1.00
258337--258448	52	2.2	49	79	14	120	55	0	0	44	0.99
258989--259023	17	2.1	17	88	0	52	48	2	2	45	1.32
260882--260928	14	3.6	14	80	13	55	53	0	0	46	1.00
260916--260957	15	2.7	15	85	3	57	50	0	0	50	1.00
260906--260950	14	3.1	14	87	3	54	46	0	0	53	1.00
260959--261009	6	8.3	6	91	4	84	37	0	0	62	0.95
260959--261010	19	2.8	19	97	2	97	38	0	0	61	0.96
261273--261307	14	2.5	14	95	0	61	34	2	14	48	1.58
261631--261682	23	2.3	23	83	6	70	44	0	0	55	0.99
262459--262555	21	4.7	20	69	21	56	55	4	1	39	1.26
262518--262566	22	2.2	23	82	10	57	57	2	2	38	1.22
262453--262583	32	4.2	32	83	4	144	53	5	1	39	1.33
262454--262583	64	2.1	62	84	7	165	53	5	1	39	1.33
266510--266577	23	3.0	23	74	19	63	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
266498--266573	28	2.7	28	78	8	82	40	0	1	57	1.07
266701--266746	21	2.2	21	88	3	67	34	0	0	65	0.93
267867--267932	31	2.2	31	86	2	89	27	16	1	54	1.51
268902--268939	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
270703--270735	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
271454--271489	2	18.5	2	94	5	65	47	0	0	52	1.00
275158--275223	20	3.7	20	69	26	74	39	13	18	28	1.89
275041--275169	52	2.5	52	89	0	204	30	17	15	36	1.91
275157--275235	33	2.4	33	93	0	140	40	13	16	29	1.87
276080--277040	49	19.8	49	83	7	1072	32	18	25	23	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10