genome.fa.s115.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold115
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1475684

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  6  of  10  ( 1122 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
756422--756465	16	3.0	16	75	21	51	40	0	2	56	1.11
756996--757029	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
765760--765897	73	1.9	71	84	10	181	56	1	1	40	1.17
765846--765924	31	2.7	30	71	13	74	63	0	1	35	1.03
765758--765898	36	3.9	37	77	11	141	56	1	1	40	1.17
765833--765906	37	2.0	38	89	7	116	60	0	0	39	0.97
766168--766201	10	3.6	9	85	14	50	32	0	2	64	1.08
766241--766275	18	1.9	18	94	0	61	62	0	0	37	0.95
768648--768673	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
774965--775012	15	3.3	15	77	11	55	60	0	0	39	0.97
782306--782359	19	2.9	19	78	13	58	27	5	0	66	1.13
785683--785742	31	1.9	31	100	0	120	33	6	23	36	1.81
786234--786259	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
788504--788586	40	2.2	39	83	12	102	49	1	0	49	1.08
799885--799925	21	2.0	20	86	13	57	58	0	0	41	0.98
800378--800412	16	2.2	16	94	0	61	51	2	0	45	1.16
800387--800453	26	2.5	26	79	15	75	55	2	1	40	1.24
800659--800706	18	2.8	17	81	6	62	29	0	2	68	1.01
800689--800730	22	1.9	22	85	9	59	30	2	2	64	1.19
801671--801696	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
801757--801829	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
801735--801829	41	2.3	42	96	1	174	29	17	12	40	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
802486--802534	15	3.3	15	81	16	57	34	8	38	18	1.80
805959--805989	13	2.4	13	94	0	53	48	3	25	22	1.66
810187--810465	95	3.0	92	79	8	310	36	10	24	29	1.88
810386--810541	70	2.2	69	85	5	206	35	10	20	33	1.87
814297--814342	20	2.2	20	88	3	65	41	10	17	30	1.84
814309--814350	20	2.1	20	95	0	75	45	7	14	33	1.72
814406--814543	51	2.7	51	81	6	138	30	14	14	40	1.86
819744--819786	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
820872--820971	28	3.6	28	72	11	80	29	28	13	30	1.94
820928--821172	78	3.1	78	80	10	232	30	27	9	31	1.89
823178--823202	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
824328--824371	21	2.1	21	84	16	56	34	4	0	61	1.16
824323--824383	28	2.1	29	82	8	72	40	3	0	55	1.16
825173--825205	2	17.0	2	87	6	50	48	0	0	51	1.00
825525--825562	20	2.0	20	84	5	51	34	0	2	63	1.09
827734--827766	2	16.5	2	93	0	57	51	3	0	45	1.16
828158--828208	2	26.0	2	80	4	59	47	3	1	47	1.32
828260--828319	25	2.4	25	80	5	68	43	0	1	55	1.10
828270--828305	18	1.9	19	88	5	56	44	0	0	55	0.99
828467--828511	24	1.9	24	86	4	65	51	0	0	48	1.00
829563--829595	16	1.9	17	88	11	50	27	3	0	69	1.03
832660--833661	211	4.8	211	85	3	1353	34	17	19	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
833504--833841	183	1.9	181	86	3	491	35	18	17	28	1.94
834170--834898	197	3.6	197	89	3	1001	32	17	19	30	1.95
832660--834753	794	2.6	789	78	13	2147	34	17	19	28	1.95
833680--834898	400	3.0	395	85	8	1433	33	17	19	29	1.95
844864--844901	18	2.1	18	95	0	67	47	0	13	39	1.42
844928--844987	17	3.4	17	69	24	52	48	5	1	45	1.34
844903--845004	36	2.8	35	79	16	118	51	2	0	44	1.23
844991--845020	15	2.1	14	93	6	51	50	0	0	50	1.00
845813--845879	34	1.9	36	84	6	93	44	7	1	46	1.40
859722--859774	20	2.6	20	84	3	61	26	11	26	35	1.90
859709--859923	112	1.9	113	87	4	319	28	14	24	32	1.95
859722--859957	112	2.1	112	82	6	282	30	14	22	32	1.94
862599--862654	19	2.9	19	84	5	67	35	12	14	37	1.84
871633--871685	20	2.6	21	82	8	65	28	16	16	37	1.91
871673--871697	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
874160--874208	13	3.8	13	97	0	89	32	18	16	32	1.93
880512--880582	32	2.2	32	94	0	124	32	14	18	35	1.90
880531--880555	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
880510--880574	19	3.7	19	73	23	70	32	13	16	36	1.89
880660--880788	52	2.5	52	97	0	240	36	17	17	27	1.93
894647--894766	10	11.0	11	75	12	106	85	12	2	0	0.71
894647--894763	29	4.0	29	80	12	148	85	11	2	0	0.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
894647--894763	32	3.8	32	80	15	147	85	11	2	0	0.70
894647--894763	1	117.0	1	70	0	81	85	11	2	0	0.70
896234--896350	29	4.0	29	90	4	189	28	30	17	23	1.97
896235--896356	60	2.0	60	95	0	217	27	30	16	25	1.97
896325--896406	28	2.8	29	82	14	98	34	26	18	20	1.96
897146--897216	32	2.2	32	89	0	106	35	14	15	35	1.88
900768--900793	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
900853--900905	20	2.6	21	82	8	65	28	16	16	37	1.91
900893--900917	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
901741--901781	16	2.8	15	82	10	50	31	12	14	41	1.83
902719--902968	85	2.9	85	79	7	220	30	25	10	33	1.89
902788--902968	87	2.1	86	83	4	222	29	25	10	34	1.89
903509--903597	45	2.0	46	93	0	137	53	22	0	23	1.46
903740--903811	18	4.3	18	71	20	66	48	29	16	5	1.69
903731--903791	30	2.0	30	90	0	95	50	31	14	3	1.59
903730--903872	36	3.8	36	68	20	94	47	26	18	7	1.75
903788--903853	30	2.2	30	86	0	87	43	24	21	10	1.83
903806--903890	36	2.4	36	79	0	98	45	22	20	11	1.83
908368--908411	9	4.8	9	94	5	79	81	0	0	18	0.68
908368--908411	19	2.4	18	96	3	79	81	0	0	18	0.68
908519--908581	19	3.7	18	76	24	73	33	12	17	36	1.88
908538--908562	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
908517--908589	32	2.3	32	97	0	137	34	12	17	35	1.88
911003--911347	52	6.6	50	68	9	204	28	27	12	31	1.93
911010--911456	211	2.1	211	94	1	781	27	27	13	30	1.94
911070--911485	107	3.9	105	70	14	305	27	28	14	29	1.95
911362--911594	79	2.9	77	77	9	236	28	27	12	31	1.93
913445--913470	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
913425--913488	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
916050--916126	20	3.6	20	77	16	82	44	15	14	25	1.84
922230--922255	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
924032--924067	17	2.1	17	100	0	72	41	0	11	47	1.39
925091--925128	18	2.2	17	90	9	60	57	0	0	42	0.98
925088--925130	17	2.7	16	83	16	54	58	0	0	41	0.98
926154--926192	15	2.5	16	83	4	53	64	7	5	23	1.40
926616--926774	20	7.9	19	75	17	85	35	15	17	32	1.91
926702--926774	20	3.7	19	92	7	103	39	12	19	28	1.88
935496--935526	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
935480--935546	33	2.0	33	86	11	93	37	13	16	32	1.88
941605--941641	18	2.1	18	89	0	56	78	0	13	8	0.96
949129--949269	52	2.7	50	78	10	149	43	14	12	28	1.83
949308--949362	20	2.7	20	77	8	58	34	10	10	43	1.75
949328--949381	20	2.7	20	77	8	56	35	12	9	42	1.75
949560--949893	169	2.0	169	98	0	650	31	14	25	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
949885--950121	52	4.6	52	81	1	224	37	16	21	24	1.93
949884--950125	104	2.3	104	80	2	272	38	15	21	24	1.93
950188--950304	32	3.7	32	76	6	94	22	13	28	35	1.92
950326--950819	28	17.6	28	78	8	346	25	15	32	27	1.95
950326--950641	83	3.8	82	83	6	343	24	16	31	28	1.96
950628--950863	29	8.2	29	76	6	196	29	13	32	24	1.94
956788--956831	22	2.1	21	91	8	72	45	6	9	38	1.63
957031--957085	20	2.8	20	94	0	92	32	9	20	38	1.84
959088--959146	21	2.8	21	89	0	82	66	0	16	16	1.26
963824--963848	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10