genome.fa.s118.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold118
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1286304

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3545--3570	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
4609--4663	29	1.9	28	85	3	74	40	1	0	58	1.09
6350--6381	3	10.7	3	93	0	55	68	28	0	3	1.04
9799--9823	6	4.2	6	100	0	50	0	16	36	48	1.46
10855--10916	31	2.0	31	90	6	99	53	22	9	14	1.70
11761--11794	16	2.1	16	94	0	59	32	11	0	55	1.36
12685--12742	27	2.2	26	81	3	71	34	1	0	63	1.04
14506--14658	38	4.1	38	73	12	127	41	16	12	30	1.85
14506--14589	37	2.2	38	87	2	116	44	16	13	26	1.84
14506--14651	75	1.9	76	81	4	179	41	17	11	30	1.85
16229--16294	4	16.5	4	77	0	51	43	7	6	42	1.57
16231--16277	16	2.9	16	96	0	85	42	6	6	44	1.55
16248--16302	26	2.2	26	90	3	85	45	9	5	40	1.59
16229--16302	16	4.7	16	84	1	60	44	8	5	41	1.57
16818--16897	33	2.4	33	95	0	142	32	12	12	42	1.80
19287--19447	79	2.1	77	85	5	216	27	24	9	37	1.87
31798--31844	20	2.3	20	83	16	62	87	6	6	0	0.68
31798--31866	30	2.4	29	82	4	77	82	4	11	1	0.87
32830--33224	61	6.4	60	82	4	461	25	27	19	27	1.99
33205--33429	41	5.4	41	77	4	170	22	25	13	38	1.90
33322--33462	34	3.6	39	81	7	121	22	21	14	41	1.89
34065--34107	20	2.2	20	87	8	61	30	16	9	44	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36440--36588	79	1.9	79	83	2	192	26	20	14	38	1.90
36439--36614	79	2.2	80	78	5	178	27	21	11	39	1.88
39001--39193	38	5.2	38	76	9	146	41	16	14	27	1.87
39015--39203	76	2.5	75	73	13	176	42	16	13	28	1.85
40709--40733	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
40689--40753	33	2.0	33	88	11	98	32	18	15	33	1.92
40783--40838	19	2.9	19	83	2	67	35	16	17	30	1.92
41465--41503	12	3.1	13	81	7	53	38	5	7	48	1.54
42008--42040	17	1.9	17	88	11	50	75	0	6	18	1.00
45617--45678	31	2.0	31	100	0	124	35	19	0	45	1.51
47707--47753	20	2.3	20	88	3	67	44	10	12	31	1.77
47833--47909	32	2.4	32	91	0	118	28	14	16	40	1.88
48005--48044	21	1.9	21	100	0	80	47	15	7	30	1.72
49583--49612	13	2.3	13	94	0	51	40	13	13	33	1.83
55841--55895	20	2.8	19	81	8	65	41	10	12	34	1.78
55830--56016	71	2.6	71	87	1	277	33	16	11	39	1.84
62604--62673	20	3.5	21	73	19	60	68	1	27	2	1.12
66450--66513	33	1.9	33	87	6	94	43	12	12	31	1.80
67311--67474	49	3.6	49	73	16	143	26	18	29	25	1.98
67406--67736	48	7.5	48	70	18	286	28	19	25	26	1.99
67459--67702	39	5.8	39	71	16	182	27	20	25	27	1.99
67315--67743	87	4.9	87	90	0	626	27	19	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67750--68288	34	16.9	33	76	13	488	34	12	33	20	1.90
68021--68292	27	9.1	27	73	19	202	30	13	35	20	1.91
67781--68292	61	8.2	60	85	6	537	34	12	33	19	1.89
67781--68292	121	4.1	123	83	8	558	34	12	33	19	1.89
68305--68744	31	14.2	31	81	7	391	30	15	28	25	1.96
68314--68745	183	2.3	186	90	2	656	31	15	28	24	1.96
70026--70063	17	2.2	18	95	4	69	0	0	10	89	0.49
70026--70065	11	3.7	11	86	3	55	0	0	12	87	0.54
75914--75974	19	3.5	19	75	25	80	32	18	13	36	1.89
75907--75974	32	2.1	32	97	0	127	33	17	13	35	1.89
75928--75956	13	2.1	14	93	6	51	27	17	13	41	1.87
80303--80367	33	2.0	33	87	6	96	40	18	12	29	1.87
84788--84913	52	2.4	53	77	6	132	32	11	25	30	1.92
84990--85075	43	2.0	43	88	0	127	31	18	24	25	1.98
85097--85531	28	15.5	28	80	9	462	18	17	30	33	1.95
85097--85527	84	5.1	83	87	3	546	18	18	30	33	1.94
85893--85977	37	2.3	37	97	0	161	43	15	16	24	1.86
92563--92587	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
92683--92759	32	2.4	32	97	0	145	32	20	19	27	1.97
94897--94947	27	2.0	26	85	11	70	23	39	17	19	1.92
106659--106727	1	69.0	1	79	0	75	89	8	1	0	0.53
106659--106727	32	2.2	31	87	10	104	89	8	1	0	0.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108143--108232	43	2.1	43	91	0	144	23	25	20	31	1.98
108183--108391	52	4.0	52	83	3	238	24	25	15	34	1.95
108341--108534	67	2.9	67	92	0	298	24	24	11	39	1.89
108475--108669	52	3.7	52	77	7	128	25	24	14	35	1.94
109344--109424	13	7.1	12	68	28	61	35	16	12	35	1.86
109345--109424	34	2.4	34	97	0	151	35	16	12	36	1.86
109433--109561	52	2.5	52	98	0	249	34	17	17	30	1.93
114963--115355	49	8.0	49	78	7	357	24	24	17	33	1.96
115014--115104	43	2.1	43	91	0	146	25	25	18	30	1.98
114967--115401	49	8.8	49	76	7	229	24	25	17	32	1.97
129576--129640	4	16.5	4	84	12	73	81	16	0	1	0.77
129568--129637	23	3.0	22	83	8	77	82	14	1	1	0.80
129568--129637	8	8.6	8	77	14	63	82	14	1	1	0.80
129568--129640	25	3.0	24	88	5	103	82	15	1	1	0.81
129570--129635	29	2.3	29	84	7	82	81	15	1	1	0.83
129566--129649	12	7.0	12	80	14	86	80	16	1	1	0.83
129566--129649	36	2.3	35	84	11	100	80	16	1	1	0.83
129580--129649	28	2.6	27	76	12	74	81	17	0	1	0.77
131196--131221	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
133438--133482	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
135286--135316	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
137387--137412	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
137535--137577	20	2.2	19	84	16	52	30	20	4	44	1.72
139419--139458	20	2.0	20	100	0	80	40	5	30	25	1.77
139986--140011	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
141035--141261	29	8.0	29	80	5	230	31	29	16	23	1.96
141041--141306	29	9.3	28	81	6	223	32	29	16	21	1.95
141041--141281	57	4.2	57	79	6	263	33	29	16	21	1.95
141034--141281	85	2.9	86	88	2	356	32	29	15	22	1.95
141041--141320	57	4.9	58	78	8	252	32	29	17	21	1.96
141236--141317	28	2.8	28	83	10	94	32	28	18	20	1.96
141324--141761	49	8.9	49	76	6	366	23	25	16	34	1.96
141375--141465	43	2.1	43	85	0	119	25	24	17	32	1.97
141329--141761	147	2.9	148	79	7	439	24	25	17	33	1.96
142627--142692	33	2.0	33	85	5	89	31	16	10	40	1.83
153351--153409	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
153670--153695	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
162043--162228	51	3.9	50	75	18	187	47	10	13	27	1.77
162093--162167	20	3.8	20	80	0	78	44	12	12	32	1.78
162043--162218	91	1.9	91	89	0	271	46	10	13	28	1.77
163153--163186	13	2.6	13	100	0	68	29	14	23	32	1.94
163264--163330	24	2.9	23	80	4	73	26	22	8	41	1.83
166121--166154	9	3.8	9	88	11	52	29	26	0	44	1.55
168587--168633	23	2.0	24	84	12	62	17	4	14	63	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
169016--169083	29	2.3	28	82	9	82	26	1	17	54	1.52
170921--170983	33	1.9	32	87	3	90	33	14	12	39	1.84
171049--171132	24	3.7	22	80	14	91	23	20	13	42	1.87
171207--171253	20	2.4	19	79	10	58	36	12	17	34	1.87
172161--172255	32	3.0	32	80	0	109	30	21	22	26	1.98
172195--172774	28	20.2	28	80	9	537	25	16	27	30	1.97
172201--172772	143	4.0	140	82	6	612	24	16	27	30	1.97
172808--172868	14	4.5	13	75	6	59	32	21	11	34	1.89
174059--174092	9	3.7	9	88	7	50	0	0	17	82	0.67
184407--184465	27	2.1	28	90	3	93	30	25	20	23	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8