genome.fa.s118.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold118
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1286304

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

This is table  6  of  8  ( 935 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
859713--859764	18	2.9	18	82	5	61	76	0	19	3	0.93
860105--860150	11	4.3	11	84	10	51	78	8	10	2	1.05
860110--860158	21	2.2	22	89	7	73	79	4	14	2	0.97
860110--860165	11	5.3	10	79	14	51	80	3	14	1	0.93
861089--861558	125	3.8	125	81	4	527	22	22	12	41	1.88
861293--861408	45	2.6	45	84	4	135	22	23	12	41	1.88
861536--861602	34	2.0	34	85	5	91	25	17	10	46	1.80
861379--861716	159	2.1	159	85	5	450	24	18	12	44	1.85
861721--861858	45	3.1	45	84	8	156	21	18	14	45	1.85
861866--861980	39	2.7	44	67	18	98	23	22	10	43	1.84
861620--861980	170	2.2	170	81	7	420	22	19	12	44	1.84
861741--862024	119	2.3	122	82	7	346	22	20	11	44	1.84
861790--862334	199	2.7	201	78	9	545	23	20	11	44	1.84
861929--862132	80	2.5	81	81	2	241	22	20	12	44	1.85
862070--862187	46	2.6	46	85	4	150	21	19	12	46	1.83
862114--862498	81	4.8	81	76	4	348	21	21	13	43	1.86
861949--862340	208	1.9	206	82	3	500	23	21	11	44	1.84
867562--867626	22	3.1	20	85	12	78	30	23	0	46	1.53
871895--872147	133	1.9	133	97	0	479	34	17	10	37	1.84
875494--875519	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
880018--880469	154	2.9	153	78	4	390	38	19	18	22	1.93
881367--881488	34	3.7	31	78	16	99	31	13	22	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
885934--885958	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
885913--885976	33	2.0	33	90	3	103	28	15	17	39	1.90
887201--887226	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
888321--888550	79	2.9	79	81	6	261	33	14	26	26	1.94
888481--888599	51	2.3	51	88	2	177	31	15	26	26	1.96
888646--888756	51	2.2	51	88	3	161	33	12	23	30	1.92
888697--888915	79	2.8	79	83	5	273	32	13	25	28	1.94
891769--891870	41	2.5	39	80	13	109	46	8	26	18	1.78
891835--891904	35	2.1	33	81	7	88	40	14	22	22	1.90
891904--892041	42	3.2	43	76	13	131	44	12	23	19	1.85
892034--892219	61	3.1	61	87	4	270	28	18	26	25	1.98
892104--892398	156	1.9	155	85	3	414	25	19	27	26	1.99
892259--892508	55	4.4	56	81	6	249	25	20	25	28	1.99
902169--902232	18	3.6	18	95	0	119	25	17	15	42	1.88
904544--904715	79	2.2	79	86	4	231	31	14	24	29	1.95
904544--904738	79	2.5	79	83	7	191	33	13	24	28	1.93
904697--904813	51	2.3	51	86	2	164	29	16	28	25	1.97
904615--905022	130	3.1	130	81	1	424	30	13	27	28	1.94
904745--904892	79	1.9	79	82	2	190	28	14	28	28	1.96
904827--904943	51	2.3	51	89	4	182	29	11	26	31	1.92
904883--905101	80	2.8	78	78	3	233	33	13	24	28	1.93
907434--907501	20	3.8	20	74	25	87	42	14	16	26	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
907456--907480	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
907436--907500	33	2.0	33	100	0	130	40	15	16	27	1.89
908083--908242	32	5.0	31	78	16	159	32	11	24	31	1.91
908085--908264	66	2.8	66	79	14	212	31	12	23	32	1.92
909786--909820	10	3.5	10	84	0	52	8	14	0	77	0.99
910301--910721	164	2.6	164	79	6	460	48	8	11	32	1.68
912620--912727	52	2.1	52	85	0	144	37	15	12	35	1.85
916715--916769	20	2.8	20	88	5	76	38	12	14	34	1.84
917642--918479	49	17.9	51	75	14	522	32	19	24	24	1.98
917812--918481	87	7.4	90	86	5	881	31	19	24	24	1.98
918047--918438	48	9.0	40	72	17	241	30	20	23	25	1.98
918351--918482	48	2.7	48	88	1	183	32	19	23	24	1.98
918872--919204	79	4.2	79	76	10	272	33	14	26	26	1.94
921500--921568	20	3.5	20	82	4	86	40	14	15	28	1.87
922156--922399	41	5.8	42	77	10	205	40	12	26	20	1.88
922390--923343	61	15.7	61	82	3	805	29	18	24	26	1.98
922424--923335	121	7.5	122	83	3	975	29	19	25	26	1.98
924322--924356	13	2.7	13	86	0	52	0	2	8	88	0.61
932427--932493	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
932447--932471	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
932534--932558	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
932567--932694	52	2.5	52	94	3	224	33	17	17	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
938211--938306	43	2.3	43	79	1	104	33	16	28	21	1.95
938525--938661	43	3.2	42	79	7	132	37	14	24	23	1.92
938582--938685	43	2.4	44	80	6	115	42	14	23	20	1.88
938851--939197	47	7.4	47	74	9	242	39	16	21	23	1.92
940185--940481	158	1.9	158	83	5	386	31	16	25	26	1.96
940193--940481	79	3.7	79	82	4	334	32	16	24	26	1.96
941845--941899	20	2.8	20	88	0	83	41	12	16	29	1.85
944263--944323	16	3.8	16	80	20	65	6	18	1	73	1.12
944263--944317	17	3.0	19	75	20	55	7	18	1	72	1.16
950066--950416	167	2.1	166	87	0	495	46	11	12	30	1.76
950114--950617	165	3.0	165	82	5	500	48	10	11	29	1.73
952540--952677	58	2.4	58	90	0	204	36	21	21	20	1.95
953073--953212	52	2.7	52	84	6	185	31	14	12	42	1.82
954078--954116	21	1.9	21	94	5	71	20	23	12	43	1.86
957520--957568	24	2.1	24	88	3	73	28	18	14	38	1.90
960487--960543	19	2.9	19	84	5	78	33	15	14	36	1.88
960488--960541	20	2.8	19	88	2	72	33	14	12	38	1.85
960439--960541	52	2.0	53	82	5	129	32	16	14	36	1.89
969073--969199	20	5.8	20	73	20	112	40	14	16	28	1.87
969025--969199	90	1.9	91	90	3	282	41	12	17	28	1.86
971164--971189	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
972919--973127	106	2.0	106	90	1	330	25	13	22	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
973324--973396	20	3.7	20	79	3	76	34	15	10	39	1.82
973855--974265	65	6.3	65	77	10	346	34	16	22	26	1.95
973855--974265	127	3.2	126	82	5	477	34	16	22	26	1.95
974177--974350	84	2.0	88	84	6	230	27	20	26	25	1.99
973991--974536	270	2.0	273	83	6	703	31	17	23	26	1.97
974266--974700	126	3.5	122	80	6	430	32	17	23	26	1.96
974266--974700	61	7.0	65	77	7	344	32	17	23	26	1.96
977076--977114	21	1.9	20	84	5	51	28	20	20	30	1.98
984784--984808	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
991579--991604	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
991560--991622	32	2.0	32	87	6	92	28	15	15	39	1.89
991643--991719	21	3.8	20	78	3	91	28	15	11	44	1.82
991664--991736	20	3.6	20	81	3	101	31	17	13	36	1.89
991643--991736	41	2.3	41	96	0	170	29	17	12	40	1.86
992287--992478	48	4.0	48	100	0	384	25	29	8	37	1.85
994318--994356	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
996435--996465	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1000526--1000551	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1000507--1000569	32	2.0	32	87	6	92	28	15	15	39	1.89
1000590--1000666	21	3.8	20	78	3	91	28	15	11	44	1.82
1000611--1000683	20	3.6	20	81	3	101	31	17	13	36	1.89
1000590--1000683	41	2.3	41	96	0	170	29	17	12	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1005179--1005778	78	7.7	78	76	8	454	37	11	23	28	1.89
1010457--1010538	43	1.9	43	84	0	110	34	14	26	24	1.94
1010527--1010664	43	3.2	42	76	8	134	33	18	27	20	1.96
1010546--1011186	258	2.5	256	78	4	655	33	17	28	21	1.95
1010860--1011078	83	2.6	86	78	5	203	33	17	28	20	1.95
1010545--1011160	43	14.4	43	73	4	197	33	17	28	20	1.95
1010929--1011334	170	2.4	170	79	4	437	33	16	29	20	1.95
1010844--1011205	43	8.5	43	75	9	134	34	15	28	21	1.94
1011878--1012354	47	10.2	46	72	8	212	41	15	19	23	1.89
1011973--1012349	141	2.7	140	76	6	395	42	15	17	23	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8