genome.fa.s118.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold118
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1286304

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

This is table  2  of  8  ( 935 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
190167--190294	52	2.5	52	94	3	224	30	17	17	33	1.94
190303--190327	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
190389--190413	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
190368--190433	32	2.0	33	88	2	98	39	13	12	34	1.82
191114--191168	20	2.7	21	80	8	69	40	16	12	30	1.86
194208--194389	91	2.0	91	98	0	355	35	23	11	29	1.90
194511--194585	30	2.5	30	91	2	114	30	26	10	32	1.90
194546--195097	30	18.5	29	73	9	321	28	31	11	28	1.91
194488--194672	62	3.0	62	73	10	191	28	27	12	31	1.93
194488--194730	122	2.0	120	84	7	314	29	28	12	30	1.93
194509--195138	60	10.6	59	74	12	373	27	30	11	29	1.92
194636--195119	208	2.3	207	80	7	536	28	31	11	28	1.91
194886--195152	148	1.8	148	85	3	376	28	32	11	27	1.92
194631--195152	30	17.6	29	75	8	335	28	31	11	28	1.91
195246--196056	52	15.5	52	70	9	292	27	24	13	35	1.93
195243--195677	155	2.8	155	81	3	444	26	23	13	35	1.93
195500--195901	215	1.9	215	80	0	480	25	25	14	34	1.94
195448--196115	371	1.8	370	82	1	879	26	24	13	34	1.93
195713--196057	156	2.2	156	77	1	359	27	24	13	34	1.93
197675--197717	12	3.6	12	96	0	77	81	0	18	0	0.69
198663--199153	142	3.5	141	87	5	670	36	9	10	43	1.72
200245--200278	16	2.1	17	88	5	52	50	0	2	47	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207746--207770	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
207779--207903	52	2.4	52	95	0	223	36	18	17	28	1.94
210009--210059	27	2.0	26	81	11	61	25	43	15	15	1.86
215410--215459	18	2.7	18	79	11	50	6	42	4	48	1.46
215425--215534	42	2.6	42	89	0	166	9	46	2	41	1.50
221115--221234	50	2.4	50	87	0	177	26	20	12	40	1.88
222325--222550	79	2.9	78	83	3	249	31	12	28	26	1.93
222485--222583	51	1.9	51	85	0	135	37	6	24	32	1.80
222487--222602	51	2.3	51	81	0	133	34	9	25	31	1.88
222406--222860	131	3.5	129	83	4	495	33	12	25	28	1.92
222750--222875	50	2.5	50	87	2	164	39	15	19	25	1.91
225156--225228	20	3.6	21	85	7	98	41	12	13	32	1.82
230402--230449	19	2.6	19	83	9	55	79	2	18	0	0.84
230390--230450	17	3.7	16	77	18	54	80	3	14	1	0.92
231410--232022	61	10.0	61	84	4	725	26	25	18	29	1.98
232510--232583	30	2.5	30	86	0	94	28	17	14	39	1.89
235120--235347	79	2.9	79	77	7	237	28	25	13	33	1.93
235287--235393	51	2.1	51	87	0	151	32	29	8	28	1.87
235350--235502	79	1.9	79	84	2	200	29	25	10	34	1.89
235093--235510	209	2.0	210	78	5	443	28	25	11	34	1.91
240009--240069	8	7.6	8	78	7	61	85	9	3	1	0.78
240012--240076	15	4.3	15	81	9	71	83	10	3	3	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
244433--245012	49	11.9	49	81	5	563	33	16	25	25	1.96
244433--245012	101	5.9	98	80	6	572	33	16	25	25	1.96
244433--244923	150	3.3	149	90	0	721	32	15	25	25	1.96
244882--245007	43	2.9	43	89	0	189	34	19	20	25	1.96
245016--245239	27	8.0	26	80	6	133	19	16	30	33	1.94
245053--245239	57	3.3	56	81	6	227	19	14	32	33	1.92
245053--245238	29	6.6	28	82	4	180	19	14	32	33	1.92
246669--246714	14	3.4	14	84	3	58	0	2	13	84	0.71
259421--259446	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
264868--264994	52	2.4	52	94	0	227	27	18	18	36	1.94
265059--265136	13	5.5	13	74	16	75	35	19	14	30	1.91
265083--265152	32	2.2	33	97	2	133	34	18	12	34	1.89
265976--266457	49	10.1	49	77	10	505	32	16	25	25	1.96
266139--266441	43	6.6	43	77	11	282	30	17	26	25	1.97
265986--266454	92	5.0	92	88	2	641	31	17	26	25	1.97
266464--266686	33	6.9	33	86	5	312	20	18	32	28	1.96
266464--266686	65	3.4	65	90	3	335	20	18	32	28	1.96
266722--267130	27	13.9	27	75	16	332	29	12	36	21	1.90
266688--266815	61	2.1	61	95	0	229	32	11	35	19	1.88
266687--267059	95	4.0	95	78	14	416	31	12	36	20	1.89
266783--267113	61	5.5	61	90	2	487	29	12	35	21	1.91
266878--267113	88	2.7	89	72	10	241	29	13	35	22	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
267115--267219	30	3.5	30	90	1	156	28	18	27	25	1.98
278246--278362	42	2.8	42	78	0	117	18	26	18	35	1.94
278785--278987	44	4.7	43	72	11	128	20	27	16	35	1.94
279961--280872	167	5.5	165	79	6	853	27	12	9	50	1.70
279990--280871	332	2.6	330	81	6	976	27	12	9	50	1.70
281431--281458	13	2.2	13	100	0	56	39	14	14	32	1.86
281408--281480	33	2.2	33	85	0	92	35	20	10	32	1.88
281446--281496	20	2.5	20	93	0	84	33	25	13	27	1.94
281525--281575	19	2.6	19	87	3	66	37	7	19	35	1.81
298395--298472	31	2.5	32	85	4	106	38	14	15	32	1.87
298428--298547	51	2.4	50	84	4	152	44	12	12	30	1.79
298585--298675	20	4.6	20	98	0	173	34	14	10	40	1.81
299325--299464	52	2.7	52	80	3	156	28	12	15	42	1.84
301269--301293	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
301250--301314	32	2.0	33	87	3	96	38	13	15	32	1.87
302350--302380	12	2.6	12	94	0	53	32	29	6	32	1.83
310466--310491	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
310530--310603	20	3.7	19	87	7	103	28	16	13	41	1.86
322166--322248	12	6.9	11	79	16	69	84	7	6	2	0.85
322178--322250	18	4.1	17	81	13	85	84	6	5	2	0.84
322163--322222	23	2.6	22	87	7	84	88	8	1	1	0.65
322166--322250	35	2.4	35	81	12	104	84	7	5	2	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
322163--322233	1	71.0	1	74	0	61	87	7	2	2	0.73
326055--326079	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
326742--327491	49	14.7	52	76	9	204	33	16	25	23	1.96
326735--327724	52	19.8	51	77	10	936	33	17	25	24	1.96
326791--327724	101	9.4	101	88	3	1233	32	17	25	24	1.96
327584--327673	43	2.1	42	85	2	117	32	16	25	25	1.96
327792--327996	35	5.9	36	77	11	207	33	12	34	20	1.90
327771--328053	36	8.3	34	73	14	201	31	11	33	22	1.90
327792--327996	70	3.0	69	81	10	233	33	12	34	20	1.90
328050--328107	30	1.9	30	82	10	73	31	20	22	25	1.98
329364--329410	10	4.4	11	84	13	62	0	0	14	85	0.61
329364--329410	21	2.2	21	92	3	76	0	0	14	85	0.61
329364--329428	11	5.8	11	83	5	69	4	0	10	84	0.75
336378--336402	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
336457--336502	19	2.4	19	92	0	74	41	17	8	32	1.80
337136--337226	29	3.2	29	68	14	91	26	31	18	23	1.97
337165--337252	26	3.3	26	67	14	70	26	30	19	23	1.98
337109--337431	55	5.5	59	84	7	360	25	29	18	25	1.98
337442--337693	60	4.3	59	82	8	291	26	25	21	26	2.00
337228--337634	214	1.9	213	85	6	572	25	27	19	26	1.99
337173--337694	275	1.9	268	83	7	669	25	27	19	26	1.99
337435--337693	121	2.2	114	85	8	335	25	25	21	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
338654--338679	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
338718--338788	20	3.6	19	81	7	79	28	16	15	39	1.89
341075--341519	51	8.6	51	75	8	341	29	26	11	32	1.92
341141--341544	210	1.9	209	84	4	530	28	26	12	31	1.93
342497--342713	108	2.0	108	94	0	382	29	14	11	44	1.81
343742--344236	142	3.5	141	82	6	592	41	9	11	37	1.74
347415--347891	35	13.0	36	77	11	305	44	13	22	19	1.85
347343--347463	44	2.7	43	72	11	109	46	17	20	15	1.84
347426--347891	70	6.9	68	76	10	393	44	13	23	19	1.85
347418--347891	105	4.6	104	77	10	458	44	13	22	19	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8