genome.fa.s118.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold118
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1286304

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
683299--683598	78	3.6	83	82	10	355	26	29	14	30	1.94
685663--685712	19	2.6	19	90	0	82	32	12	22	34	1.90
685744--685771	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
689001--689051	20	2.5	20	93	0	93	43	11	15	29	1.82
689294--689503	30	7.1	29	80	10	203	30	29	15	25	1.96
689287--689503	90	2.4	88	84	8	253	29	29	15	24	1.95
689294--689497	60	3.5	60	85	2	261	30	28	16	24	1.96
689577--689647	21	3.0	24	64	15	67	21	29	18	30	1.97
689577--689788	48	4.5	48	84	1	275	18	29	18	33	1.95
690498--690574	20	3.8	20	78	0	82	28	14	14	42	1.84
700391--700516	52	2.4	52	85	2	173	42	11	15	30	1.81
700570--700611	21	2.1	19	86	8	57	30	16	9	42	1.80
702752--702897	78	1.9	79	83	1	195	38	10	20	30	1.86
702774--702926	79	1.9	78	80	8	177	41	10	18	30	1.84
703173--703220	23	2.1	23	96	0	87	27	16	14	41	1.87
706627--706671	23	1.9	24	86	4	65	44	8	8	37	1.67
707339--707365	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
707415--707464	20	2.5	20	100	0	100	34	18	20	28	1.95
707433--707497	33	2.0	33	84	6	87	40	12	16	30	1.86
715147--715213	33	2.0	33	100	0	134	20	29	20	28	1.98
715481--715506	12	2.2	12	100	0	52	53	0	7	38	1.30
716186--716239	20	2.7	20	85	8	74	35	14	18	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
720264--720314	19	2.6	20	90	3	77	27	15	15	41	1.88
722268--722292	13	1.9	13	100	0	50	32	8	8	52	1.60
725753--725880	52	2.5	52	94	3	224	30	17	17	33	1.94
725889--725913	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
725977--726001	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
725955--726021	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
726489--726550	32	1.9	33	90	3	99	29	16	11	43	1.82
735581--735728	27	5.2	27	76	12	143	34	12	31	22	1.91
735561--736007	89	4.9	88	73	15	386	36	12	30	20	1.89
735560--736195	32	20.4	32	75	13	505	36	12	30	19	1.89
735950--736009	27	2.2	27	88	5	86	31	15	35	18	1.91
735697--736195	60	7.9	64	80	8	424	37	13	30	18	1.89
735608--736195	280	2.1	279	86	3	806	37	12	30	19	1.89
736136--736354	30	6.8	33	74	15	122	33	15	31	19	1.93
736208--736354	30	4.7	31	81	8	183	29	17	32	21	1.95
736108--736355	64	4.0	61	79	11	218	33	15	31	19	1.93
736107--736354	94	2.6	96	82	5	301	33	15	31	19	1.93
742184--742784	166	3.6	163	78	7	561	33	10	8	47	1.68
744792--744863	20	3.6	20	81	7	101	34	13	19	31	1.91
744792--744884	40	2.3	41	96	1	170	38	12	18	30	1.88
744923--744948	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
749010--749040	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
751055--751132	20	3.6	21	73	15	70	25	12	16	44	1.83
751119--751157	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
752945--752990	16	2.8	16	93	6	74	28	2	39	30	1.69
753596--753668	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
753596--753690	41	2.3	42	96	1	174	40	12	17	29	1.87
753729--753754	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
761510--761537	13	2.2	13	100	0	56	39	14	14	32	1.86
761488--761556	33	2.1	32	84	10	86	37	17	11	33	1.86
762578--762646	33	2.1	33	88	0	102	34	17	21	26	1.95
763963--764037	31	2.4	31	75	4	80	42	1	18	37	1.59
770307--770360	20	2.7	20	88	11	76	33	18	14	33	1.92
770590--770636	21	2.3	20	82	7	58	51	14	6	27	1.67
774333--774513	52	3.5	52	96	0	317	27	17	18	36	1.93
774585--774651	32	2.1	33	88	2	100	35	13	11	38	1.82
774609--774633	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
775427--775553	67	1.9	68	86	1	184	38	12	25	23	1.90
775611--775678	21	3.2	21	67	19	59	29	19	26	25	1.98
775557--776708	92	12.5	92	91	2	1812	31	17	25	24	1.97
776411--776478	22	3.1	22	62	26	54	30	20	25	23	1.98
776708--776877	33	5.2	32	92	2	277	21	17	33	27	1.96
776860--778279	34	42.5	34	80	7	1388	32	12	35	19	1.89
776861--778281	168	8.5	168	82	7	1501	32	12	35	19	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
776861--778279	533	2.7	533	84	5	1724	32	12	35	19	1.89
778281--778431	31	4.9	31	83	6	191	31	16	27	24	1.96
778252--778426	93	1.9	91	86	6	246	29	16	29	24	1.97
778281--778424	61	2.3	62	86	4	202	29	17	28	24	1.97
778252--778432	31	5.9	30	78	8	168	30	16	29	23	1.96
786710--786734	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
786778--786862	19	4.7	19	76	18	92	37	15	14	32	1.87
786816--786840	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
786797--786860	33	2.0	33	90	3	103	34	15	15	34	1.90
791815--791858	23	1.9	24	86	9	65	43	22	4	29	1.73
792275--792304	13	2.3	13	94	0	51	33	13	20	33	1.91
795259--795333	32	2.4	31	84	6	89	36	13	20	30	1.91
797842--797915	27	2.7	27	95	0	130	27	32	17	22	1.97
797841--797939	27	3.6	27	84	5	119	25	33	19	22	1.97
797923--798145	52	4.3	51	79	10	193	29	25	11	33	1.91
797970--798145	52	3.4	51	81	7	210	30	25	11	32	1.91
798128--798204	28	2.8	28	88	4	102	23	35	19	22	1.96
798158--798363	80	2.6	79	79	3	209	23	31	17	28	1.97
809396--810375	180	5.4	184	87	7	1428	30	18	26	25	1.98
809396--810375	91	10.9	92	87	7	1453	30	18	26	25	1.98
809396--810363	43	21.6	41	72	20	620	30	18	26	24	1.98
810679--810732	28	1.9	28	96	0	99	31	11	35	22	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
810451--811863	33	42.5	33	76	11	998	31	13	35	19	1.90
811868--812012	30	4.8	30	82	11	181	30	15	28	25	1.96
811843--812007	92	1.8	89	84	11	228	29	13	30	26	1.94
811865--812012	62	2.5	60	86	7	203	30	14	29	25	1.95
820221--820351	52	2.5	52	94	0	226	30	17	17	34	1.93
820360--820384	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
820428--820512	19	4.7	19	79	18	101	37	16	12	32	1.87
820466--820490	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
820447--820510	32	2.0	33	93	3	112	34	17	14	34	1.89
825929--825958	13	2.3	13	94	0	51	33	13	20	33	1.91
828892--828968	32	2.4	32	86	2	102	35	14	20	29	1.92
831480--831553	27	2.7	27	95	0	130	27	32	17	22	1.97
831479--831577	27	3.6	27	84	5	119	25	33	19	22	1.97
831561--831782	51	4.3	51	80	6	216	29	25	11	32	1.91
831765--831841	28	2.8	28	86	4	93	23	33	19	23	1.97
844362--844410	16	3.1	16	85	5	64	87	8	4	0	0.65
844361--844400	12	3.5	11	86	6	53	87	10	2	0	0.63
845419--845967	55	10.0	55	91	2	865	28	29	19	22	1.98
845612--845701	26	3.3	26	65	14	65	28	31	17	22	1.97
846726--846780	19	2.9	19	97	0	101	34	10	14	40	1.81
849242--849314	27	2.7	27	95	2	130	27	32	16	23	1.96
849322--849544	52	4.3	52	76	5	148	30	24	11	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
849369--849547	52	3.4	52	76	6	182	31	24	11	32	1.90
849532--849603	28	2.6	28	86	4	92	22	34	19	23	1.96
849557--849760	79	2.6	79	81	3	214	24	31	16	27	1.96
850781--850834	20	2.6	21	85	5	74	33	18	9	38	1.83
850799--850853	20	2.7	20	91	2	83	29	16	12	41	1.85
853541--853614	21	3.6	21	81	7	80	40	13	16	29	1.86
856089--856372	98	2.9	98	79	5	270	26	24	10	38	1.87
859712--859749	8	4.8	8	81	12	51	84	0	15	0	0.63
859712--859746	14	2.6	14	86	4	54	85	0	14	0	0.59
859713--859777	18	3.6	18	73	17	55	75	1	18	4	1.05

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8