genome.fa.s124.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold124
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1034113

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

This is table  1  of  7  ( 840 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2120--2194	15	4.8	15	75	9	62	76	13	6	4	1.13
2154--2212	18	3.3	18	76	6	66	79	10	8	1	1.00
3683--4376	30	24.1	29	82	7	715	32	26	17	23	1.96
3849--4374	58	9.1	58	82	5	595	33	26	17	22	1.96
3849--4369	88	6.0	88	95	1	926	33	26	17	22	1.96
3683--4361	176	3.9	176	92	3	1089	33	26	17	22	1.96
4365--4542	52	3.5	52	77	15	203	24	25	15	33	1.95
4380--4469	43	2.1	43	93	0	153	26	24	17	31	1.97
5376--5400	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
5356--5422	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
5463--5487	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
5476--5624	52	2.9	51	91	4	244	32	19	17	30	1.95
13775--13903	52	2.5	52	96	0	231	29	17	17	36	1.92
13912--13936	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
13997--14022	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
14011--14066	23	2.6	22	88	8	80	37	16	12	33	1.86
14918--15253	52	7.0	50	79	11	382	33	17	25	24	1.96
14918--15285	43	7.8	48	80	11	361	32	17	26	24	1.97
14984--15285	92	3.2	92	92	2	471	30	18	26	24	1.98
15759--15859	29	3.5	28	82	12	116	16	18	32	31	1.94
15875--16513	31	20.2	31	75	15	449	32	13	32	20	1.92
15875--16513	58	10.1	61	73	17	391	32	13	32	20	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15875--16078	89	2.3	88	95	1	372	29	14	33	22	1.93
16113--16466	34	10.6	36	73	19	193	33	12	33	21	1.90
16221--16496	34	8.7	29	73	17	128	31	13	33	21	1.92
16110--16492	166	2.3	162	81	8	429	33	12	33	20	1.90
16258--16496	68	3.6	65	79	11	272	31	12	33	21	1.91
16402--16471	37	1.9	36	94	2	122	34	11	34	20	1.88
16306--16487	96	1.9	94	86	5	258	34	13	34	18	1.90
16139--16558	129	3.2	127	78	13	385	33	12	32	21	1.91
16439--16568	31	4.2	31	74	3	102	33	13	30	21	1.92
17503--17575	9	7.6	9	72	23	51	5	4	5	84	0.85
17502--17575	12	5.9	12	74	13	60	5	5	5	83	0.90
17541--17593	16	3.4	15	77	15	54	0	15	3	81	0.83
23002--23121	52	2.3	52	95	0	213	29	16	18	35	1.93
22993--23141	52	2.9	51	86	4	201	31	15	17	35	1.91
23130--23154	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
23194--23263	33	2.1	33	89	0	104	40	14	11	34	1.82
23219--23243	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
24126--24283	49	3.1	49	76	7	147	35	15	24	24	1.94
24062--24447	170	2.3	166	93	4	650	36	14	23	24	1.93
24363--24730	49	7.6	49	83	9	445	31	18	25	25	1.97
24362--24730	92	3.9	93	91	5	553	31	18	25	24	1.97
24802--25040	35	7.2	33	85	7	261	38	12	28	20	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24800--25007	68	3.1	68	86	7	273	37	12	29	20	1.89
24802--25040	103	2.4	97	84	5	307	38	12	28	20	1.89
26220--26314	1	95.0	1	68	0	55	0	0	15	84	0.63
26220--26314	17	5.6	16	81	9	109	0	0	15	84	0.63
26222--26308	26	3.3	26	77	9	95	0	0	17	82	0.66
29957--29999	21	2.0	21	100	0	86	27	20	23	27	1.99
33232--33351	52	2.3	52	95	0	213	29	16	18	35	1.93
33223--33371	52	2.9	51	86	4	201	31	15	17	35	1.91
33360--33384	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
33424--33493	33	2.1	33	89	0	104	40	14	11	34	1.82
33449--33473	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
36158--36182	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
36265--36445	52	3.5	52	98	0	344	34	19	17	28	1.95
40760--40784	10	2.5	10	100	0	50	60	20	20	0	1.37
42126--42254	52	2.5	52	96	0	231	29	15	17	37	1.90
42263--42287	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
42330--42427	19	5.8	18	71	28	90	36	17	11	34	1.85
42328--42425	32	3.0	32	93	1	169	35	17	11	35	1.85
48335--48388	1	54.0	1	81	0	63	90	9	0	0	0.45
48335--48388	10	5.8	10	85	14	80	90	9	0	0	0.45
48335--48386	18	2.9	18	100	0	104	90	9	0	0	0.46
49495--49926	62	7.0	62	82	3	523	24	25	19	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49497--49926	186	2.3	185	89	2	630	24	25	20	29	1.99
49960--50285	41	7.7	42	72	12	200	21	24	11	41	1.87
49964--50179	45	4.9	44	72	14	162	22	25	11	41	1.87
49978--50179	88	2.3	87	79	3	228	23	24	11	40	1.88
50924--50953	13	2.3	13	100	0	60	30	16	13	40	1.87
50874--51002	62	2.1	63	91	1	206	27	15	15	41	1.87
53350--53503	79	1.9	79	80	5	177	29	22	14	34	1.93
53461--53564	28	3.7	28	80	5	111	22	26	22	28	1.99
53459--53564	56	1.9	56	84	3	142	21	27	21	29	1.99
69643--69705	13	4.8	13	76	7	56	1	11	38	49	1.48
69655--69698	23	1.9	23	81	9	54	2	9	36	52	1.46
70236--70276	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90
78205--78363	30	5.4	30	91	1	214	27	25	15	32	1.96
84673--84739	33	2.0	33	88	0	98	25	25	19	29	1.98
88412--88648	129	1.8	129	85	5	336	41	15	10	32	1.82
88944--88999	27	2.1	27	100	0	112	37	41	3	17	1.67
89622--89667	24	1.9	24	86	8	67	2	28	0	69	1.00
90050--90767	166	4.3	166	83	4	833	51	9	11	27	1.70
90055--90767	331	2.2	333	84	4	924	51	9	11	27	1.69
93898--94399	155	3.2	151	78	8	476	37	19	17	24	1.93
95943--96000	14	4.3	13	75	14	55	65	0	3	31	1.09
95943--95994	21	2.6	19	74	20	52	67	0	3	28	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96189--96836	167	3.9	165	84	4	594	50	8	10	30	1.66
96299--96836	167	3.2	167	89	2	737	51	9	9	30	1.65
101286--101362	20	3.8	20	100	0	154	40	10	19	29	1.85
101952--101988	3	12.7	3	94	5	67	35	0	0	64	0.94
111323--111480	77	2.1	77	80	7	178	41	17	13	28	1.87
114845--115142	79	3.8	78	82	3	337	34	13	22	28	1.93
114845--115142	158	1.9	158	85	4	413	34	13	22	28	1.93
117398--117500	20	4.8	20	75	17	89	40	15	15	28	1.88
117398--117549	69	2.2	69	89	1	234	41	15	17	25	1.89
118134--118482	41	8.3	41	70	11	219	41	12	23	22	1.87
118161--118482	84	3.8	85	77	8	295	42	12	22	22	1.86
118457--118926	62	7.6	62	84	3	545	29	18	26	25	1.98
118946--119207	60	4.3	62	80	9	283	26	18	27	27	1.98
118969--119208	122	2.0	123	83	8	312	27	18	27	26	1.98
119248--119343	20	4.3	20	69	21	66	43	13	15	27	1.84
120052--120168	46	2.7	41	81	13	128	47	11	24	17	1.80
120028--120230	42	4.7	45	75	14	160	41	10	24	23	1.86
119943--120249	84	3.6	86	77	11	240	43	12	23	20	1.85
120239--120669	62	7.0	62	86	2	555	28	18	26	25	1.98
120702--121342	62	10.4	61	84	4	790	27	18	27	26	1.98
121379--121925	61	8.9	62	85	3	671	29	19	25	25	1.98
121377--121932	123	4.5	121	86	4	697	29	18	26	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122923--122947	7	3.6	7	100	0	50	0	0	12	88	0.53
133025--133051	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
135393--135431	13	3.0	13	92	0	69	35	17	15	30	1.91
135480--135528	10	5.0	10	87	2	73	40	8	28	22	1.82
135552--135688	53	2.6	53	95	1	247	27	17	18	37	1.93
135658--135728	20	3.5	20	77	11	74	29	14	16	39	1.88
135768--135808	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
136545--136840	79	3.8	77	77	12	305	34	13	22	29	1.93
136545--136840	158	1.9	158	82	8	379	34	13	22	29	1.93
139187--139216	13	2.3	13	94	0	51	43	13	13	30	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7