genome.fa.s124.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold124
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1034113

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139198--139253	20	2.8	20	91	0	94	42	16	14	26	1.86
143051--143075	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
143031--143097	33	2.0	33	85	0	89	34	11	13	40	1.81
143138--143162	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
143171--143299	52	2.5	52	93	0	213	36	17	16	30	1.91
146225--146508	146	1.9	145	83	5	358	25	27	19	28	1.99
149112--149926	156	5.2	154	80	5	658	37	21	17	23	1.94
149112--150018	156	5.8	155	78	6	633	37	21	17	23	1.94
150553--150597	22	2.0	23	83	12	58	64	15	4	15	1.44
151040--151074	17	1.9	18	88	11	54	51	8	8	31	1.63
152168--152649	165	2.9	164	79	6	492	48	8	11	31	1.70
154700--154936	127	1.9	126	82	2	296	35	16	26	20	1.94
154056--155870	42	43.2	42	70	8	663	36	19	26	17	1.94
155503--155870	127	2.9	127	77	6	354	36	18	26	18	1.94
156534--156963	89	4.8	90	83	2	546	29	16	25	28	1.97
156542--156963	179	2.4	178	88	0	610	29	16	26	28	1.96
158719--158761	17	2.6	16	78	10	50	6	16	0	76	0.99
163438--163559	63	1.9	63	91	0	199	32	22	13	31	1.92
166331--167237	155	5.8	155	75	4	664	37	20	18	24	1.94
166331--166876	157	3.5	154	77	7	485	37	21	17	22	1.94
169507--169954	166	2.7	166	82	2	479	45	8	13	32	1.73
169507--170051	166	3.3	167	78	6	416	45	7	13	33	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174823--174877	23	2.3	25	81	12	71	50	0	0	49	1.00
174940--175053	46	2.4	46	75	13	108	45	2	0	50	1.21
176079--176111	6	5.5	6	100	0	66	33	15	18	33	1.92
179708--179739	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
181411--181515	32	3.3	32	84	5	126	50	4	4	40	1.44
182015--182066	24	2.2	24	86	6	70	69	0	1	28	0.99
182889--182949	21	2.8	21	76	16	61	40	0	0	59	0.98
182893--182948	29	1.9	29	82	7	69	44	0	0	55	0.99
183437--183529	32	2.9	32	86	0	123	47	4	7	40	1.51
185371--185418	25	2.0	24	87	4	69	29	2	0	68	1.01
185585--185625	15	2.9	15	82	7	50	73	4	0	21	1.02
187217--187584	49	7.4	49	81	5	400	24	25	17	32	1.97
187217--187584	101	3.7	100	84	3	440	24	25	17	32	1.97
187203--187584	150	2.6	148	84	5	468	25	25	17	31	1.97
191565--191972	157	2.6	155	79	4	412	27	16	17	38	1.91
191943--192213	148	1.8	150	81	1	339	24	12	19	43	1.86
193897--194028	40	3.3	39	75	6	122	43	15	18	23	1.87
193854--194028	79	2.2	79	80	5	194	43	15	17	23	1.87
195705--196337	166	3.8	165	86	3	830	27	12	9	50	1.70
195731--196492	330	2.3	332	82	5	863	28	12	9	49	1.71
196229--196611	165	2.3	164	85	8	494	30	10	11	47	1.73
197588--197653	31	2.1	31	85	0	87	39	18	24	18	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
198195--198285	31	2.9	30	81	12	103	16	34	21	27	1.95
198277--198347	21	3.2	21	79	11	88	30	36	22	9	1.87
198277--198346	24	3.0	24	87	6	101	31	37	22	8	1.85
199234--199267	11	3.0	11	91	4	50	76	2	0	20	0.92
199234--199281	16	3.1	16	77	22	57	75	2	0	22	0.91
203717--203761	22	2.0	23	82	4	56	33	15	4	46	1.66
207844--207908	33	2.0	33	88	11	98	32	15	15	36	1.89
207939--208021	21	4.1	21	83	7	93	32	14	16	36	1.89
208000--208024	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
210388--210431	21	2.0	22	86	4	63	50	0	22	27	1.50
215784--215809	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
218148--218194	21	2.3	21	76	23	55	42	4	19	34	1.70
218315--218353	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
218339--218417	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
220424--220461	15	2.5	15	91	0	58	13	21	15	50	1.78
222265--222309	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
224527--224552	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
225373--225553	79	2.3	79	81	3	195	31	15	28	24	1.96
225567--225951	52	7.4	51	72	10	276	31	11	27	29	1.92
225457--225951	262	1.9	262	95	0	900	31	12	28	28	1.93
228295--228335	21	2.0	21	100	0	82	24	21	9	43	1.83
228352--228424	32	2.3	32	95	0	128	36	17	10	34	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
228379--228403	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
228360--228422	19	3.6	19	72	24	66	38	17	11	33	1.85
229263--229407	26	5.3	26	63	21	73	20	17	31	29	1.96
229217--229818	55	10.4	55	83	9	681	24	19	28	27	1.99
229217--229814	116	5.2	117	89	6	809	24	19	28	27	1.99
230883--230961	1	79.0	1	75	0	59	0	3	10	86	0.70
230880--230960	10	8.2	10	82	5	67	0	4	9	85	0.74
230883--230961	24	3.5	22	80	10	86	0	3	10	86	0.70
230883--230961	11	6.7	12	80	11	83	0	3	10	86	0.70
243332--243565	79	2.9	77	75	10	222	32	14	26	26	1.95
243520--243591	28	2.6	28	86	4	92	23	19	34	22	1.96
243580--244235	52	12.6	52	68	15	284	31	11	27	29	1.92
243579--244012	51	8.4	51	73	15	286	31	11	27	30	1.91
244042--244118	28	2.8	28	84	11	88	23	19	33	23	1.97
243463--244223	262	2.9	261	94	0	1339	31	12	27	28	1.93
246586--246626	21	2.0	21	95	0	73	26	17	9	46	1.79
246643--246694	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
246651--246713	19	3.7	18	74	24	64	34	17	14	33	1.90
246643--246715	32	2.3	32	95	0	128	34	17	13	34	1.90
246682--246743	19	3.2	19	69	13	54	25	16	16	41	1.88
246776--246849	21	3.5	21	98	0	139	37	21	9	31	1.85
250417--250469	19	2.7	20	88	2	72	33	18	16	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
250441--250503	33	1.9	33	87	9	94	41	15	12	30	1.85
255646--256075	42	10.0	42	79	9	411	12	28	20	39	1.88
255675--255775	53	1.9	53	93	0	175	9	30	21	37	1.86
255646--255818	95	1.8	95	89	0	274	9	29	20	39	1.85
255724--256072	84	4.2	84	84	3	454	12	28	20	38	1.89
255730--256075	167	2.1	168	85	4	468	12	28	19	39	1.89
256670--256740	31	2.3	31	85	2	97	39	16	26	16	1.91
257283--257433	31	5.0	31	70	11	123	25	37	17	19	1.94
258090--258121	16	2.0	16	93	0	55	78	3	0	18	0.89
258082--258107	11	2.4	11	100	0	52	73	7	0	19	1.07
262042--262143	50	2.0	51	90	1	161	48	12	4	34	1.63
262913--262956	11	3.9	11	82	5	52	61	0	4	34	1.16
264210--264253	17	2.6	17	86	10	63	52	4	0	43	1.22
266846--266899	20	2.6	21	85	2	65	40	7	16	35	1.77
266943--267022	42	1.9	42	86	0	115	36	12	12	38	1.81
266944--267022	20	3.8	20	72	11	61	35	12	12	39	1.81
269839--269911	20	3.6	20	81	3	101	36	13	17	31	1.89
269856--269932	21	3.7	21	79	6	95	44	11	15	28	1.82
269839--269932	41	2.3	41	96	3	172	40	12	17	29	1.86
269971--269996	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
272213--272257	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
276172--276209	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
278049--278144	48	2.0	48	100	0	192	37	8	29	25	1.85
278698--278770	20	3.6	20	81	3	101	36	13	17	31	1.89
278715--278791	21	3.7	21	79	6	95	44	11	15	28	1.82
278698--278791	41	2.3	41	96	3	172	40	12	17	29	1.86
278830--278855	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
281557--281609	26	2.0	26	100	0	106	18	15	15	50	1.77
284976--285029	20	2.6	21	91	2	83	44	11	12	31	1.78
287529--287642	50	2.3	50	85	1	156	29	26	7	36	1.83
287525--287642	51	2.3	51	85	1	166	28	25	10	35	1.89
287580--287798	79	2.8	79	88	4	293	29	27	10	32	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7