genome.fa.s124.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold124
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1034113

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
739178--739231	1	54.0	1	77	0	54	88	5	3	1	0.67
739178--739231	20	2.6	19	86	13	72	88	5	3	1	0.67
739178--739251	25	2.9	25	82	8	78	83	5	8	2	0.88
739178--739249	9	8.0	9	78	9	60	84	4	8	2	0.84
740228--740865	61	10.5	61	82	5	747	24	26	19	28	1.99
740232--740851	245	2.5	242	84	5	804	24	26	19	29	1.98
751786--751914	52	2.5	52	90	0	222	27	18	17	35	1.94
751786--751935	52	2.9	51	86	4	210	29	18	18	34	1.94
751979--752061	13	5.5	13	72	27	67	36	16	13	33	1.88
751979--752063	32	2.7	31	94	3	152	37	16	12	32	1.87
759648--760139	29	17.3	29	82	8	566	32	27	17	22	1.96
759641--760139	85	5.9	85	82	6	557	32	27	16	22	1.96
759641--760139	114	4.4	114	86	4	681	32	27	16	22	1.96
760609--760694	20	4.7	19	72	21	76	29	15	13	41	1.85
760609--760674	33	2.0	33	88	5	98	27	15	15	42	1.86
760625--760655	13	2.4	13	100	0	62	29	16	16	38	1.90
762990--763105	51	2.3	51	98	0	223	28	25	13	32	1.94
763122--763237	51	2.3	51	86	0	169	31	25	11	31	1.91
763227--763296	28	2.6	27	86	6	88	24	32	15	27	1.95
763174--763375	106	1.9	106	83	2	262	27	28	13	30	1.94
763252--763584	79	4.2	79	79	3	298	27	26	14	31	1.95
764649--764906	52	5.1	52	81	7	273	23	26	15	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
764649--764905	101	2.5	102	81	7	269	23	26	15	34	1.95
767644--767782	61	2.2	61	89	2	206	22	25	18	33	1.97
767810--768140	42	7.8	41	73	12	222	19	25	11	42	1.85
767812--768117	88	3.5	86	75	10	223	19	25	11	42	1.85
767811--768164	83	4.2	82	74	12	191	19	26	11	42	1.85
768740--768819	20	3.8	20	78	15	97	26	13	15	45	1.83
768740--768866	45	2.7	47	84	4	159	26	15	14	42	1.86
768741--768867	48	2.7	46	85	3	157	26	15	14	42	1.86
771133--771261	50	2.6	50	84	1	168	26	20	13	39	1.89
771198--771585	158	2.4	158	80	4	408	26	24	15	33	1.95
771199--771574	79	4.8	80	75	9	317	27	23	15	33	1.95
773958--774005	21	2.3	21	75	7	53	29	4	14	52	1.60
775177--775581	134	3.0	132	83	8	467	42	10	11	35	1.76
775182--775582	141	2.9	136	84	7	458	43	10	11	34	1.76
776488--776554	13	4.7	15	75	17	63	1	19	0	79	0.82
776497--776554	27	2.2	27	90	3	91	0	20	0	79	0.74
776517--776558	21	1.9	23	85	9	61	0	23	0	76	0.79
776503--776555	13	3.9	14	82	7	65	0	18	0	81	0.70
777025--777439	164	2.5	164	79	6	385	49	8	10	30	1.68
777182--777553	164	2.3	164	77	10	359	52	9	9	29	1.64
778762--779153	165	2.4	164	78	11	404	31	8	8	51	1.62
780808--780834	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
781578--781617	2	20.0	2	94	0	71	47	0	0	52	1.00
784382--784412	12	2.6	12	94	0	53	45	0	25	29	1.54
788766--788804	20	2.1	19	86	13	55	23	0	15	61	1.33
788930--788966	13	2.8	13	87	0	56	35	8	13	43	1.74
789365--789435	20	3.6	19	77	7	70	39	16	14	29	1.88
789405--789541	53	2.6	53	95	1	238	37	18	16	27	1.92
789591--789631	21	2.0	21	100	0	82	34	24	4	36	1.77
789688--789726	13	3.0	13	88	0	60	30	12	17	38	1.88
792033--792059	13	2.1	13	100	0	54	22	7	22	48	1.75
792743--792781	20	2.0	20	100	0	78	28	10	20	41	1.85
792869--792925	19	2.9	19	87	10	80	35	17	14	33	1.90
792953--793006	20	2.7	20	83	11	67	38	14	12	33	1.85
795326--795367	12	3.6	12	80	3	50	33	2	0	64	1.07
796543--796584	2	21.0	2	95	0	75	47	0	2	50	1.14
796589--796687	43	2.3	43	79	6	112	41	17	13	28	1.86
799750--799784	2	17.5	2	87	0	52	48	5	0	45	1.26
800747--800782	2	18.0	2	88	0	54	52	2	44	0	1.15
801353--801406	18	2.9	18	78	10	65	48	0	0	51	1.00
802143--802189	19	2.3	22	89	10	73	51	2	0	46	1.13
805704--805813	37	3.0	37	92	5	197	35	18	9	37	1.82
807003--807056	21	2.6	21	82	5	65	51	12	5	29	1.63
810723--810759	16	2.3	16	85	0	56	48	16	5	29	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
811675--811705	16	1.9	16	93	0	53	38	29	16	16	1.90
815903--815944	21	2.1	20	91	8	68	35	0	9	54	1.33
818212--818245	3	11.3	3	87	0	50	41	0	29	29	1.57
825554--825590	12	3.1	12	88	0	56	29	35	8	27	1.85
826511--826562	20	2.6	20	87	0	77	36	13	9	40	1.77
826462--826612	71	2.2	69	91	2	239	31	15	10	42	1.81
840560--840604	10	4.2	11	86	13	67	82	11	0	6	0.84
840560--840609	22	2.3	21	83	12	66	82	12	0	6	0.85
841874--842545	28	23.5	28	83	6	805	30	30	17	22	1.96
841874--842545	143	4.7	143	87	2	915	30	30	17	22	1.96
842470--842550	32	2.6	32	88	7	114	35	30	11	22	1.89
842805--842867	20	3.6	19	70	26	57	39	15	12	31	1.85
842805--842868	33	2.0	33	93	3	112	40	15	12	31	1.85
843972--844006	12	2.9	12	86	0	52	31	31	8	28	1.87
844877--844949	20	3.6	20	78	12	69	34	15	15	35	1.88
845809--845849	21	2.0	22	85	9	59	21	19	9	48	1.77
850000--850064	17	3.8	17	71	15	53	44	1	0	53	1.09
850011--850076	32	2.0	34	85	5	91	43	0	0	56	0.99
853503--853596	40	2.4	40	96	1	172	43	23	11	21	1.85
853633--853751	49	2.4	51	88	5	172	28	17	10	42	1.83
853726--853775	20	2.5	20	90	0	73	28	14	12	46	1.79
856396--856460	33	2.0	32	87	3	94	32	15	13	38	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
863565--863750	92	2.0	92	96	0	345	35	13	12	38	1.83
864826--864882	19	3.0	20	84	7	82	33	17	15	33	1.92
864912--864976	33	2.0	32	85	11	87	36	15	16	30	1.90
864932--864956	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
866853--866950	39	2.5	39	85	1	135	35	4	15	44	1.65
866853--866979	38	3.3	37	82	6	146	32	4	16	46	1.68
866998--867079	39	2.1	39	81	4	94	25	3	24	46	1.69
869919--869965	24	2.0	24	82	0	58	48	0	8	42	1.33
871534--871593	23	2.7	22	85	10	77	75	1	21	1	0.99
872694--873226	266	2.0	265	91	1	870	37	10	14	38	1.80
873334--873385	19	2.7	20	87	6	79	42	15	13	28	1.85
875593--875642	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
877440--877470	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
878855--878892	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
879004--879049	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
880504--880547	23	2.0	21	82	8	52	15	9	15	59	1.61
880773--880808	18	2.0	18	100	0	72	38	5	16	38	1.72
881347--881398	20	2.6	19	87	6	68	36	15	15	32	1.89
881468--881493	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
881450--881513	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
888419--888449	8	3.8	8	95	4	53	12	0	25	61	1.32
889100--889140	20	2.0	21	85	9	57	17	43	34	4	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
890193--890266	37	2.0	37	94	0	130	29	27	20	22	1.98
890506--890548	21	2.0	21	90	0	68	37	0	30	32	1.58
891197--891248	20	2.7	20	84	3	70	40	21	9	28	1.84
892344--892384	13	3.2	13	96	0	73	36	19	14	29	1.92
892496--892541	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
893996--894039	23	2.0	21	82	8	52	15	9	15	59	1.61
894265--894300	18	2.0	18	100	0	72	38	5	16	38	1.72
894839--894890	20	2.6	19	87	6	68	36	15	15	32	1.89
894941--894992	19	2.7	20	87	6	79	42	15	13	28	1.85
895796--895820	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7