genome.fa.s145.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold145
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2608604

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5040--5086	16	2.9	16	87	0	58	4	19	40	36	1.71
5057--5163	16	6.7	16	78	4	90	8	17	30	42	1.79
5266--5292	8	3.4	8	100	0	54	51	0	0	48	1.00
5370--5409	18	2.2	18	86	8	55	50	2	2	45	1.28
5946--5981	14	2.8	13	88	12	56	19	0	8	72	1.10
6486--7560	535	2.0	537	84	6	1393	39	7	8	44	1.64
9531--9566	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
12752--12807	25	2.2	25	87	6	78	32	0	1	66	1.03
12777--12807	16	1.9	16	100	0	62	35	0	0	64	0.94
13072--13121	20	2.5	20	75	9	50	64	2	0	34	1.05
13708--13739	12	2.4	14	90	10	50	37	0	0	62	0.95
14460--14644	34	5.5	34	87	3	257	40	26	7	25	1.82
18710--18772	19	3.3	19	90	0	90	34	19	17	28	1.94
19077--19259	34	5.4	34	87	3	253	39	26	7	25	1.83
19590--19618	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
22800--22841	8	5.5	8	77	11	52	0	16	0	83	0.65
22798--22841	15	2.9	16	86	10	65	0	20	0	79	0.73
22804--22852	10	4.5	11	80	12	57	0	18	0	81	0.69
22798--22852	15	3.5	15	78	14	58	0	21	0	78	0.76
24905--24950	24	1.9	24	86	8	67	50	0	0	50	1.00
35911--35947	5	7.4	5	96	0	65	0	43	0	56	0.99
36263--36293	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38417--38456	21	1.9	21	84	0	53	45	0	12	42	1.42
38566--38608	18	2.4	18	84	0	59	23	37	0	39	1.55
38991--39042	21	2.5	21	87	6	70	32	3	28	34	1.76
42414--42455	21	2.0	21	85	0	57	47	2	14	35	1.57
44430--44466	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
44790--44921	34	3.9	33	82	6	149	34	3	16	45	1.66
44788--44932	67	2.1	68	84	1	184	33	3	17	45	1.66
45231--45267	19	1.9	19	100	0	74	32	21	16	29	1.95
49361--49407	22	2.1	22	88	0	67	14	10	27	46	1.78
52983--53035	20	2.7	20	100	0	106	33	11	15	39	1.83
53072--53099	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
53140--53206	33	2.0	33	85	0	89	41	14	10	32	1.80
53162--53186	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
56335--56461	62	2.0	62	98	0	245	30	14	7	48	1.70
61702--61785	18	4.8	18	81	7	93	41	10	11	35	1.77
65305--65331	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
72282--72306	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
73051--73076	6	4.3	6	100	0	52	30	0	0	69	0.89
76843--76873	16	1.9	16	93	0	53	54	19	3	22	1.58
81101--81160	12	4.7	13	73	19	54	63	1	0	35	1.05
81100--81147	14	3.5	14	80	2	53	62	2	0	35	1.07
87000--87029	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88320--88355	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
88591--88623	16	2.1	15	94	5	57	90	0	9	0	0.44
90610--90683	21	3.6	21	81	7	80	40	13	16	29	1.86
94266--94314	3	16.3	3	95	0	89	65	0	0	34	0.93
95469--95511	2	21.5	2	95	0	77	53	0	46	0	1.00
97204--97229	12	2.2	12	100	0	52	42	23	0	34	1.54
97364--97390	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
99578--99716	71	2.0	71	88	2	208	41	17	14	27	1.88
103605--103640	3	12.0	3	100	0	72	0	33	0	66	0.92
104026--104050	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
107218--107246	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
111016--111051	17	2.1	18	89	5	56	38	5	55	0	1.23
114439--114465	4	6.8	4	100	0	54	0	48	0	51	1.00
124003--124056	2	27.0	2	96	0	99	48	0	0	51	1.00
124837--124870	2	17.0	2	87	0	50	50	5	0	44	1.26
124838--124870	12	2.8	12	100	0	66	51	6	0	42	1.26
125591--125621	2	15.5	2	100	0	62	48	0	51	0	1.00
129495--129556	2	31.5	2	78	3	63	46	6	1	45	1.38
129638--129662	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
136411--136435	7	3.6	7	100	0	50	64	12	12	12	1.51
137521--137566	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
147552--147582	8	3.9	8	95	0	53	51	6	0	41	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151485--151514	6	5.0	6	91	0	51	20	0	80	0	0.72
153049--153078	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
153668--153708	2	20.5	2	100	0	82	0	51	0	48	1.00
154003--154029	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
154029--154058	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
156603--156656	22	2.5	22	90	0	81	33	24	9	33	1.87
156649--156726	37	2.1	38	87	2	113	38	25	1	34	1.64
161283--161340	22	2.6	22	83	5	73	36	18	5	39	1.74
161364--161418	22	2.6	21	82	2	65	41	21	3	32	1.71
164951--165000	14	3.6	14	71	15	50	26	2	2	70	1.09
170636--170766	65	2.0	64	86	1	181	34	21	5	38	1.76
176207--176256	27	1.9	25	92	8	82	22	4	26	48	1.68
178810--178843	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
181833--181892	6	10.0	6	85	0	75	46	6	46	0	1.29
181833--181892	8	7.5	8	84	0	75	46	6	46	0	1.29
181848--181887	10	3.8	10	86	6	53	45	5	50	0	1.23
181834--181887	12	4.7	12	88	9	85	44	7	48	0	1.31
183138--183182	2	23.0	2	81	4	56	46	2	4	46	1.35
183125--183179	25	2.2	25	100	0	110	45	3	7	43	1.49
185081--185121	2	20.5	2	100	0	82	51	0	48	0	1.00
188265--188306	16	2.6	16	78	14	50	50	0	0	50	1.00
188295--188348	27	2.0	27	82	10	65	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
198264--198306	3	14.3	3	100	0	86	34	0	0	65	0.93
199899--199937	2	19.5	2	100	0	78	0	51	0	48	1.00
206521--206546	7	3.7	7	100	0	52	57	0	0	42	0.98
206514--206553	14	2.8	14	82	17	55	57	0	0	42	0.98
210195--210224	13	2.2	14	94	5	53	20	0	3	76	0.92
218544--218584	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
219924--219989	34	1.9	35	84	9	91	40	1	0	57	1.08
221932--221992	31	2.0	31	100	0	122	45	0	9	44	1.37
227899--227928	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
228476--228609	33	4.0	34	88	2	209	23	18	13	44	1.86
228476--228608	67	2.0	67	93	0	230	23	18	13	44	1.85
229003--229070	22	3.1	22	69	23	70	39	8	2	48	1.49
228982--229070	44	2.0	44	97	0	169	37	6	4	51	1.49
232624--232723	36	2.8	36	96	0	182	23	17	20	40	1.92
232761--233002	120	2.0	122	93	3	416	34	11	27	26	1.91
246081--246106	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
249743--249775	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
250428--250460	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
256276--256317	22	2.0	22	90	4	68	52	0	0	47	1.00
256792--256854	29	2.2	28	86	8	83	57	0	0	42	0.99
266649--266677	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
270941--270968	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
273782--273840	29	2.0	29	83	0	73	52	0	0	47	1.00
276330--276400	29	2.4	29	80	13	83	56	0	2	40	1.14
294002--294042	15	2.7	16	77	7	50	41	4	0	53	1.22
297008--297037	15	2.0	15	100	0	60	40	13	6	40	1.71
306639--306780	71	2.0	71	90	4	225	42	11	11	34	1.78
316097--316139	14	3.1	14	80	10	52	55	0	0	44	0.99
316018--316358	105	3.4	100	80	9	290	47	7	3	42	1.47
316110--316367	105	2.5	102	83	5	309	47	6	3	42	1.47
316278--316438	84	1.9	84	86	3	227	45	6	3	44	1.46
316193--316546	188	1.9	189	85	4	500	44	6	4	44	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15