genome.fa.s145.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold145
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2608604

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
712695--712758	29	2.3	27	84	10	83	37	0	0	62	0.95
718285--718321	14	2.4	16	86	13	60	21	0	0	78	0.75
718619--718671	19	2.6	21	82	5	65	56	0	0	43	0.99
718629--718686	17	3.4	16	76	11	53	56	0	0	43	0.99
719603--719658	11	4.8	11	78	20	60	1	23	10	64	1.35
721160--721197	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
733455--733494	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
733917--733982	27	2.5	25	86	11	96	53	7	0	39	1.30
736994--737037	23	1.9	23	81	9	54	59	0	0	40	0.98
740548--740577	15	2.1	15	93	6	53	53	0	0	46	1.00
741443--741490	17	2.8	17	80	0	60	37	4	0	58	1.18
741446--741511	32	2.0	33	85	11	91	39	1	0	59	1.07
748580--748637	17	3.1	19	69	16	50	48	3	3	44	1.36
748662--748731	27	2.6	26	78	10	61	55	2	1	40	1.23
748655--748731	26	2.8	26	80	9	75	55	2	1	40	1.22
754369--754402	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
756476--756506	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
763758--763792	2	18.0	2	88	5	54	51	2	0	45	1.16
763954--763978	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
766111--766154	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
767670--767730	24	2.5	24	78	7	61	60	1	0	37	1.07
768516--768556	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
773227--773299	3	23.7	3	80	5	83	57	8	0	34	1.28
773236--773304	19	4.0	19	75	24	89	53	13	0	33	1.39
773227--773299	31	2.4	31	97	0	137	57	8	0	34	1.28
782918--782946	12	2.3	13	94	5	51	37	34	24	3	1.72
783474--783498	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
783909--783964	25	2.1	25	81	15	60	25	3	1	69	1.14
785285--785312	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
786171--786295	65	1.9	65	88	0	187	28	21	21	28	1.99
789868--789907	21	1.9	21	85	10	55	45	0	2	52	1.14
789880--789910	5	6.0	5	96	3	53	41	0	0	58	0.98
789925--789991	32	2.1	32	83	5	82	47	2	8	40	1.50
789925--790032	16	6.8	16	72	0	63	47	7	8	37	1.62
789925--790032	48	2.2	48	82	6	130	47	7	8	37	1.62
791103--791178	16	4.8	16	75	13	68	40	23	18	17	1.91
791075--791185	32	3.5	31	77	11	100	38	22	18	20	1.93
791263--791368	30	3.5	29	73	20	76	45	0	0	54	0.99
791263--791335	15	5.0	15	73	18	57	45	0	0	54	0.99
791285--791357	30	2.4	30	82	11	87	46	0	0	53	1.00
792021--792052	4	8.0	4	100	0	64	25	0	25	50	1.50
792118--792144	4	6.8	4	100	0	54	48	0	0	51	1.00
792630--792715	32	2.5	35	80	9	90	44	0	1	54	1.07
794603--794634	13	2.5	13	95	5	57	59	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
795792--795882	34	2.6	34	96	1	164	39	37	0	23	1.55
805410--805463	28	1.9	28	85	7	74	35	1	0	62	1.06
807642--807688	1	47.0	1	86	0	58	4	91	0	4	0.51
807642--807698	29	2.0	29	89	0	87	7	85	3	3	0.80
807637--807687	24	2.1	24	100	0	102	7	88	0	3	0.63
811532--811575	11	4.2	10	82	8	52	40	0	2	56	1.11
811532--811575	21	2.1	21	86	0	61	40	0	2	56	1.11
811532--811575	16	2.8	16	89	3	63	40	0	2	56	1.11
811532--811575	5	8.4	5	82	9	52	40	0	2	56	1.11
813121--813169	19	2.5	20	78	15	57	73	4	16	6	1.19
813322--813362	17	2.3	18	83	8	57	60	0	0	39	0.96
816496--816520	9	2.8	9	100	0	50	76	0	0	24	0.80
826690--826720	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
827131--827186	25	2.1	25	81	15	60	25	3	1	69	1.14
829378--829502	65	1.9	65	91	0	205	28	23	20	27	1.99
833147--833212	16	4.1	16	76	3	53	48	9	9	33	1.66
833127--833234	48	2.2	48	80	9	132	48	8	7	36	1.62
834277--834387	16	7.0	16	73	15	79	38	22	18	20	1.93
834480--834562	25	3.2	25	76	21	82	46	0	0	53	1.00
834465--834537	15	5.0	15	73	18	57	45	0	0	54	0.99
834487--834559	30	2.4	30	82	11	87	46	0	0	53	1.00
834883--834941	17	3.3	17	81	11	57	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
835221--835256	4	9.0	4	100	0	72	25	0	25	50	1.50
835607--835694	44	2.0	43	82	6	106	42	0	2	55	1.12
835819--835904	32	2.5	35	80	9	90	44	0	1	54	1.07
837794--837825	13	2.5	13	95	5	57	59	0	0	40	0.97
838983--839073	34	2.6	34	96	1	164	39	37	0	23	1.55
843776--843868	34	2.7	34	94	1	159	37	38	1	22	1.62
847757--847814	26	2.3	26	84	3	82	48	0	1	50	1.11
851126--851165	21	1.9	21	85	10	55	60	0	0	40	0.97
851500--851542	23	1.9	22	85	4	59	55	0	9	34	1.32
852218--852271	15	3.5	15	78	16	58	55	0	0	44	0.99
855758--855787	12	2.5	12	94	0	51	50	13	0	36	1.42
855917--856015	42	2.4	42	83	6	112	47	8	2	42	1.44
855963--856024	21	3.0	21	73	15	56	51	8	3	37	1.48
858178--858257	29	2.8	28	78	12	74	62	2	0	35	1.09
862401--862439	20	1.9	21	85	15	55	43	0	0	56	0.99
862390--862463	28	2.6	28	80	14	82	43	4	0	52	1.20
862390--862475	28	3.0	29	79	16	81	43	3	0	53	1.18
864615--864657	2	22.0	2	95	4	79	0	0	48	51	1.00
864829--864854	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
867210--867248	20	2.0	20	85	10	53	43	0	0	56	0.99
868422--868484	25	2.5	24	82	7	63	58	9	0	31	1.30
872926--872955	15	1.9	16	93	6	53	50	0	3	46	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
873440--873514	31	2.4	31	86	8	116	56	0	6	37	1.26
877271--877417	73	2.0	73	95	0	267	33	18	12	36	1.88
879617--879658	16	2.6	16	88	0	66	40	4	0	54	1.21
880968--881004	2	18.5	2	94	0	65	54	0	45	0	1.00
883961--884009	25	1.9	25	83	4	62	71	8	4	16	1.26
886207--886239	16	2.0	17	88	5	50	66	0	0	33	0.92
886838--886914	17	4.8	17	72	18	65	55	2	0	41	1.13
886836--886936	47	2.2	45	80	11	116	58	2	0	38	1.13
889974--889998	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
894446--894496	20	2.5	20	83	3	57	52	0	0	47	1.00
894882--894945	17	3.7	17	77	4	65	43	0	0	56	0.99
894911--894944	16	2.1	17	88	5	52	47	0	0	52	1.00
899529--899568	18	2.3	18	86	4	55	52	15	7	25	1.68
901344--901386	17	2.3	20	88	11	65	39	0	4	55	1.20
901385--901460	38	2.0	37	82	12	93	52	0	0	47	1.00
908066--908113	24	2.0	25	91	4	80	62	0	2	35	1.07
910672--910718	18	2.5	20	75	6	53	51	0	0	48	1.00
912778--912824	19	2.5	19	80	13	60	36	0	0	63	0.94
915875--915950	9	9.0	8	70	16	55	30	1	1	67	1.07
915904--915950	12	4.0	12	83	10	62	31	0	0	68	0.90
915875--915950	17	4.5	16	72	18	57	30	1	1	67	1.07
921261--921322	6	10.3	6	87	0	88	46	20	1	30	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
922802--922838	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
931322--931360	15	2.6	15	87	0	51	43	15	38	2	1.60
932199--932255	21	2.6	22	80	5	62	50	3	0	45	1.18
932199--932259	23	2.8	22	82	9	63	52	3	0	44	1.17
932373--932428	14	3.7	14	73	17	58	42	0	0	57	0.99
932385--932430	21	2.2	21	84	7	58	39	0	0	60	0.97
932358--932429	32	2.2	33	90	9	112	43	0	0	56	0.99
933143--933192	18	2.7	18	76	14	57	46	0	2	52	1.12
933143--933191	19	2.6	19	78	12	57	46	0	2	51	1.12
935949--935983	2	17.5	2	93	0	61	45	0	0	54	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15