genome.fa.s145.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold145
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2608604

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2046606--2046635	13	2.2	14	94	5	53	30	0	0	70	0.88
2052783--2052816	9	3.8	9	92	0	59	50	0	0	50	1.00
2052776--2052816	18	2.2	19	95	4	75	51	0	0	48	1.00
2054121--2054365	135	1.8	135	86	3	357	22	11	21	45	1.83
2056253--2056305	21	2.6	21	80	11	58	56	0	0	43	0.99
2058249--2058280	13	2.6	13	90	9	50	71	0	21	6	1.07
2058791--2058830	21	1.9	21	89	0	62	47	0	0	52	1.00
2061652--2061681	4	7.2	4	96	3	51	50	0	0	50	1.00
2062078--2062110	18	1.9	17	88	11	50	54	3	0	42	1.15
2063557--2063603	24	2.0	22	84	8	58	48	0	4	46	1.21
2063763--2063828	18	3.7	18	76	13	57	54	0	0	45	0.99
2063804--2063860	31	1.9	30	85	7	80	50	0	0	49	1.00
2069033--2069110	41	1.9	41	89	5	122	35	17	11	34	1.86
2075353--2075381	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
2075381--2075416	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2076651--2076727	37	2.1	37	100	0	154	35	22	15	27	1.94
2077249--2077995	182	4.0	188	83	5	914	44	19	12	24	1.84
2079276--2079388	33	3.4	34	76	14	101	53	0	0	45	1.06
2079267--2079388	14	8.9	14	71	17	62	53	0	0	45	1.12
2079276--2079367	25	3.4	26	77	20	82	55	1	0	43	1.07
2079910--2079951	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
2082110--2082134	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2082289--2082369	5	17.6	5	75	23	56	37	0	0	62	0.95
2082315--2082372	16	3.6	16	82	13	82	39	0	0	60	0.97
2082290--2082382	33	2.9	32	85	6	127	36	0	0	63	0.95
2082289--2082364	29	2.6	28	84	13	93	36	0	0	63	0.95
2082360--2082407	19	2.5	20	78	18	57	41	0	0	58	0.98
2082312--2082399	33	2.7	33	87	8	110	39	0	0	60	0.97
2084190--2084225	18	2.0	18	88	0	54	0	52	2	44	1.15
2091146--2091182	19	1.9	19	88	0	56	27	0	0	72	0.84
2094902--2094940	19	2.0	20	85	5	53	43	0	0	56	0.99
2096117--2096155	12	3.2	12	88	0	60	56	15	2	25	1.52
2097762--2097786	13	1.9	13	100	0	50	36	0	0	64	0.94
2097985--2098023	17	2.3	17	86	0	51	41	0	0	58	0.98
2099103--2099144	18	2.3	19	80	12	52	21	52	11	14	1.73
2099847--2099909	27	2.4	26	84	5	74	50	0	0	49	1.00
2100704--2100744	17	2.3	18	80	19	50	48	0	0	51	1.00
2100700--2100744	19	2.4	21	75	24	55	46	0	0	53	1.00
2100692--2100751	14	4.1	14	72	16	50	41	0	0	58	0.98
2102946--2102976	2	15.5	2	93	0	53	48	3	0	48	1.17
2103020--2103075	29	1.9	29	86	13	80	53	0	8	37	1.32
2103138--2103186	24	2.1	22	82	14	55	55	0	0	44	0.99
2107329--2107377	16	3.1	16	85	8	57	55	4	2	38	1.31
2107349--2107402	25	2.1	26	86	10	76	57	0	0	42	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2107360--2107402	18	2.5	17	88	11	61	58	0	0	41	0.98
2107333--2107411	41	2.0	41	87	7	117	55	2	1	40	1.21
2112757--2112795	9	4.2	9	87	6	51	89	2	2	5	0.63
2113297--2113353	29	2.0	30	82	6	73	45	1	1	50	1.22
2114101--2114129	4	7.2	4	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2115384--2115415	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2115630--2115685	28	2.0	30	82	10	73	64	0	1	33	1.04
2115882--2115932	11	4.3	12	73	11	52	41	0	0	58	0.98
2115908--2115951	21	2.1	21	91	8	72	40	0	0	59	0.98
2116275--2116396	61	2.0	60	93	4	210	36	34	6	22	1.81
2122876--2122924	24	2.0	24	88	0	71	28	14	20	36	1.92
2123219--2123268	20	2.5	19	78	12	55	60	0	0	40	0.97
2123613--2123656	10	4.3	10	81	13	54	43	0	2	54	1.12
2123683--2123748	24	2.9	23	78	21	68	46	3	0	50	1.16
2131756--2131818	32	2.0	31	84	3	81	26	0	7	65	1.20
2132163--2132211	17	2.8	17	81	6	62	46	0	0	53	1.00
2132155--2132203	17	3.0	17	85	5	66	44	0	0	55	0.99
2132173--2132237	25	2.5	27	78	12	73	47	0	0	52	1.00
2132165--2132218	17	3.1	17	77	15	56	46	0	0	53	1.00
2132165--2132223	19	3.2	18	75	17	59	47	0	0	52	1.00
2132153--2132239	25	3.4	25	69	12	70	43	0	0	56	0.99
2135517--2135559	20	2.2	20	86	0	59	51	6	9	32	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2140921--2140951	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2141737--2141766	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2145868--2145952	40	2.2	37	80	14	91	49	0	1	49	1.08
2145929--2146009	28	3.0	27	75	10	76	53	1	0	45	1.08
2145931--2145972	22	1.9	21	85	9	57	52	0	0	47	1.00
2145849--2146001	34	4.4	34	69	15	91	51	0	0	47	1.10
2146592--2146619	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2183644--2183698	26	2.1	26	83	10	67	43	0	1	54	1.10
2183727--2183807	28	3.0	27	75	10	76	53	1	0	45	1.08
2183729--2183770	22	1.9	21	85	9	57	52	0	0	47	1.00
2183672--2183799	34	3.7	34	70	14	91	50	0	0	47	1.12
2186346--2186376	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
2186349--2186374	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
2186347--2186376	15	2.0	15	100	0	60	46	0	0	53	1.00
2189314--2189419	42	2.6	40	82	7	108	54	0	0	44	1.06
2190361--2190400	18	2.2	18	91	8	64	57	0	2	40	1.12
2190886--2190963	21	3.9	19	77	14	70	34	0	0	65	0.93
2190890--2190958	15	3.9	19	67	31	55	36	0	0	63	0.94
2190894--2190962	36	1.9	36	82	5	86	36	0	0	63	0.94
2192084--2192150	24	3.0	22	79	16	66	41	0	1	56	1.08
2192278--2192384	2	53.0	2	87	5	135	45	2	2	48	1.31
2192812--2192850	18	2.2	18	90	9	62	71	0	0	28	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2193378--2193458	41	2.0	41	85	7	112	50	2	1	45	1.22
2194109--2194133	3	8.3	3	100	0	50	32	36	0	32	1.58
2194220--2194254	3	11.7	3	87	0	52	28	0	5	65	1.15
2194765--2194802	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2203960--2204000	16	2.5	16	84	4	55	65	0	0	34	0.93
2204541--2204592	21	2.7	19	78	18	54	46	0	0	53	1.00
2204556--2204612	12	5.1	12	73	14	50	50	0	0	49	1.00
2204582--2204637	28	2.0	28	82	6	69	60	0	0	39	0.97
2207694--2207724	16	1.9	16	93	0	53	64	0	0	35	0.94
2210191--2210250	6	10.0	6	98	0	102	53	0	33	13	1.40
2215803--2215845	19	2.4	19	88	7	63	48	0	0	51	1.00
2220390--2220437	17	2.8	17	78	15	53	54	4	0	41	1.20
2221699--2221738	19	2.1	19	90	0	62	35	5	2	57	1.34
2222457--2222482	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
2224759--2224787	2	14.5	2	100	0	58	48	51	0	0	1.00
2225706--2225777	23	3.1	23	95	2	126	15	0	31	52	1.43
2226650--2226697	23	2.1	23	100	0	96	45	12	4	37	1.61
2227967--2227993	14	1.9	14	100	0	54	55	0	0	44	0.99
2228541--2228598	15	3.5	17	72	15	59	68	0	12	18	1.19
2229909--2230085	34	5.2	34	83	2	187	31	7	20	41	1.79
2229909--2230118	34	6.2	34	79	7	178	30	6	21	41	1.79
2229909--2230118	68	3.1	68	78	6	221	30	6	21	41	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2234534--2234752	34	6.5	34	86	2	280	25	7	26	40	1.82
2234534--2234752	102	2.2	101	90	3	341	25	7	26	40	1.82
2237064--2237091	3	9.3	3	100	0	56	32	32	0	35	1.58
2238825--2238854	14	2.2	13	94	5	51	76	0	0	23	0.78
2238823--2238857	13	2.7	13	87	12	54	74	0	0	25	0.82
2239288--2239349	23	2.6	24	89	5	99	56	0	14	29	1.39
2241795--2241826	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2242235--2242287	20	2.8	20	80	11	58	37	0	0	62	0.96
2242232--2242275	24	1.9	22	81	9	52	29	0	0	70	0.88
2244217--2244287	33	2.2	33	82	5	81	22	25	18	33	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15