genome.fa.s162.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold162
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1959167

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1666112--1666164	6	9.0	6	78	19	51	33	0	1	64	1.05
1666117--1666168	16	3.1	16	76	18	52	34	0	1	63	1.06
1667012--1667121	30	3.7	29	78	8	107	35	5	8	50	1.55
1667627--1667701	20	3.8	20	83	0	96	34	13	12	40	1.81
1671157--1671233	20	3.8	20	83	6	102	40	10	15	33	1.81
1685251--1685309	1	59.0	1	75	0	55	88	5	1	5	0.70
1685251--1685316	20	3.2	21	87	8	91	86	6	3	4	0.78
1685251--1685316	21	3.2	20	85	12	80	86	6	3	4	0.78
1685249--1685316	7	8.9	8	77	8	54	85	7	2	4	0.82
1686528--1687227	28	24.4	28	83	4	812	29	31	17	22	1.96
1688094--1688147	20	2.7	20	85	0	72	37	12	11	38	1.79
1691878--1692005	22	5.8	22	76	3	114	34	7	14	42	1.75
1692084--1692154	20	3.4	21	78	9	83	18	11	30	39	1.86
1692084--1692154	21	3.4	20	83	11	81	18	11	30	39	1.86
1692084--1692159	22	3.6	21	81	13	86	19	10	28	40	1.85
1692327--1692377	21	2.4	22	86	3	77	15	7	35	41	1.76
1692309--1692382	22	3.6	21	81	5	80	14	6	32	45	1.71
1692468--1692518	20	2.5	21	76	20	54	17	11	25	45	1.83
1693289--1693366	22	3.5	22	82	3	77	39	11	11	37	1.78
1693649--1693690	16	2.6	16	81	14	50	40	0	14	45	1.45
1693630--1693726	44	2.2	45	88	3	144	40	5	13	41	1.66
1693630--1693704	22	3.4	21	71	14	71	40	4	13	42	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1693655--1693729	22	3.4	22	78	14	75	40	5	14	40	1.69
1693854--1694023	63	2.7	60	81	12	189	41	16	18	23	1.90
1694569--1694633	24	2.8	22	78	15	69	43	7	7	41	1.62
1694576--1694641	22	2.9	23	76	13	66	45	7	7	39	1.61
1694667--1694716	21	2.3	22	79	6	57	40	32	12	16	1.84
1695658--1695795	29	4.8	29	74	6	82	49	15	5	29	1.67
1696114--1696170	30	2.0	27	86	10	78	35	15	0	49	1.45
1696792--1696850	20	3.0	20	76	16	61	37	0	0	62	0.95
1696827--1696858	15	2.1	16	94	5	57	40	0	0	59	0.97
1699641--1699714	21	3.6	20	85	3	85	32	18	10	37	1.86
1703322--1703369	14	3.3	15	85	8	55	22	2	2	72	1.05
1705005--1705044	21	2.0	20	90	5	62	42	22	7	27	1.80
1704887--1705182	153	1.9	154	86	0	414	39	20	13	26	1.90
1704899--1705290	153	2.5	152	77	4	365	40	20	12	26	1.88
1707551--1707591	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
1707632--1707701	20	3.5	19	76	7	68	40	17	12	30	1.87
1707671--1707807	53	2.6	53	91	1	211	37	18	16	27	1.92
1707839--1707929	32	2.9	32	91	1	139	28	26	9	35	1.88
1707965--1708003	13	3.0	13	92	0	69	30	15	17	35	1.91
1708961--1709002	9	4.7	9	87	0	57	21	33	28	16	1.95
1722985--1723027	12	3.7	11	79	11	50	88	6	0	4	0.63
1722985--1723028	17	2.6	17	92	0	70	86	6	0	6	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1724972--1725022	14	3.4	15	78	15	52	76	0	21	1	0.88
1724969--1725024	17	3.3	17	74	0	58	78	0	19	1	0.84
1724967--1725026	11	5.4	11	73	11	50	80	0	18	1	0.80
1731465--1731517	19	2.8	18	80	11	52	75	7	11	5	1.18
1731465--1731518	20	2.8	19	83	8	56	75	7	11	5	1.16
1732789--1733607	27	30.0	27	93	2	1377	22	35	14	27	1.93
1732789--1733607	55	15.0	54	94	1	1377	22	35	14	27	1.93
1732789--1733607	82	10.0	82	94	1	1403	22	35	14	27	1.93
1733606--1734342	32	23.3	32	88	3	1082	31	32	17	18	1.94
1735574--1735628	17	3.3	16	80	7	65	80	0	18	1	0.81
1735570--1735628	20	3.4	17	80	15	66	79	0	18	1	0.81
1735571--1735630	10	5.6	10	71	21	50	81	0	16	1	0.77
1737791--1737858	32	2.2	31	82	7	84	26	35	23	14	1.94
1737867--1738048	52	3.5	52	75	5	172	24	23	15	36	1.94
1738024--1738101	39	2.0	39	89	0	120	26	21	21	29	1.99
1738080--1738210	49	2.7	49	84	2	156	25	26	12	35	1.91
1738077--1738234	49	3.2	49	80	5	149	25	25	13	34	1.93
1738330--1738461	61	2.4	52	70	20	129	26	23	13	36	1.92
1738346--1738481	61	2.2	61	88	0	200	23	23	11	41	1.86
1739156--1739211	20	2.8	20	97	0	103	46	10	8	33	1.70
1741788--1742025	65	3.7	65	79	4	207	43	15	19	21	1.88
1741798--1742129	65	5.1	63	74	10	192	42	14	20	22	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1741801--1742166	130	2.8	129	77	7	296	43	13	20	22	1.87
1742703--1742912	75	2.8	76	80	3	253	43	14	16	25	1.85
1747251--1748151	31	29.1	31	82	2	916	17	25	30	26	1.97
1748143--1748474	66	5.0	66	84	2	384	34	17	23	25	1.96
1748193--1748436	133	1.8	133	90	0	389	35	17	21	25	1.95
1748468--1748633	34	4.9	34	81	5	158	41	10	26	21	1.85
1748481--1748605	34	3.6	34	84	2	160	44	9	26	20	1.82
1749781--1749813	13	2.6	13	90	4	50	81	0	0	18	0.68
1755845--1755885	14	3.0	13	83	13	55	80	0	17	2	0.82
1756206--1756281	7	11.3	7	74	14	54	82	5	10	1	0.87
1756206--1756281	19	4.2	17	74	14	71	82	5	10	1	0.87
1756206--1756281	15	5.1	14	75	22	59	82	5	10	1	0.87
1756210--1756279	18	3.9	17	75	14	52	81	5	11	1	0.92
1757208--1757299	47	2.0	46	84	2	121	21	19	17	41	1.90
1757355--1757516	47	3.5	46	75	7	141	22	16	17	43	1.88
1757525--1757675	47	3.2	46	83	2	176	21	27	10	40	1.86
1757747--1757848	45	2.3	46	84	3	127	19	24	10	45	1.82
1757912--1758135	85	2.6	84	79	5	227	16	23	14	45	1.84
1765416--1765463	22	2.1	23	81	11	55	25	22	12	39	1.89
1766629--1766872	97	2.5	97	87	2	355	26	30	13	29	1.94
1770772--1770874	51	2.0	52	96	1	190	40	13	14	31	1.85
1772454--1772491	20	1.9	20	89	10	60	55	13	2	28	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1775097--1775123	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
1775562--1775599	14	2.6	15	87	4	51	63	5	2	28	1.30
1776031--1776137	52	2.1	52	81	10	121	45	0	0	52	1.13
1776301--1776334	16	2.1	16	88	0	50	8	8	38	44	1.67
1776306--1776347	16	2.6	16	88	0	57	11	4	30	52	1.59
1776352--1776387	16	2.2	17	90	5	56	19	19	25	36	1.95
1777208--1777263	16	3.6	16	87	4	78	21	10	19	48	1.79
1777207--1777254	15	3.1	15	88	5	69	20	10	22	45	1.81
1789307--1789597	157	1.8	160	81	4	365	38	8	19	32	1.83
1789307--1789623	79	4.0	78	75	6	244	38	9	19	31	1.84
1791300--1791325	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1791282--1791346	32	2.0	32	87	6	94	43	15	13	27	1.85
1800056--1800081	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1800038--1800102	32	2.0	32	84	6	85	43	15	12	29	1.83
1801279--1801330	24	2.1	24	82	3	59	40	5	21	32	1.77
1803514--1803721	68	3.1	66	73	10	179	35	24	12	26	1.92
1805345--1805382	20	1.9	20	94	0	67	34	13	13	39	1.83
1805347--1805412	33	2.0	33	87	0	96	30	15	13	40	1.85
1806703--1806865	89	1.8	89	98	0	317	21	28	20	29	1.98
1808553--1808578	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1809277--1809320	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
1813196--1813226	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1815030--1815074	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
1817298--1817323	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1824327--1824382	19	2.8	20	78	5	69	30	14	16	39	1.88
1830132--1830182	16	3.2	16	82	0	66	52	0	3	43	1.19
1830536--1830575	15	2.5	17	84	12	57	50	0	0	50	1.00
1830581--1830642	5	13.2	5	73	23	55	38	0	1	59	1.07
1830557--1830642	19	4.4	19	78	14	86	43	0	1	55	1.07
1830579--1830642	23	2.8	23	84	9	78	39	0	1	59	1.07
1830579--1830642	19	3.0	21	84	13	87	39	0	1	59	1.07
1830581--1830644	14	4.6	14	72	18	53	39	0	1	59	1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12