genome.fa.s162.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold162
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1959167

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

This is table  6  of  12  ( 1418 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
805989--806171	101	1.8	100	88	3	278	25	28	18	27	1.98
806085--806345	61	4.4	61	80	8	313	26	26	19	27	1.99
805649--806345	337	2.1	336	93	1	1189	25	27	19	27	1.98
805836--806495	277	2.4	278	84	8	821	25	28	18	27	1.98
806507--806627	42	2.8	43	77	11	138	18	24	14	42	1.88
807332--807388	20	2.8	20	91	0	96	26	15	14	43	1.85
807350--807479	33	4.1	33	73	11	128	25	16	17	40	1.91
807432--807458	13	2.1	13	100	0	54	29	18	14	37	1.91
809824--809948	51	2.4	52	82	6	175	32	23	7	36	1.82
809824--809969	51	2.9	50	78	11	161	33	23	8	34	1.84
810062--810138	28	2.8	28	76	7	77	22	29	19	28	1.98
809960--810481	109	4.8	108	85	4	629	25	24	15	35	1.94
810175--810247	28	2.6	28	87	6	96	23	30	17	28	1.97
810289--810353	28	2.3	27	84	10	87	21	32	16	29	1.96
809973--810490	217	2.4	218	85	2	684	25	23	15	35	1.94
810447--810563	51	2.3	51	83	2	155	30	23	11	35	1.89
821906--821976	20	3.6	19	79	7	79	39	14	12	33	1.83
821851--822046	90	2.2	90	84	1	250	45	10	13	30	1.77
821920--822077	70	2.2	71	86	3	221	44	11	15	28	1.80
821990--822045	20	2.8	21	86	5	80	46	8	16	28	1.77
826603--826680	36	2.2	36	95	0	138	32	28	1	38	1.65
828987--829013	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
828997--829046	20	2.5	20	90	6	75	36	18	14	32	1.90
830352--830392	16	2.5	16	84	4	55	24	0	4	70	1.06
830502--830530	15	1.9	15	100	0	58	27	0	0	72	0.85
830352--830614	138	1.9	139	83	8	340	43	6	6	42	1.58
831750--831841	14	6.7	14	74	15	68	47	3	2	46	1.30
831797--831838	19	2.2	19	83	8	50	45	4	2	47	1.36
832325--832398	30	2.4	32	78	21	86	50	0	4	45	1.20
832348--832404	29	2.0	29	82	6	71	52	0	1	45	1.11
832389--832446	27	2.1	28	81	9	66	51	0	3	44	1.18
832493--832545	22	2.3	23	78	15	56	54	0	1	43	1.11
832956--833011	27	2.0	28	82	3	69	51	7	8	32	1.60
837616--837671	20	2.8	20	94	2	94	41	8	17	32	1.81
837727--837847	52	2.3	52	84	1	154	32	14	11	42	1.81
837830--837863	17	2.0	17	94	0	59	41	8	14	35	1.77
838271--838298	8	3.5	8	100	0	56	89	0	0	10	0.49
840121--840160	9	4.6	9	96	3	73	22	20	0	57	1.41
840203--840395	97	2.0	96	81	3	226	31	23	8	37	1.84
846610--846732	58	2.1	57	81	11	135	27	26	14	31	1.95
846610--846848	29	8.3	29	70	9	114	25	29	13	30	1.94
846875--847221	32	10.9	32	77	7	242	31	28	15	24	1.96
846881--847221	63	5.4	63	78	6	235	31	29	15	23	1.96
847451--847683	52	4.4	53	81	0	182	27	23	13	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
847563--847697	52	2.6	52	86	2	173	31	23	11	34	1.90
847443--847697	104	2.4	105	76	2	262	27	23	12	36	1.92
847557--847735	52	3.5	53	81	6	163	29	24	12	33	1.92
851596--851622	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
851576--851641	33	2.0	33	93	0	114	34	15	12	37	1.84
851574--851641	20	3.8	19	71	26	67	36	14	11	36	1.83
859056--859097	22	1.9	22	85	9	59	40	11	11	35	1.79
858682--859298	333	1.8	333	84	3	839	36	10	14	37	1.81
867225--867269	21	2.1	21	84	8	56	51	4	6	37	1.49
867435--867464	7	4.3	7	91	0	51	23	0	0	76	0.78
867689--867735	14	3.1	15	87	12	69	25	2	0	72	0.96
867689--867722	7	4.7	7	96	3	59	26	0	0	73	0.83
867308--867990	271	2.6	267	90	3	1022	34	7	8	49	1.61
867967--868016	7	6.6	7	80	15	55	26	4	4	66	1.27
867983--868022	17	2.3	18	86	4	55	27	7	5	60	1.45
867969--868028	18	3.6	17	82	8	63	30	5	3	61	1.33
870288--870356	36	2.0	34	83	11	86	42	4	1	52	1.30
870352--870391	14	2.9	14	80	0	53	50	2	0	47	1.14
870620--870672	24	2.2	24	83	6	63	15	3	3	77	1.06
870804--870834	16	1.9	16	93	0	53	48	0	0	51	1.00
873324--873354	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
873925--873957	15	2.1	16	88	5	50	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
879169--879202	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
879824--879863	20	2.1	19	86	13	55	55	2	0	42	1.13
880256--880299	3	14.7	3	100	0	88	65	0	0	34	0.93
880752--880793	21	2.0	21	86	13	61	40	0	0	59	0.97
880746--880810	23	2.8	24	73	17	66	46	0	0	53	1.00
881029--881054	13	2.0	13	100	0	52	0	0	7	92	0.39
882494--882521	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
885964--886302	78	4.3	77	73	12	233	36	5	23	34	1.78
887376--887433	20	2.8	20	86	2	80	43	12	10	34	1.76
887422--887464	22	2.0	22	86	4	61	39	13	16	30	1.87
887646--887689	22	2.0	22	82	8	54	29	13	15	40	1.86
888210--888265	25	2.2	26	90	9	89	23	25	0	51	1.48
888443--888472	14	2.1	14	93	0	51	60	10	0	30	1.30
892737--892832	34	2.8	34	82	1	111	33	20	10	35	1.87
893375--893437	33	1.9	33	86	0	90	34	14	15	34	1.88
895728--895888	55	2.9	55	77	0	160	21	16	19	43	1.88
896428--896468	22	1.9	22	90	5	66	48	0	21	29	1.50
912197--912246	25	2.0	26	84	4	66	64	6	0	30	1.18
912267--912317	17	2.9	17	77	5	57	62	1	0	35	1.06
912758--912798	19	2.2	18	91	4	64	41	9	0	48	1.36
923240--923277	20	1.9	20	94	0	67	39	18	5	36	1.73
923332--923385	19	2.8	20	85	2	65	38	16	12	31	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
923960--924000	22	2.0	20	85	9	55	36	19	4	39	1.73
923972--924031	30	2.0	30	84	12	79	35	18	8	38	1.81
923972--924031	31	2.0	29	87	6	84	35	18	8	38	1.81
925703--925745	21	2.0	22	86	4	61	51	0	20	27	1.48
930376--930418	3	14.3	3	90	0	68	30	32	0	37	1.58
931992--932057	33	2.0	33	87	0	96	36	18	12	33	1.88
932089--932176	19	4.9	19	74	17	80	37	13	15	32	1.87
932129--932187	13	5.1	13	71	23	51	40	11	15	32	1.83
932110--932187	32	2.4	32	100	0	156	41	12	15	30	1.85
932663--932714	21	2.5	21	83	0	59	34	1	5	57	1.33
932754--932827	24	3.2	23	74	12	71	31	1	13	54	1.48
936308--936340	11	3.1	11	95	4	59	54	0	0	45	0.99
940039--940091	20	2.6	21	78	6	63	37	15	16	30	1.90
941707--941758	20	2.5	20	90	3	77	36	11	15	36	1.84
945757--945796	18	2.1	20	86	9	57	45	5	0	50	1.23
948748--949150	157	2.6	154	78	7	384	23	14	19	42	1.88
952150--952183	9	3.8	9	84	0	50	85	0	11	2	0.71
953544--953602	20	2.9	20	82	2	73	40	11	16	30	1.85
953638--953778	52	2.7	52	85	1	203	28	15	14	41	1.86
956994--957018	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
957046--957109	33	1.9	33	87	6	94	37	10	15	35	1.83
968140--968197	20	2.8	21	86	5	73	36	8	13	41	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
968899--969265	176	2.1	175	94	1	646	37	17	24	20	1.94
969177--969340	52	3.2	52	81	2	150	39	16	22	21	1.92
969281--969401	61	2.0	61	88	3	181	42	12	23	21	1.86
969238--969442	113	1.8	113	81	4	261	38	14	24	22	1.92
969514--969630	32	3.7	32	79	7	132	16	17	35	30	1.92
969562--969652	32	2.6	34	76	11	96	23	14	36	26	1.93
971177--971232	7	7.9	7	75	18	53	3	1	12	82	0.88
980262--980381	62	1.9	62	89	3	188	24	23	20	32	1.98
981247--981284	14	2.7	14	95	0	67	18	10	36	34	1.85
982927--983914	508	1.9	506	85	2	1331	37	15	18	28	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12