genome.fa.s162.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold162
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1959167

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

This is table  5  of  12  ( 1418 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
683837--684033	79	2.5	79	83	1	216	30	15	28	25	1.96
683990--684065	28	2.8	28	88	8	95	23	17	34	25	1.96
684049--684434	52	7.4	51	74	11	246	32	12	24	30	1.92
683942--684439	263	1.9	263	88	1	757	32	12	25	29	1.93
684253--684325	27	2.6	28	83	14	98	23	20	31	24	1.98
686731--686786	20	2.8	20	86	0	85	42	12	14	30	1.82
686804--686871	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
686826--686850	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
686807--686869	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
689701--689733	12	2.8	12	100	0	66	57	0	0	42	0.98
694251--694303	11	4.5	12	78	19	58	62	0	0	37	0.96
694339--694385	22	2.1	22	84	4	58	44	0	0	55	0.99
694990--695039	11	4.5	11	78	9	57	46	0	2	52	1.12
699900--699931	2	16.0	2	93	0	55	0	46	0	53	1.00
701492--701593	31	3.3	31	63	22	79	38	15	8	37	1.79
701468--701591	61	2.0	62	98	1	241	33	16	9	41	1.81
702122--702215	19	5.0	18	84	10	93	14	14	17	53	1.74
704755--704999	126	1.9	126	91	0	400	48	9	8	33	1.66
718783--718808	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
718765--718828	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
722367--722692	163	2.0	162	86	4	460	37	8	14	39	1.76
722912--722937	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
723396--723462	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
726597--726621	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
728494--728519	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
728978--729044	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
729541--729608	33	2.1	32	89	8	102	35	14	16	33	1.89
731681--731739	21	2.8	21	84	0	64	59	0	23	16	1.37
735152--735176	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
735130--735369	113	2.1	113	99	0	471	35	17	18	28	1.94
735265--735289	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
736753--736824	20	3.7	19	81	7	74	30	16	16	36	1.91
736753--736805	19	2.7	20	85	2	72	26	16	16	39	1.91
736875--736900	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
737155--737211	19	2.9	19	86	2	78	31	14	19	35	1.91
737240--737293	20	2.7	20	88	5	74	33	14	18	33	1.92
736772--737511	373	2.0	380	83	6	955	37	19	15	28	1.92
742026--742087	27	2.3	27	83	10	81	48	3	4	43	1.40
742041--742293	107	2.4	106	85	5	332	42	4	14	37	1.67
742282--742323	21	2.0	21	86	9	59	50	7	2	40	1.43
742438--742560	28	4.5	27	75	8	115	49	4	6	39	1.47
742438--742575	28	5.1	28	73	9	110	50	3	7	38	1.47
742596--742648	27	2.0	27	88	0	79	50	9	9	30	1.66
742639--742704	25	2.8	23	75	13	55	51	9	7	31	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
742721--742796	13	5.7	13	72	16	57	47	1	9	42	1.44
742709--742812	28	3.9	27	76	11	97	44	0	11	43	1.47
746963--747022	21	2.9	19	86	13	84	80	0	11	8	0.92
746963--747044	11	7.8	10	78	20	71	79	0	12	8	0.94
746977--747031	10	5.6	10	80	19	55	83	0	10	5	0.79
746975--747032	21	2.8	21	86	2	91	84	0	10	5	0.77
748104--748737	154	4.2	152	76	9	442	43	16	13	27	1.85
748116--748675	154	3.7	153	76	10	448	43	15	13	27	1.84
753279--753317	11	3.5	11	89	0	60	64	0	0	35	0.94
753596--753637	17	2.6	17	85	7	52	64	0	0	35	0.94
753573--754153	289	2.0	287	91	1	930	39	7	5	47	1.54
754464--754537	20	3.7	19	78	10	78	33	17	13	35	1.89
754465--754639	40	4.3	41	71	15	123	31	17	16	34	1.92
754586--754639	20	2.7	20	91	5	83	33	14	16	35	1.90
756168--756312	79	1.8	78	81	7	177	34	13	22	28	1.93
756246--756361	51	2.3	51	81	3	153	36	12	22	28	1.91
756346--756417	28	2.6	28	84	10	103	26	16	31	25	1.96
756406--756679	51	5.3	51	70	16	195	30	12	28	29	1.92
756216--756714	158	3.2	158	87	2	646	32	13	26	27	1.93
759123--759148	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
759172--759242	32	2.2	32	89	0	106	36	16	9	36	1.82
760085--760339	61	4.3	60	81	7	297	27	20	26	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
760365--760805	61	7.3	61	82	5	497	28	18	26	25	1.98
760357--760805	121	3.7	122	81	7	531	28	18	26	26	1.98
765225--765333	51	2.1	51	88	3	157	33	13	24	27	1.93
765318--765389	27	2.6	28	91	6	112	25	19	33	22	1.97
765373--765647	51	5.3	51	70	10	198	29	11	29	29	1.92
765190--765685	158	3.1	158	88	2	667	30	12	28	28	1.93
765482--765547	28	2.4	28	86	0	87	27	21	31	19	1.97
768172--768234	19	3.6	19	70	24	66	34	19	12	33	1.89
768159--768248	32	2.8	32	89	0	144	34	16	14	34	1.89
768191--768247	13	3.9	13	72	24	51	33	17	14	35	1.90
772742--772772	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
772722--772788	33	2.0	32	86	11	91	32	16	13	37	1.88
772817--772870	19	2.7	20	88	5	74	31	20	14	33	1.93
772858--772884	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
780247--780277	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
780227--780290	33	1.9	33	87	12	96	31	17	14	37	1.89
780322--780377	19	2.8	21	78	10	71	32	17	16	33	1.92
780363--780389	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
783677--783862	20	8.8	20	68	12	102	40	12	13	33	1.82
783627--783803	71	2.5	70	77	5	178	37	12	15	33	1.86
783759--783862	40	2.6	40	95	0	190	42	11	11	34	1.77
785409--785514	20	4.8	20	70	22	77	43	9	14	33	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
785499--785585	31	2.8	31	98	0	165	41	10	21	26	1.85
785412--785545	71	1.9	71	92	0	223	43	9	15	31	1.79
789333--789461	52	2.5	52	94	0	231	29	20	17	33	1.95
789470--789611	32	4.4	32	88	1	194	36	16	12	34	1.86
789470--789592	13	8.9	13	70	28	60	36	15	13	34	1.86
789517--789632	19	6.7	19	72	22	112	37	18	10	33	1.84
790457--791304	43	17.9	55	74	16	236	31	18	25	24	1.97
790561--791398	43	18.1	43	76	13	733	31	17	25	25	1.97
790449--791393	92	10.0	93	86	6	859	31	17	25	25	1.97
791075--791142	21	3.2	20	66	25	50	29	16	26	27	1.97
790458--791398	184	5.0	184	83	8	995	31	17	25	24	1.97
791410--791806	33	12.5	33	83	10	497	19	17	34	28	1.95
791410--791806	64	6.2	64	84	8	506	19	17	34	28	1.95
791410--791803	96	4.1	94	88	4	510	19	17	33	29	1.95
791809--792630	34	24.8	34	78	11	675	33	12	32	20	1.90
791791--792632	169	4.9	169	77	14	801	33	12	33	20	1.90
792361--792630	66	4.0	68	85	7	345	34	11	32	20	1.89
793593--793641	15	3.2	16	77	13	59	0	10	10	79	0.93
800795--800975	52	3.5	52	96	0	335	28	18	17	35	1.94
800984--801008	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
801051--801113	19	3.7	18	76	24	73	36	19	12	31	1.89
801070--801126	13	3.9	13	74	24	51	33	19	14	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
801046--801128	32	2.6	32	92	0	148	37	18	12	32	1.87
801455--801630	48	3.7	48	84	6	225	36	16	25	21	1.94
801455--801662	48	4.5	45	84	8	197	35	17	25	22	1.95
801454--801630	93	1.9	95	84	5	243	36	16	25	22	1.94
801783--802901	28	39.3	28	83	5	1167	23	17	29	29	1.97
801783--802874	426	2.6	424	85	5	1402	23	17	29	29	1.97
805707--805782	39	1.9	40	84	7	102	18	30	15	35	1.92
805633--805834	101	2.0	101	88	6	304	23	28	17	30	1.97
805747--806080	60	5.6	59	86	7	408	24	28	19	27	1.98
805747--806080	121	2.8	119	84	7	446	24	28	19	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12