genome.fa.s162.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold162
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1959167

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

This is table  9  of  12  ( 1418 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1325324--1325393	24	3.0	24	74	2	70	57	1	0	41	1.08
1325324--1325395	16	4.5	16	71	11	67	58	1	0	40	1.07
1331215--1331348	50	2.7	49	84	3	162	28	19	13	38	1.89
1333131--1333175	23	2.0	23	95	0	81	31	6	26	35	1.82
1333727--1333844	51	2.3	50	86	2	164	30	24	11	33	1.90
1333778--1334202	79	5.4	77	80	8	419	29	24	12	32	1.93
1333778--1334194	157	2.6	157	86	3	552	29	24	13	33	1.93
1333778--1334202	236	1.8	236	82	5	563	29	24	12	32	1.93
1335493--1335591	36	2.9	35	82	8	118	31	27	12	29	1.92
1336023--1336072	20	2.5	20	90	3	75	38	22	10	30	1.86
1336127--1336179	17	3.0	16	78	15	52	37	16	13	32	1.88
1336276--1336316	20	2.0	20	85	9	55	39	7	9	43	1.65
1336802--1337133	47	6.6	47	70	17	182	27	12	19	39	1.88
1336825--1337158	106	3.2	105	81	3	382	27	13	20	38	1.90
1337176--1337260	40	2.1	40	86	0	125	25	9	16	48	1.76
1337253--1337500	40	6.2	40	75	5	167	27	11	18	42	1.84
1337165--1337337	88	2.0	88	81	0	202	25	10	17	46	1.80
1337252--1337441	80	2.4	82	75	7	208	26	13	18	41	1.88
1354801--1354831	13	2.4	13	94	0	53	29	9	25	35	1.88
1363582--1363654	20	3.7	19	84	12	78	38	16	15	30	1.89
1363999--1364066	12	5.7	12	79	8	68	82	14	1	1	0.82
1363999--1364071	30	2.4	29	84	8	85	82	13	2	1	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1363999--1364066	18	3.8	18	81	12	77	82	14	1	1	0.82
1365615--1365743	20	5.9	20	71	21	89	30	17	11	41	1.85
1365615--1365792	51	3.7	51	76	15	216	28	17	11	42	1.84
1365585--1365721	71	1.9	71	85	2	186	30	16	12	40	1.86
1365596--1365791	91	2.2	91	93	0	329	30	16	11	41	1.84
1367950--1368196	97	2.5	97	85	1	334	27	28	12	31	1.93
1369662--1369761	32	3.1	32	78	5	112	30	30	16	24	1.96
1369908--1369974	21	3.2	21	69	23	68	28	26	11	32	1.92
1369983--1370349	52	6.9	51	72	11	224	25	23	15	35	1.94
1370147--1370431	113	2.5	111	80	4	302	25	21	14	38	1.91
1371284--1371467	88	2.1	88	94	0	323	27	21	10	40	1.86
1376071--1376147	21	3.7	21	89	3	111	35	12	16	35	1.88
1376183--1376250	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
1376204--1376228	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1376185--1376247	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
1376290--1376315	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1376352--1376406	20	2.8	20	97	0	101	34	12	10	41	1.78
1378804--1378877	27	2.7	27	87	6	96	22	35	21	20	1.96
1378860--1379082	104	2.1	104	81	4	254	29	24	12	34	1.91
1378906--1379082	53	3.4	51	81	11	189	29	24	11	34	1.91
1379065--1379141	28	2.8	28	87	0	100	22	33	19	24	1.97
1378696--1379189	264	1.9	264	90	3	798	28	26	13	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1379175--1379229	28	1.9	29	85	3	76	20	25	20	34	1.96
1384065--1384090	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1384774--1384825	16	3.2	16	94	0	95	15	40	3	40	1.65
1384826--1384869	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
1386674--1386712	13	3.0	13	100	0	78	38	15	15	30	1.88
1386914--1386942	8	3.6	8	100	0	58	62	27	0	10	1.28
1390631--1390675	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
1392895--1392920	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1397669--1397702	17	2.0	17	88	0	50	50	17	26	5	1.69
1403363--1403406	23	1.9	23	90	0	70	84	9	6	0	0.79
1403363--1403406	13	3.7	12	80	19	56	84	9	6	0	0.79
1404416--1405043	55	11.0	55	85	7	652	25	29	20	24	1.99
1405817--1405916	19	5.9	19	74	25	107	35	12	15	38	1.84
1405838--1405894	13	3.9	13	76	24	60	35	14	15	35	1.88
1405819--1405913	32	3.0	32	98	0	181	34	12	15	36	1.86
1405956--1405981	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1405936--1406002	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
1408322--1408708	51	7.3	52	70	15	224	30	24	11	33	1.91
1408433--1408503	27	2.6	27	88	2	97	25	35	18	21	1.95
1408537--1408710	54	3.3	53	78	11	189	30	23	10	35	1.89
1408486--1408709	105	2.1	104	83	5	274	30	23	11	35	1.89
1408486--1408710	52	4.3	52	79	8	208	30	23	11	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1408796--1408850	28	1.9	29	81	3	67	20	23	20	36	1.95
1408321--1408813	265	1.9	261	88	4	715	29	25	12	32	1.93
1413141--1413175	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
1413174--1413200	3	9.0	3	100	0	54	66	33	0	0	0.92
1418804--1418835	5	6.8	5	86	13	50	81	0	0	18	0.70
1418798--1418833	13	2.8	13	95	0	63	80	0	0	19	0.71
1418798--1418835	18	2.1	18	95	0	67	81	0	0	18	0.69
1419252--1419314	19	3.7	18	76	24	73	33	12	17	36	1.88
1419271--1419295	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1419250--1419322	32	2.3	32	97	0	137	34	12	17	35	1.88
1421751--1422087	51	6.5	51	69	14	213	29	27	11	31	1.92
1422100--1422271	51	3.4	50	82	4	200	28	26	13	31	1.94
1421884--1422351	182	2.6	182	90	1	724	27	27	13	32	1.93
1422202--1422543	78	4.3	79	77	7	311	26	25	13	34	1.93
1422255--1422565	79	3.9	78	77	9	265	27	25	12	34	1.92
1428916--1430268	55	24.0	55	83	8	1459	26	27	21	24	1.99
1428696--1430534	284	6.5	284	87	5	2403	25	27	21	25	1.99
1430279--1430534	55	4.6	54	85	7	307	25	27	21	25	1.99
1430126--1430416	148	1.9	149	82	6	363	25	28	21	25	1.99
1430352--1430433	27	3.0	27	63	16	69	26	29	23	20	1.99
1430279--1430534	109	2.3	109	82	6	316	25	27	21	25	1.99
1430511--1430717	42	4.9	42	77	11	215	19	27	13	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1430510--1430717	85	2.4	86	81	9	239	19	26	13	39	1.90
1431476--1431525	19	2.6	19	96	0	91	32	12	18	38	1.87
1431577--1431602	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1431557--1431623	34	2.0	33	91	2	107	25	16	13	44	1.84
1433969--1434306	51	6.5	53	70	14	211	29	28	11	30	1.91
1434081--1434151	27	2.6	27	82	13	83	28	33	15	22	1.95
1434318--1434489	51	3.4	50	82	4	200	28	26	13	31	1.94
1434102--1434611	182	2.8	182	90	1	783	28	26	12	31	1.93
1434369--1434648	132	2.1	130	81	4	321	27	25	14	32	1.94
1434500--1434611	51	2.2	52	85	1	145	29	23	14	33	1.94
1434552--1434704	79	1.9	79	80	5	175	26	24	13	35	1.93
1436012--1436044	16	2.1	16	88	11	50	18	0	0	81	0.68
1437258--1437295	20	2.0	20	89	5	60	63	0	10	26	1.27
1437984--1438031	18	2.4	22	83	16	68	52	0	0	47	1.00
1437962--1438028	32	2.2	32	80	12	81	56	0	0	43	0.99
1443123--1443147	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
1443621--1443708	32	2.6	33	74	16	92	30	13	23	31	1.93
1445266--1445309	21	2.1	21	91	0	70	59	0	15	25	1.37
1450880--1450950	35	2.0	35	88	0	106	25	12	21	40	1.88
1453218--1453291	36	2.1	36	97	0	139	32	13	5	48	1.65
1453962--1454005	21	2.1	21	82	0	52	36	0	6	56	1.26
1459672--1459977	164	1.9	163	87	6	449	27	8	7	56	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1459758--1460231	168	2.9	161	76	11	458	28	10	11	49	1.71
1461140--1461198	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
1461480--1461505	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1461460--1461523	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
1464071--1464108	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
1466190--1466220	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1469952--1470010	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
1470291--1470316	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1470271--1470334	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
1471837--1471880	23	1.9	23	90	0	70	63	11	9	15	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12