genome.fa.s162.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold162
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1959167

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175986--176144	32	5.0	33	79	11	172	27	32	19	21	1.97
175982--176144	62	2.6	64	86	2	231	26	31	19	22	1.97
176144--176662	104	5.0	103	80	8	505	24	22	14	38	1.92
176144--176666	52	10.0	51	73	10	339	24	22	14	38	1.92
176244--176779	52	9.8	57	72	13	264	24	23	14	37	1.92
176340--176690	113	3.2	112	80	8	416	24	24	12	37	1.91
177098--177222	31	4.1	30	84	7	171	24	28	17	29	1.97
177108--177257	62	2.4	60	88	5	210	24	27	16	31	1.97
177144--177864	34	21.7	32	76	14	483	20	32	13	34	1.91
177144--177863	105	7.2	94	74	15	428	20	32	13	34	1.91
177199--177864	70	9.4	70	81	12	674	20	32	12	34	1.90
177871--177962	32	2.8	32	92	7	159	29	35	19	15	1.92
177871--177963	33	2.9	32	93	6	161	29	36	19	15	1.92
177975--179019	49	21.5	49	84	6	1364	24	26	17	31	1.97
178366--179019	92	6.9	92	94	3	1065	24	25	17	31	1.97
177975--179085	383	2.8	383	94	3	1864	24	26	17	32	1.97
179898--179964	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
179918--179942	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
180008--180032	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
180041--180161	52	2.3	52	94	0	215	33	19	18	28	1.95
187330--187360	16	1.9	16	93	0	53	87	6	6	0	0.68
188301--188325	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
188323--188437	30	3.7	30	84	7	151	26	27	18	27	1.98
188323--188472	62	2.4	60	88	5	210	24	27	16	31	1.97
188359--189079	34	21.7	32	76	14	483	20	32	13	34	1.91
188359--189078	105	7.2	94	74	15	428	20	32	13	34	1.91
188414--189079	70	9.4	70	81	12	674	20	32	12	34	1.90
189086--189177	32	2.8	32	92	7	159	29	35	19	15	1.92
189086--189178	33	2.9	32	93	6	161	29	36	19	15	1.92
189190--190234	49	21.5	49	84	6	1364	24	26	17	31	1.97
189581--190234	92	6.9	92	94	3	1065	24	25	17	31	1.97
189190--190300	383	2.8	383	94	3	1864	24	26	17	32	1.97
191113--191179	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
191133--191157	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
191223--191247	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
191256--191376	52	2.3	52	94	0	215	33	19	18	28	1.95
194621--194646	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
200414--200454	18	2.3	18	86	0	55	46	19	4	29	1.71
318369--318406	20	1.9	20	88	0	58	34	18	0	47	1.49
320812--320868	19	2.9	19	84	2	69	33	15	17	33	1.92
322052--322517	157	3.0	157	79	7	451	36	13	22	28	1.91
322051--322498	236	1.9	235	80	4	526	35	13	22	28	1.92
322052--322517	79	5.9	78	80	6	429	36	13	22	28	1.91
323766--323802	15	2.6	15	87	8	51	78	0	13	8	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
325384--325569	97	1.9	97	84	2	248	38	9	23	28	1.86
332998--333158	39	3.9	39	69	13	115	26	19	27	26	1.99
332950--333164	87	2.5	87	85	0	268	29	19	25	26	1.98
333037--333335	139	2.2	135	86	3	402	27	19	26	25	1.99
333124--333513	48	8.6	50	72	19	195	26	19	27	26	1.99
333177--333780	87	6.9	87	91	0	897	26	19	26	27	1.99
333225--333643	39	9.8	39	69	17	228	25	18	27	28	1.98
332897--333422	226	2.3	222	84	4	678	28	18	26	26	1.98
333836--334375	33	16.8	33	78	10	537	35	12	32	19	1.90
333902--334341	60	7.0	60	76	14	338	35	12	32	19	1.90
333839--334375	194	2.8	194	89	2	766	34	13	33	19	1.90
334195--334252	27	2.2	26	87	6	89	32	12	32	22	1.91
334356--334669	31	10.0	30	81	6	286	33	14	28	24	1.94
335941--335975	14	2.5	14	90	0	52	0	0	17	82	0.66
342778--342808	15	2.1	15	100	0	62	54	0	12	32	1.38
344773--344831	13	4.8	12	76	14	50	6	13	1	77	1.03
344787--344833	21	2.2	22	84	3	60	6	12	2	78	1.02
346764--346797	17	2.1	17	88	5	52	32	14	8	44	1.76
357302--357327	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
357282--357345	32	2.0	33	90	3	103	28	10	15	45	1.80
357397--357452	20	2.8	20	89	5	78	28	17	16	37	1.91
359874--359912	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
361529--361601	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
361547--361622	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
361529--361622	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
361661--361686	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
363899--363948	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
365747--365777	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
367791--367869	20	3.7	21	75	15	72	26	13	15	44	1.84
367856--367894	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
370345--370417	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
370363--370438	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
370345--370438	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
370477--370502	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
372011--372041	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
373015--373055	20	2.0	20	100	0	82	21	19	24	34	1.97
373863--373907	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
375861--375912	19	2.7	20	87	6	79	28	9	15	46	1.77
375963--376018	20	2.8	20	89	5	78	28	17	16	37	1.91
376635--376835	56	3.6	56	71	7	167	42	15	19	21	1.89
376630--376835	112	1.8	112	85	2	288	42	16	19	21	1.89
376630--376919	112	2.6	112	79	4	273	41	16	18	23	1.89
379184--379383	83	2.4	83	96	0	364	34	12	17	36	1.86
379372--379409	13	2.9	13	92	0	58	34	15	15	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
379419--379476	21	2.6	22	86	10	82	36	10	22	31	1.88
379604--379644	21	2.0	21	85	9	57	36	12	14	36	1.84
381891--381937	23	2.0	24	84	12	62	61	19	4	14	1.49
382966--383130	84	2.0	84	82	7	201	24	19	3	52	1.62
384601--384800	83	2.4	83	96	0	364	34	12	17	36	1.86
384789--384826	13	2.9	13	92	0	58	34	15	15	34	1.90
384836--384893	21	2.6	22	86	10	82	36	10	22	31	1.88
385021--385061	21	2.0	21	85	9	57	36	12	14	36	1.84
387307--387353	23	2.0	24	84	12	62	61	19	4	14	1.49
388382--388546	84	2.0	84	82	7	201	24	19	3	52	1.62
390610--390647	13	2.9	13	92	0	58	34	15	15	34	1.90
390672--390714	21	2.0	22	95	4	79	37	11	23	27	1.89
390842--390882	21	2.0	21	85	9	57	36	12	14	36	1.84
391095--391155	20	3.2	19	80	13	63	77	1	18	3	0.99
391095--391149	10	5.5	10	75	12	51	76	1	18	3	1.02
392186--392296	58	1.9	57	85	1	150	31	14	10	43	1.80
394356--394452	49	2.0	50	85	2	133	52	17	3	26	1.59
395469--395535	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
395489--395513	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
395579--395603	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
395612--395742	52	2.5	52	89	0	208	34	19	16	29	1.94
403952--404095	31	4.6	31	81	10	170	25	29	19	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
403952--404126	62	2.8	63	80	8	191	25	29	18	27	1.98
403952--404765	102	8.2	93	82	9	350	21	32	13	31	1.92
404134--404191	27	2.2	26	84	6	80	22	34	13	29	1.93
404075--404769	34	20.8	33	85	8	874	21	33	12	32	1.91
404771--404873	32	3.2	32	87	2	152	29	37	16	16	1.91
404875--405443	49	11.9	49	82	7	688	24	25	17	31	1.97
404970--405443	92	5.0	92	89	4	660	24	25	17	31	1.97
404875--405802	190	4.7	190	80	11	1034	25	25	17	31	1.97
405347--405481	52	2.5	52	83	3	162	25	24	16	33	1.96
405509--405797	49	6.0	49	86	6	394	25	25	17	30	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12