genome.fa.s162.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold162
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1959167

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
459--526	31	2.1	33	84	10	88	38	16	13	32	1.87
1690--1839	50	2.9	50	90	3	219	41	13	17	28	1.87
2187--2289	37	2.7	38	83	6	127	48	7	20	23	1.75
3127--3216	40	2.2	40	84	0	117	46	12	21	20	1.82
2976--3234	144	1.8	143	86	2	376	45	12	23	18	1.83
2878--3256	143	2.6	142	77	7	399	43	12	23	19	1.85
5816--5852	17	2.3	17	90	9	60	0	24	2	72	0.97
7103--7257	84	1.8	84	81	10	192	41	17	20	20	1.91
11288--11336	13	4.2	13	70	24	54	34	16	16	32	1.91
11288--11356	34	2.1	32	89	10	104	33	15	15	34	1.90
11436--11460	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
11982--12170	95	2.0	93	94	3	335	28	27	1	42	1.62
13510--13563	20	2.7	20	91	2	81	12	25	42	18	1.86
20077--20125	13	4.2	13	70	24	54	34	16	16	32	1.91
20077--20145	34	2.1	32	89	10	104	33	15	15	34	1.90
25427--25498	28	2.6	28	88	4	101	27	19	30	22	1.98
25486--25875	51	7.4	52	71	13	262	32	11	25	30	1.91
25486--25705	52	4.2	52	83	6	241	33	10	25	30	1.90
25486--25705	105	2.1	103	83	3	262	33	10	25	30	1.90
25691--25761	27	2.6	27	86	10	92	21	18	35	25	1.95
25377--25877	264	1.9	263	90	2	799	32	12	26	28	1.93
28218--28284	33	2.0	33	85	0	89	44	16	13	25	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28304--28371	19	3.9	19	78	21	94	39	14	11	33	1.83
28326--28350	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
28307--28369	32	2.0	32	100	0	126	38	15	12	33	1.86
30688--30727	11	3.5	11	80	12	53	0	20	0	80	0.72
30688--30731	13	3.5	13	87	6	65	0	20	0	79	0.73
31286--31836	165	3.3	164	77	7	560	48	9	11	30	1.71
31369--31832	166	2.8	163	79	6	531	49	10	9	30	1.69
34339--34521	97	1.9	97	87	2	260	39	12	19	28	1.88
35591--35616	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
38367--38416	20	2.5	21	77	9	59	42	10	16	32	1.81
38473--38609	52	2.7	52	80	6	163	30	13	12	43	1.82
44416--44459	20	2.2	20	100	0	88	31	9	20	38	1.84
52779--52819	20	2.0	21	90	9	66	41	24	17	17	1.89
52885--52915	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
57253--57336	43	2.0	43	100	0	168	42	10	14	32	1.80
60720--61609	445	2.0	442	93	2	1516	30	11	11	45	1.77
62016--62097	30	2.7	30	98	0	155	34	9	14	41	1.79
61882--62233	58	6.1	57	68	11	169	32	10	11	44	1.76
64528--64583	16	3.4	16	73	11	51	44	5	0	50	1.25
64965--65041	31	2.7	28	78	18	86	40	1	1	57	1.15
65642--65686	21	2.3	18	82	14	54	42	2	2	53	1.25
66125--66160	16	2.4	14	90	9	54	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66100--66196	47	2.0	48	80	5	108	40	3	3	53	1.32
67084--67143	30	1.9	32	86	6	88	15	25	11	48	1.78
70488--70537	2	25.0	2	95	0	91	48	0	2	50	1.12
71535--71567	14	2.4	14	90	5	50	42	27	6	24	1.78
73713--73756	21	2.1	20	80	12	52	34	0	2	63	1.07
73725--73756	7	4.6	7	100	0	64	31	0	0	68	0.90
75147--75193	22	2.1	22	88	0	67	8	14	44	31	1.76
75163--75293	16	8.2	16	78	0	118	5	19	38	36	1.75
75195--75319	48	2.6	48	80	7	128	8	20	35	36	1.82
75308--75345	17	2.2	18	85	4	51	7	13	36	42	1.73
75555--75752	73	2.7	73	91	0	324	52	9	4	33	1.55
79464--79584	52	2.3	52	95	0	215	29	17	18	34	1.94
79464--79604	52	2.7	51	87	4	203	31	17	18	33	1.94
79593--79617	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
82803--82838	16	2.2	17	90	9	58	33	11	5	50	1.61
83338--83373	16	2.2	16	90	0	54	2	22	36	38	1.69
86682--86755	21	3.6	20	83	3	76	32	17	10	39	1.84
91614--91762	52	2.9	52	89	0	235	30	16	18	34	1.93
91751--91775	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
91814--91882	20	3.8	19	73	26	78	47	11	11	28	1.75
91816--91915	33	3.0	33	94	0	164	42	14	12	32	1.82
91838--91895	13	3.9	13	73	26	53	39	13	13	32	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97540--97668	52	2.5	52	94	0	231	27	17	17	36	1.93
97753--97895	13	8.9	17	69	30	102	34	18	12	34	1.88
97746--97894	32	4.7	32	98	0	280	34	18	12	33	1.89
103990--104144	58	2.7	58	88	1	231	30	19	10	40	1.85
105717--105756	16	2.4	17	87	8	55	55	0	0	45	0.99
106159--106188	14	2.1	14	93	0	51	43	10	13	33	1.77
106204--106275	35	2.1	35	91	0	117	30	12	26	30	1.93
106318--106364	22	2.1	22	84	7	60	42	0	0	57	0.98
107600--107667	2	34.0	2	93	0	118	50	2	0	47	1.16
107992--108143	78	1.9	79	86	2	218	41	11	14	32	1.82
108810--108844	3	12.0	3	93	6	63	68	0	0	31	0.90
114933--115497	79	7.2	78	80	9	490	36	11	23	28	1.89
114918--115497	237	2.4	236	84	2	709	37	10	23	28	1.88
114933--115499	158	3.6	157	81	7	641	36	11	23	28	1.89
117730--117786	20	2.8	20	78	10	53	47	8	14	29	1.74
117841--117890	20	2.5	20	86	3	64	32	16	12	40	1.84
117853--117906	20	2.7	20	85	8	74	35	14	9	40	1.78
122470--122527	25	2.2	28	82	17	81	65	0	5	29	1.14
122902--122935	17	2.0	17	88	11	52	79	0	5	14	0.91
126708--126764	19	2.9	19	81	2	69	35	17	12	35	1.87
126793--126860	20	3.8	20	74	25	87	33	14	14	36	1.87
126814--126838	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126794--126858	33	2.0	33	100	0	130	35	15	15	33	1.89
131079--131132	19	2.8	20	91	2	83	29	16	16	37	1.91
135355--135379	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
135336--135401	33	2.0	32	85	8	89	39	15	13	31	1.86
138536--138562	14	1.9	14	100	0	54	22	0	18	59	1.38
139347--139385	9	4.2	9	83	3	51	0	23	0	76	0.78
139354--139388	12	2.9	12	91	0	61	0	22	0	77	0.78
140639--140697	20	2.8	20	84	5	73	37	11	11	38	1.79
144582--144688	51	2.1	51	85	1	144	30	12	8	48	1.70
149341--149416	21	3.7	21	82	3	109	28	18	11	40	1.86
149361--149434	20	3.7	20	81	3	103	31	20	13	35	1.91
149341--149434	41	2.3	41	100	0	188	29	19	12	38	1.89
151885--151923	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
151909--151987	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
155836--155880	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
157811--157836	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
157875--157950	21	3.7	21	82	3	109	28	18	11	40	1.86
157895--157968	20	3.7	20	81	3	103	31	20	13	35	1.91
157875--157968	41	2.3	41	100	0	188	29	19	12	38	1.89
170251--170573	79	4.1	79	82	3	319	32	13	25	28	1.94
170285--170573	78	3.7	78	84	2	328	31	15	25	27	1.96
173019--173126	50	2.2	50	86	3	146	40	16	14	27	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173043--173141	50	2.0	50	87	0	144	42	15	15	27	1.86
173961--174009	18	2.7	19	78	9	57	79	14	4	2	0.97
173979--174024	24	1.9	24	86	0	65	78	10	8	2	1.05
175199--175492	27	10.2	27	70	14	151	23	32	11	32	1.90
175374--175438	32	2.0	32	84	0	85	20	33	10	35	1.87
175351--175464	58	1.9	59	87	3	167	21	33	13	31	1.92
175291--175517	85	2.7	85	86	2	294	23	32	11	33	1.90
175462--175560	31	3.1	31	75	12	101	24	26	9	40	1.84
175630--175997	103	3.7	99	78	7	358	21	29	11	36	1.90
175384--175997	34	19.2	33	70	16	281	21	30	11	35	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12