genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold17
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1562583

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6729--6837	10	11.7	10	67	26	55	35	0	0	63	1.01
6713--6763	20	2.5	20	83	0	57	45	0	0	54	0.99
6739--6819	15	5.4	15	77	15	78	35	0	0	64	0.94
6741--6818	30	2.5	33	89	10	119	35	0	0	64	0.94
6748--6838	7	12.3	7	67	19	51	34	1	0	64	1.01
6737--6837	40	2.5	39	76	9	94	34	0	0	64	1.00
7360--7403	5	8.6	5	85	9	54	59	0	0	40	0.98
7349--7423	26	2.8	26	83	6	87	52	1	0	46	1.09
7362--7423	26	2.2	28	88	8	92	56	1	0	41	1.09
7592--7704	11	10.5	11	69	17	76	40	0	1	57	1.09
7589--7664	19	3.7	22	81	13	90	42	0	0	57	0.98
7591--7700	22	5.2	21	78	13	84	40	0	1	57	1.09
7964--8009	11	4.2	11	76	20	51	36	2	0	60	1.09
7960--8037	28	2.8	29	78	7	81	37	1	0	61	1.04
8017--8048	14	2.4	14	94	5	57	40	0	0	59	0.97
8001--8041	16	2.4	18	80	11	52	41	0	0	58	0.98
12439--12545	8	13.5	8	73	21	84	39	0	0	60	0.97
12439--12551	14	8.4	14	74	18	89	39	0	0	60	0.97
12440--12551	21	5.6	20	71	21	76	39	0	0	60	0.97
12461--12545	20	4.6	19	72	19	63	38	0	0	61	0.96
12452--12551	34	3.0	33	77	11	96	39	0	0	61	0.96
12440--12538	46	2.1	45	82	15	114	39	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12439--12552	61	1.9	59	85	7	158	40	0	0	59	0.97
12440--12554	27	4.3	26	75	13	110	40	0	0	60	0.97
12859--12913	23	2.3	24	81	12	69	40	0	0	60	0.97
12831--12915	32	2.8	32	76	11	92	40	1	0	58	1.05
13245--13297	16	3.2	16	78	5	61	26	1	7	64	1.31
13236--13279	17	2.5	18	78	14	56	29	0	4	65	1.12
15356--15579	113	2.0	113	93	0	385	32	16	16	35	1.90
17537--17759	69	3.2	69	87	2	331	40	11	18	30	1.85
17709--18080	97	3.8	97	93	0	593	34	11	24	29	1.91
19627--19694	35	1.9	35	81	0	82	11	20	25	42	1.86
20194--20293	8	11.8	8	71	16	58	19	1	5	75	1.05
20224--20291	25	2.7	25	79	6	75	20	1	5	72	1.14
20231--20291	26	2.4	25	83	2	77	19	1	6	72	1.16
20194--20291	51	1.9	50	84	12	128	19	1	5	74	1.06
21015--21389	174	2.2	173	81	3	414	38	11	24	25	1.88
21376--21480	52	2.0	52	92	0	174	34	15	24	25	1.95
21527--21681	63	2.5	64	82	8	185	24	18	28	29	1.98
21557--21680	32	3.9	31	77	8	115	24	18	28	29	1.98
21573--21724	32	5.0	30	77	8	121	23	18	28	29	1.98
21714--21839	28	4.5	28	86	4	137	26	19	27	25	1.99
21761--21867	56	1.9	57	90	1	171	26	18	28	27	1.98
21708--23525	29	62.4	29	75	13	780	25	16	28	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21692--23525	57	31.5	56	76	9	1209	25	16	28	29	1.97
21951--22186	123	1.9	123	83	6	307	26	15	28	29	1.96
21795--23529	180	9.9	178	78	9	1122	25	15	28	30	1.96
23144--23218	38	2.0	38	89	5	116	25	13	32	29	1.93
24755--24808	21	2.7	19	83	10	72	9	9	5	75	1.17
26003--26118	60	1.9	60	91	0	187	47	16	14	21	1.82
27916--28068	69	2.2	69	89	0	234	38	10	20	30	1.86
29260--29309	25	2.1	23	85	7	64	4	14	16	66	1.40
35451--35503	21	2.5	21	100	0	106	45	16	18	18	1.86
36347--36475	52	2.5	52	97	0	240	29	17	17	34	1.94
36347--36495	52	2.9	51	90	4	228	30	17	18	33	1.94
36484--36508	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
36547--36604	20	2.9	21	82	10	68	48	12	10	29	1.73
37782--37806	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
37762--37831	33	2.1	33	86	0	95	34	10	14	41	1.79
37871--37895	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
37904--38028	52	2.4	52	91	2	198	35	18	17	28	1.94
46386--46468	31	2.6	31	88	5	123	25	34	13	26	1.93
46460--47113	34	20.3	34	73	15	474	20	33	12	33	1.90
46488--46576	27	3.2	27	84	4	115	20	33	14	31	1.93
46457--47113	61	10.2	69	83	8	526	20	33	12	33	1.90
46428--46915	139	3.7	139	80	12	506	20	33	12	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46823--47095	27	9.2	27	68	23	140	21	33	13	31	1.92
46428--47064	139	4.9	131	79	12	439	20	32	12	33	1.91
47147--47785	49	13.5	49	85	8	831	23	25	18	31	1.98
47129--47785	190	3.5	190	93	2	1056	24	25	18	31	1.98
47229--47794	92	6.0	92	90	3	835	24	25	18	31	1.97
47797--47923	67	1.9	68	85	1	175	24	25	12	37	1.90
48666--48690	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
48646--48715	33	2.1	33	89	0	104	34	11	14	40	1.82
48754--48778	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
48787--48911	52	2.4	52	97	0	232	35	18	18	28	1.94
52269--52310	19	2.2	20	86	4	59	33	0	0	66	0.92
52269--52368	20	5.1	20	69	23	61	30	0	4	66	1.10
57492--57516	13	1.9	13	100	0	50	40	8	16	36	1.77
58156--58279	52	2.5	51	82	6	155	30	17	26	25	1.97
58255--58450	39	5.0	39	72	15	165	26	19	27	27	1.99
58250--58388	70	2.0	70	94	0	242	26	19	27	26	1.99
58460--58769	28	11.0	28	87	5	337	22	18	28	31	1.97
61398--61644	79	3.1	77	78	5	264	33	14	23	28	1.94
61608--61746	51	2.7	51	82	2	172	34	10	25	29	1.90
65261--65662	134	3.0	134	97	0	732	26	24	17	30	1.97
71936--71967	16	2.0	16	100	0	64	25	12	6	56	1.59
72145--72207	19	3.7	18	76	24	73	33	12	17	36	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72164--72188	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
72145--72213	32	2.2	32	97	0	129	33	11	17	37	1.86
72236--72292	21	2.8	21	89	2	89	42	14	12	31	1.82
80782--80910	52	2.5	52	97	0	240	31	17	17	34	1.93
80919--80943	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
80951--81025	38	2.0	38	100	0	150	30	10	18	40	1.85
80952--81035	38	2.4	35	90	9	127	30	11	17	39	1.86
81024--81076	20	2.7	19	91	5	88	39	11	11	37	1.77
81063--81711	334	1.9	334	89	1	998	30	21	18	29	1.97
82479--82533	20	2.7	21	82	2	67	43	7	14	34	1.73
82570--82685	52	2.2	52	85	8	164	31	18	14	36	1.91
86406--86452	21	2.2	21	85	7	60	48	2	0	48	1.13
86423--86462	21	1.9	21	84	0	53	57	2	0	40	1.12
86751--86803	19	2.8	18	75	18	54	67	0	16	15	1.23
88366--88429	21	3.0	21	78	13	60	43	1	6	48	1.37
88413--88486	20	3.4	21	75	11	69	52	0	0	47	1.00
94175--94210	2	18.0	2	94	0	63	50	2	0	47	1.15
95647--95683	2	18.5	2	94	0	65	45	0	2	51	1.15
96517--96545	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
102929--102963	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
103036--103092	16	3.6	15	77	17	53	17	7	19	56	1.64
104455--104518	30	2.1	30	85	2	83	31	0	6	62	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105769--106030	115	2.3	112	79	9	282	50	14	10	24	1.74
105779--106143	58	6.4	56	76	8	260	49	15	10	24	1.75
105824--106143	169	1.9	170	80	5	371	49	15	10	24	1.75
108730--108800	21	3.3	21	67	18	65	28	15	4	52	1.61
108725--108812	43	2.0	43	100	0	176	29	17	4	48	1.66
111206--111305	28	3.6	28	81	10	114	26	20	27	27	1.99
111277--111433	79	2.0	80	86	3	219	33	12	27	26	1.92
111371--111467	51	1.9	51	89	0	149	36	11	22	29	1.89
111422--111628	79	2.6	80	79	11	253	36	11	22	29	1.89
111291--111529	131	1.8	131	82	7	306	35	12	23	28	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9