genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold17
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1562583

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

This is table  5  of  9  ( 1002 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
798272--798366	42	2.3	42	94	0	172	26	26	8	38	1.84
798443--798489	20	2.3	21	71	10	53	27	12	25	34	1.92
798845--798911	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
799246--799312	33	2.0	33	88	5	100	34	16	13	35	1.88
799266--799296	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
801093--801135	12	3.7	11	90	9	68	86	13	0	0	0.58
801096--801135	20	2.0	20	95	5	71	87	12	0	0	0.54
802351--802728	28	12.9	28	77	8	301	29	30	17	22	1.96
802376--802706	175	1.9	175	83	6	438	29	30	16	23	1.96
803638--803692	20	2.8	20	88	0	83	30	10	18	40	1.85
809850--809875	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
809831--809891	32	2.0	30	90	6	95	29	13	18	39	1.88
809831--809891	17	3.7	17	77	20	67	29	13	18	39	1.88
809973--809997	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
811710--811745	13	2.8	13	95	0	63	33	16	16	33	1.92
819265--819319	20	2.8	20	94	0	101	41	10	16	30	1.83
821378--821574	39	5.1	39	95	0	349	30	27	10	30	1.90
823984--824010	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
826557--826582	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
829460--829485	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
832951--833082	51	2.6	51	89	2	194	45	12	15	27	1.81
833046--833121	20	3.8	20	84	1	91	42	14	13	30	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
834158--834267	32	3.5	33	83	13	117	24	21	30	23	1.99
834155--834383	28	7.7	31	83	11	157	22	19	30	27	1.98
834179--834739	28	19.6	29	82	6	501	23	17	30	28	1.97
836656--836686	14	2.2	14	100	0	62	41	6	16	35	1.74
837192--837279	6	14.0	6	74	17	65	79	1	3	15	0.92
837179--837236	14	4.2	14	80	10	66	75	3	3	17	1.07
837192--837275	20	4.2	20	85	5	118	79	1	3	15	0.92
837179--837263	41	2.1	41	95	0	152	76	2	3	17	1.04
837179--837244	14	4.7	14	75	22	59	75	3	3	18	1.06
837198--837262	14	4.7	14	75	11	71	78	1	3	16	0.96
837192--837276	10	8.6	9	71	26	57	80	1	3	15	0.92
837192--837278	19	4.5	19	72	11	77	80	1	3	14	0.90
837192--837279	41	2.2	40	85	8	115	79	1	3	15	0.92
837192--837266	14	5.5	13	70	9	60	80	1	2	16	0.90
837907--837953	21	2.3	20	88	3	67	34	31	21	12	1.91
837973--838016	21	2.1	21	82	0	52	38	31	15	13	1.87
838013--838126	47	2.4	47	80	0	138	30	34	20	14	1.93
841861--841885	12	2.1	12	100	0	50	44	0	8	48	1.32
842450--842500	20	2.6	20	93	3	86	33	11	17	37	1.86
842529--842582	20	2.7	20	85	5	74	29	11	18	40	1.85
846082--846241	79	2.0	79	84	4	207	37	14	20	28	1.91
846303--846372	28	2.6	27	84	8	97	25	18	31	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
846117--846494	107	3.5	107	83	6	469	33	16	24	25	1.96
846411--846485	28	2.7	28	93	0	123	26	20	30	22	1.98
848462--848529	33	2.1	33	86	5	93	39	13	17	29	1.88
848491--848547	20	2.8	20	94	0	105	43	15	15	24	1.86
848480--848509	13	2.3	13	94	0	51	43	13	16	26	1.85
849204--849401	42	4.6	42	77	9	184	40	13	24	21	1.89
849371--849614	61	4.0	61	83	6	298	28	18	27	25	1.98
849564--849735	94	1.9	92	89	6	240	29	16	26	28	1.97
849504--849784	150	1.8	152	87	5	415	26	17	27	28	1.98
849659--850174	55	8.8	57	81	8	456	26	20	26	26	1.99
849659--850214	60	9.4	60	82	5	509	26	20	26	26	1.99
849703--850214	185	2.9	182	84	5	654	27	20	26	25	1.99
850231--850614	61	6.2	61	86	4	513	28	19	27	25	1.98
850070--850376	162	1.9	161	90	0	488	27	19	29	24	1.98
849901--850558	347	1.9	346	87	3	966	28	19	27	24	1.98
849956--850491	284	1.9	283	85	3	754	27	19	28	24	1.98
850231--850614	184	2.1	185	87	4	553	28	19	27	25	1.98
851318--851371	16	3.6	16	67	23	53	44	14	20	20	1.86
851321--851386	29	2.3	29	100	0	132	46	15	22	15	1.82
856775--856908	51	2.6	51	78	2	144	32	11	26	29	1.92
856842--857018	79	2.2	78	81	6	205	32	15	23	27	1.95
856896--857121	107	2.1	107	83	8	282	31	17	23	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
857022--857207	82	2.3	80	81	8	227	32	15	23	29	1.95
857159--857232	28	2.7	27	89	8	105	24	18	32	24	1.97
856859--857243	189	2.1	186	85	3	486	33	15	23	27	1.94
859229--859329	33	3.1	33	95	0	175	43	14	14	26	1.85
859229--859298	20	3.8	20	73	24	82	41	14	17	27	1.87
859248--859310	13	5.3	13	78	21	84	39	15	15	28	1.89
862458--862530	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
862476--862551	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
862458--862551	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
862590--862615	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
865945--865975	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
867989--868067	20	3.7	21	75	15	72	26	13	15	44	1.84
868054--868092	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
869877--869923	23	2.0	23	100	0	94	31	4	12	51	1.59
870560--870632	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
870578--870653	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
870560--870653	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
870692--870717	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
878444--878946	42	12.0	42	84	1	481	16	30	18	35	1.92
878920--878967	25	1.9	25	91	0	78	10	22	22	43	1.84
878962--879184	43	5.2	43	78	8	161	17	25	18	38	1.92
879661--879727	20	3.3	20	85	4	98	77	4	2	14	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
879669--879727	14	4.3	13	75	16	57	77	3	3	15	1.02
879649--879727	41	1.9	41	97	0	149	75	5	2	16	1.08
879662--879731	6	11.0	6	72	14	52	77	4	2	15	1.05
880358--880397	21	1.9	21	84	0	53	37	32	17	12	1.87
880424--880467	21	2.1	21	86	0	61	31	29	20	18	1.96
887503--887981	28	16.5	28	79	6	422	23	17	29	29	1.97
887503--887981	85	5.5	85	82	4	521	23	17	29	29	1.97
889116--889219	1	104.0	1	69	0	55	2	2	10	83	0.85
889116--889222	22	5.0	21	71	14	85	2	2	12	82	0.89
889168--889219	16	3.3	15	87	10	77	0	0	11	88	0.52
903140--903191	19	2.7	20	87	6	79	28	13	15	42	1.85
903221--903294	20	3.7	20	85	1	76	27	17	14	40	1.89
903241--903297	20	2.8	20	89	0	78	26	15	15	42	1.87
905522--905568	23	2.0	24	84	12	62	61	17	4	17	1.49
906936--906977	21	2.0	21	85	0	57	23	28	4	42	1.74
908597--908622	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
908577--908640	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
908692--908744	20	2.7	20	96	0	97	32	20	15	32	1.93
908691--908767	20	3.8	20	86	5	93	28	16	15	38	1.90
911719--911757	20	1.9	21	94	5	71	35	12	20	30	1.90
913656--913705	19	2.5	20	83	9	66	42	6	20	32	1.76
914250--914314	20	3.6	20	73	26	81	30	15	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
914270--914327	13	4.9	13	74	23	65	31	15	18	34	1.93
914250--914346	33	3.0	33	95	4	171	29	15	17	37	1.91
914316--914364	19	2.5	20	90	3	73	30	14	18	36	1.90
915154--915250	19	5.8	18	72	27	97	31	12	17	38	1.87
915156--915258	32	3.2	32	97	0	188	32	12	18	36	1.88
915174--915232	13	4.1	13	73	23	55	32	13	16	37	1.88
915336--915457	52	2.3	52	92	0	208	33	18	19	27	1.96
922336--922406	25	2.8	25	80	8	72	74	11	5	8	1.20
922368--922413	20	2.3	20	85	7	58	82	8	2	6	0.91
922674--922739	1	66.0	1	72	0	51	86	10	3	0	0.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9