genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold17
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1562583

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

This is table  8  of  9  ( 1002 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1305631--1305675	22	2.0	23	86	4	65	46	2	17	33	1.61
1305638--1305682	22	2.0	22	83	8	56	46	4	17	31	1.68
1306639--1306895	82	3.1	82	66	18	208	35	15	15	33	1.89
1306947--1307020	20	3.7	19	83	7	94	28	14	13	43	1.84
1307056--1307333	55	4.8	55	80	9	272	25	26	22	24	2.00
1307023--1307347	61	5.5	60	81	8	323	25	25	21	27	1.99
1308117--1308396	116	2.4	112	85	8	352	26	27	20	26	1.99
1308091--1308399	55	5.3	60	83	8	365	26	26	20	26	1.99
1309756--1309975	51	4.3	51	76	6	214	29	26	12	31	1.93
1309758--1309979	102	2.2	102	89	0	327	29	27	13	30	1.94
1310050--1310145	28	3.4	28	77	8	97	23	30	17	28	1.97
1314993--1315023	16	2.0	15	93	6	53	19	0	3	77	0.90
1314992--1315046	25	2.2	26	78	9	62	25	0	1	72	0.94
1315925--1315989	21	3.0	21	76	12	67	7	21	33	36	1.82
1317284--1317314	16	1.9	16	93	0	53	90	3	3	3	0.61
1317282--1317316	18	1.9	18	88	11	54	91	2	2	2	0.56
1318456--1318553	27	3.6	27	77	13	110	25	27	13	33	1.93
1318815--1318866	23	2.3	23	79	0	59	75	1	3	19	1.06
1318799--1318867	24	2.9	24	70	8	61	72	1	5	20	1.13
1319535--1319724	61	3.1	61	83	3	231	46	26	18	7	1.75
1319551--1319721	60	2.8	61	83	3	211	47	26	18	7	1.75
1319549--1319754	61	3.4	61	80	7	206	47	26	18	7	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1323562--1323593	16	2.0	16	93	0	55	18	0	3	78	0.89
1324552--1324621	31	2.3	31	82	5	79	27	12	40	20	1.88
1325299--1325370	37	2.0	36	86	8	101	22	4	1	72	1.10
1327019--1327116	27	3.6	27	75	17	103	26	28	13	31	1.94
1327374--1327440	32	2.2	32	83	5	84	71	7	1	19	1.17
1327922--1328003	41	2.0	41	83	4	103	34	29	20	15	1.94
1328103--1328292	61	3.1	61	80	3	231	44	28	20	6	1.76
1333692--1333754	24	2.9	21	82	13	81	4	20	34	39	1.74
1333763--1333842	31	2.6	32	78	4	92	31	20	30	18	1.96
1335123--1335190	33	2.1	32	86	2	91	33	13	16	36	1.87
1335224--1335274	20	2.5	21	87	3	68	29	17	13	39	1.88
1335262--1335290	13	2.2	13	100	0	58	37	13	17	31	1.89
1335276--1335326	20	2.5	20	87	0	66	33	15	15	35	1.90
1337765--1337803	13	3.0	13	92	0	69	33	15	20	30	1.94
1343987--1344012	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1343965--1344032	33	2.1	32	88	2	100	33	14	16	35	1.89
1344095--1344145	20	2.5	20	87	0	66	33	15	15	35	1.90
1344546--1344597	18	2.8	18	70	13	52	23	3	1	71	1.13
1345089--1345124	15	2.5	14	91	8	63	91	5	0	2	0.49
1346264--1346337	27	2.7	27	82	14	80	28	28	9	33	1.88
1347167--1347264	41	2.4	41	82	3	117	31	27	23	17	1.97
1347354--1347533	61	3.0	61	79	3	193	45	26	20	8	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1348404--1348449	23	2.1	23	84	11	62	19	6	13	60	1.54
1351434--1351459	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1351416--1351480	32	2.0	32	87	6	94	40	18	13	27	1.89
1353063--1353096	12	2.8	12	90	0	50	41	0	35	23	1.55
1357780--1357826	21	2.3	20	82	10	60	31	19	4	44	1.70
1360169--1360221	19	2.7	20	85	8	72	39	18	13	28	1.88
1361490--1361521	16	2.0	16	93	0	55	18	0	3	78	0.89
1362421--1362478	24	2.4	24	94	0	98	8	24	32	34	1.86
1362421--1362488	24	3.0	22	87	6	66	8	22	33	35	1.85
1364914--1365012	27	3.6	27	77	12	112	25	29	12	33	1.92
1365823--1365944	44	2.9	41	84	9	165	35	30	19	14	1.92
1366052--1366254	61	3.3	60	78	5	212	47	26	19	7	1.75
1375669--1375693	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1375740--1375777	20	1.9	20	94	0	67	42	13	13	31	1.82
1378692--1378729	20	1.9	20	100	0	76	31	15	13	39	1.86
1380036--1380102	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
1380560--1380585	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1380540--1380603	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
1381096--1381269	47	3.7	46	83	9	219	30	18	26	24	1.98
1381049--1381263	95	2.3	94	85	8	276	30	19	25	24	1.98
1381096--1381282	95	2.0	91	85	8	252	30	17	27	24	1.97
1381271--1381347	33	2.5	31	81	10	111	18	15	37	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1381277--1381343	33	2.0	33	94	0	116	19	16	34	29	1.94
1381347--1381435	32	2.7	33	81	8	92	29	14	37	19	1.91
1381349--1381657	109	2.8	110	87	5	410	34	13	31	20	1.92
1381564--1381627	33	1.9	33	96	0	119	32	14	32	20	1.92
1381627--1381781	31	4.9	31	82	7	188	33	18	27	21	1.96
1381627--1381781	64	2.5	63	81	9	199	33	18	27	21	1.96
1383020--1383061	6	7.0	6	80	20	52	0	0	16	83	0.65
1383017--1383061	12	3.8	11	86	13	63	0	0	15	84	0.62
1383017--1383058	15	2.9	15	86	6	52	0	0	14	85	0.59
1383010--1383061	24	2.2	24	82	6	61	1	3	15	78	0.98
1383017--1383067	24	2.1	24	89	7	77	0	0	17	82	0.67
1394055--1395337	42	30.4	42	74	8	768	16	29	19	34	1.94
1394032--1395304	84	15.1	83	78	5	963	16	29	19	34	1.94
1394031--1395304	126	10.1	126	75	7	845	16	29	19	34	1.94
1396544--1396639	30	3.2	30	69	19	81	43	28	20	7	1.78
1396530--1396697	61	2.8	61	86	0	237	43	27	21	7	1.78
1399005--1399180	27	6.1	27	71	16	129	24	30	13	32	1.93
1399184--1399737	28	19.8	28	82	1	527	28	28	20	23	1.99
1399184--1399709	113	4.7	112	85	4	573	28	27	20	23	1.99
1399222--1399738	141	3.7	139	84	4	637	28	29	19	23	1.98
1399161--1399771	113	5.5	113	83	4	503	28	28	19	23	1.99
1400806--1400830	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1405837--1405919	36	2.4	36	78	13	104	33	21	15	28	1.94
1405828--1405920	36	2.9	31	81	12	100	31	23	13	31	1.94
1406398--1406487	32	2.8	32	91	0	144	40	10	23	26	1.86
1406531--1406555	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1409009--1409092	29	2.9	28	72	10	71	50	13	11	25	1.75
1411661--1411714	21	2.5	20	80	11	63	64	0	20	14	1.28
1411661--1411721	21	2.9	21	78	4	61	62	0	18	19	1.33
1412832--1412862	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
1412812--1412875	33	1.9	33	87	12	96	31	17	14	37	1.89
1412907--1412962	19	2.8	20	86	8	78	35	17	16	30	1.92
1414817--1414869	13	4.5	13	71	26	55	33	11	15	39	1.83
1416056--1416090	15	2.3	15	90	9	54	45	0	25	28	1.54
1420618--1420650	13	2.5	13	90	0	57	36	15	15	33	1.88
1424581--1424620	20	2.0	21	85	14	57	45	12	12	30	1.79
1427135--1427175	20	2.0	21	90	9	66	41	24	17	17	1.89
1427184--1427208	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
1431088--1431151	33	1.9	32	84	12	85	29	15	14	40	1.86
1431183--1431239	19	2.9	19	86	5	69	35	15	15	33	1.90
1431205--1431267	32	1.9	33	90	3	101	39	14	17	28	1.89
1431787--1431835	16	3.0	16	82	11	55	32	32	0	34	1.58
1441280--1441398	22	5.6	20	76	16	107	21	1	1	74	0.99
1441280--1441365	32	2.6	35	75	18	94	22	1	1	75	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1441315--1441363	11	4.5	11	87	10	57	24	0	0	75	0.80
1441304--1441398	32	3.0	31	80	14	97	23	1	1	74	0.94
1441277--1441397	54	2.2	56	81	15	146	22	1	1	74	1.00
1441280--1441398	35	3.5	34	76	15	97	21	1	1	74	0.99
1447412--1447991	44	13.3	44	73	9	341	39	13	22	23	1.90
1447412--1447991	88	6.7	86	73	9	392	39	13	22	23	1.90
1447412--1447989	132	4.4	131	77	7	523	39	14	22	23	1.90
1448989--1449018	16	1.9	15	93	6	51	40	20	16	23	1.91
1452336--1452391	20	2.8	20	97	0	103	26	16	10	46	1.79
1456150--1456175	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9