genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold17
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1562583

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

This is table  2  of  9  ( 1002 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111286--111567	131	2.2	130	79	9	297	35	12	24	28	1.91
114893--114968	21	3.7	20	79	10	91	43	11	15	28	1.83
114875--114968	41	2.3	41	96	0	170	40	12	17	29	1.86
114855--114948	20	4.7	20	76	10	93	39	14	15	29	1.88
115007--115032	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
118660--118684	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
119619--119785	83	2.0	80	96	3	307	45	3	26	23	1.69
120633--120708	21	3.7	20	79	10	91	43	11	15	28	1.83
120615--120708	41	2.3	41	96	0	170	40	12	17	29	1.86
120595--120688	20	4.7	20	76	10	93	39	14	15	29	1.88
120747--120772	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
122355--122383	15	2.0	15	93	6	51	41	13	17	27	1.87
126304--126328	13	1.9	13	100	0	50	56	8	12	24	1.62
127901--127937	3	12.7	3	94	5	67	64	0	0	35	0.94
128227--128886	53	13.0	52	77	10	507	51	5	2	40	1.37
128237--128886	104	6.4	97	74	16	391	51	4	2	40	1.37
128281--128386	44	2.4	43	81	6	115	55	4	0	38	1.27
128325--128886	52	11.0	52	74	13	384	52	5	2	40	1.38
128237--128545	97	3.1	97	79	10	261	53	4	1	40	1.31
128220--128891	156	4.4	149	76	13	563	52	5	2	40	1.36
128696--128770	37	2.1	35	85	9	98	46	4	4	45	1.40
128794--128889	49	2.0	49	97	0	183	50	6	2	41	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128803--128881	25	3.2	25	62	16	65	43	7	2	46	1.45
128813--128890	25	3.2	25	62	10	61	50	7	2	39	1.45
129194--129218	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
129207--129258	19	2.7	20	80	14	63	34	15	17	32	1.91
130193--130262	22	3.2	22	82	8	88	42	7	4	45	1.51
130793--130905	51	2.2	51	95	0	199	30	15	8	45	1.77
134309--134714	152	2.7	150	77	4	386	41	13	11	33	1.80
134983--135019	15	2.5	15	90	0	56	78	8	5	8	1.09
135931--135983	22	2.4	22	90	0	88	41	5	3	49	1.44
144434--144510	33	2.4	33	84	2	102	29	9	10	50	1.67
145558--145589	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
146504--146600	18	5.3	18	70	18	51	44	2	0	53	1.12
146516--146591	29	2.7	28	75	4	80	43	2	0	53	1.14
146573--146647	6	12.8	6	72	13	59	36	0	0	64	0.94
146573--146655	11	7.7	11	71	20	68	36	1	0	62	1.03
147475--147514	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
147609--147636	5	5.6	5	100	0	56	35	0	0	64	0.94
148066--148110	22	2.0	22	86	4	63	53	2	0	44	1.13
149490--149525	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
150606--150674	33	2.1	33	84	10	88	36	18	14	30	1.91
151334--151377	23	2.0	23	86	8	65	40	20	4	34	1.73
156003--156232	51	4.5	50	79	6	216	35	10	23	31	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156346--156498	79	1.9	80	81	4	184	32	16	26	24	1.97
158927--159102	79	2.2	79	81	7	205	32	14	25	28	1.94
159042--159152	51	2.2	51	86	0	150	34	12	22	30	1.91
158963--159206	130	1.9	127	86	5	348	33	12	25	29	1.92
158976--159261	130	2.2	127	79	10	287	36	12	24	27	1.91
160203--160241	19	2.1	19	95	0	69	15	23	12	48	1.79
161549--161642	20	4.7	19	76	7	80	43	12	17	26	1.84
161549--161643	40	2.4	40	80	8	104	43	12	16	27	1.84
162396--162506	42	2.6	43	80	7	127	42	14	20	22	1.88
162449--162649	88	2.3	85	81	9	228	43	12	25	18	1.86
162418--162726	45	7.0	45	71	13	185	41	12	26	18	1.87
162710--163342	61	10.3	61	86	3	677	30	19	25	24	1.98
162731--163342	246	2.5	245	84	3	759	30	19	25	24	1.98
169662--169778	51	2.3	52	86	4	166	31	11	23	32	1.91
169582--169830	130	1.9	128	87	6	360	32	11	26	30	1.91
169582--169885	130	2.3	129	80	8	278	35	11	24	29	1.90
172156--172243	20	4.8	20	78	18	109	43	14	17	25	1.87
172156--172225	33	2.1	33	91	0	113	42	14	17	25	1.86
172975--173071	50	1.9	50	81	4	115	17	17	20	44	1.87
172750--173238	262	1.9	262	100	0	978	21	8	31	38	1.84
173705--173759	20	2.8	20	91	0	92	41	12	14	30	1.83
174099--174123	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174215--174240	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
174195--174262	33	2.1	32	91	2	109	35	19	13	32	1.90
180411--180435	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
180869--180920	20	2.4	21	87	9	70	19	46	26	7	1.77
182892--182944	20	2.6	21	84	3	72	39	15	16	28	1.89
182997--183022	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
182977--183044	33	2.1	32	91	2	109	35	19	13	32	1.90
183788--183834	20	2.3	20	92	0	76	46	17	12	23	1.82
188130--188206	21	3.7	21	89	3	111	35	12	16	35	1.88
188242--188309	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
188263--188287	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
188244--188306	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
188349--188374	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
188329--188395	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
190892--191066	52	3.4	51	78	5	181	30	25	10	33	1.90
191052--191122	28	2.5	28	86	0	88	23	35	16	23	1.95
190759--191094	183	1.8	183	87	6	511	30	26	11	32	1.91
191077--191280	78	2.6	78	83	2	239	24	30	17	28	1.97
192770--192820	19	2.6	20	90	3	77	35	17	15	31	1.92
194449--194968	166	3.1	162	80	8	475	31	9	7	51	1.63
194930--195005	38	2.0	38	94	2	136	35	6	5	52	1.50
195201--195247	14	3.1	15	85	14	62	31	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195384--195421	13	2.9	13	77	14	51	76	2	5	15	1.08
197998--198047	19	2.5	20	83	3	66	34	22	16	28	1.95
198100--198151	20	2.7	20	88	8	72	40	17	13	28	1.87
203943--204066	52	2.4	51	91	4	205	29	18	17	34	1.94
204075--204099	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
204140--204206	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
204162--204186	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
205089--206300	49	24.7	49	84	3	1593	30	17	26	25	1.97
205089--206300	98	12.4	98	92	3	1962	30	17	26	25	1.97
205089--206252	492	2.4	492	97	1	2171	30	17	26	25	1.97
206116--206305	43	4.1	44	80	12	220	29	16	27	26	1.97
206300--206537	33	7.2	33	90	5	367	18	17	35	28	1.94
206301--206536	67	3.6	67	90	5	374	18	17	36	27	1.94
206539--207052	34	15.4	34	81	12	509	32	13	35	18	1.90
206519--207052	71	7.9	68	81	11	522	32	13	35	19	1.90
206641--206700	27	2.2	27	87	0	84	30	16	36	16	1.91
206539--206991	162	2.8	159	85	9	576	32	13	35	18	1.90
206830--207052	37	6.4	37	83	10	290	32	13	35	18	1.89
207064--207208	31	4.7	32	80	6	147	28	18	28	24	1.98
207556--207586	12	2.6	12	89	0	53	0	0	9	90	0.46
207556--207588	13	2.7	13	86	13	52	0	0	12	87	0.53
207554--207599	20	2.3	20	77	3	58	4	4	13	78	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
214466--214589	52	2.4	51	91	4	205	29	18	17	34	1.94
214598--214622	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
214663--214729	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
214685--214709	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
215611--216800	49	24.3	49	85	3	1583	30	17	26	25	1.97
215611--216797	98	12.1	98	92	3	1946	30	17	26	25	1.97
215611--216774	492	2.4	492	96	1	2162	30	17	26	25	1.97
216639--216776	43	3.1	43	86	10	204	29	17	26	26	1.97
220326--220350	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
222239--222285	23	2.1	23	88	4	69	34	0	29	36	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9