genome.fa.s185.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold185
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1073966

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1728--1779	10	5.3	10	83	2	61	86	5	3	3	0.78
1728--1767	15	2.7	14	85	11	53	90	5	2	2	0.62
2994--3796	28	28.4	28	85	4	906	28	32	17	21	1.96
2995--3796	143	5.7	143	85	7	1041	28	32	17	21	1.96
3572--3605	17	2.0	17	100	0	68	35	35	17	11	1.87
3520--3664	76	1.9	73	84	9	193	29	31	17	22	1.96
3436--3750	162	2.0	159	84	5	420	28	31	19	20	1.97
4311--4362	20	2.6	20	84	0	68	34	13	11	40	1.81
5276--5329	22	2.5	22	96	3	101	18	11	9	61	1.55
12420--12455	17	2.1	17	100	0	72	30	11	5	52	1.59
13407--13504	17	5.2	19	74	18	71	76	3	16	4	1.06
13443--13503	17	3.6	17	88	0	86	80	1	14	3	0.92
13443--13513	17	4.2	17	85	3	81	80	1	12	5	0.95
13651--13699	25	2.0	25	84	4	64	40	0	4	55	1.19
13986--14024	15	2.7	14	78	21	53	35	0	0	64	0.94
14463--14494	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
14579--14648	17	3.7	19	78	16	67	41	0	1	57	1.08
14598--14648	17	2.9	18	86	11	70	43	0	1	54	1.11
18378--18417	21	1.9	21	84	0	53	25	12	12	50	1.75
19710--19753	21	2.0	21	82	4	52	56	0	0	43	0.99
20437--20465	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
25405--25453	10	5.4	10	75	22	54	42	22	0	34	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25408--25455	25	1.9	25	95	0	87	41	22	0	35	1.54
25409--25464	25	2.2	25	87	6	78	44	23	0	32	1.53
25439--25530	35	2.5	36	87	7	132	42	21	2	33	1.65
29917--30008	45	2.0	46	82	6	114	46	18	2	32	1.61
31009--31046	20	1.9	20	100	0	76	36	10	10	42	1.74
31033--31057	13	1.9	13	100	0	50	36	16	8	40	1.77
31013--31077	33	2.0	33	88	11	98	32	13	10	43	1.79
39385--39473	30	3.0	30	91	1	135	22	31	15	30	1.95
39475--39890	27	13.6	32	77	16	354	19	33	13	33	1.90
39475--39844	61	6.0	61	84	9	416	19	33	13	33	1.90
39502--39890	95	4.2	95	89	3	573	19	33	13	33	1.90
39692--39839	59	2.5	60	92	2	244	19	35	14	31	1.91
39726--39886	86	1.9	86	94	2	288	20	34	13	31	1.92
39898--39984	28	2.9	29	75	18	81	32	29	17	20	1.95
39989--40575	49	11.8	48	82	4	575	25	25	17	32	1.96
39989--40575	101	5.9	98	82	4	631	25	25	17	32	1.96
39989--40531	150	3.6	150	89	1	777	25	25	17	32	1.97
41386--41440	20	2.8	20	83	5	67	34	14	10	40	1.81
47163--47244	40	2.0	40	90	0	128	26	15	12	45	1.82
49449--49504	27	2.2	27	84	9	73	26	30	12	30	1.93
55913--56031	51	2.3	52	85	5	161	47	13	10	28	1.77
56113--56149	20	1.9	20	88	5	58	32	21	8	37	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56433--56461	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
56743--56802	21	2.9	21	87	2	86	26	10	10	53	1.66
56767--56903	51	2.7	51	86	2	186	27	11	14	45	1.80
58824--58864	20	2.0	20	100	0	82	36	9	19	34	1.85
59274--59636	79	4.6	79	83	4	428	30	24	10	34	1.89
59274--59639	158	2.3	158	87	0	536	30	24	10	34	1.90
59590--59688	51	1.9	51	91	0	162	31	22	9	37	1.85
61039--61183	41	3.5	41	81	0	182	34	11	17	36	1.86
61726--61780	20	2.8	20	85	0	83	27	12	14	45	1.81
64131--64429	79	3.8	78	82	7	322	29	24	13	32	1.94
64131--64434	158	1.9	158	84	6	402	28	25	13	31	1.94
66144--66198	24	2.3	23	78	3	56	61	0	12	25	1.31
69417--69489	33	2.2	33	95	0	128	50	2	30	16	1.59
70476--71053	308	1.9	308	93	0	994	38	16	11	33	1.85
77115--77155	21	2.0	20	90	4	64	53	19	12	14	1.72
78042--78095	20	2.7	20	88	5	74	35	11	14	38	1.82
78865--79313	52	8.5	52	75	12	385	34	15	26	23	1.95
78865--79111	103	2.4	104	91	0	388	35	15	25	23	1.94
78965--79277	165	1.9	165	91	0	518	35	15	26	22	1.94
79383--79475	43	2.1	43	84	2	114	31	13	26	27	1.94
79483--79896	63	6.5	63	76	7	356	21	18	29	29	1.97
79489--79896	32	12.9	30	75	10	257	21	18	30	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79489--79898	95	4.3	94	82	4	423	21	18	30	29	1.97
80412--81181	52	14.5	52	70	10	368	34	14	26	23	1.94
80378--80944	104	5.4	104	78	7	572	35	14	26	23	1.93
80351--81024	319	2.1	319	87	3	962	35	14	26	23	1.93
80671--81222	269	2.1	268	88	1	811	34	13	26	24	1.93
81288--81374	43	2.0	43	88	0	129	27	16	27	28	1.97
81383--81737	32	11.2	31	74	5	217	21	19	30	29	1.97
81407--81697	63	4.6	62	76	8	241	20	16	32	29	1.95
81611--81735	63	2.0	63	84	3	162	20	20	32	28	1.97
81383--81736	95	3.7	96	83	3	389	20	19	30	29	1.97
82254--82435	52	3.5	52	72	8	172	35	15	25	23	1.95
82197--82458	104	2.5	104	83	3	330	35	15	25	23	1.94
82460--82584	61	2.0	61	83	3	153	40	10	25	24	1.87
82537--82626	43	2.1	43	87	0	126	31	16	25	26	1.97
82633--83054	32	13.3	31	74	9	300	23	18	29	28	1.98
82633--83054	95	4.4	95	80	3	445	23	18	29	28	1.98
82633--83052	127	3.3	127	77	6	370	23	19	29	28	1.98
83530--83770	52	4.6	51	74	10	175	34	15	26	23	1.94
83518--83767	104	2.4	104	85	0	322	34	15	26	23	1.95
83853--83945	43	2.1	43	88	2	132	31	13	27	26	1.94
83981--84336	63	5.6	61	74	13	258	23	19	28	28	1.98
83949--84367	127	3.3	127	81	6	426	22	20	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83949--84352	32	12.8	32	73	12	230	22	19	28	29	1.98
83989--84340	95	3.7	94	79	9	351	23	19	28	29	1.98
84828--85349	103	5.0	103	78	9	346	36	14	24	23	1.93
84820--85356	52	10.2	52	74	12	382	37	14	24	23	1.92
85036--85153	61	2.0	60	86	1	164	38	13	26	22	1.91
84955--85257	165	1.8	165	89	0	471	37	13	25	23	1.92
84786--85372	268	2.2	268	85	1	800	37	14	24	23	1.92
85358--85482	61	2.0	61	84	6	164	43	11	21	24	1.85
85531--85948	32	13.2	31	77	7	340	21	19	30	28	1.98
85515--85906	95	4.1	95	83	5	463	21	19	30	28	1.97
85531--85948	127	3.3	126	79	10	417	21	19	30	28	1.98
85533--85948	95	4.4	95	81	4	439	21	19	30	28	1.98
86403--86663	52	5.0	51	78	7	233	34	14	26	23	1.94
86423--86667	104	2.4	104	93	0	409	33	15	26	24	1.95
86845--87136	63	4.6	63	74	11	197	20	19	30	29	1.97
86847--87129	95	3.0	94	82	3	291	20	18	30	30	1.97
86845--87121	32	8.8	32	76	8	201	20	19	29	30	1.97
87681--87837	52	3.0	53	79	3	201	33	15	28	22	1.94
87996--88432	32	13.8	31	77	5	374	23	18	29	28	1.98
88014--88430	63	6.6	62	76	10	283	22	19	29	28	1.98
88012--88432	95	4.4	94	79	7	388	22	19	29	28	1.98
88012--88429	127	3.3	122	79	9	396	22	19	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89043--89169	66	1.9	65	91	1	209	16	15	18	48	1.81
90867--90912	22	2.0	22	87	12	65	50	0	0	50	1.00
92919--92957	13	2.9	13	92	3	60	35	20	12	30	1.90
93299--93436	58	2.4	58	80	4	145	23	10	17	48	1.77
93337--93596	58	4.5	57	80	4	220	25	9	15	49	1.74
93421--93564	55	2.5	56	84	5	166	28	11	15	43	1.82
99830--99871	17	2.5	17	75	17	52	40	16	9	33	1.81
100056--100090	9	3.9	9	88	0	52	42	2	37	17	1.64
101850--101882	14	2.2	16	89	10	52	75	0	0	24	0.80
101974--102009	8	4.8	8	86	13	58	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7