genome.fa.s185.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold185
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1073966

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
775578--775603	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
781303--781411	14	8.3	14	68	26	62	38	0	0	59	1.10
781304--781444	41	3.6	37	84	7	165	36	2	0	60	1.14
781304--781444	39	3.6	39	86	3	176	36	2	0	60	1.14
781886--781931	13	3.7	13	74	11	51	65	0	0	34	0.93
782241--782299	30	2.0	30	84	15	79	35	11	5	47	1.62
784342--784482	74	1.9	74	92	0	237	41	6	5	46	1.53
785859--785962	42	2.5	41	81	4	102	30	4	12	51	1.60
789804--789931	63	2.0	63	98	0	247	38	17	10	34	1.83
789924--789971	17	2.7	18	81	12	55	77	0	18	4	0.93
790598--790798	62	3.3	62	84	1	235	26	9	8	54	1.63
791145--791306	78	2.1	76	82	8	186	26	14	16	41	1.87
791259--791385	63	2.0	63	92	0	209	25	11	23	39	1.89
791471--791655	78	2.4	78	78	6	196	32	9	12	44	1.75
791434--791669	39	6.1	39	71	7	158	30	10	13	44	1.78
791598--791681	39	2.2	39	82	0	96	33	10	14	41	1.80
792678--792733	18	2.9	20	69	30	50	46	5	3	44	1.43
795768--795867	49	2.1	48	83	5	121	50	12	11	27	1.73
795899--795938	21	2.0	20	85	9	55	35	17	10	37	1.83
796678--796736	8	7.2	8	72	16	50	83	1	6	8	0.89
796691--796739	18	2.8	17	80	20	57	85	0	8	6	0.73
796683--796734	15	3.5	14	82	10	59	84	1	5	7	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
797875--797913	21	1.9	20	94	5	69	35	20	12	30	1.90
798053--798080	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
801304--801446	58	2.5	58	77	7	166	25	13	19	40	1.89
802350--802737	79	5.0	78	78	6	403	34	11	24	29	1.90
802361--802737	154	2.4	155	80	8	399	35	11	23	29	1.90
803842--803899	24	2.4	24	97	0	107	46	24	13	15	1.82
805162--805215	20	2.6	21	88	2	74	29	14	12	42	1.83
805142--805215	21	3.6	21	80	7	80	28	14	14	41	1.86
805538--805676	58	2.4	58	79	5	149	25	10	15	48	1.77
808055--808144	26	3.5	25	88	7	135	20	16	37	25	1.93
809322--809909	162	3.6	162	83	6	681	50	7	9	32	1.62
815717--815755	19	2.1	19	85	4	53	25	0	5	69	1.09
816045--816091	18	2.7	18	77	16	53	46	6	4	42	1.48
816541--816596	23	2.4	23	96	0	103	44	0	0	55	0.99
817084--817139	18	3.1	19	73	14	55	60	1	0	37	1.07
817348--817403	27	2.1	27	86	6	78	50	1	0	48	1.11
823855--824170	155	2.0	155	97	0	596	23	13	22	40	1.89
826945--826978	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
827987--828013	11	2.5	11	100	0	54	33	0	14	51	1.43
829569--829599	16	1.9	16	93	0	53	12	9	0	77	0.99
830748--830787	2	20.5	2	94	5	73	0	50	0	50	1.00
830787--830813	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
833085--833117	6	5.5	6	100	0	66	51	33	0	15	1.43
834162--834238	31	2.5	31	91	0	118	44	15	14	25	1.84
834191--834308	51	2.3	50	88	1	164	46	12	13	27	1.79
834273--834329	19	2.9	19	81	2	60	42	15	8	33	1.78
838424--838474	21	2.4	23	75	24	58	49	0	17	33	1.47
843134--843168	15	2.3	15	95	0	61	28	28	0	42	1.56
843284--843335	26	2.0	26	96	0	95	11	17	30	40	1.85
846709--846781	32	2.3	32	88	4	103	69	12	12	5	1.34
848187--849063	30	28.8	31	78	10	308	23	29	12	34	1.92
848184--848474	91	3.3	90	85	4	340	23	26	14	35	1.94
848317--849301	32	32.1	31	79	8	713	24	28	12	34	1.91
848320--849301	62	16.0	62	77	8	626	24	28	12	34	1.91
848433--849311	247	3.6	243	82	6	907	24	29	11	34	1.91
849289--849648	33	11.2	31	75	11	264	30	28	16	23	1.97
849301--849641	97	3.5	95	78	10	314	31	29	16	23	1.96
849648--849937	112	2.7	112	77	12	321	24	23	13	38	1.91
849928--850176	52	4.8	52	76	5	209	24	21	16	36	1.94
849920--850176	104	2.5	103	78	7	279	24	21	15	37	1.93
850758--850808	20	2.5	21	80	3	59	39	9	19	31	1.84
850867--850985	52	2.3	51	86	2	159	30	15	13	40	1.86
850940--851051	32	3.5	32	96	0	188	29	16	13	40	1.87
858948--859043	50	1.9	50	91	0	156	25	23	13	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
858951--859068	50	2.3	50	85	1	146	27	22	13	36	1.92
859011--859386	79	4.8	76	78	6	342	26	21	15	35	1.94
859012--859386	158	2.4	157	79	5	409	26	21	15	36	1.94
866174--866253	41	2.0	41	87	0	115	31	22	10	36	1.87
872286--872673	44	8.8	44	77	7	297	20	22	15	41	1.90
872314--872700	132	2.9	132	80	3	447	20	23	16	40	1.91
873225--873283	31	1.9	31	86	6	84	40	5	16	37	1.71
874201--874243	15	3.1	14	83	9	52	32	2	0	65	1.06
877610--877678	16	4.3	16	71	14	52	21	33	14	30	1.93
877590--877684	48	2.0	48	82	0	118	22	31	13	32	1.93
878500--878578	36	2.2	35	84	6	104	36	24	7	31	1.83
878513--878608	36	2.6	36	85	3	120	29	22	9	38	1.86
878602--878783	59	3.1	59	75	9	163	26	24	14	34	1.94
882142--882166	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
882121--882184	33	2.0	33	90	3	103	28	15	17	39	1.90
884312--884352	21	2.0	21	85	9	57	58	0	21	19	1.39
894404--894449	21	2.2	21	88	7	67	45	10	13	30	1.77
895919--895960	14	2.9	15	78	7	50	33	0	0	66	0.92
895919--895981	29	2.2	29	83	8	76	36	1	0	61	1.05
895977--896052	38	2.0	39	87	7	111	40	0	2	56	1.13
896977--897021	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
897217--897259	18	2.4	18	80	7	52	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
897900--898264	174	2.1	172	81	4	421	33	14	9	41	1.79
898261--898345	26	3.2	26	94	3	143	44	0	0	55	0.99
898297--898354	22	2.8	21	76	10	57	50	0	0	50	1.00
898328--898396	20	3.4	20	78	9	77	46	0	0	53	1.00
898637--898767	32	4.2	31	75	9	106	44	0	2	52	1.19
899452--899484	17	2.0	17	88	5	50	54	0	0	45	0.99
904377--904434	24	2.5	23	84	13	75	34	0	0	65	0.93
904763--904806	23	1.9	23	86	9	63	31	0	6	61	1.22
904820--905032	74	2.9	71	78	13	236	35	1	8	54	1.41
905064--905119	23	2.4	23	96	0	103	73	0	21	5	1.03
909022--909242	110	2.0	110	88	1	327	39	17	14	28	1.88
915526--915834	156	2.0	159	85	2	426	34	16	7	41	1.76
915682--916040	91	3.9	89	80	9	360	36	15	6	40	1.75
916366--916514	38	3.9	37	78	11	149	42	10	3	43	1.56
916944--917003	28	2.1	27	82	11	68	41	0	0	58	0.98
916955--917057	46	2.1	49	83	13	126	42	0	0	56	1.06
916989--917158	43	4.2	41	66	22	119	45	1	0	52	1.11
916754--917226	117	3.9	119	87	7	641	43	2	1	53	1.19
917079--917158	42	1.9	42	87	5	117	47	0	0	52	1.00
917230--917267	9	4.1	9	83	16	51	47	0	0	52	1.00
917156--917258	35	2.9	35	72	14	95	44	0	0	53	1.13
917217--917267	18	2.9	18	78	18	54	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
917830--917865	19	1.9	19	88	5	56	44	0	2	52	1.15
921056--921102	2	23.5	2	100	0	94	0	48	0	51	1.00
922169--922466	150	2.0	153	89	3	460	34	18	14	32	1.91
927703--927759	24	2.4	24	83	13	66	42	0	0	57	0.98
928364--928415	10	4.7	10	74	21	50	38	0	0	61	0.96
928353--928408	25	2.4	24	80	11	64	39	0	0	60	0.97
929311--929361	23	2.1	23	82	7	57	49	0	0	50	1.00
929515--929566	14	3.6	14	75	14	61	71	11	0	17	1.15
929513--929570	29	2.0	29	100	0	116	68	10	0	20	1.18
933947--933985	20	2.0	20	100	0	78	25	23	20	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7