genome.fa.s185.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold185
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1073966

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203508--203532	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
203594--203618	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
203627--203807	52	3.5	52	96	0	317	35	18	17	29	1.93
207870--208198	78	4.2	79	80	4	353	31	24	11	32	1.90
208072--208328	128	2.0	130	79	9	285	31	25	10	33	1.89
208132--208249	51	2.3	51	84	7	143	30	25	11	32	1.92
208183--208551	158	2.3	158	80	5	388	28	24	12	33	1.92
208182--208551	80	4.7	77	77	7	323	28	24	12	33	1.92
210897--210967	8	8.9	8	71	20	51	39	0	0	60	0.97
210892--210946	21	2.6	20	78	18	58	38	0	1	60	1.08
210900--210997	26	3.6	27	79	14	103	42	0	1	56	1.06
210875--210992	15	7.9	15	67	20	61	43	0	0	55	1.05
210869--210992	26	4.6	26	73	17	85	43	0	0	55	1.05
210949--211016	32	2.1	32	89	5	102	50	0	1	48	1.10
211647--211690	11	4.0	11	85	8	54	70	0	0	29	0.88
211658--211691	12	2.9	12	91	4	52	70	0	0	29	0.87
213703--214063	79	4.6	77	78	9	268	32	23	10	34	1.88
213737--214065	78	4.2	79	80	4	335	32	24	10	32	1.90
213939--214195	131	2.0	130	82	9	312	31	25	10	32	1.89
214017--214116	51	2.0	51	88	7	150	31	26	10	33	1.89
214050--214417	79	4.6	80	76	9	292	29	25	12	33	1.92
214050--214417	80	4.6	79	78	7	291	29	25	12	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
214051--214418	158	2.3	158	80	5	395	29	25	12	33	1.92
216765--216835	8	8.9	8	71	20	51	39	0	0	60	0.97
216760--216814	21	2.6	20	78	18	58	38	0	1	60	1.08
216768--216865	26	3.6	27	79	14	103	42	0	1	56	1.06
216743--216860	15	7.9	15	67	20	61	43	0	0	55	1.05
216737--216860	26	4.6	26	73	17	85	43	0	0	55	1.05
216817--216884	32	2.1	32	89	5	102	50	0	1	48	1.10
217509--217554	15	3.3	15	73	14	53	67	0	0	32	0.91
218036--218096	17	3.5	17	76	12	54	45	0	1	52	1.10
218334--218366	2	16.5	2	93	0	57	0	54	0	45	0.99
221205--221241	13	3.0	13	84	7	51	45	0	2	51	1.15
221227--221292	19	3.4	19	78	4	69	59	0	3	37	1.13
221968--222009	18	2.3	18	84	8	50	71	0	26	2	0.98
222617--222641	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
222705--222732	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
222718--222866	52	2.9	51	88	4	217	34	16	17	31	1.93
227506--227534	14	2.1	14	93	6	51	44	0	0	55	0.99
227972--228019	7	6.7	7	79	11	53	31	0	0	68	0.90
227972--228034	28	2.1	30	88	8	94	31	0	1	66	1.01
227509--228384	453	1.9	459	83	8	1125	41	9	5	43	1.59
228638--228683	2	22.5	2	91	4	74	47	2	2	47	1.26
229500--229546	2	23.5	2	100	0	94	51	0	48	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
232636--232669	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
245135--245221	45	1.9	45	95	0	156	24	1	19	55	1.50
245152--245251	45	2.2	45	84	7	123	28	2	17	53	1.55
247015--247054	20	2.0	20	85	5	53	42	2	22	32	1.67
248295--248345	11	4.8	10	73	21	50	47	0	0	52	1.00
248295--248349	21	2.6	22	86	11	71	47	0	0	52	1.00
248325--248373	16	3.1	16	88	5	64	48	6	0	44	1.27
256872--257043	51	3.4	49	77	5	146	32	11	26	30	1.91
256977--257279	79	3.8	79	82	5	344	32	11	25	30	1.92
256780--257120	181	1.9	181	84	6	458	33	10	24	30	1.90
256977--257279	157	1.9	157	82	1	383	32	11	25	30	1.92
259151--259294	50	2.9	50	84	7	193	41	13	17	27	1.87
260396--260452	27	2.2	26	90	9	89	21	31	14	33	1.92
260370--262102	33	54.8	32	74	10	1151	21	29	12	36	1.90
260370--262102	65	27.4	64	74	9	1232	21	29	12	36	1.90
260522--260607	32	3.0	27	81	8	73	20	31	12	34	1.91
260370--262102	99	18.2	98	78	9	1349	21	29	12	36	1.90
260422--262009	126	12.5	126	71	13	433	21	29	12	36	1.90
261868--261925	28	2.0	29	87	9	84	17	25	15	41	1.89
261982--262036	27	2.0	27	96	0	101	23	34	10	30	1.89
262232--262457	32	7.0	32	79	7	244	30	29	17	22	1.97
262242--262457	64	3.4	64	88	5	287	31	29	18	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
262556--262892	43	7.2	43	72	17	127	24	21	17	35	1.95
262602--262848	52	4.9	51	75	12	197	24	23	17	34	1.95
262651--262937	95	3.0	92	80	10	303	24	23	18	33	1.96
262504--262840	147	2.3	148	85	2	444	24	21	17	36	1.95
262862--263091	52	4.4	52	81	6	252	25	22	17	34	1.95
262714--262944	95	2.4	95	87	1	320	25	23	17	33	1.96
262846--263106	104	2.5	101	79	10	269	25	22	16	36	1.94
263872--263924	27	2.0	27	88	7	81	41	9	9	39	1.70
268027--268223	69	2.9	68	88	3	270	18	30	14	36	1.91
268027--268258	34	7.0	34	83	9	275	18	29	13	37	1.90
268192--268245	27	2.0	27	88	0	81	22	31	14	31	1.94
268338--268653	43	7.0	43	82	9	362	25	25	18	31	1.97
268290--268653	92	4.0	92	91	1	597	26	24	17	31	1.97
268290--268653	182	2.0	183	92	1	613	26	24	17	31	1.97
268638--268747	53	2.1	52	83	5	132	27	24	14	33	1.94
269486--269510	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
273896--273950	18	2.8	19	81	10	67	61	14	3	20	1.47
274846--274902	21	2.7	21	86	5	71	17	21	0	61	1.35
276874--277028	72	2.2	72	89	0	238	33	14	14	36	1.88
277080--277104	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
278597--278653	25	2.4	25	82	11	66	52	0	0	47	1.00
278629--278961	97	3.3	96	71	17	273	48	2	2	47	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
278707--278784	36	2.2	35	82	11	88	48	1	0	50	1.09
278815--278936	21	6.0	20	70	17	83	51	1	2	44	1.24
278810--278922	43	2.7	41	73	9	104	51	0	3	44	1.25
279004--279055	25	2.2	25	83	16	67	44	5	0	50	1.26
279065--279117	14	3.9	14	80	19	58	56	1	0	41	1.10
279038--279117	11	6.2	13	72	27	64	53	1	0	45	1.08
279245--279285	16	2.7	16	77	11	50	53	2	0	43	1.13
279245--279286	15	2.8	15	75	13	50	52	2	0	45	1.13
283042--283074	3	11.0	3	100	0	66	33	33	0	33	1.58
283380--283406	6	4.5	6	100	0	54	0	66	18	14	1.25
285485--285527	16	2.7	15	85	10	50	46	6	6	39	1.58
286523--286875	174	2.0	174	88	2	530	32	5	9	52	1.56
287890--287922	16	2.1	16	94	0	57	51	0	0	48	1.00
288357--288411	16	3.4	16	87	2	74	50	1	1	45	1.22
290751--290784	2	17.0	2	100	0	68	50	0	50	0	1.00
291951--292013	28	2.2	29	82	2	74	44	3	6	46	1.45
292043--292091	22	2.2	23	85	10	66	61	2	0	36	1.08
292276--292394	11	10.7	11	68	14	66	65	3	0	31	1.09
292315--292398	5	17.6	5	74	15	54	65	1	0	33	1.00
292983--293071	27	3.0	29	75	20	85	43	0	0	56	0.99
292989--293071	31	2.9	28	75	19	89	43	0	0	56	0.99
292998--293071	17	4.6	16	74	17	64	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
293000--293071	31	2.2	32	90	7	110	43	0	0	56	0.99
293151--293273	61	2.0	61	88	0	183	46	1	9	42	1.46
294404--294450	22	2.2	22	92	3	78	38	0	0	61	0.96
294404--294447	12	3.8	12	79	11	56	36	0	0	63	0.95
294436--294483	20	2.5	20	89	3	71	41	0	2	56	1.11
294513--294549	19	1.9	19	89	10	58	40	0	0	59	0.97
295079--295109	15	2.0	16	93	6	55	48	6	12	32	1.67
295240--295284	19	2.3	20	85	11	58	42	2	0	55	1.12
296984--297023	20	2.0	20	90	9	64	62	0	0	37	0.95
299089--299183	48	2.0	48	81	8	113	35	15	21	27	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7