genome.fa.s185.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold185
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1073966

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101976--102004	14	2.1	14	100	0	58	51	0	0	48	1.00
102110--102150	21	2.0	21	85	9	57	53	0	0	46	1.00
102295--102396	19	4.9	19	69	26	66	37	0	0	62	0.95
102312--102395	11	7.6	11	72	19	61	39	0	0	60	0.97
102323--102376	15	3.4	15	76	14	54	37	0	0	62	0.95
102290--102405	25	4.9	22	72	15	63	37	0	0	62	1.02
102328--102407	25	3.2	25	76	15	83	36	0	1	62	1.03
102290--102394	20	5.4	20	69	26	66	38	0	0	61	0.96
102657--102698	22	1.9	22	85	9	59	76	2	0	21	0.90
102664--102698	4	8.2	4	93	6	52	77	0	0	22	0.78
102928--102996	33	2.1	33	91	5	113	57	5	7	28	1.49
103345--103543	6	34.0	6	67	22	52	42	1	0	56	1.08
103335--103390	22	2.5	24	85	11	82	42	0	0	57	0.99
103351--103540	15	12.0	15	72	16	73	41	1	0	56	1.08
103341--103488	31	4.7	31	88	5	176	39	1	0	58	1.06
103367--103505	46	3.0	46	80	9	167	37	2	0	60	1.09
103880--103946	13	5.2	13	72	15	50	37	0	0	62	0.95
104009--104072	25	2.9	22	86	11	78	68	0	0	31	0.90
104035--104071	17	2.1	17	90	5	56	70	0	0	29	0.88
104452--104504	16	3.2	15	75	19	52	66	0	0	33	0.92
104433--104492	24	2.5	24	71	15	61	60	0	0	40	0.97
105069--105135	27	2.4	30	82	9	79	49	1	1	47	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105923--105963	22	1.9	21	85	5	55	41	0	0	58	0.98
105959--106007	24	2.0	24	84	0	62	51	0	0	48	1.00
106369--106454	19	4.6	18	71	23	61	66	2	2	29	1.16
106414--106454	17	2.4	17	87	4	55	70	2	0	26	0.99
106489--106533	21	2.0	22	83	8	56	48	0	6	44	1.29
106438--106527	36	2.5	36	76	21	98	57	0	6	35	1.25
106634--106682	17	2.7	18	81	12	55	38	2	0	59	1.09
107328--107768	220	2.0	220	99	0	864	39	9	8	42	1.69
108038--108084	21	2.2	22	84	3	60	59	0	0	40	0.97
108442--108481	17	2.3	18	91	4	64	62	0	0	37	0.95
109207--109314	54	2.0	54	96	0	198	42	3	9	44	1.54
111453--111654	78	2.6	78	84	1	244	28	16	30	24	1.97
111609--111680	28	2.6	28	86	0	90	25	19	33	22	1.97
111669--111797	51	2.5	51	79	14	140	33	9	25	31	1.88
114157--114182	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
114136--114202	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
114222--114289	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
114244--114268	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
114225--114287	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
116604--116638	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
117009--117035	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
117238--117272	17	2.1	17	94	5	63	37	2	0	60	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121993--122119	20	5.8	20	70	21	87	40	12	16	29	1.85
121945--122121	51	3.7	49	74	17	185	40	12	16	29	1.86
121945--122116	90	1.9	91	92	1	292	41	12	16	29	1.85
124459--124520	19	3.2	19	80	13	65	67	1	1	29	1.09
124492--124516	13	1.9	13	100	0	50	64	0	4	32	1.12
124454--124502	25	2.0	25	92	8	82	69	2	0	28	1.00
125738--125871	62	2.1	64	82	5	157	46	13	17	22	1.83
125994--126434	65	6.8	64	72	9	245	47	11	19	21	1.81
125961--126414	195	2.3	196	79	5	472	46	11	20	21	1.81
130714--130914	76	2.6	76	77	8	176	47	8	17	25	1.76
131092--131188	30	3.3	29	68	17	74	50	18	13	17	1.78
131009--131464	60	7.7	60	76	9	299	46	19	16	18	1.85
131289--131397	30	3.7	30	70	16	91	47	17	18	16	1.83
131277--131367	30	3.1	30	67	20	73	51	19	13	15	1.76
131067--131464	119	3.3	118	79	6	367	46	19	15	17	1.84
131331--131429	30	3.3	30	69	10	85	47	19	16	17	1.83
132363--132417	20	2.8	20	100	0	110	36	20	14	29	1.92
132450--132503	19	2.8	20	83	8	76	35	16	14	33	1.90
132487--132511	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
132468--132532	33	2.0	32	88	8	96	38	15	15	30	1.88
133086--133132	21	2.1	23	88	7	71	44	14	4	36	1.65
134875--134917	21	2.0	22	86	4	61	51	0	20	27	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141162--141219	19	3.0	20	77	7	66	37	15	12	34	1.85
141184--141249	33	2.0	33	88	8	100	40	15	12	31	1.83
141852--142002	44	3.5	44	73	12	114	49	13	15	21	1.79
141859--142044	88	2.1	88	79	1	212	49	15	15	20	1.79
142574--142784	114	1.8	114	84	3	289	38	9	14	37	1.79
145610--145812	79	2.6	79	90	0	316	25	29	16	28	1.97
145606--145841	79	3.0	78	85	5	305	26	27	15	30	1.96
147701--147733	12	2.7	13	90	9	52	0	15	0	84	0.61
147701--147733	17	1.9	17	88	11	50	0	15	0	84	0.61
152967--153028	26	2.3	27	81	13	67	32	1	0	66	1.02
153002--153037	19	1.9	18	88	5	54	33	0	0	66	0.92
153485--153535	22	2.3	22	93	6	86	58	0	5	35	1.22
153555--153601	19	2.5	20	80	16	55	55	0	2	42	1.12
155341--155425	40	2.1	40	91	0	134	50	0	8	41	1.32
155362--155428	20	3.3	20	71	8	73	43	0	5	50	1.26
155365--155432	21	3.3	21	71	8	77	42	0	5	51	1.26
155350--155450	40	2.5	40	96	1	186	52	0	3	43	1.19
155433--155468	14	2.6	14	91	8	56	58	0	0	41	0.98
155350--155480	40	3.2	40	89	6	149	52	0	3	44	1.16
155517--155570	27	2.0	26	82	10	65	50	0	0	50	1.00
156101--156144	21	2.1	21	86	0	61	31	54	0	13	1.39
156113--156155	12	3.6	12	87	0	59	32	55	0	11	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157104--157134	15	2.1	15	93	0	53	9	6	58	25	1.54
157862--157936	28	2.6	28	75	8	80	53	1	0	45	1.08
157967--158014	24	2.0	24	100	0	96	33	12	12	41	1.80
158856--158889	7	4.9	7	96	0	59	52	0	0	47	1.00
163033--163097	33	2.0	33	85	11	89	33	16	12	36	1.87
163131--163181	19	2.6	20	81	6	68	41	15	11	31	1.83
170160--170194	15	2.3	15	90	0	52	25	28	2	42	1.69
171814--171838	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
171796--171858	33	1.9	33	87	12	94	31	19	14	34	1.91
176669--176747	23	3.4	23	81	13	99	22	3	24	49	1.66
179377--179419	22	1.9	23	85	4	61	37	13	6	41	1.72
180115--180164	21	2.4	21	83	3	66	60	0	0	40	0.97
181060--181155	32	3.0	32	76	6	104	43	1	2	53	1.19
181029--181161	65	2.1	66	83	7	166	40	0	3	55	1.20
182265--182295	13	2.4	13	100	0	62	38	12	16	32	1.86
182244--182311	33	2.1	33	88	0	100	33	14	13	38	1.85
185046--185084	20	1.9	21	94	5	71	38	17	7	35	1.79
186879--186945	28	2.4	28	95	2	118	23	22	11	41	1.87
189115--189156	15	2.8	15	88	0	57	30	11	2	54	1.49
191320--191344	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
194264--194303	15	2.7	14	78	14	53	30	0	0	70	0.88
194262--194315	19	2.9	19	76	18	60	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
194268--194316	6	8.3	6	78	13	57	34	0	0	65	0.93
194268--194316	11	4.7	11	76	21	52	34	0	0	65	0.93
194314--194377	32	1.9	34	84	12	89	48	0	3	48	1.17
194650--194694	11	3.9	12	80	11	58	35	0	0	64	0.94
195758--195820	29	2.2	30	86	8	87	66	0	3	30	1.07
195758--195820	28	2.2	28	86	8	83	66	0	3	30	1.07
197232--197275	14	2.9	16	80	16	58	38	0	0	61	0.96
197578--197627	16	3.1	16	77	8	57	30	0	0	70	0.88
199246--199284	20	2.0	20	89	0	60	28	15	10	46	1.78
202329--202442	50	2.3	50	90	0	183	23	19	16	40	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7