genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold19
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2266706

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

This is table  11  of  15  ( 1733 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1452327--1452857	31	16.7	31	78	9	351	33	13	31	21	1.92
1452558--1452845	92	3.1	92	86	4	382	32	15	30	21	1.94
1459430--1459561	70	1.9	70	91	0	219	41	11	16	30	1.84
1459477--1459528	20	2.6	20	81	0	68	40	15	13	30	1.86
1460598--1461231	28	22.1	28	76	8	395	23	16	30	29	1.96
1460618--1461231	56	10.8	56	80	7	490	23	16	30	29	1.96
1460598--1461230	84	7.4	84	77	7	506	23	16	30	29	1.96
1460785--1461001	118	1.8	118	84	6	296	20	16	32	30	1.94
1460618--1461231	113	5.4	114	76	11	391	23	16	30	29	1.96
1462878--1462938	19	3.6	18	75	25	69	34	13	16	36	1.87
1462895--1462919	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1462878--1462946	32	2.2	32	97	0	129	33	13	17	36	1.88
1465259--1465442	51	3.6	51	85	2	242	30	27	10	30	1.91
1465426--1465501	27	2.8	27	88	6	100	25	32	19	22	1.97
1477096--1477120	13	1.9	13	100	0	50	24	20	16	40	1.91
1477077--1477139	33	1.9	32	90	3	99	26	17	15	39	1.90
1477109--1477163	19	2.8	21	81	10	71	32	16	14	36	1.89
1477192--1477256	33	2.0	32	88	11	96	35	15	18	30	1.92
1477212--1477236	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1478852--1478886	15	2.3	15	95	0	61	42	0	28	28	1.56
1479314--1479355	15	2.8	16	75	10	52	42	2	16	38	1.61
1483752--1484813	79	13.4	79	90	0	1570	33	14	25	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1485175--1485372	35	5.7	35	93	0	351	19	30	6	44	1.74
1485379--1485407	12	2.3	13	94	5	51	27	0	3	68	1.05
1485838--1485941	42	2.5	42	80	10	115	45	11	26	16	1.81
1486075--1486278	61	3.3	61	81	9	263	29	19	25	25	1.99
1486464--1486490	6	4.5	6	100	0	54	55	14	0	29	1.40
1486496--1486770	35	7.9	35	98	0	496	42	5	32	20	1.75
1488174--1488393	79	2.8	79	92	1	361	27	27	14	30	1.95
1488269--1488498	107	2.1	107	96	0	424	26	28	15	28	1.96
1488350--1488421	28	2.6	28	95	0	126	23	33	19	23	1.97
1488376--1488711	79	4.2	79	86	3	460	27	26	14	30	1.95
1488190--1488579	186	2.1	186	93	1	667	27	26	15	30	1.96
1488174--1488658	265	1.8	265	90	0	792	27	26	14	31	1.95
1490837--1490873	4	9.2	4	87	0	56	24	2	2	70	1.14
1501840--1502217	55	6.5	60	82	12	427	25	28	20	24	1.99
1501842--1502213	117	3.2	116	86	6	499	26	28	21	23	1.99
1502130--1502309	99	1.9	94	86	10	256	26	30	18	25	1.98
1502228--1502432	61	3.4	59	84	9	252	25	26	19	28	1.99
1502567--1502666	42	2.4	40	81	8	103	19	27	10	44	1.82
1503098--1503124	6	4.5	6	100	0	54	55	14	0	29	1.40
1503133--1503372	35	6.9	35	98	0	453	42	5	31	20	1.75
1504775--1505203	79	5.4	79	89	1	619	27	25	13	32	1.94
1506227--1506391	62	2.9	57	86	11	237	22	21	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1506408--1506556	61	2.4	61	89	0	226	28	20	26	24	1.99
1507711--1507763	26	2.0	26	85	10	72	47	1	1	49	1.23
1508082--1508125	23	1.9	23	86	9	63	38	0	2	59	1.10
1508075--1508125	11	4.5	11	83	13	59	35	0	1	62	1.06
1508675--1508725	14	3.6	14	78	19	52	31	1	5	60	1.31
1508953--1508988	15	2.4	15	90	0	63	69	0	0	30	0.89
1509281--1509305	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
1509913--1509963	2	25.5	2	100	0	102	49	0	0	50	1.00
1511153--1511180	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
1511504--1511562	31	1.9	31	86	10	86	45	1	3	49	1.28
1514034--1514058	6	4.2	6	100	0	50	32	0	52	16	1.44
1515044--1515085	13	3.0	14	86	6	50	40	0	0	59	0.97
1528372--1528425	21	2.5	22	75	6	56	38	0	0	61	0.96
1529956--1530009	27	2.0	26	89	10	83	24	0	0	75	0.80
1529965--1530007	22	2.0	22	95	0	77	23	0	0	76	0.78
1530336--1530384	24	2.0	26	84	8	66	36	2	0	61	1.08
1530497--1530547	25	2.0	25	88	0	75	25	11	3	58	1.50
1534367--1534415	23	2.1	24	92	3	82	38	0	0	61	0.96
1534789--1534841	20	2.6	20	80	14	63	49	0	0	50	1.00
1534869--1534911	18	2.4	18	80	0	50	58	2	4	34	1.32
1534863--1534991	66	2.0	65	82	13	158	48	2	1	47	1.24
1534965--1534995	7	4.4	7	100	0	62	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1535314--1535347	16	2.1	16	88	0	50	61	2	0	35	1.11
1539583--1539681	52	1.9	52	87	4	146	34	17	17	31	1.93
1543429--1543457	10	2.7	11	94	5	51	62	0	3	34	1.12
1544605--1544673	21	3.3	22	83	16	69	4	14	1	79	0.95
1544637--1544673	19	2.0	18	89	5	56	2	13	0	83	0.74
1544615--1544673	9	6.1	9	79	13	64	3	13	1	81	0.90
1544602--1544663	22	2.8	21	78	11	61	6	14	1	77	1.04
1549915--1550095	92	2.0	91	84	6	240	31	14	9	43	1.79
1553647--1553675	10	2.7	11	94	5	51	62	0	3	34	1.12
1554795--1554865	21	3.4	21	79	14	69	5	12	1	80	0.95
1554816--1554864	8	5.6	8	80	17	53	4	12	0	83	0.77
1554809--1554865	9	6.2	9	78	10	62	3	12	1	82	0.87
1559448--1559475	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
1559726--1559751	13	2.0	13	100	0	52	15	23	0	61	1.33
1561912--1562168	32	8.1	30	81	12	230	22	31	15	29	1.95
1561920--1562168	62	3.9	61	79	10	257	22	31	16	29	1.96
1562015--1562851	34	25.8	34	74	15	550	21	31	13	32	1.92
1562144--1562189	23	2.0	23	91	0	74	30	32	19	17	1.95
1562167--1562739	67	8.8	67	74	16	309	21	32	12	32	1.91
1562167--1562851	99	7.0	98	75	16	430	21	32	12	33	1.91
1562467--1562512	23	2.0	23	91	0	74	30	32	19	17	1.95
1562493--1562883	135	2.9	131	81	8	405	21	32	12	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1562052--1562813	323	2.4	323	94	1	1330	21	32	13	32	1.92
1562697--1562903	101	2.0	101	81	12	239	22	32	13	31	1.92
1562855--1563097	33	7.5	32	90	5	359	27	34	18	19	1.95
1563085--1563409	49	7.1	43	77	12	299	24	24	18	32	1.97
1563127--1563511	49	7.9	49	76	10	310	25	24	17	32	1.96
1563176--1563452	92	3.0	92	91	1	428	25	24	18	32	1.97
1563095--1563409	141	2.3	135	88	3	441	24	24	18	32	1.97
1564395--1564419	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1564375--1564441	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
1564482--1564506	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1564515--1564635	52	2.3	52	92	0	206	34	16	18	30	1.93
1567957--1568765	39	17.5	49	71	15	426	29	17	26	26	1.98
1567913--1568765	87	9.2	101	82	7	397	29	17	26	26	1.97
1568142--1568659	87	6.0	87	88	2	688	27	18	27	27	1.98
1568582--1568758	43	3.7	49	81	10	165	28	15	27	28	1.96
1568768--1569744	34	30.7	34	73	15	406	34	13	31	20	1.91
1568767--1569059	126	2.3	127	78	5	322	33	14	32	19	1.92
1568831--1569746	126	7.2	127	73	16	370	35	13	31	20	1.91
1569116--1569208	35	2.7	34	86	6	125	35	12	31	20	1.90
1568923--1569304	190	2.0	187	82	7	470	34	13	32	20	1.91
1568802--1569835	316	3.3	311	85	6	1191	34	13	31	20	1.91
1568767--1569746	220	4.4	218	82	6	1030	34	13	31	20	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1568918--1569746	34	26.2	33	74	14	457	35	13	31	20	1.91
1569728--1569802	33	2.6	27	72	22	78	33	10	30	25	1.90
1568819--1569835	536	1.9	536	91	2	1677	34	13	31	20	1.91
1569460--1569835	190	2.0	187	81	6	438	35	13	30	21	1.92
1568819--1570019	536	2.2	536	86	5	1655	34	13	30	21	1.92
1569755--1570176	61	6.8	62	82	6	399	32	13	29	23	1.93
1569755--1570176	31	13.5	31	81	5	399	32	13	29	23	1.93
1569815--1570176	92	3.9	93	82	4	417	32	14	28	24	1.95
1574928--1575059	70	1.9	70	82	3	167	45	12	12	28	1.80
1576135--1576729	28	20.9	28	79	6	525	24	16	29	29	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15