genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold19
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2266706

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1992876--1993091	97	2.2	97	89	3	319	29	27	12	30	1.93
1999819--1999844	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2002389--2002427	13	3.0	13	100	0	78	38	15	15	30	1.88
2004507--2004537	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2006339--2006383	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
2008604--2008629	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2011559--2011617	18	3.2	18	75	2	64	40	8	6	44	1.61
2011549--2011618	18	3.8	19	77	5	63	40	8	7	44	1.62
2011566--2011627	19	3.5	17	77	12	70	38	8	6	46	1.59
2011549--2011627	37	2.2	36	88	4	115	37	8	6	46	1.60
2013172--2013201	14	2.1	14	100	0	60	26	13	40	20	1.89
2015992--2016018	13	2.1	13	100	0	54	92	0	7	0	0.38
2021791--2021824	13	2.6	13	90	0	50	55	0	0	44	0.99
2023962--2024007	19	2.5	19	96	3	85	69	8	13	8	1.36
2024385--2024427	20	2.2	19	83	4	50	46	0	2	51	1.13
2025767--2025818	20	2.6	20	93	0	95	23	9	19	48	1.78
2025807--2025831	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2025883--2025935	20	2.6	21	87	3	72	24	16	16	41	1.89
2025923--2025947	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2028222--2028262	22	2.0	21	86	13	59	41	4	21	31	1.74
2034593--2034617	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2034570--2034637	33	2.1	33	91	2	111	30	13	17	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2036804--2036901	48	2.0	49	98	2	189	59	10	16	14	1.61
2038316--2038561	136	1.8	135	83	3	325	47	17	13	21	1.81
2040106--2040157	20	2.7	20	88	8	72	30	13	15	40	1.86
2040190--2040242	20	2.6	21	84	3	72	28	16	15	39	1.89
2040230--2040258	13	2.2	13	100	0	58	37	13	17	31	1.89
2040244--2040292	20	2.5	20	86	0	62	32	14	16	36	1.89
2040827--2040941	50	2.3	50	96	0	221	28	29	2	39	1.70
2047332--2047367	9	4.0	9	88	0	54	27	33	0	38	1.57
2048963--2048988	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2048941--2049008	33	2.1	33	86	8	95	33	16	14	35	1.89
2049040--2049092	20	2.6	21	84	3	72	28	16	15	39	1.89
2049080--2049108	13	2.2	13	100	0	58	37	13	17	31	1.89
2061299--2061421	43	2.6	45	85	12	160	31	12	17	38	1.87
2065060--2065295	130	1.8	129	81	6	298	30	24	11	34	1.90
2065152--2065301	78	1.9	79	81	6	180	30	23	10	36	1.89
2067042--2067073	15	2.1	16	94	5	57	53	18	0	28	1.45
2068308--2068481	78	2.2	77	78	3	179	39	12	21	27	1.88
2068445--2068513	28	2.5	28	85	4	86	33	17	24	24	1.96
2068470--2068662	80	2.4	79	86	6	282	34	14	25	24	1.94
2068898--2068964	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
2068918--2068942	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2069007--2069031	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2069040--2069164	52	2.4	52	93	0	205	36	17	19	27	1.94
2072261--2072447	78	2.4	79	83	6	220	37	12	22	26	1.91
2073204--2073253	19	2.6	19	93	0	82	32	10	18	40	1.83
2073318--2073383	20	3.7	20	69	26	74	27	16	15	40	1.88
2073306--2073384	33	2.4	33	95	0	140	29	16	13	40	1.87
2073372--2073487	52	2.2	52	92	0	187	34	17	17	31	1.93
2075516--2075694	62	2.9	59	81	8	198	24	27	17	29	1.98
2075517--2075750	30	7.5	32	82	9	204	23	29	15	31	1.96
2075645--2075932	34	8.6	34	80	6	268	20	31	13	34	1.91
2075673--2075932	102	2.6	101	88	1	378	20	31	12	34	1.90
2075938--2076037	33	3.0	33	95	0	173	30	33	18	19	1.95
2076037--2076550	43	10.9	45	77	12	443	23	25	19	31	1.98
2076037--2076600	92	6.0	93	80	8	597	23	25	18	31	1.97
2076128--2076654	144	3.6	144	82	3	628	23	25	18	32	1.97
2076037--2076600	236	2.4	231	84	6	695	23	25	18	31	1.97
2076408--2076601	95	2.0	96	86	1	273	22	25	19	33	1.97
2085063--2085140	31	2.5	31	87	0	102	26	32	12	28	1.93
2085096--2085252	30	5.1	30	83	6	165	25	26	15	32	1.95
2085065--2085454	34	12.1	31	80	9	161	23	28	13	34	1.92
2085163--2085479	34	9.6	33	79	9	217	22	30	13	34	1.92
2085197--2085479	68	4.2	68	79	7	260	21	31	12	34	1.91
2085239--2085479	102	2.4	101	88	4	353	20	31	12	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2085486--2085552	33	2.0	33	94	0	116	28	32	17	20	1.96
2085552--2086597	49	21.8	49	79	9	1057	23	25	18	33	1.97
2085552--2086597	92	10.9	94	83	8	1108	23	25	18	33	1.97
2085552--2086597	144	7.3	142	85	5	1306	23	25	18	33	1.97
2085600--2086597	285	3.5	285	89	4	1420	23	25	18	33	1.97
2090135--2090231	13	5.6	19	71	28	92	44	15	12	27	1.82
2090135--2090231	32	3.0	32	96	3	176	44	15	12	27	1.82
2092441--2092490	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
2096550--2096595	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
2098859--2098914	20	2.8	19	89	5	76	37	16	17	28	1.91
2102099--2102125	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2102595--2102633	21	1.9	21	89	5	62	56	0	0	43	0.99
2109563--2109646	42	2.0	42	100	0	168	30	7	19	42	1.78
2110525--2110561	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
2111531--2111630	49	2.0	49	86	0	137	37	25	11	27	1.89
2113429--2113475	24	1.9	25	86	4	69	31	4	10	53	1.55
2113861--2113969	2	58.0	2	71	18	74	47	3	2	45	1.34
2113866--2113949	23	3.5	23	76	10	71	46	3	2	47	1.32
2117454--2118491	89	11.6	89	83	1	1200	30	15	16	37	1.90
2118596--2118681	2	47.5	2	73	23	75	43	0	2	54	1.13
2118600--2118681	23	3.5	25	79	14	104	42	0	2	54	1.13
2118750--2118810	10	6.4	9	78	14	61	24	0	1	73	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2118750--2118810	19	3.2	19	79	6	70	24	0	1	73	0.92
2126460--2126504	22	2.0	22	87	8	65	51	6	8	33	1.59
2126757--2126806	20	2.5	20	96	0	91	34	8	16	42	1.77
2126932--2126973	10	4.2	10	84	0	57	66	19	11	2	1.34
2128335--2128371	3	12.3	3	88	0	56	35	0	35	29	1.58
2134551--2134676	62	2.0	62	98	0	243	19	12	19	47	1.81
2134768--2134848	42	1.9	43	85	7	112	50	3	22	23	1.65
2134908--2135058	80	1.9	80	92	0	257	37	0	27	34	1.62
2135721--2135774	19	2.8	20	88	2	83	27	14	16	40	1.88
2138800--2138824	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2138912--2138969	29	2.0	28	83	3	71	22	0	3	74	0.97
2140476--2140530	13	3.8	13	75	25	56	34	9	18	38	1.82
2140461--2140541	32	2.5	32	89	0	135	39	9	14	35	1.80
2143838--2143957	52	2.3	51	94	4	206	30	18	18	33	1.95
2143838--2143977	52	2.7	50	85	13	178	31	17	18	32	1.95
2143966--2143990	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2144053--2144077	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2154016--2154056	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
2153725--2154032	146	2.1	141	92	2	526	49	14	3	33	1.59
2154415--2154445	7	4.6	7	96	4	55	90	0	9	0	0.46
2161012--2161136	40	3.1	40	80	4	144	37	15	16	31	1.89
2162617--2162667	20	2.6	20	84	3	68	45	15	11	27	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2171016--2171071	20	2.8	20	80	0	67	37	14	10	37	1.81
2186763--2186805	8	5.1	8	82	5	50	86	2	2	9	0.76
2186763--2186805	18	2.6	16	82	13	59	86	2	2	9	0.76
2187484--2187513	14	2.1	14	100	0	60	20	13	20	46	1.83
2188149--2188435	32	9.0	32	88	3	411	29	27	18	25	1.98
2188444--2188778	49	6.7	49	77	5	271	24	24	17	33	1.97
2188800--2188919	61	2.0	61	83	3	152	24	25	10	39	1.88
2189591--2189664	20	3.7	20	87	3	112	33	17	13	35	1.89
2191209--2191330	60	2.0	60	91	0	199	31	29	21	17	1.96
2193613--2193675	27	2.3	27	83	5	74	30	33	12	23	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15