genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold19
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2266706

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1809819--1809850	16	2.0	16	93	0	55	78	3	0	18	0.89
1809811--1809836	11	2.4	11	100	0	52	73	7	0	19	1.07
1816213--1816704	59	8.2	60	83	2	571	28	23	18	29	1.98
1816213--1816704	119	4.1	120	84	4	580	28	23	18	29	1.98
1816794--1816963	33	5.3	32	74	6	139	29	27	17	26	1.97
1816894--1817029	70	1.9	70	85	7	186	28	27	16	27	1.97
1817804--1817853	21	2.4	21	89	0	73	64	2	20	14	1.39
1818938--1818980	10	4.2	10	79	5	50	79	0	4	16	0.90
1820915--1820993	2	39.5	2	100	0	158	50	0	0	49	1.00
1824709--1824961	39	6.4	39	65	6	98	43	13	12	30	1.80
1824715--1824961	78	3.1	78	74	6	212	43	13	12	30	1.81
1825736--1825854	59	2.0	59	98	0	229	32	5	14	47	1.65
1828467--1828539	20	3.5	20	86	3	83	36	10	17	34	1.85
1832080--1832113	17	1.9	18	94	5	61	55	0	0	44	0.99
1833476--1833515	16	2.4	16	91	4	62	65	12	5	17	1.44
1833585--1833950	162	2.2	163	80	6	409	49	13	10	25	1.75
1834523--1834547	13	1.9	13	100	0	50	52	8	8	32	1.60
1835008--1835074	27	2.5	28	74	13	68	49	5	7	37	1.56
1844787--1844846	19	3.3	19	81	6	63	61	1	5	31	1.27
1845063--1845103	22	2.0	20	85	9	55	63	4	2	29	1.28
1844738--1845386	331	1.9	326	79	11	712	55	4	8	31	1.50
1849977--1850066	1	90.0	1	77	0	72	0	7	5	86	0.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1849979--1850068	30	3.0	30	93	4	155	0	10	5	84	0.77
1869684--1869741	24	2.4	24	80	8	64	82	12	5	0	0.82
1869697--1869728	10	3.1	10	95	4	55	90	9	0	0	0.45
1871232--1872255	49	22.5	49	74	13	653	27	25	16	30	1.97
1871279--1871555	39	6.6	39	74	15	248	28	27	18	25	1.98
1871306--1872150	88	9.4	88	76	11	553	28	25	16	30	1.97
1871436--1872201	225	3.4	225	86	2	958	27	24	16	31	1.96
1871523--1871817	137	2.2	137	87	0	419	30	24	13	30	1.94
1871348--1872345	176	5.4	190	76	10	758	27	25	16	31	1.97
1871749--1872249	137	3.6	137	85	4	545	26	23	17	32	1.97
1871985--1872301	147	2.1	149	86	2	442	23	24	17	33	1.97
1871971--1872345	49	7.6	49	83	4	272	24	24	17	33	1.96
1874006--1874051	21	2.2	20	82	14	58	26	17	15	41	1.88
1879366--1879392	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1879346--1879412	33	2.0	33	88	0	98	43	11	13	31	1.80
1879438--1879492	19	2.8	19	78	8	65	30	16	12	40	1.86
1883590--1883707	52	2.3	52	92	0	191	32	17	16	33	1.92
1883587--1883727	52	2.7	51	85	4	185	32	17	17	32	1.93
1883716--1883740	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1883806--1883830	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1883784--1883850	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
1888776--1888801	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1888801--1888826	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
1889004--1889035	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
1889571--1889596	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
1890669--1890696	12	2.3	12	100	0	56	14	7	25	53	1.66
1904866--1904904	21	1.9	20	94	5	69	35	20	12	30	1.90
1910625--1910655	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
1912355--1912395	17	2.5	17	88	4	57	53	0	26	19	1.45
1918845--1918874	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
1918870--1918897	4	7.0	4	100	0	56	75	0	0	25	0.81
1920919--1921292	38	9.6	39	67	8	172	43	14	12	29	1.82
1920895--1921292	78	5.1	77	74	9	254	43	14	12	29	1.82
1922035--1922088	21	2.8	20	81	15	60	61	5	7	25	1.45
1922053--1922155	54	1.9	54	86	4	145	63	5	8	22	1.45
1923998--1924099	36	2.8	37	73	4	91	37	14	16	31	1.89
1925075--1925152	33	2.4	33	82	0	93	37	19	16	26	1.93
1926347--1926371	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1926328--1926392	32	2.0	33	87	3	96	40	15	15	29	1.88
1929440--1929487	20	2.2	23	78	14	57	20	16	2	60	1.46
1929442--1929492	22	2.5	20	87	6	66	17	19	1	60	1.45
1934788--1934928	49	2.8	52	81	7	180	31	15	26	25	1.96
1938018--1938074	21	2.8	21	89	2	89	33	10	15	40	1.82
1938089--1938146	20	3.0	20	84	2	73	46	13	10	29	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1938436--1938821	49	7.7	49	87	5	565	32	18	26	23	1.97
1938436--1938825	101	3.9	101	97	0	699	32	18	25	23	1.97
1939673--1939744	24	3.0	24	91	0	108	38	9	27	23	1.86
1943611--1943643	15	2.1	16	88	5	50	9	21	0	69	1.15
1944743--1945018	134	2.1	134	99	0	543	32	24	15	26	1.96
1947694--1947837	62	2.3	62	87	0	207	28	20	19	31	1.97
1951259--1951308	15	2.9	18	80	17	61	70	10	14	6	1.33
1951247--1951327	38	2.1	38	82	8	94	71	9	13	4	1.28
1952748--1952883	32	4.4	32	86	3	172	30	28	22	19	1.98
1952638--1953306	58	11.5	57	77	8	478	29	27	16	25	1.97
1952857--1953307	148	3.1	144	83	5	491	31	27	15	25	1.96
1952638--1953306	28	23.0	29	80	7	513	29	27	16	25	1.97
1954441--1954792	33	10.8	33	91	3	534	29	33	18	19	1.95
1954838--1955447	43	13.1	43	75	16	390	24	26	18	30	1.98
1954838--1955456	93	6.6	92	83	10	641	25	26	18	30	1.98
1954838--1955295	185	2.5	185	88	4	651	25	25	18	30	1.98
1955202--1955447	52	4.9	52	80	9	285	23	25	18	33	1.97
1955255--1955447	95	2.0	95	91	0	314	23	25	18	32	1.97
1956301--1956404	19	5.7	19	82	14	139	32	12	16	38	1.86
1956361--1956385	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1956303--1956409	32	3.1	32	89	9	142	33	12	16	37	1.86
1956480--1956608	52	2.5	52	98	0	249	34	17	19	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1959695--1959798	32	3.2	32	78	8	129	30	25	15	28	1.96
1965611--1965682	19	3.7	19	86	3	90	36	12	16	34	1.87
1970017--1970057	20	2.0	20	95	0	73	17	29	17	36	1.92
1974101--1974435	34	10.5	31	80	10	297	21	29	13	35	1.92
1974079--1974335	61	4.0	61	89	5	334	22	29	14	34	1.93
1974318--1974461	34	4.9	27	82	12	128	20	34	12	32	1.90
1974101--1974465	95	3.9	94	79	10	299	21	30	13	34	1.92
1974334--1974594	34	8.0	33	79	9	293	19	33	11	34	1.89
1974101--1974435	130	2.7	127	80	8	330	21	29	13	35	1.92
1974368--1974563	61	3.1	60	77	13	214	18	33	12	35	1.89
1974402--1974461	27	2.3	27	91	2	95	20	33	13	33	1.91
1974433--1974594	67	2.4	66	84	4	200	20	33	12	33	1.90
1974591--1975530	49	19.8	49	75	12	775	24	26	18	31	1.98
1974585--1974863	92	3.1	88	88	5	389	24	27	18	29	1.98
1974599--1975091	231	2.2	223	84	5	637	25	27	18	28	1.98
1974728--1975488	153	5.3	143	74	15	498	24	25	18	31	1.98
1974965--1975121	39	3.8	39	74	14	134	28	26	19	26	1.99
1974870--1975484	101	6.5	87	84	6	521	24	24	18	32	1.97
1975092--1975530	101	4.3	101	89	0	644	23	25	18	33	1.97
1974591--1975486	202	4.7	197	79	10	826	24	26	18	31	1.98
1976303--1976365	19	3.6	19	68	24	66	34	11	19	34	1.87
1976295--1976378	32	2.6	32	90	1	123	36	14	17	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1976417--1976444	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
1976479--1976509	16	1.9	16	100	0	62	32	12	19	35	1.90
1981784--1982178	29	13.6	29	83	6	446	30	26	16	26	1.97
1981783--1982181	87	4.6	87	85	3	504	30	27	16	26	1.97
1983608--1983650	13	3.5	12	79	14	52	74	0	25	0	0.82
1985375--1985600	96	2.3	96	87	3	310	29	27	11	30	1.92
1988520--1988708	55	3.4	55	86	7	258	24	29	14	30	1.95
1988536--1988696	27	6.0	27	90	5	245	24	29	14	31	1.95
1988603--1989742	29	39.8	29	81	6	1009	31	27	15	26	1.96
1991105--1991136	14	2.2	15	94	5	57	81	0	18	0	0.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15